ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52151

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 23, 23, 8, 4, 5, 0, 0, 0, 2, 14, 30, 9, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.008, 0.017, 0.027, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.006, 0.023, 0.041, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.010, 0.030, 0.050, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.030 std_dev=0.020
N2 A 0, 0.011, 0.032, 0.053, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.032 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.011, 0.033, 0.056, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.033 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.011, 0.045, 0.080, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.045 std_dev=0.035
C5 A 0, 0.010, 0.049, 0.088, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.049 std_dev=0.039
C4 A 0, 0.010, 0.055, 0.099, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.055 std_dev=0.044
O6 A 0, 0.021, 0.074, 0.127, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.074 std_dev=0.053
N9 A 0, 0.013, 0.070, 0.126, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.070 std_dev=0.057
N7 A 0, 0.019, 0.110, 0.202, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.110 std_dev=0.091
C8 A 0, 0.023, 0.131, 0.240, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.131 std_dev=0.108
C3' B 0, 0.210, 0.513, 0.816, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.513 std_dev=0.303
C2' B 0, 0.196, 0.652, 1.108, 1.517 max_d=1.517 avg_d=0.652 std_dev=0.456
O2' B 0, 0.208, 0.666, 1.124, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.666 std_dev=0.458
O2 B 0, 2.714, 3.764, 4.813, 4.569 max_d=4.569 avg_d=3.764 std_dev=1.049
O4' A 0, 0.056, 1.197, 2.339, 2.486 max_d=2.486 avg_d=1.197 std_dev=1.142
C2' A 0, 0.066, 1.374, 2.683, 2.808 max_d=2.808 avg_d=1.374 std_dev=1.308
C1' B 0, 0.251, 1.652, 3.053, 3.513 max_d=3.513 avg_d=1.652 std_dev=1.401
C4' A 0, 0.110, 1.547, 2.983, 3.191 max_d=3.191 avg_d=1.547 std_dev=1.436
O3' B 0, 0.188, 1.643, 3.097, 3.591 max_d=3.591 avg_d=1.643 std_dev=1.454
C4' B 0, 0.214, 1.810, 3.406, 3.916 max_d=3.916 avg_d=1.810 std_dev=1.596
C3' A 0, 0.136, 1.852, 3.567, 3.714 max_d=3.714 avg_d=1.852 std_dev=1.715
O2' A 0, 0.179, 2.116, 4.053, 4.247 max_d=4.247 avg_d=2.116 std_dev=1.937
O3' A 0, 0.229, 2.171, 4.113, 4.298 max_d=4.298 avg_d=2.171 std_dev=1.942
C2 B 0, 1.465, 3.578, 5.692, 6.011 max_d=6.011 avg_d=3.578 std_dev=2.113
C5' B 0, 0.231, 2.358, 4.486, 5.039 max_d=5.039 avg_d=2.358 std_dev=2.128
O4' B 0, 0.204, 2.385, 4.566, 5.104 max_d=5.104 avg_d=2.385 std_dev=2.181
O5' B 0, 0.188, 2.462, 4.737, 5.464 max_d=5.464 avg_d=2.462 std_dev=2.275
N1 B 0, 0.315, 2.764, 5.212, 5.694 max_d=5.694 avg_d=2.764 std_dev=2.448
C6 B 0, 2.196, 4.726, 7.256, 7.678 max_d=7.678 avg_d=4.726 std_dev=2.530
