ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52155

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.002, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.002 std_dev=0.001
O6 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.001, 0.007, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C8 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.001, 0.009, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.003, 0.016, 0.030, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.013
O4' A 0, 0.006, 0.058, 0.110, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.058 std_dev=0.052
C4' A 0, 0.008, 0.064, 0.119, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.064 std_dev=0.056
OP1 B 0, 0.020, 0.076, 0.132, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.076 std_dev=0.056
P B 0, 0.018, 0.076, 0.134, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.076 std_dev=0.058
OP2 B 0, 0.018, 0.078, 0.137, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.078 std_dev=0.060
O4' B 0, 0.006, 0.073, 0.140, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.073 std_dev=0.067
C3' A 0, 0.007, 0.074, 0.141, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.074 std_dev=0.067
C1' B 0, 0.007, 0.080, 0.154, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.080 std_dev=0.073
C2' A 0, 0.004, 0.078, 0.152, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.078 std_dev=0.074
C3' B 0, 0.005, 0.079, 0.153, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.079 std_dev=0.074
O3' A 0, 0.010, 0.087, 0.164, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.087 std_dev=0.077
C4' B 0, 0.005, 0.089, 0.173, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.089 std_dev=0.084
O5' B 0, 0.018, 0.112, 0.206, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.112 std_dev=0.094
C2' B 0, 0.006, 0.117, 0.227, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.117 std_dev=0.111
O2' A 0, 0.005, 0.129, 0.253, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.129 std_dev=0.124
C5' A 0, 0.011, 0.149, 0.287, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.149 std_dev=0.138
OP2 A 0, 0.017, 0.157, 0.296, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.157 std_dev=0.139
O2 B 0, 0.012, 0.161, 0.310, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.161 std_dev=0.149
O5' A 0, 0.011, 0.170, 0.328, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.170 std_dev=0.158
N1 B 0, 0.007, 0.184, 0.360, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.184 std_dev=0.177
C5' B 0, 0.007, 0.186, 0.365, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.186 std_dev=0.179
P A 0, 0.014, 0.194, 0.374, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.194 std_dev=0.180
O3' B 0, 0.007, 0.187, 0.368, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.187 std_dev=0.181
O2' B 0, 0.005, 0.198, 0.391, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.198 std_dev=0.193
C2 B 0, 0.008, 0.218, 0.428, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.218 std_dev=0.210
OP1 A 0, 0.012, 0.252, 0.491, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.252 std_dev=0.239
C6 B 0, 0.006, 0.259, 0.511, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.259 std_dev=0.252
N3 B 0, 0.008, 0.320, 0.631, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.320 std_dev=0.311
C5 B 0, 0.007, 0.358, 0.709, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.358 std_dev=0.351
C4 B 0, 0.008, 0.387, 0.766, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.387 std_dev=0.379
N4 B 0, 0.007, 0.486, 0.965, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.486 std_dev=0.479

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.02
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.04 0.00 0.03 0.05 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C5' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01
C8 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.08 0.03 0.04
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.04 0.00 0.01 0.04 0.03
N2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.03 0.06 0.00 0.06 0.07 0.07
N3 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.04 0.00 0.02 0.04 0.04
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.02 0.04
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.02
O2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.06 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
