ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52152

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 39, 18, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.021, 0.029, 0.037, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.025, 0.038, 0.052, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.038 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.019, 0.036, 0.054, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.036 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.043, 0.061, 0.079, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.061 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.010, 0.028, 0.046, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.028 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.045, 0.065, 0.085, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.065 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.069, 0.093, 0.116, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.093 std_dev=0.023
O6 A 0, 0.077, 0.108, 0.139, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.108 std_dev=0.031
N2 A 0, 0.032, 0.066, 0.099, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.066 std_dev=0.034
N7 A 0, 0.104, 0.143, 0.183, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.143 std_dev=0.040
C8 A 0, 0.116, 0.161, 0.205, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.161 std_dev=0.044
O2' B 0, 0.741, 0.911, 1.081, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.911 std_dev=0.170
C2' A 0, 0.676, 0.855, 1.034, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.855 std_dev=0.179
C2' B 0, 0.660, 0.847, 1.033, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.847 std_dev=0.186
O2' A 0, 0.840, 1.029, 1.219, 1.681 max_d=1.681 avg_d=1.029 std_dev=0.190
O4' A 0, 0.721, 0.944, 1.168, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.944 std_dev=0.224
C3' B 0, 0.306, 0.587, 0.868, 1.506 max_d=1.506 avg_d=0.587 std_dev=0.281
C3' A 0, 1.828, 2.230, 2.633, 2.578 max_d=2.578 avg_d=2.230 std_dev=0.403
C4' A 0, 1.792, 2.219, 2.646, 2.740 max_d=2.740 avg_d=2.219 std_dev=0.427
C1' B 0, 1.849, 2.279, 2.709, 3.245 max_d=3.245 avg_d=2.279 std_dev=0.430
O3' B 0, 1.874, 2.305, 2.736, 2.886 max_d=2.886 avg_d=2.305 std_dev=0.431
C4' B 0, 2.384, 2.858, 3.332, 3.893 max_d=3.893 avg_d=2.858 std_dev=0.474
C2 B 0, 2.208, 2.713, 3.218, 3.517 max_d=3.517 avg_d=2.713 std_dev=0.505
O2 B 0, 0.635, 1.185, 1.735, 3.953 max_d=3.953 avg_d=1.185 std_dev=0.550
N1 B 0, 2.901, 3.478, 4.055, 4.411 max_d=4.411 avg_d=3.478 std_dev=0.577
O4' B 0, 3.296, 3.908, 4.520, 5.028 max_d=5.028 avg_d=3.908 std_dev=0.612
O3' A 0, 2.637, 3.258, 3.879, 3.887 max_d=3.887 avg_d=3.258 std_dev=0.621
C5' A 0, 2.777, 3.401, 4.026, 4.462 max_d=4.462 avg_d=3.401 std_dev=0.625
C5' B 0, 3.949, 4.608, 5.267, 5.702 max_d=5.702 avg_d=4.608 std_dev=0.659
N3 B 0, 3.538, 4.209, 4.879, 5.181 max_d=5.181 avg_d=4.209 std_dev=0.670
O5' B 0, 4.028, 4.813, 5.598, 6.581 max_d=6.581 avg_d=4.813 std_dev=0.785
