ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52154

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.006, 0.026, 0.046, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.026 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.002, 0.027, 0.052, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.027 std_dev=0.025
C2 A 0, 0.004, 0.035, 0.065, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.035 std_dev=0.031
N7 A 0, 0.007, 0.040, 0.072, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.040 std_dev=0.033
C4 A 0, 0.003, 0.037, 0.072, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.037 std_dev=0.035
C1' A 0, 0.008, 0.043, 0.078, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.043 std_dev=0.035
N3 A 0, 0.005, 0.041, 0.076, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.041 std_dev=0.036
O6 A 0, 0.009, 0.045, 0.080, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.045 std_dev=0.036
C8 A 0, 0.006, 0.045, 0.085, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.045 std_dev=0.039
N9 A 0, 0.002, 0.055, 0.108, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.055 std_dev=0.053
N2 A 0, -0.002, 0.086, 0.174, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.086 std_dev=0.088
O2' A 0, 0.065, 0.319, 0.573, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.319 std_dev=0.254
O2' B 0, 0.133, 0.410, 0.687, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.410 std_dev=0.277
O4' A 0, 0.008, 0.285, 0.562, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.285 std_dev=0.277
C2' A 0, 0.008, 0.315, 0.622, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.315 std_dev=0.307
O5' A 0, 0.084, 0.433, 0.782, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.433 std_dev=0.349
C2' B 0, 0.077, 0.430, 0.782, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.430 std_dev=0.352
P A 0, 0.104, 0.520, 0.935, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.520 std_dev=0.415
C4' A 0, 0.003, 0.500, 0.997, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.500 std_dev=0.497
C3' A 0, 0.003, 0.513, 1.024, 1.548 max_d=1.548 avg_d=0.513 std_dev=0.510
C3' B 0, 0.033, 0.584, 1.136, 1.686 max_d=1.686 avg_d=0.584 std_dev=0.552
C5' A 0, 0.042, 0.746, 1.449, 2.128 max_d=2.128 avg_d=0.746 std_dev=0.704
C1' B 0, -0.043, 0.665, 1.374, 2.135 max_d=2.135 avg_d=0.665 std_dev=0.709
O4' B 0, 0.026, 0.827, 1.627, 2.433 max_d=2.433 avg_d=0.827 std_dev=0.800
O3' A 0, 0.020, 0.832, 1.644, 2.438 max_d=2.438 avg_d=0.832 std_dev=0.812
OP2 A 0, 0.090, 0.924, 1.758, 2.454 max_d=2.454 avg_d=0.924 std_dev=0.834
C4' B 0, -0.090, 0.918, 1.925, 3.028 max_d=3.028 avg_d=0.918 std_dev=1.007
O3' B 0, -0.318, 0.700, 1.719, 2.949 max_d=2.949 avg_d=0.700 std_dev=1.018
OP1 A 0, -0.201, 0.851, 1.902, 2.961 max_d=2.961 avg_d=0.851 std_dev=1.051
N1 B 0, -0.495, 1.116, 2.728, 4.661 max_d=4.661 avg_d=1.116 std_dev=1.611
