ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52156

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.001, 0.009, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C6 A 0, -0.001, 0.010, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.002, 0.016, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.003, 0.018, 0.033, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C1' A 0, -0.001, 0.015, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.008, 0.027, 0.046, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.027 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.003, 0.022, 0.041, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.022 std_dev=0.019
O4' A 0, -0.010, 0.034, 0.077, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.034 std_dev=0.043
C2' A 0, -0.001, 0.045, 0.091, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.045 std_dev=0.046
C3' A 0, 0.003, 0.056, 0.109, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.056 std_dev=0.053
C4' A 0, -0.009, 0.082, 0.172, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.082 std_dev=0.090
O2' A 0, -0.001, 0.106, 0.214, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.106 std_dev=0.108
O3' A 0, 0.006, 0.141, 0.276, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.141 std_dev=0.135
O5' A 0, -0.020, 0.119, 0.258, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.119 std_dev=0.139
C5' A 0, -0.026, 0.130, 0.285, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.130 std_dev=0.156
P A 0, -0.033, 0.148, 0.329, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.148 std_dev=0.181
OP2 A 0, -0.013, 0.169, 0.350, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.169 std_dev=0.181
N1 B 0, -0.051, 0.168, 0.387, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.168 std_dev=0.219
O2' B 0, -0.060, 0.196, 0.451, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.196 std_dev=0.255
C4 B 0, -0.050, 0.211, 0.472, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.211 std_dev=0.261
C1' B 0, -0.072, 0.207, 0.486, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.207 std_dev=0.279
OP1 A 0, -0.070, 0.218, 0.506, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.218 std_dev=0.288
O4' B 0, -0.081, 0.210, 0.501, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.210 std_dev=0.291
N4 B 0, -0.054, 0.244, 0.541, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.244 std_dev=0.297
C2' B 0, -0.068, 0.230, 0.528, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.230 std_dev=0.298
C6 B 0, -0.081, 0.272, 0.625, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.272 std_dev=0.353
P B 0, -0.103, 0.272, 0.646, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.272 std_dev=0.374
N3 B 0, -0.098, 0.298, 0.694, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.298 std_dev=0.396
O5' B 0, -0.100, 0.325, 0.750, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.325 std_dev=0.425
C5 B 0, -0.091, 0.334, 0.758, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.334 std_dev=0.425
C2 B 0, -0.110, 0.325, 0.761, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.325 std_dev=0.435
C3' B 0, -0.120, 0.334, 0.787, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.334 std_dev=0.454
C4' B 0, -0.124, 0.336, 0.797, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.336 std_dev=0.461
O3' B 0, -0.152, 0.421, 0.994, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.421 std_dev=0.573
OP1 B 0, -0.169, 0.442, 1.052, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.442 std_dev=0.610
C5' B 0, -0.165, 0.446, 1.057, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.446 std_dev=0.611
OP2 B 0, -0.199, 0.504, 1.208, 1.499 max_d=1.499 avg_d=0.504 std_dev=0.704
