ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52144

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C5' A 0, 0.000, 0.046, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.046 std_dev=0.046
N4 A 0, 0.000, 0.049, 0.097, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.049 std_dev=0.049
O2 A 0, 0.000, 0.049, 0.098, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.049 std_dev=0.049
O4' A 0, 0.000, 0.054, 0.108, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.054 std_dev=0.054
C4' A 0, 0.000, 0.068, 0.136, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.068 std_dev=0.068
O5' A 0, 0.000, 0.078, 0.155, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.078 std_dev=0.078
P A 0, 0.000, 0.172, 0.344, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.172 std_dev=0.172
C2' A 0, 0.000, 0.175, 0.349, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.175 std_dev=0.175
OP2 A 0, 0.000, 0.181, 0.362, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.181 std_dev=0.181
C3' A 0, 0.000, 0.193, 0.386, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.193 std_dev=0.193
OP1 A 0, 0.000, 0.194, 0.388, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.194 std_dev=0.194
O2' A 0, 0.000, 0.260, 0.519, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.260 std_dev=0.260
O3' A 0, 0.000, 0.267, 0.534, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.267 std_dev=0.267
N1 B 0, 0.000, 0.304, 0.609, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.304 std_dev=0.304
C6 B 0, 0.000, 0.364, 0.728, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.364 std_dev=0.364
C2 B 0, 0.000, 0.368, 0.736, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.368 std_dev=0.368
C5 B 0, 0.000, 0.401, 0.801, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.401 std_dev=0.401
N6 B 0, 0.000, 0.458, 0.917, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.458 std_dev=0.458
C4 B 0, 0.000, 0.459, 0.918, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.459 std_dev=0.459
N3 B 0, 0.000, 0.464, 0.928, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.464 std_dev=0.464
N7 B 0, 0.000, 0.486, 0.972, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.486 std_dev=0.486
C8 B 0, 0.000, 0.573, 1.146, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.573 std_dev=0.573
N9 B 0, 0.000, 0.591, 1.181, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.591 std_dev=0.591
O4' B 0, 0.000, 0.758, 1.517, 1.517 max_d=1.517 avg_d=0.758 std_dev=0.758
C1' B 0, 0.000, 0.775, 1.549, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.775 std_dev=0.775
C4' B 0, 0.000, 0.851, 1.702, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.851 std_dev=0.851
C5' B 0, 0.000, 1.154, 2.308, 2.308 max_d=2.308 avg_d=1.154 std_dev=1.154
C2' B 0, 0.000, 1.223, 2.445, 2.445 max_d=2.445 avg_d=1.223 std_dev=1.223
C3' B 0, 0.000, 1.223, 2.446, 2.446 max_d=2.446 avg_d=1.223 std_dev=1.223
O3' B 0, 0.000, 1.260, 2.521, 2.521 max_d=2.521 avg_d=1.260 std_dev=1.260
P B 0, 0.000, 1.318, 2.636, 2.636 max_d=2.636 avg_d=1.318 std_dev=1.318
O5' B 0, 0.000, 1.347, 2.693, 2.693 max_d=2.693 avg_d=1.347 std_dev=1.347
OP1 B 0, 0.000, 1.350, 2.700, 2.700 max_d=2.700 avg_d=1.350 std_dev=1.350
OP2 B 0, 0.000, 1.441, 2.881, 2.881 max_d=2.881 avg_d=1.441 std_dev=1.441
O2' B 0, 0.000, 1.554, 3.107, 3.107 max_d=3.107 avg_d=1.554 std_dev=1.554

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02