C5' B 0, -0.358, 1.396, 3.150, 5.177 max_d=5.177 avg_d=1.396 std_dev=1.754
C6 B 0, -0.786, 1.369, 3.523, 6.141 max_d=6.141 avg_d=1.369 std_dev=2.154
O5' B 0, -0.552, 1.608, 3.769, 6.296 max_d=6.296 avg_d=1.608 std_dev=2.161
O2 B 0, -0.756, 1.459, 3.675, 6.357 max_d=6.357 avg_d=1.459 std_dev=2.216
C2 B 0, -0.779, 1.440, 3.658, 6.346 max_d=6.346 avg_d=1.440 std_dev=2.219
P B 0, -1.097, 1.802, 4.701, 8.234 max_d=8.234 avg_d=1.802 std_dev=2.899
C5 B 0, -1.185, 1.809, 4.802, 8.461 max_d=8.461 avg_d=1.809 std_dev=2.994
OP2 B 0, -0.762, 2.236, 5.233, 8.762 max_d=8.762 avg_d=2.236 std_dev=2.997
N3 B 0, -1.193, 1.861, 4.914, 8.641 max_d=8.641 avg_d=1.861 std_dev=3.054
C4 B 0, -1.351, 2.003, 5.358, 9.461 max_d=9.461 avg_d=2.003 std_dev=3.355
OP1 B 0, -1.499, 1.864, 5.227, 9.359 max_d=9.359 avg_d=1.864 std_dev=3.363
N4 B 0, -1.731, 2.485, 6.700, 11.859 max_d=11.859 avg_d=2.485 std_dev=4.215

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.07 0.12 0.09 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.12 0.04 0.16 0.14 0.09
C2 0.08 0.00 0.28 0.31 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.22 0.37 0.06 0.15 0.02 0.28 0.21 0.10
C2' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.15 0.04 0.10 0.01 0.16 0.08 0.23 0.34 0.26 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.17 0.13 0.26 0.11 0.15
C3' 0.02 0.31 0.00 0.00 0.21 0.01 0.19 0.02 0.24 0.11 0.29 0.36 0.28 0.14 0.10 0.01 0.01 0.02 0.35 0.21 0.33 0.11 0.28
C4 0.04 0.01 0.15 0.21 0.00 0.03 0.01 0.07 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.08 0.23 0.06 0.12 0.03 0.30 0.21 0.08
C4' 0.01 0.10 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.12 0.05 0.16 0.11 0.12 0.02 0.12 0.02 0.01 0.03 0.07 0.13 0.09 0.04
C5 0.02 0.01 0.10 0.19 0.01 0.05 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.24 0.08 0.09 0.01 0.47 0.23 0.09
C5' 0.03 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.16 0.00 0.16 0.21 0.09 0.04 0.01 0.24 0.08 0.11 0.06 0.01 0.01 0.22 0.10 0.08 0.02
C6 0.04 0.01 0.16 0.24 0.02 0.04 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.11 0.31 0.08 0.09 0.01 0.51 0.23 0.10
C8 0.04 0.02 0.08 0.11 0.02 0.12 0.01 0.21 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.08 0.13 0.07 0.09 0.02 0.46 0.23 0.10
N1 0.07 0.01 0.23 0.29 0.02 0.05 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.17 0.37 0.06 0.11 0.01 0.40 0.22 0.07
N2 0.12 0.00 0.34 0.36 0.02 0.16 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.30 0.44 0.06 0.20 0.02 0.24 0.21 0.15
N3 0.09 0.01 0.26 0.28 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.19 0.31 0.05 0.18 0.02 0.23 0.20 0.13
N7 0.03 0.02 0.05 0.14 0.02 0.12 0.01 0.24 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.06 0.19 0.09 0.12 0.02 0.59 0.25 0.14
N9 0.00 0.02 0.02 0.10 0.01 0.02 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.09 0.02 0.11 0.03 0.27 0.21 0.08