O2 B 0, -0.185, 0.561, 1.308, 1.616 max_d=1.616 avg_d=0.561 std_dev=0.747

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.01 0.03 0.02 0.01 0.05 0.01
C2 0.03 0.00 0.05 0.04 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.07 0.04 0.13 0.02 0.17 0.17 0.15
C2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.07 0.08 0.05
C3' 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01
C4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.03 0.10 0.01 0.09 0.11 0.08
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.04 0.09 0.07 0.06 0.05 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.03 0.00
C5 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.04 0.11 0.01 0.10 0.12 0.09
C5' 0.04 0.13 0.04 0.01 0.10 0.01 0.11 0.00 0.13 0.08 0.14 0.13 0.11 0.10 0.08 0.02 0.03 0.02 0.01 0.13 0.03 0.03 0.01
C6 0.03 0.01 0.04 0.04 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.09 0.05 0.13 0.00 0.14 0.16 0.12
C8 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.11 0.05 0.08 0.01 0.05 0.09 0.05
N1 0.04 0.01 0.05 0.05 0.02 0.09 0.01 0.14 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.08 0.09 0.05 0.14 0.02 0.17 0.17 0.15
N2 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.07 0.01 0.13 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.04 0.03 0.12 0.04 0.20 0.18 0.16
N3 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02 0.11 0.02 0.13 0.12 0.11
N7 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.05 0.10 0.02 0.07 0.11 0.07
N9 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.03 0.07 0.01 0.05 0.08 0.05
O2' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.08 0.08 0.06 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.04 0.10 0.12 0.08
O3' 0.09 0.07 0.03 0.01 0.08 0.02 0.09 0.03 0.09 0.11 0.09 0.04 0.06 0.10 0.09 0.03 0.00 0.08 0.02 0.08 0.03 0.02 0.01
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.05 0.03 0.02 0.05 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04
O5' 0.03 0.13 0.05 0.01 0.10 0.01 0.11 0.01 0.13 0.08 0.14 0.12 0.11 0.10 0.07 0.06 0.02 0.01 0.00 0.13 0.00 0.03 0.01
O6 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.08 0.04 0.13 0.00 0.15 0.17 0.13
OP1 0.01 0.17 0.07 0.01 0.09 0.01 0.10 0.03 0.14 0.05 0.17 0.20 0.13 0.07 0.05 0.10 0.03 0.05 0.00 0.15 0.00 0.03 0.01
OP2 0.05 0.17 0.08 0.03 0.11 0.03 0.12 0.03 0.16 0.09 0.17 0.18 0.12 0.11 0.08 0.12 0.02 0.01 0.03 0.17 0.03 0.00 0.02
P 0.01 0.15 0.05 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.12 0.05 0.15 0.16 0.11 0.07 0.05 0.08 0.01 0.04 0.01 0.13 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.13 0.02 0.07 0.02 0.13 0.24 0.43 0.22 0.03 0.18 0.07 0.23 0.11 0.04 0.05 0.11 0.43 0.22 0.14
C2 0.11 0.35 0.12 0.15 0.14 0.20 0.19 0.42 0.20 0.11 0.36 0.14 0.48 0.02 0.05 0.08 0.10 0.52 0.12 0.17
C2' 0.03 0.10 0.01 0.08 0.08 0.14 0.13 0.44 0.15 0.02 0.17 0.17 0.16 0.13 0.02 0.06 0.10 0.40 0.25 0.13
C3' 0.01 0.11 0.03 0.13 0.09 0.19 0.08 0.49 0.11 0.01 0.16 0.16 0.16 0.10 0.04 0.03 0.03 0.34 0.14 0.06
C4 0.02 0.25 0.04 0.07 0.05 0.13 0.32 0.40 0.27 0.02 0.30 0.08 0.39 0.08 0.05 0.00 0.14 0.48 0.21 0.18
C4' 0.01 0.14 0.03 0.11 0.06 0.18 0.17 0.47 0.17 0.01 0.19 0.11 0.23 0.11 0.01 0.04 0.05 0.42 0.10 0.09
C5 0.01 0.27 0.02 0.01 0.02 0.08 0.38 0.34 0.31 0.01 0.31 0.02 0.45 0.09 0.12 0.01 0.18 0.49 0.25 0.21
C5' 0.03 0.13 0.01 0.11 0.05 0.17 0.18 0.45 0.20 0.03 0.18 0.10 0.23 0.13 0.01 0.05 0.05 0.46 0.01 0.08
C6 0.03 0.33 0.02 0.01 0.01 0.06 0.35 0.28 0.32 0.01 0.34 0.01 0.56 0.08 0.14 0.01 0.21 0.52 0.24 0.24
C8 0.03 0.16 0.00 0.01 0.08 0.07 0.36 0.36 0.28 0.05 0.20 0.07 0.31 0.11 0.13 0.05 0.18 0.45 0.28 0.20
N1 0.10 0.38 0.10 0.08 0.08 0.13 0.26 0.33 0.27 0.09 0.36 0.07 0.57 0.03 0.04 0.07 0.16 0.53 0.18 0.22