O5' A 0, 4.435, 5.243, 6.051, 5.956 max_d=5.956 avg_d=5.243 std_dev=0.808
OP2 A 0, 4.675, 5.508, 6.342, 6.463 max_d=6.463 avg_d=5.508 std_dev=0.834
C6 B 0, 4.731, 5.661, 6.591, 6.646 max_d=6.646 avg_d=5.661 std_dev=0.930
P A 0, 5.088, 6.026, 6.964, 7.153 max_d=7.153 avg_d=6.026 std_dev=0.938
C4 B 0, 5.458, 6.433, 7.407, 7.391 max_d=7.391 avg_d=6.433 std_dev=0.975
OP1 B 0, 5.033, 6.044, 7.056, 8.407 max_d=8.407 avg_d=6.044 std_dev=1.011
P B 0, 5.876, 6.888, 7.900, 8.886 max_d=8.886 avg_d=6.888 std_dev=1.012
C5 B 0, 6.079, 7.206, 8.333, 8.122 max_d=8.122 avg_d=7.206 std_dev=1.127
OP2 B 0, 7.150, 8.305, 9.460, 10.242 max_d=10.242 avg_d=8.305 std_dev=1.155
OP1 A 0, 6.047, 7.216, 8.385, 8.772 max_d=8.772 avg_d=7.216 std_dev=1.169
N4 B 0, 6.819, 8.009, 9.199, 9.244 max_d=9.244 avg_d=8.009 std_dev=1.190

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.04 0.07 0.05 0.02 0.00 0.02 0.11 0.00 0.19 0.02 0.18 0.22 0.20
C2 0.05 0.00 0.22 0.19 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.19 0.09 0.32 0.02 0.32 0.42 0.36
C2' 0.00 0.22 0.00 0.01 0.11 0.01 0.07 0.09 0.11 0.09 0.18 0.26 0.21 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.29 0.10 0.27 0.32 0.29
C3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.15 0.00 0.17 0.03 0.19 0.15 0.20 0.21 0.17 0.17 0.10 0.02 0.01 0.02 0.25 0.21 0.22 0.11 0.19
C4 0.02 0.01 0.11 0.15 0.00 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.10 0.05 0.32 0.02 0.32 0.40 0.37
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.12 0.06 0.10 0.07 0.12 0.05 0.14 0.02 0.00 0.02 0.10 0.07 0.16 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.17 0.01 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.11 0.03 0.37 0.01 0.39 0.49 0.43
C5' 0.05 0.12 0.09 0.03 0.13 0.01 0.18 0.00 0.19 0.19 0.15 0.12 0.11 0.21 0.11 0.07 0.09 0.02 0.01 0.22 0.15 0.29 0.01
C6 0.02 0.01 0.11 0.19 0.01 0.08 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.13 0.15 0.05 0.37 0.01 0.41 0.52 0.45
C8 0.02 0.01 0.09 0.15 0.00 0.12 0.01 0.19 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.12 0.07 0.36 0.02 0.38 0.44 0.41
N1 0.04 0.01 0.18 0.20 0.01 0.06 0.01 0.15 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.16 0.17 0.07 0.35 0.02 0.37 0.47 0.41
N2 0.07 0.01 0.26 0.21 0.01 0.10 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.26 0.24 0.12 0.31 0.03 0.31 0.40 0.36
N3 0.05 0.01 0.21 0.17 0.00 0.07 0.01 0.11 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.17 0.17 0.09 0.30 0.02 0.29 0.37 0.33
N7 0.02 0.01 0.05 0.17 0.01 0.12 0.00 0.21 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.17 0.13 0.05 0.39 0.02 0.43 0.52 0.46
N9 0.00 0.01 0.02 0.10 0.01 0.05 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.09 0.04 0.01 0.30 0.02 0.30 0.35 0.33
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.09 0.14 0.12 0.07 0.13 0.17 0.16 0.26 0.17 0.17 0.09 0.00 0.03 0.09 0.16 0.15 0.18 0.32 0.19