C2 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.03 0.07 0.05 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.09 0.02 0.09 0.02 0.08 0.05 0.06 0.10 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.10 0.04
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.10 0.01 0.10 0.01 0.09 0.04 0.06 0.12 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.07 0.15 0.07
C4 0.01 0.01 0.09 0.10 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.12 0.02 0.03 0.08 0.07 0.09
C4' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.08 0.03
C5 0.01 0.02 0.09 0.10 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.09 0.12 0.03 0.03 0.08 0.07 0.09
C5' 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.02
C6 0.01 0.02 0.08 0.09 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.08 0.10 0.03 0.03 0.07 0.03 0.07
N1 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.06 0.02 0.02 0.05 0.02 0.05
N3 0.00 0.01 0.06 0.06 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.08 0.02 0.04 0.09 0.08 0.09
N4 0.02 0.01 0.10 0.12 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.10 0.14 0.01 0.01 0.07 0.07 0.07
O2 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.05 0.04 0.06
O2' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.09 0.03 0.09 0.05 0.08 0.05 0.07 0.10 0.04 0.00 0.02 0.00 0.07 0.08 0.12 0.06
O3' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.12 0.01 0.12 0.03 0.10 0.06 0.08 0.14 0.03 0.02 0.00 0.01 0.09 0.12 0.19 0.11
O4' 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03
O5' 0.00 0.03 0.04 0.07 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.07 0.09 0.02 0.00 0.01 0.05 0.00
OP1 0.02 0.07 0.05 0.07 0.08 0.02 0.08 0.00 0.07 0.05 0.09 0.07 0.05 0.08 0.12 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.02 0.05 0.10 0.15 0.07 0.08 0.07 0.06 0.03 0.02 0.08 0.07 0.04 0.12 0.19 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.07 0.04 0.07 0.09 0.03 0.09 0.02 0.07 0.05 0.09 0.07 0.06 0.06 0.11 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.01 0.38 0.28 0.05 0.05 0.03 0.13 0.10 0.05 0.10 0.06 0.17 0.02 0.09 0.55 0.25 0.01 0.40 0.42 0.80 0.60
C2 0.21 0.03 0.46 0.34 0.09 0.11 0.03 0.20 0.06 0.13 0.09 0.06 0.10 0.06 0.16 0.64 0.28 0.06 0.48 0.41 0.80 0.62
C2' 0.19 0.07 0.38 0.27 0.13 0.05 0.08 0.11 0.03 0.13 0.01 0.12 0.03 0.08 0.16 0.55 0.27 0.02 0.37 0.43 0.83 0.61
C3' 0.11 0.00 0.29 0.20 0.05 0.01 0.01 0.09 0.05 0.05 0.06 0.05 0.11 0.01 0.08 0.42 0.19 0.05 0.35 0.48 0.84 0.62
C4 0.06 0.15 0.34 0.23 0.04 0.09 0.04 0.29 0.10 0.07 0.15 0.11 0.10 0.03 0.04 0.38 0.07 0.00 0.58 0.54 0.90 0.73
C4' 0.09 0.00 0.29 0.22 0.01 0.02 0.06 0.12 0.12 0.02 0.09 0.04 0.20 0.08 0.04 0.43 0.19 0.05 0.38 0.48 0.83 0.62
C5 0.02 0.17 0.22 0.15 0.11 0.03 0.13 0.24 0.18 0.05 0.19 0.13 0.19 0.09 0.05 0.24 0.01 0.07 0.52 0.57 0.91 0.72
C5' 0.02 0.09 0.17 0.12 0.09 0.05 0.17 0.08 0.21 0.14 0.16 0.05 0.30 0.20 0.07 0.27 0.08 0.14 0.33 0.47 0.79 0.59
C6 0.03 0.14 0.26 0.18 0.07 0.02 0.12 0.19 0.19 0.04 0.19 0.08 0.24 0.10 0.02 0.34 0.09 0.07 0.46 0.52 0.87 0.67
N1 0.13 0.07 0.37 0.27 0.02 0.06 0.04 0.17 0.12 0.05 0.14 0.01 0.18 0.02 0.08 0.52 0.21 0.00 0.45 0.46 0.83 0.64
N3 0.20 0.09 0.48 0.35 0.08 0.14 0.05 0.27 0.05 0.17 0.10 0.01 0.07 0.10 0.17 0.63 0.24 0.09 0.56 0.47 0.84 0.68
N4 0.02 0.18 0.28 0.18 0.09 0.09 0.03 0.35 0.08 0.09 0.13 0.16 0.05 0.07 0.01 0.21 0.05 0.00 0.66 0.60 0.94 0.79