OP1 B 0, 0.375, 3.112, 5.850, 6.712 max_d=6.712 avg_d=3.112 std_dev=2.737
C5' A 0, 0.085, 2.947, 5.809, 6.165 max_d=6.165 avg_d=2.947 std_dev=2.862
P B 0, 0.237, 3.560, 6.883, 7.755 max_d=7.755 avg_d=3.560 std_dev=3.323
N3 B 0, 1.208, 4.595, 7.983, 8.471 max_d=8.471 avg_d=4.595 std_dev=3.387
O5' A 0, 0.024, 3.529, 7.034, 7.369 max_d=7.369 avg_d=3.529 std_dev=3.505
C5 B 0, 2.351, 5.945, 9.539, 10.010 max_d=10.010 avg_d=5.945 std_dev=3.594
OP2 B 0, 0.200, 4.335, 8.470, 9.391 max_d=9.391 avg_d=4.335 std_dev=4.135
C4 B 0, 0.407, 5.102, 9.797, 10.370 max_d=10.370 avg_d=5.102 std_dev=4.695
P A 0, -0.070, 4.891, 9.852, 10.339 max_d=10.339 avg_d=4.891 std_dev=4.961
OP2 A 0, -0.047, 5.216, 10.480, 11.082 max_d=11.082 avg_d=5.216 std_dev=5.263
OP1 A 0, -0.047, 5.742, 11.532, 12.088 max_d=12.088 avg_d=5.742 std_dev=5.789
N4 B 0, 0.438, 6.290, 12.141, 12.845 max_d=12.845 avg_d=6.290 std_dev=5.852

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.32 0.00 0.30 0.02 0.26 0.51 0.33
C2 0.03 0.00 0.37 1.09 0.01 0.89 0.01 1.33 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.31 0.68 0.53 1.79 0.01 1.96 2.14 1.94
C2' 0.00 0.37 0.00 0.00 0.21 0.02 0.14 0.25 0.22 0.15 0.32 0.42 0.35 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.59 0.20 0.58 0.83 0.64
C3' 0.01 1.09 0.00 0.00 0.63 0.00 0.51 0.03 0.71 0.26 0.96 1.25 1.00 0.24 0.22 0.01 0.01 0.05 0.07 0.66 0.11 0.10 0.08
C4 0.01 0.01 0.21 0.63 0.00 0.41 0.00 0.44 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.26 0.27 0.26 0.53 0.01 0.48 0.37 0.44
C4' 0.01 0.89 0.02 0.00 0.41 0.00 0.20 0.01 0.38 0.38 0.68 1.11 0.85 0.21 0.05 0.34 0.03 0.00 0.02 0.29 0.08 0.08 0.03
C5 0.01 0.01 0.14 0.51 0.00 0.20 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.29 0.24 0.08 0.11 0.01 0.12 0.31 0.16
C5' 0.12 1.33 0.25 0.03 0.44 0.01 0.09 0.00 0.40 0.81 0.95 1.80 1.20 0.58 0.17 0.10 0.23 0.02 0.01 0.22 0.10 0.03 0.01
C6 0.02 0.01 0.22 0.71 0.01 0.38 0.01 0.40 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.43 0.19 0.52 0.01 0.45 0.39 0.41
C8 0.01 0.01 0.15 0.26 0.00 0.38 0.00 0.81 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.24 0.26 0.28 1.17 0.02 1.36 1.77 1.45
N1 0.02 0.00 0.32 0.96 0.01 0.68 0.01 0.95 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.62 0.38 1.28 0.01 1.39 1.50 1.35
N2 0.04 0.00 0.42 1.25 0.01 1.11 0.01 1.80 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.83 0.64 2.44 0.01 2.89 3.24 2.84
N3 0.03 0.00 0.35 1.00 0.00 0.85 0.00 1.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.54 0.54 1.56 0.01 1.59 1.61 1.58
N7 0.01 0.01 0.05 0.24 0.00 0.21 0.00 0.58 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.29 0.15 0.17 0.84 0.02 1.13 1.51 1.19
N9 0.00 0.01 0.03 0.22 0.01 0.05 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.07 0.02 0.33 0.02 0.38 0.65 0.46
O2' 0.02 0.31 0.00 0.01 0.26 0.34 0.29 0.10 0.31 0.24 0.32 0.34 0.28 0.29 0.19 0.00 0.04 0.20 0.42 0.32 0.37 0.86 0.50