O2' 0.03 0.22 0.00 0.01 0.08 0.12 0.06 0.11 0.11 0.08 0.17 0.30 0.19 0.06 0.04 0.00 0.07 0.05 0.02 0.09 0.17 0.09 0.04
O3' 0.03 0.37 0.02 0.01 0.23 0.02 0.24 0.06 0.31 0.13 0.37 0.44 0.31 0.19 0.09 0.07 0.00 0.04 0.46 0.30 0.31 0.17 0.38
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.06 0.01 0.08 0.01 0.08 0.07 0.06 0.06 0.05 0.09 0.02 0.05 0.04 0.00 0.26 0.10 0.18 0.15 0.21
O5' 0.12 0.15 0.17 0.35 0.12 0.03 0.09 0.01 0.09 0.09 0.11 0.20 0.18 0.12 0.11 0.02 0.46 0.26 0.00 0.13 0.03 0.02 0.02
O6 0.04 0.02 0.13 0.21 0.03 0.07 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.09 0.30 0.10 0.13 0.00 0.65 0.24 0.16
OP1 0.16 0.28 0.26 0.33 0.30 0.13 0.47 0.10 0.51 0.46 0.40 0.24 0.23 0.59 0.27 0.17 0.31 0.18 0.03 0.65 0.00 0.03 0.01
OP2 0.14 0.21 0.11 0.11 0.21 0.09 0.23 0.08 0.23 0.23 0.22 0.21 0.20 0.25 0.21 0.09 0.17 0.15 0.02 0.24 0.03 0.00 0.02
P 0.09 0.10 0.15 0.28 0.08 0.04 0.09 0.02 0.10 0.10 0.07 0.15 0.13 0.14 0.08 0.04 0.38 0.21 0.02 0.16 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.81 2.04 0.49 0.30 3.21 0.33 2.79 0.77 2.06 1.67 2.87 3.87 1.54 0.23 0.10 0.61 0.81 1.26 1.97 1.22
C2 0.66 1.85 0.42 0.18 2.27 0.19 1.86 0.30 1.41 1.35 2.31 2.52 1.69 0.26 0.15 0.27 0.31 0.73 1.24 0.59
C2' 1.03 2.32 0.66 0.51 3.54 0.54 3.06 0.98 2.30 1.92 3.20 4.26 1.81 0.34 0.27 0.85 0.93 1.27 2.03 1.27
C3' 1.18 2.38 0.78 0.65 3.79 0.80 3.40 1.31 2.59 2.08 3.29 4.60 1.76 0.39 0.37 1.10 1.25 1.62 2.41 1.65
C4 0.74 1.89 0.46 0.26 2.82 0.27 2.47 0.67 1.86 1.54 2.57 3.24 1.43 0.20 0.14 0.51 0.74 1.27 1.86 1.16
C4' 0.92 2.08 0.52 0.37 3.47 0.52 3.12 1.05 2.31 1.80 2.96 4.27 1.47 0.21 0.03 0.83 1.05 1.52 2.28 1.52
C5 0.68 1.59 0.43 0.28 2.56 0.36 2.40 0.84 1.85 1.43 2.19 2.89 1.03 0.16 0.18 0.56 0.99 1.62 2.13 1.48
C5' 0.81 1.82 0.42 0.32 3.30 0.54 3.06 1.13 2.26 1.65 2.68 4.11 1.14 0.17 0.19 0.80 1.15 1.68 2.42 1.67
C6 0.61 1.35 0.41 0.26 2.06 0.31 1.97 0.75 1.59 1.25 1.78 2.24 0.88 0.14 0.21 0.47 0.91 1.60 1.99 1.40
C8 0.72 1.64 0.43 0.32 2.93 0.46 2.76 1.02 2.07 1.51 2.38 3.50 0.99 0.15 0.16 0.67 1.17 1.77 2.39 1.68
N1 0.61 1.53 0.41 0.19 1.95 0.19 1.70 0.41 1.34 1.23 1.89 2.12 1.29 0.21 0.20 0.30 0.47 1.08 1.45 0.87
N2 0.58 1.79 0.37 0.14 1.98 0.36 1.49 0.29 1.10 1.19 2.16 2.21 1.85 0.30 0.15 0.15 0.38 0.25 0.76 0.13
N3 0.73 2.01 0.45 0.21 2.69 0.18 2.23 0.42 1.67 1.51 2.63 3.07 1.73 0.25 0.12 0.38 0.42 0.85 1.45 0.75
N7 0.67 1.43 0.41 0.32 2.64 0.49 2.59 1.07 1.98 1.40 2.07 3.06 0.76 0.14 0.18 0.66 1.27 1.93 2.48 1.81
N9 0.74 1.87 0.45 0.28 3.02 0.33 2.69 0.80 2.00 1.57 2.64 3.59 1.32 0.19 0.14 0.57 0.88 1.40 2.05 1.33
O2' 0.94 2.32 0.58 0.40 3.44 0.36 2.90 0.74 2.14 1.83 3.19 4.15 1.90 0.32 0.22 0.69 0.68 0.92 1.72 0.94
O3' 1.38 2.62 0.93 0.82 4.04 0.98 3.62 1.48 2.79 2.30 3.55 4.89 2.01 0.52 0.58 1.31 1.35 1.63 2.48 1.71
O4' 0.75 1.90 0.40 0.24 3.19 0.33 2.84 0.81 2.07 1.60 2.74 3.91 1.34 0.18 0.23 0.60 0.88 1.40 2.12 1.36
O5' 0.67 1.64 0.36 0.26 3.09 0.43 2.89 1.03 2.11 1.49 2.47 3.87 0.96 0.19 0.17 0.66 1.16 1.71 2.42 1.67