O2 0.25 0.03 0.50 0.37 0.14 0.10 0.06 0.14 0.02 0.15 0.05 0.13 0.07 0.08 0.19 0.72 0.35 0.08 0.42 0.32 0.73 0.55
O2' 0.27 0.19 0.44 0.33 0.21 0.10 0.15 0.12 0.12 0.19 0.13 0.22 0.07 0.14 0.23 0.63 0.35 0.08 0.38 0.42 0.83 0.61
O3' 0.13 0.05 0.27 0.18 0.09 0.00 0.05 0.06 0.02 0.08 0.01 0.09 0.02 0.04 0.10 0.41 0.19 0.04 0.31 0.47 0.82 0.60
O4' 0.08 0.06 0.32 0.23 0.02 0.02 0.11 0.13 0.18 0.04 0.15 0.00 0.27 0.12 0.01 0.46 0.20 0.06 0.39 0.44 0.80 0.60
O5' 0.11 0.16 0.07 0.02 0.17 0.11 0.24 0.05 0.28 0.21 0.22 0.14 0.36 0.27 0.16 0.13 0.04 0.21 0.30 0.47 0.77 0.57
OP1 0.22 0.19 0.08 0.10 0.24 0.18 0.30 0.01 0.30 0.32 0.23 0.19 0.36 0.36 0.26 0.08 0.18 0.29 0.23 0.47 0.70 0.52
OP2 0.26 0.23 0.12 0.13 0.28 0.18 0.32 0.05 0.31 0.34 0.25 0.24 0.35 0.38 0.29 0.16 0.24 0.29 0.28 0.50 0.74 0.56
P 0.22 0.23 0.05 0.08 0.26 0.17 0.32 0.03 0.33 0.32 0.27 0.22 0.40 0.37 0.26 0.04 0.16 0.28 0.27 0.48 0.73 0.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.06 0.12 0.14
C2 0.01 0.00 0.09 0.00 0.01 0.18 0.04 0.20 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.25 0.06 0.17 0.02 0.01 0.35 0.20
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.06 0.06 0.04 0.09 0.09 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.11 0.20 0.12 0.05
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.43 0.31 0.24
C4 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.11 0.01 0.10 0.18 0.15 0.43 0.34
C4' 0.02 0.18 0.00 0.00 0.08 0.00 0.02 0.01 0.06 0.11 0.12 0.18 0.04 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.22 0.10 0.06
C5 0.01 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.30 0.36 0.65 0.53
C5' 0.04 0.20 0.06 0.01 0.01 0.01 0.10 0.00 0.03 0.31 0.10 0.18 0.07 0.27 0.12 0.05 0.05 0.02 0.00 0.07 0.03 0.00
C6 0.01 0.02 0.06 0.01 0.01 0.06 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.11 0.01 0.09 0.23 0.33 0.64 0.49
C8 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.11 0.01 0.31 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.19 0.05 0.05 0.50 0.49 0.70 0.66
N1 0.03 0.00 0.09 0.02 0.01 0.12 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.21 0.05 0.13 0.12 0.17 0.51 0.35
N3 0.02 0.00 0.09 0.01 0.01 0.18 0.02 0.18 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.24 0.05 0.16 0.03 0.05 0.28 0.17
N6 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.08 0.27 0.44 0.73 0.57
N7 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.08 0.01 0.27 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.11 0.04 0.01 0.46 0.57 0.82 0.71
N9 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.29 0.19 0.41 0.38
O2' 0.01 0.25 0.00 0.01 0.11 0.00 0.04 0.05 0.11 0.19 0.21 0.24 0.05 0.11 0.03 0.00 0.00 0.00 0.10 0.28 0.17 0.09
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.01 0.04 0.03 0.00 0.00 0.06 0.04 0.55 0.34 0.28
O4' 0.00 0.17 0.02 0.00 0.10 0.00 0.06 0.02 0.09 0.05 0.13 0.16 0.08 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.03 0.09 0.02 0.07
O5' 0.16 0.02 0.11 0.02 0.18 0.01 0.30 0.00 0.23 0.50 0.12 0.03 0.27 0.46 0.29 0.10 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.06 0.01 0.20 0.43 0.15 0.22 0.36 0.07 0.33 0.49 0.17 0.05 0.44 0.57 0.19 0.28 0.55 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.35 0.12 0.31 0.43 0.10 0.65 0.03 0.64 0.70 0.51 0.28 0.73 0.82 0.41 0.17 0.34 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.20 0.05 0.24 0.34 0.06 0.53 0.00 0.49 0.66 0.35 0.17 0.57 0.71 0.38 0.09 0.28 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00