O3' 0.32 0.68 0.02 0.01 0.27 0.03 0.24 0.23 0.43 0.26 0.62 0.83 0.54 0.15 0.07 0.04 0.00 0.23 0.22 0.44 0.40 0.25 0.27
O4' 0.00 0.53 0.01 0.05 0.26 0.00 0.08 0.02 0.19 0.28 0.38 0.64 0.54 0.17 0.02 0.20 0.23 0.00 0.05 0.12 0.07 0.14 0.05
O5' 0.30 1.79 0.59 0.07 0.53 0.02 0.11 0.01 0.52 1.17 1.28 2.44 1.56 0.84 0.33 0.42 0.22 0.05 0.00 0.30 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.20 0.66 0.01 0.29 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.32 0.44 0.12 0.30 0.00 0.16 0.13 0.14
OP1 0.26 1.96 0.58 0.11 0.48 0.08 0.12 0.10 0.45 1.36 1.39 2.89 1.59 1.13 0.38 0.37 0.40 0.07 0.02 0.16 0.00 0.01 0.00
OP2 0.51 2.14 0.83 0.10 0.37 0.08 0.31 0.03 0.39 1.77 1.50 3.24 1.61 1.51 0.65 0.86 0.25 0.14 0.02 0.13 0.01 0.00 0.01
P 0.33 1.94 0.64 0.08 0.44 0.03 0.16 0.01 0.41 1.45 1.35 2.84 1.58 1.19 0.46 0.50 0.27 0.05 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.59 2.29 0.46 0.09 3.97 0.42 3.43 0.16 2.40 1.80 3.42 4.95 1.62 0.10 0.47 0.20 1.02 0.94 2.51 1.44
C2 0.43 1.64 0.37 0.13 2.94 0.35 2.72 0.13 2.02 1.44 2.43 3.40 0.90 0.14 0.10 0.10 0.72 0.64 1.66 0.94
C2' 0.46 2.22 0.36 0.22 3.95 0.60 3.34 0.31 2.26 1.67 3.41 5.02 1.58 0.21 0.61 0.29 0.93 0.89 2.49 1.38
C3' 0.54 1.28 0.51 0.82 3.08 1.24 2.61 0.91 1.57 0.89 2.44 4.16 0.57 0.87 1.15 0.88 0.50 0.55 1.88 0.87
C4 0.50 2.13 0.44 0.08 3.50 0.47 3.01 0.19 2.14 1.64 3.10 4.20 1.53 0.10 0.46 0.14 0.92 0.84 2.26 1.28
C4' 0.34 1.23 0.32 0.60 2.97 1.01 2.57 0.64 1.58 0.89 2.33 3.97 0.51 0.67 0.96 0.66 0.53 0.65 2.04 1.00
C5 0.44 2.13 0.46 0.10 3.16 0.58 2.64 0.27 1.88 1.52 2.97 3.73 1.75 0.10 0.64 0.17 0.92 0.84 2.34 1.30
C5' 0.77 0.60 0.68 0.87 2.25 1.25 1.93 0.76 1.04 0.36 1.63 3.18 0.22 1.03 1.22 0.99 0.40 0.68 1.96 0.94
C6 0.36 1.88 0.46 0.09 2.61 0.61 2.19 0.30 1.59 1.33 2.53 2.99 1.59 0.12 0.55 0.22 0.82 0.73 2.04 1.12
C8 0.51 2.33 0.46 0.13 3.59 0.58 2.98 0.27 2.07 1.66 3.33 4.38 1.95 0.10 0.79 0.18 1.03 0.98 2.69 1.51
N1 0.36 1.62 0.42 0.10 2.51 0.47 2.24 0.21 1.67 1.31 2.25 2.84 1.07 0.15 0.20 0.17 0.70 0.62 1.66 0.92
N2 0.37 1.20 0.29 0.20 2.55 0.23 2.63 0.10 2.01 1.25 1.89 2.94 0.57 0.17 0.28 0.10 0.59 0.53 1.29 0.74
N3 0.49 1.91 0.40 0.11 3.43 0.36 3.07 0.14 2.22 1.60 2.86 4.10 1.15 0.12 0.21 0.13 0.83 0.75 1.95 1.12
N7 0.45 2.24 0.46 0.16 3.24 0.64 2.66 0.32 1.86 1.53 3.12 3.89 2.00 0.11 0.86 0.20 1.00 0.94 2.64 1.46
N9 0.54 2.27 0.45 0.09 3.75 0.48 3.18 0.20 2.23 1.72 3.33 4.59 1.71 0.09 0.58 0.17 1.00 0.92 2.50 1.42
O2' 1.20 3.11 1.03 0.58 4.92 0.23 4.24 0.53 3.11 2.51 4.36 6.07 2.44 0.52 0.13 0.79 1.62 1.52 3.17 2.07
O3' 0.19 1.51 0.16 0.47 3.42 0.92 2.98 0.65 1.88 1.14 2.70 4.56 0.75 0.52 0.73 0.55 0.53 0.56 1.91 0.92
O4' 0.10 1.55 0.08 0.37 3.21 0.77 2.79 0.41 1.82 1.18 2.62 4.15 0.86 0.41 0.79 0.35 0.69 0.74 2.18 1.15
O5' 1.15 0.22 1.03 1.16 1.74 1.49 1.46 0.92 0.70 0.26 1.18 2.62 0.58 1.42 1.53 1.30 0.30 0.66 1.88 0.87
