ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52157

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N2 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O2' A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
O6 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C2' A 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.000, 0.028, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C1' B 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
O4' A 0, 0.000, 0.032, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.032 std_dev=0.032
O2' B 0, 0.000, 0.044, 0.089, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.044 std_dev=0.044
C2' B 0, 0.000, 0.047, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.047 std_dev=0.047
C4' A 0, 0.000, 0.049, 0.097, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.049 std_dev=0.049
C3' A 0, 0.000, 0.049, 0.098, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.049 std_dev=0.049
O3' A 0, 0.000, 0.072, 0.145, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.072 std_dev=0.072
C5' A 0, 0.000, 0.080, 0.160, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.080 std_dev=0.080
O4' B 0, 0.000, 0.082, 0.165, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.082 std_dev=0.082
N1 B 0, 0.000, 0.091, 0.183, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.091 std_dev=0.091
C3' B 0, 0.000, 0.110, 0.219, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.110 std_dev=0.110
C4' B 0, 0.000, 0.122, 0.244, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.122 std_dev=0.122
O3' B 0, 0.000, 0.123, 0.247, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.123 std_dev=0.123
C6 B 0, 0.000, 0.131, 0.261, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.131 std_dev=0.131
C2 B 0, 0.000, 0.133, 0.265, 0.265 max_d=0.265 avg_d=0.133 std_dev=0.133
O2 B 0, 0.000, 0.136, 0.271, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.136 std_dev=0.136
O5' A 0, 0.000, 0.160, 0.319, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.160 std_dev=0.160
OP1 A 0, 0.000, 0.162, 0.324, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.162 std_dev=0.162
C5' B 0, 0.000, 0.179, 0.357, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.179 std_dev=0.179
C5 B 0, 0.000, 0.187, 0.373, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.187 std_dev=0.187
P A 0, 0.000, 0.191, 0.381, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.191 std_dev=0.191
N3 B 0, 0.000, 0.192, 0.383, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.192 std_dev=0.192
C4 B 0, 0.000, 0.210, 0.420, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.210 std_dev=0.210
O5' B 0, 0.000, 0.217, 0.434, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.217 std_dev=0.217
OP2 A 0, 0.000, 0.259, 0.518, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.259 std_dev=0.259
N4 B 0, 0.000, 0.260, 0.521, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.260 std_dev=0.260
P B 0, 0.000, 0.287, 0.575, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.287 std_dev=0.287
OP1 B 0, 0.000, 0.317, 0.635, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.317 std_dev=0.317
OP2 B 0, 0.000, 0.346, 0.691, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.346 std_dev=0.346

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
C5 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02
C8 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02
N1 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
N2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
N7 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02
O5' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02
OP1 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.02 0.02 0.05 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.09 0.10 0.13 0.11
C2 0.01 0.03 0.03 0.06 0.00 0.06 0.02 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.03 0.03 0.12 0.14 0.16 0.14
C2' 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.06 0.01 0.03 0.00 0.06 0.08 0.09 0.08
C3' 0.02 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.01 0.06 0.00 0.02 0.02 0.04 0.05 0.07 0.06
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.08 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.03 0.11 0.12 0.15 0.13
C4' 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.07 0.09 0.07
C5 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.04 0.06 0.07 0.04 0.02 0.03 0.06 0.02 0.00 0.01 0.03 0.11 0.11 0.16 0.13
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.04 0.05 0.07 0.06
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.04 0.06 0.08 0.04 0.02 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.03 0.12 0.13 0.17 0.14
C8 0.02 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.06 0.06 0.04 0.02 0.04 0.08 0.01 0.02 0.01 0.03 0.09 0.09 0.14 0.11
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.06 0.04 0.09 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.03 0.12 0.15 0.17 0.15
N2 0.02 0.03 0.04 0.08 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.06 0.04 0.12 0.16 0.16 0.14
N3 0.01 0.03 0.03 0.06 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.11 0.13 0.15 0.13
N7 0.02 0.02 0.02 0.02 0.07 0.03 0.08 0.06 0.06 0.03 0.05 0.09 0.00 0.01 0.00 0.03 0.09 0.09 0.15 0.12
N9 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.07 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.03 0.03 0.10 0.10 0.14 0.12
O2' 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.02 0.06 0.02 0.04 0.00 0.06 0.08 0.09 0.08
O3' 0.03 0.06 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.02 0.07 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04
O4' 0.01 0.02 0.02 0.05 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.09 0.10 0.13 0.11
O5' 0.05 0.07 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.06 0.05 0.03 0.08 0.02 0.00 0.04 0.02 0.03 0.06 0.04
O6 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.07 0.07 0.05 0.02 0.03 0.07 0.02 0.03 0.04 0.02 0.11 0.12 0.19 0.15
OP1 0.04 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03
OP2 0.08 0.09 0.07 0.05 0.06 0.05 0.07 0.03 0.08 0.09 0.08 0.05 0.10 0.06 0.05 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00
P 0.06 0.07 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.02 0.06 0.07 0.06 0.03 0.09 0.04 0.03 0.06 0.00 0.00 0.03 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02
C2 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.03 0.04
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.05 0.02 0.05
C5' 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.06 0.02 0.05
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02
N4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02
O2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.05 0.05
O3' 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.04 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
O5' 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00