ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52153

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C8 A 0, 0.008, 0.015, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.011, 0.024, 0.036, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.024 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.012, 0.027, 0.042, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.027 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.009, 0.035, 0.061, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.035 std_dev=0.026
O6 A 0, 0.009, 0.037, 0.066, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.037 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.044, 0.205, 0.366, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.205 std_dev=0.161
C4' A 0, 0.056, 0.223, 0.391, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.223 std_dev=0.168
O3' A 0, 0.248, 0.426, 0.604, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.426 std_dev=0.178
C1' B 0, 0.045, 0.229, 0.412, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.229 std_dev=0.184
C2' A 0, -0.052, 0.139, 0.330, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.139 std_dev=0.191
C3' A 0, -0.027, 0.181, 0.389, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.181 std_dev=0.208
O4' B 0, 0.093, 0.308, 0.523, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.308 std_dev=0.215
O2' B 0, -0.003, 0.274, 0.552, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.274 std_dev=0.277
O2' A 0, 0.060, 0.345, 0.631, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.345 std_dev=0.285
C2' B 0, -0.017, 0.292, 0.601, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.292 std_dev=0.309
O2 B 0, -0.012, 0.302, 0.616, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.302 std_dev=0.314
C4' B 0, 0.053, 0.367, 0.681, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.367 std_dev=0.314
N1 B 0, -0.079, 0.239, 0.558, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.239 std_dev=0.318
O3' B 0, -0.047, 0.295, 0.637, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.295 std_dev=0.342
C5' A 0, 0.004, 0.348, 0.691, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.348 std_dev=0.344
C3' B 0, -0.018, 0.343, 0.704, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.343 std_dev=0.361
C2 B 0, -0.103, 0.263, 0.629, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.263 std_dev=0.366
P A 0, -0.095, 0.291, 0.678, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.291 std_dev=0.387
O5' A 0, 0.245, 0.632, 1.019, 1.567 max_d=1.567 avg_d=0.632 std_dev=0.387
OP2 A 0, 0.135, 0.547, 0.960, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.547 std_dev=0.412
OP1 A 0, 0.048, 0.481, 0.914, 1.706 max_d=1.706 avg_d=0.481 std_dev=0.433
C6 B 0, -0.091, 0.377, 0.844, 1.743 max_d=1.743 avg_d=0.377 std_dev=0.468
C5' B 0, 0.009, 0.497, 0.985, 1.828 max_d=1.828 avg_d=0.497 std_dev=0.488
O5' B 0, 0.124, 0.668, 1.212, 2.164 max_d=2.164 avg_d=0.668 std_dev=0.544
N3 B 0, -0.211, 0.345, 0.901, 1.995 max_d=1.995 avg_d=0.345 std_dev=0.556
C5 B 0, -0.209, 0.415, 1.039, 2.263 max_d=2.263 avg_d=0.415 std_dev=0.624
C4 B 0, -0.317, 0.355, 1.027, 2.353 max_d=2.353 avg_d=0.355 std_dev=0.672
P B 0, -0.144, 0.597, 1.339, 2.746 max_d=2.746 avg_d=0.597 std_dev=0.741
OP1 B 0, -0.119, 0.679, 1.476, 2.983 max_d=2.983 avg_d=0.679 std_dev=0.798
OP2 B 0, -0.144, 0.657, 1.458, 2.983 max_d=2.983 avg_d=0.657 std_dev=0.801
N4 B 0, -0.407, 0.445, 1.298, 2.983 max_d=2.983 avg_d=0.445 std_dev=0.852

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.10 0.03 0.24 0.29 0.12