O6 0.26 1.71 0.47 0.13 2.08 0.75 1.67 0.42 1.21 1.07 2.17 2.38 1.72 0.15 0.72 0.35 0.78 0.70 2.02 1.08
OP1 1.63 0.63 1.41 1.40 0.85 1.67 0.82 0.99 0.58 0.82 0.31 1.62 1.32 1.74 1.74 1.62 0.20 0.76 1.82 0.85
OP2 1.81 0.86 1.57 1.52 0.52 1.73 0.64 0.99 0.73 1.03 0.31 1.20 1.52 1.94 1.87 1.72 0.16 0.79 1.82 0.85
P 1.51 0.47 1.32 1.34 1.00 1.61 0.90 0.94 0.52 0.67 0.50 1.77 1.16 1.68 1.71 1.52 0.20 0.75 1.85 0.87

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.38 0.01 0.08 0.09 0.13 0.09
C2 0.02 0.00 0.18 0.15 0.00 0.22 0.01 0.45 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.29 0.16 0.25 0.57 0.66 0.83 0.74
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.04 0.01 0.13 0.20 0.18 0.03 0.14 0.06 0.32 0.00 0.04 0.03 0.46 0.45 0.63 0.51
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.44 0.01 0.63 0.01 0.61 0.28 0.24 0.46 0.34 0.03 0.00 0.02 0.06 0.10 0.07 0.06
C4 0.02 0.00 0.04 0.44 0.00 0.23 0.00 0.33 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.53 0.11 0.06 0.55 0.61 0.70 0.57
C4' 0.01 0.22 0.01 0.01 0.23 0.00 0.50 0.01 0.53 0.13 0.11 0.26 0.57 0.36 0.02 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.13 0.63 0.00 0.50 0.00 0.83 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.50 0.18 0.26 1.24 1.40 1.64 1.41
C5' 0.05 0.45 0.20 0.01 0.33 0.01 0.83 0.00 0.85 0.15 0.26 0.38 1.08 0.14 0.23 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.18 0.61 0.00 0.53 0.00 0.85 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.38 0.13 0.33 1.22 1.28 1.44 1.31
N1 0.01 0.01 0.03 0.28 0.01 0.13 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.13 0.02 0.24 0.23 0.22 0.21
N3 0.02 0.00 0.14 0.24 0.00 0.11 0.00 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.44 0.08 0.16 0.31 0.42 0.55 0.48
N4 0.02 0.01 0.06 0.46 0.00 0.26 0.01 0.38 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.61 0.15 0.07 0.62 0.73 0.85 0.68
O2 0.03 0.01 0.32 0.34 0.01 0.57 0.01 1.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.30 0.50 1.45 1.63 1.96 1.76
O2' 0.02 0.29 0.00 0.03 0.53 0.36 0.50 0.14 0.38 0.27 0.44 0.61 0.13 0.00 0.05 0.25 0.32 0.31 0.70 0.40
O3' 0.38 0.16 0.04 0.00 0.11 0.02 0.18 0.23 0.13 0.13 0.08 0.15 0.30 0.05 0.00 0.22 0.21 0.39 0.23 0.26
O4' 0.01 0.25 0.03 0.02 0.06 0.01 0.26 0.01 0.33 0.02 0.16 0.07 0.50 0.25 0.22 0.00 0.07 0.07 0.08 0.07
O5' 0.08 0.57 0.46 0.06 0.55 0.01 1.24 0.01 1.22 0.24 0.31 0.62 1.45 0.32 0.21 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.09 0.66 0.45 0.10 0.61 0.06 1.40 0.06 1.28 0.23 0.42 0.73 1.63 0.31 0.39 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.83 0.63 0.07 0.70 0.03 1.64 0.01 1.44 0.22 0.55 0.85 1.96 0.70 0.23 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.74 0.51 0.06 0.57 0.01 1.41 0.01 1.31 0.21 0.48 0.68 1.76 0.40 0.26 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00