N2 0.16 0.34 0.18 0.23 0.18 0.27 0.08 0.45 0.10 0.15 0.35 0.17 0.46 0.03 0.14 0.13 0.04 0.53 0.00 0.14
N3 0.07 0.28 0.09 0.13 0.13 0.19 0.22 0.45 0.21 0.07 0.33 0.15 0.40 0.05 0.03 0.04 0.09 0.48 0.14 0.15
N7 0.03 0.19 0.01 0.02 0.10 0.04 0.39 0.32 0.31 0.05 0.22 0.11 0.37 0.11 0.17 0.04 0.20 0.47 0.29 0.22
N9 0.01 0.18 0.02 0.05 0.01 0.11 0.31 0.41 0.25 0.02 0.23 0.04 0.31 0.10 0.07 0.03 0.14 0.45 0.24 0.17
O2' 0.13 0.02 0.10 0.03 0.03 0.03 0.14 0.33 0.18 0.10 0.06 0.16 0.02 0.21 0.11 0.16 0.21 0.42 0.43 0.23
O3' 0.04 0.04 0.02 0.11 0.03 0.18 0.09 0.49 0.11 0.04 0.08 0.09 0.07 0.14 0.02 0.06 0.02 0.26 0.15 0.02
O4' 0.01 0.17 0.05 0.12 0.03 0.17 0.23 0.47 0.21 0.00 0.21 0.06 0.29 0.08 0.01 0.02 0.06 0.43 0.11 0.10
O5' 0.02 0.14 0.02 0.12 0.06 0.17 0.18 0.44 0.20 0.02 0.19 0.11 0.24 0.12 0.03 0.05 0.05 0.49 0.01 0.09
O6 0.01 0.31 0.03 0.10 0.05 0.03 0.35 0.18 0.33 0.03 0.29 0.05 0.60 0.12 0.24 0.01 0.26 0.54 0.28 0.29
OP1 0.07 0.12 0.04 0.06 0.04 0.10 0.20 0.30 0.25 0.06 0.17 0.09 0.24 0.15 0.01 0.11 0.12 0.66 0.04 0.19
OP2 0.03 0.15 0.02 0.11 0.03 0.15 0.21 0.36 0.24 0.04 0.18 0.06 0.27 0.12 0.04 0.06 0.07 0.60 0.09 0.14
P 0.03 0.17 0.02 0.11 0.05 0.15 0.20 0.37 0.23 0.03 0.21 0.09 0.29 0.12 0.03 0.06 0.08 0.59 0.05 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.21 0.26 0.28 0.21
C2 0.01 0.00 0.08 0.01 0.01 0.05 0.02 0.16 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.11 0.10 0.19 0.26 0.33 0.19
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.07 0.05 0.00 0.09 0.05 0.13 0.01 0.02 0.04 0.24 0.39 0.18 0.25
C3' 0.02 0.01 0.01 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.11 0.03 0.03 0.09 0.06 0.03 0.01 0.01 0.03 0.12 0.06 0.03
C4 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.16 0.00 0.46 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.03 0.03 0.13 0.22 0.02
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.16 0.00 0.28 0.00 0.29 0.08 0.02 0.16 0.20 0.02 0.04 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04
C5 0.02 0.02 0.01 0.12 0.00 0.28 0.00 0.62 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.01 0.12 0.06 0.08 0.15 0.08
C5' 0.10 0.16 0.07 0.01 0.46 0.00 0.62 0.00 0.59 0.29 0.28 0.49 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.04
C6 0.02 0.01 0.05 0.11 0.01 0.29 0.00 0.59 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.02 0.15 0.02 0.13 0.19 0.02
N1 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.08 0.01 0.29 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.05 0.01 0.15 0.24 0.30 0.15
N3 0.01 0.00 0.09 0.03 0.00 0.02 0.01 0.28 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.09 0.06 0.13 0.20 0.29 0.12
N4 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.16 0.00 0.49 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.05 0.03 0.01 0.10 0.18 0.03
O2 0.02 0.00 0.13 0.06 0.01 0.20 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.28 0.15 0.20 0.27 0.30 0.37 0.27
O2' 0.01 0.11 0.01 0.03 0.07 0.02 0.22 0.04 0.25 0.07 0.07 0.08 0.28 0.00 0.06 0.02 0.25 0.50 0.20 0.29
O3' 0.04 0.11 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.02 0.05 0.09 0.05 0.15 0.06 0.00 0.09 0.08 0.04 0.12 0.07
O4' 0.01 0.10 0.04 0.01 0.03 0.00 0.12 0.02 0.15 0.01 0.06 0.03 0.20 0.02 0.09 0.00 0.19 0.14 0.35 0.19
O5' 0.21 0.19 0.24 0.03 0.03 0.03 0.06 0.01 0.02 0.15 0.13 0.01 0.27 0.25 0.08 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.26 0.26 0.39 0.12 0.13 0.06 0.08 0.01 0.13 0.24 0.20 0.10 0.30 0.50 0.04 0.14 0.01 0.00 0.03 0.01
OP2 0.28 0.33 0.18 0.06 0.22 0.00 0.15 0.10 0.19 0.30 0.29 0.18 0.37 0.20 0.12 0.35 0.01 0.03 0.00 0.01
P 0.21 0.19 0.25 0.03 0.02 0.04 0.08 0.04 0.02 0.15 0.12 0.03 0.27 0.29 0.07 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00