C2 0.02 0.00 0.15 0.12 0.01 0.08 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.07 0.11 0.19 0.01 0.20 0.50 0.19
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.09 0.02 0.05 0.09 0.08 0.07 0.12 0.18 0.15 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.07 0.14 0.41 0.06
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.02 0.06 0.05 0.10 0.16 0.12 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.21 0.29 0.05
C4 0.01 0.01 0.09 0.06 0.00 0.05 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.03 0.05 0.15 0.02 0.07 0.44 0.10
C4' 0.02 0.08 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.07 0.09 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.27 0.18 0.12
C5 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.04 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.03 0.15 0.02 0.08 0.47 0.13
C5' 0.04 0.24 0.09 0.02 0.18 0.00 0.17 0.00 0.20 0.10 0.23 0.26 0.22 0.13 0.11 0.08 0.03 0.02 0.01 0.20 0.16 0.24 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.06 0.01 0.05 0.01 0.20 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.03 0.05 0.17 0.01 0.15 0.50 0.18
C8 0.01 0.01 0.07 0.05 0.01 0.01 0.01 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.07 0.03 0.12 0.03 0.13 0.40 0.08
N1 0.02 0.00 0.12 0.10 0.01 0.07 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.05 0.08 0.18 0.01 0.21 0.50 0.20
N2 0.03 0.00 0.18 0.16 0.01 0.09 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.11 0.13 0.21 0.02 0.29 0.49 0.23
N3 0.02 0.00 0.15 0.12 0.00 0.07 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.07 0.11 0.18 0.01 0.11 0.46 0.12
N7 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.06 0.02 0.14 0.03 0.08 0.45 0.10
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.12 0.03 0.13 0.38 0.08
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.08 0.01 0.06 0.08 0.09 0.13 0.13 0.20 0.14 0.09 0.04 0.00 0.05 0.01 0.08 0.09 0.16 0.42 0.06
O3' 0.03 0.07 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.07 0.05 0.11 0.07 0.06 0.03 0.05 0.00 0.05 0.04 0.04 0.33 0.19 0.13
O4' 0.00 0.11 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.02 0.05 0.03 0.08 0.13 0.11 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.10 0.04 0.28 0.21 0.19
O5' 0.10 0.19 0.08 0.02 0.15 0.03 0.15 0.01 0.17 0.12 0.18 0.21 0.18 0.14 0.12 0.08 0.04 0.10 0.00 0.16 0.02 0.03 0.01
O6 0.03 0.01 0.07 0.06 0.02 0.05 0.02 0.20 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.09 0.04 0.04 0.16 0.00 0.16 0.50 0.19
OP1 0.24 0.20 0.14 0.21 0.07 0.27 0.08 0.16 0.15 0.13 0.21 0.29 0.11 0.08 0.13 0.16 0.33 0.28 0.02 0.16 0.00 0.01 0.00
OP2 0.29 0.50 0.41 0.29 0.44 0.18 0.47 0.24 0.50 0.40 0.50 0.49 0.46 0.45 0.38 0.42 0.19 0.21 0.03 0.50 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.19 0.06 0.05 0.10 0.12 0.13 0.02 0.18 0.08 0.20 0.23 0.12 0.10 0.08 0.06 0.13 0.19 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.20 0.14 0.09 0.47 0.10 0.50 0.17 0.41 0.26 0.32 0.56 0.04 0.13 0.06 0.16 0.25 0.20 0.30 0.26
C2 0.16 0.08 0.22 0.20 0.17 0.18 0.32 0.24 0.32 0.17 0.08 0.16 0.26 0.23 0.18 0.16 0.30 0.27 0.31 0.30
C2' 0.05 0.10 0.06 0.05 0.37 0.04 0.38 0.07 0.28 0.15 0.23 0.47 0.09 0.11 0.08 0.07 0.13 0.12 0.21 0.16
C3' 0.08 0.11 0.09 0.05 0.40 0.05 0.43 0.13 0.33 0.18 0.23 0.51 0.09 0.10 0.05 0.09 0.20 0.17 0.28 0.23
C4 0.15 0.14 0.13 0.09 0.34 0.10 0.39 0.15 0.34 0.22 0.22 0.38 0.09 0.12 0.07 0.15 0.22 0.16 0.23 0.21
C4' 0.16 0.15 0.16 0.11 0.45 0.13 0.52 0.22 0.42 0.25 0.26 0.56 0.08 0.13 0.08 0.17 0.30 0.26 0.37 0.33
C5 0.13 0.14 0.06 0.04 0.29 0.06 0.31 0.09 0.27 0.19 0.21 0.31 0.07 0.06 0.06 0.13 0.14 0.09 0.14 0.11