O3' 0.11 0.19 0.02 0.01 0.10 0.02 0.11 0.09 0.15 0.12 0.17 0.24 0.17 0.13 0.04 0.03 0.00 0.09 0.21 0.16 0.23 0.18 0.17
O4' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.02 0.05 0.07 0.07 0.12 0.09 0.05 0.01 0.09 0.09 0.00 0.09 0.05 0.12 0.11 0.11
O5' 0.19 0.32 0.29 0.25 0.32 0.02 0.37 0.01 0.37 0.36 0.35 0.31 0.30 0.39 0.30 0.16 0.21 0.09 0.00 0.39 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.10 0.21 0.02 0.10 0.01 0.22 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.15 0.16 0.05 0.39 0.00 0.45 0.56 0.48
OP1 0.18 0.32 0.27 0.22 0.32 0.07 0.39 0.15 0.41 0.38 0.37 0.31 0.29 0.43 0.30 0.18 0.23 0.12 0.01 0.45 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.42 0.32 0.11 0.40 0.16 0.49 0.29 0.52 0.44 0.47 0.40 0.37 0.52 0.35 0.32 0.18 0.11 0.02 0.56 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.36 0.29 0.19 0.37 0.02 0.43 0.01 0.45 0.41 0.41 0.36 0.33 0.46 0.33 0.19 0.17 0.11 0.01 0.48 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.25 0.10 0.10 0.21 0.14 0.25 0.26 0.22 0.19 0.25 0.22 0.31 0.12 0.17 0.16 0.43 0.23 0.16 0.20
C2 0.20 0.14 0.11 0.12 0.18 0.15 0.26 0.25 0.24 0.16 0.10 0.22 0.25 0.12 0.19 0.17 0.30 0.34 0.24 0.11
C2' 0.37 0.44 0.24 0.25 0.37 0.30 0.38 0.37 0.36 0.37 0.44 0.38 0.51 0.25 0.35 0.34 0.39 0.21 0.17 0.22
C3' 0.47 0.58 0.33 0.33 0.56 0.42 0.50 0.50 0.47 0.49 0.62 0.60 0.62 0.29 0.39 0.46 0.42 0.36 0.31 0.33
C4 0.17 0.21 0.10 0.09 0.19 0.12 0.28 0.24 0.26 0.18 0.22 0.19 0.28 0.12 0.14 0.13 0.40 0.26 0.15 0.15
C4' 0.30 0.42 0.16 0.16 0.44 0.25 0.39 0.35 0.34 0.34 0.47 0.50 0.46 0.14 0.20 0.30 0.45 0.33 0.28 0.31
C5 0.16 0.24 0.10 0.10 0.30 0.12 0.42 0.24 0.37 0.21 0.27 0.30 0.33 0.12 0.11 0.13 0.41 0.27 0.16 0.16
C5' 0.33 0.46 0.22 0.22 0.55 0.30 0.52 0.37 0.44 0.40 0.54 0.65 0.48 0.19 0.22 0.36 0.58 0.47 0.43 0.47
C6 0.15 0.21 0.10 0.10 0.24 0.12 0.39 0.24 0.38 0.20 0.22 0.23 0.34 0.12 0.11 0.11 0.36 0.31 0.21 0.13
C8 0.18 0.27 0.10 0.11 0.38 0.14 0.46 0.25 0.38 0.24 0.33 0.44 0.34 0.12 0.11 0.16 0.47 0.28 0.21 0.25
N1 0.17 0.12 0.10 0.10 0.11 0.12 0.23 0.24 0.26 0.15 0.11 0.12 0.22 0.13 0.14 0.13 0.29 0.35 0.27 0.13
N2 0.23 0.19 0.13 0.17 0.32 0.20 0.40 0.26 0.34 0.21 0.20 0.37 0.34 0.14 0.25 0.24 0.26 0.40 0.29 0.16
N3 0.19 0.18 0.11 0.11 0.16 0.14 0.25 0.25 0.21 0.16 0.13 0.21 0.29 0.12 0.19 0.16 0.35 0.28 0.17 0.11
N7 0.18 0.28 0.11 0.12 0.41 0.15 0.54 0.25 0.45 0.26 0.34 0.47 0.38 0.12 0.11 0.17 0.46 0.29 0.20 0.24
N9 0.18 0.24 0.10 0.09 0.26 0.13 0.32 0.25 0.28 0.20 0.27 0.28 0.30 0.12 0.14 0.14 0.44 0.25 0.16 0.20
O2' 0.26 0.29 0.18 0.19 0.21 0.22 0.26 0.29 0.21 0.22 0.25 0.30 0.41 0.20 0.30 0.24 0.49 0.22 0.29 0.34
O3' 0.45 0.59 0.30 0.32 0.49 0.41 0.38 0.50 0.36 0.46 0.62 0.53 0.69 0.28 0.41 0.45 0.38 0.31 0.29 0.30
O4' 0.17 0.27 0.08 0.08 0.29 0.12 0.27 0.25 0.23 0.20 0.32 0.34 0.32 0.12 0.12 0.15 0.45 0.28 0.20 0.24
O5' 0.42 0.48 0.37 0.37 0.62 0.40 0.65 0.50 0.57 0.46 0.55 0.73 0.48 0.38 0.37 0.41 0.64 0.40 0.49 0.50