O6 0.49 0.88 0.35 0.28 1.57 0.41 1.69 0.92 1.43 1.00 1.21 1.70 0.38 0.10 0.24 0.49 1.19 1.97 2.26 1.73
OP1 0.18 0.93 0.28 0.35 2.41 0.24 2.32 0.72 1.56 0.88 1.73 3.19 0.26 0.56 0.64 0.27 0.80 1.38 2.02 1.32
OP2 0.93 1.71 0.56 0.47 3.25 0.81 3.21 1.51 2.43 1.71 2.51 4.01 0.97 0.18 0.21 1.03 1.58 2.29 2.98 2.26
P 0.62 1.47 0.29 0.22 2.97 0.48 2.86 1.14 2.09 1.42 2.28 3.74 0.75 0.10 0.21 0.68 1.24 1.89 2.57 1.84

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.08 0.03 0.02 0.03 0.03 0.09 0.01 0.31 0.01 0.29 0.42 0.50 0.20
C2 0.05 0.00 0.08 0.22 0.02 0.08 0.02 0.13 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.31 0.19 0.05 0.37 0.32 0.41 0.16
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.21 0.07 0.02 0.06 0.04 0.12 0.00 0.04 0.01 0.50 1.03 0.88 0.69
C3' 0.03 0.22 0.01 0.00 0.38 0.01 0.40 0.03 0.35 0.25 0.31 0.42 0.09 0.03 0.02 0.02 0.29 0.83 0.46 0.44
C4 0.03 0.02 0.04 0.38 0.00 0.23 0.01 0.34 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.36 0.17 0.07 0.44 0.15 0.41 0.30
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.23 0.00 0.30 0.01 0.27 0.13 0.15 0.26 0.07 0.27 0.01 0.00 0.02 0.26 0.36 0.05
C5 0.03 0.02 0.06 0.40 0.01 0.30 0.00 0.40 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.28 0.25 0.12 0.47 0.23 0.45 0.36
C5' 0.08 0.13 0.21 0.03 0.34 0.01 0.40 0.00 0.31 0.15 0.24 0.40 0.05 0.08 0.20 0.02 0.01 0.23 0.38 0.02
C6 0.03 0.02 0.07 0.35 0.01 0.27 0.00 0.31 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.19 0.18 0.13 0.43 0.14 0.40 0.25
N1 0.02 0.00 0.02 0.25 0.02 0.13 0.02 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.19 0.10 0.03 0.37 0.27 0.43 0.16
N3 0.03 0.01 0.06 0.31 0.01 0.15 0.02 0.24 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.37 0.13 0.03 0.40 0.19 0.39 0.21
N4 0.03 0.03 0.04 0.42 0.01 0.26 0.02 0.40 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.39 0.22 0.08 0.46 0.22 0.45 0.37
O2 0.09 0.01 0.12 0.09 0.03 0.07 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.05 0.00 0.32 0.39 0.13 0.35 0.49 0.45 0.18
O2' 0.01 0.31 0.00 0.03 0.36 0.27 0.28 0.08 0.19 0.19 0.37 0.39 0.32 0.00 0.06 0.23 0.26 0.91 0.82 0.53
O3' 0.31 0.19 0.04 0.02 0.17 0.01 0.25 0.20 0.18 0.10 0.13 0.22 0.39 0.06 0.00 0.23 0.04 0.57 0.34 0.20
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.07 0.00 0.12 0.02 0.13 0.03 0.03 0.08 0.13 0.23 0.23 0.00 0.28 0.19 0.37 0.26
O5' 0.29 0.37 0.50 0.29 0.44 0.02 0.47 0.01 0.43 0.37 0.40 0.46 0.35 0.26 0.04 0.28 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.42 0.32 1.03 0.83 0.15 0.26 0.23 0.23 0.14 0.27 0.19 0.22 0.49 0.91 0.57 0.19 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.50 0.41 0.88 0.46 0.41 0.36 0.45 0.38 0.40 0.43 0.39 0.45 0.45 0.82 0.34 0.37 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.16 0.69 0.44 0.30 0.05 0.36 0.02 0.25 0.16 0.21 0.37 0.18 0.53 0.20 0.26 0.01 0.00 0.01 0.00