C5' 0.10 0.07 0.07 0.06 0.36 0.09 0.44 0.17 0.33 0.16 0.14 0.48 0.22 0.04 0.11 0.12 0.23 0.20 0.30 0.27
C6 0.12 0.08 0.05 0.06 0.17 0.07 0.22 0.09 0.21 0.14 0.10 0.18 0.11 0.06 0.07 0.12 0.13 0.08 0.11 0.09
C8 0.13 0.22 0.04 0.04 0.40 0.06 0.39 0.07 0.31 0.22 0.32 0.47 0.09 0.06 0.09 0.13 0.13 0.09 0.15 0.11
N1 0.13 0.08 0.16 0.16 0.11 0.14 0.21 0.18 0.23 0.12 0.08 0.10 0.24 0.17 0.16 0.13 0.22 0.17 0.19 0.19
N2 0.18 0.17 0.29 0.28 0.08 0.24 0.30 0.32 0.32 0.15 0.22 0.09 0.34 0.30 0.25 0.19 0.39 0.39 0.42 0.41
N3 0.16 0.08 0.19 0.17 0.30 0.15 0.41 0.22 0.36 0.21 0.13 0.32 0.18 0.19 0.13 0.16 0.29 0.26 0.32 0.30
N7 0.11 0.19 0.03 0.06 0.33 0.06 0.32 0.05 0.26 0.19 0.28 0.38 0.10 0.07 0.10 0.12 0.10 0.10 0.12 0.07
N9 0.15 0.19 0.11 0.06 0.42 0.08 0.44 0.13 0.36 0.24 0.30 0.48 0.05 0.10 0.05 0.15 0.20 0.14 0.23 0.20
O2' 0.08 0.08 0.09 0.12 0.29 0.13 0.29 0.09 0.19 0.09 0.19 0.40 0.13 0.14 0.14 0.10 0.08 0.12 0.17 0.11
O3' 0.09 0.11 0.11 0.06 0.40 0.05 0.44 0.12 0.34 0.18 0.24 0.51 0.08 0.12 0.05 0.09 0.20 0.18 0.29 0.24
O4' 0.28 0.29 0.27 0.21 0.59 0.23 0.65 0.32 0.55 0.38 0.41 0.68 0.09 0.23 0.15 0.28 0.41 0.35 0.46 0.42
O5' 0.38 0.32 0.37 0.35 0.60 0.38 0.71 0.48 0.62 0.44 0.38 0.68 0.21 0.32 0.30 0.40 0.54 0.50 0.57 0.56
O6 0.11 0.08 0.08 0.06 0.13 0.07 0.16 0.06 0.16 0.12 0.10 0.14 0.08 0.13 0.07 0.11 0.11 0.12 0.14 0.10
OP1 0.15 0.26 0.17 0.16 0.20 0.15 0.25 0.17 0.20 0.16 0.27 0.23 0.38 0.17 0.12 0.15 0.20 0.22 0.31 0.26
OP2 0.30 0.52 0.23 0.24 0.22 0.24 0.08 0.12 0.08 0.29 0.51 0.19 0.72 0.27 0.28 0.27 0.10 0.16 0.25 0.18
P 0.06 0.18 0.10 0.10 0.11 0.08 0.26 0.14 0.21 0.06 0.16 0.16 0.35 0.12 0.07 0.06 0.20 0.21 0.30 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.07 0.00 0.02 0.06 0.11 0.04
C2 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.06 0.07 0.04 0.07 0.11 0.04
C2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.04 0.09 0.02 0.03 0.03 0.10 0.00 0.03 0.01 0.10 0.08 0.12 0.07
C3' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.01 0.01 0.08 0.08 0.12 0.06
C4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.08 0.03 0.07 0.08 0.10 0.07
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.07 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.09 0.04 0.09 0.08 0.08 0.07
C5' 0.02 0.07 0.04 0.01 0.08 0.00 0.08 0.00 0.07 0.05 0.08 0.08 0.08 0.04 0.03 0.02 0.00 0.07 0.03 0.02
C6 0.01 0.01 0.09 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.10 0.05 0.07 0.07 0.07 0.06
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.04 0.07 0.10 0.04
N3 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.07 0.06 0.05 0.07 0.10 0.05
N4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.03 0.09 0.09 0.11 0.08
O2 0.02 0.00 0.10 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.06 0.11 0.04 0.07 0.12 0.05
O2' 0.03 0.11 0.00 0.01 0.06 0.01 0.12 0.04 0.13 0.04 0.09 0.06 0.21 0.00 0.04 0.02 0.12 0.10 0.14 0.11
O3' 0.07 0.06 0.03 0.01 0.08 0.01 0.09 0.03 0.10 0.08 0.07 0.08 0.06 0.04 0.00 0.05 0.08 0.08 0.13 0.07
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.03 0.11 0.02 0.05 0.00 0.09 0.09 0.13 0.08
O5' 0.02 0.04 0.10 0.08 0.07 0.02 0.09 0.00 0.07 0.04 0.05 0.09 0.04 0.12 0.08 0.09 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08 0.06 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.10 0.08 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.11 0.12 0.12 0.10 0.07 0.08 0.03 0.07 0.10 0.10 0.11 0.12 0.14 0.13 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.04 0.07 0.06 0.07 0.02 0.07 0.02 0.06 0.04 0.05 0.08 0.05 0.11 0.07 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00