O6 0.15 0.25 0.11 0.13 0.30 0.14 0.49 0.24 0.47 0.22 0.25 0.30 0.44 0.13 0.12 0.15 0.35 0.33 0.27 0.16
OP1 0.42 0.51 0.39 0.40 0.68 0.42 0.70 0.53 0.60 0.48 0.61 0.82 0.54 0.39 0.38 0.43 0.72 0.55 0.63 0.63
OP2 0.41 0.45 0.48 0.49 0.61 0.43 0.68 0.53 0.58 0.43 0.52 0.76 0.53 0.52 0.48 0.39 0.76 0.61 0.67 0.66
P 0.39 0.45 0.41 0.42 0.61 0.40 0.66 0.49 0.56 0.43 0.53 0.75 0.49 0.45 0.42 0.38 0.71 0.50 0.58 0.58

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.10 0.01 0.01 0.03 0.03 0.06 0.01 0.06 0.00 0.26 0.15 0.30 0.11
C2 0.03 0.00 0.13 0.09 0.02 0.08 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.16 0.08 0.08 0.49 0.29 0.38 0.39
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.03 0.02 0.10 0.12 0.13 0.02 0.10 0.03 0.25 0.00 0.02 0.02 0.17 0.34 0.42 0.21
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.04 0.00 0.10 0.02 0.12 0.03 0.07 0.04 0.19 0.02 0.01 0.01 0.08 0.36 0.42 0.26
C4 0.03 0.02 0.03 0.04 0.00 0.09 0.01 0.30 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.09 0.07 0.04 0.41 0.27 0.36 0.32
C4' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.09 0.00 0.15 0.01 0.16 0.05 0.07 0.09 0.18 0.02 0.02 0.01 0.01 0.15 0.32 0.08
C5 0.02 0.01 0.10 0.10 0.01 0.15 0.00 0.42 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.10 0.07 0.08 0.43 0.42 0.57 0.42
C5' 0.10 0.22 0.12 0.02 0.30 0.01 0.42 0.00 0.41 0.22 0.23 0.32 0.34 0.11 0.05 0.02 0.01 0.24 0.34 0.01
C6 0.01 0.01 0.13 0.12 0.01 0.16 0.01 0.41 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.11 0.07 0.10 0.42 0.41 0.57 0.40
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.22 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.06 0.02 0.35 0.17 0.30 0.19
N3 0.03 0.01 0.10 0.07 0.01 0.07 0.01 0.23 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.14 0.08 0.06 0.48 0.29 0.38 0.39
N4 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.09 0.01 0.32 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.10 0.07 0.05 0.42 0.31 0.39 0.35
O2 0.06 0.01 0.25 0.19 0.02 0.18 0.02 0.34 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.29 0.13 0.14 0.68 0.55 0.66 0.66
O2' 0.01 0.16 0.00 0.02 0.09 0.02 0.10 0.11 0.11 0.05 0.14 0.10 0.29 0.00 0.05 0.01 0.14 0.51 0.48 0.30
O3' 0.06 0.08 0.02 0.01 0.07 0.02 0.07 0.05 0.07 0.06 0.08 0.07 0.13 0.05 0.00 0.09 0.11 0.41 0.42 0.26
O4' 0.00 0.08 0.02 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.10 0.02 0.06 0.05 0.14 0.01 0.09 0.00 0.28 0.17 0.22 0.19
O5' 0.26 0.49 0.17 0.08 0.41 0.01 0.43 0.01 0.42 0.35 0.48 0.42 0.68 0.14 0.11 0.28 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.15 0.29 0.34 0.36 0.27 0.15 0.42 0.24 0.41 0.17 0.29 0.31 0.55 0.51 0.41 0.17 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.38 0.42 0.42 0.36 0.32 0.57 0.34 0.57 0.30 0.38 0.39 0.66 0.48 0.42 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.39 0.21 0.26 0.32 0.08 0.42 0.01 0.40 0.19 0.39 0.35 0.66 0.30 0.26 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00