O3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02
O5' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.08 0.01 0.06 0.02 0.07 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.07 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.07 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.16 0.08 0.00 0.33 0.06 0.30 0.13 0.21 0.14 0.26 0.42 0.09 0.07 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03
C2 0.05 0.17 0.04 0.02 0.27 0.07 0.24 0.13 0.19 0.15 0.24 0.29 0.11 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.05 0.02
C2' 0.04 0.13 0.06 0.01 0.29 0.07 0.27 0.14 0.18 0.12 0.22 0.37 0.07 0.06 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02
C3' 0.04 0.12 0.06 0.01 0.28 0.06 0.25 0.14 0.17 0.11 0.21 0.37 0.06 0.07 0.01 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02
C4 0.05 0.16 0.06 0.02 0.32 0.07 0.30 0.14 0.21 0.14 0.25 0.37 0.08 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02
C4' 0.01 0.10 0.05 0.02 0.27 0.08 0.24 0.15 0.15 0.09 0.20 0.37 0.03 0.05 0.02 0.07 0.03 0.03 0.05 0.02
C5 0.05 0.14 0.06 0.02 0.29 0.07 0.30 0.15 0.22 0.14 0.21 0.33 0.06 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02
C5' 0.04 0.02 0.01 0.06 0.19 0.12 0.18 0.18 0.10 0.02 0.10 0.30 0.05 0.02 0.05 0.11 0.05 0.02 0.03 0.01
C6 0.06 0.13 0.05 0.03 0.24 0.07 0.26 0.15 0.21 0.14 0.18 0.26 0.06 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02
C8 0.05 0.13 0.06 0.02 0.30 0.07 0.30 0.15 0.21 0.13 0.21 0.38 0.06 0.05 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02
N1 0.06 0.15 0.04 0.03 0.23 0.07 0.23 0.14 0.19 0.14 0.20 0.25 0.09 0.00 0.05 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02
N2 0.04 0.17 0.03 0.02 0.23 0.06 0.20 0.10 0.16 0.13 0.22 0.25 0.12 0.00 0.03 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01
N3 0.05 0.17 0.05 0.02 0.31 0.07 0.27 0.13 0.20 0.14 0.26 0.35 0.10 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.02
N7 0.05 0.12 0.06 0.02 0.28 0.07 0.29 0.15 0.21 0.12 0.19 0.34 0.05 0.04 0.05 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02
N9 0.05 0.15 0.06 0.01 0.33 0.07 0.30 0.15 0.21 0.14 0.24 0.40 0.07 0.05 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02
O2' 0.08 0.16 0.08 0.00 0.30 0.04 0.28 0.12 0.21 0.15 0.24 0.38 0.10 0.07 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02
O3' 0.09 0.18 0.11 0.03 0.33 0.02 0.29 0.10 0.22 0.16 0.27 0.40 0.13 0.11 0.03 0.00 0.01 0.05 0.07 0.04
O4' 0.02 0.13 0.06 0.01 0.32 0.08 0.27 0.15 0.18 0.11 0.24 0.42 0.05 0.06 0.01 0.06 0.02 0.03 0.06 0.03
O5' 0.04 0.01 0.02 0.04 0.18 0.11 0.17 0.17 0.09 0.02 0.09 0.28 0.06 0.03 0.03 0.11 0.03 0.03 0.05 0.02
O6 0.06 0.10 0.04 0.03 0.18 0.07 0.22 0.15 0.18 0.11 0.13 0.19 0.05 0.00 0.07 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02
OP1 0.04 0.02 0.04 0.01 0.14 0.07 0.15 0.12 0.08 0.01 0.04 0.23 0.09 0.06 0.02 0.09 0.02 0.08 0.10 0.07
OP2 0.04 0.04 0.02 0.04 0.22 0.10 0.18 0.16 0.10 0.03 0.15 0.32 0.04 0.04 0.02 0.11 0.03 0.02 0.05 0.02
P 0.04 0.01 0.03 0.03 0.19 0.09 0.17 0.15 0.09 0.02 0.10 0.29 0.06 0.04 0.01 0.11 0.01 0.04 0.07 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.08 0.06
C2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.06 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.03
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.04 0.04 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C4 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.08 0.05
C5' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.06 0.08 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01 0.09 0.06
N1 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.08 0.06
N3 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04
N4 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04
O2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.03 0.03 0.02 0.01 0.06 0.04
O2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.08 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.01
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.09 0.03 0.03 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.06 0.12 0.06 0.08
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.05 0.06 0.08 0.08
O5' 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.12 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.06 0.06 0.01 0.06 0.00 0.08 0.05 0.09 0.08 0.06 0.06 0.06 0.03 0.06 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.06 0.04 0.04 0.04 0.01 0.08 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00