ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52158

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C2' A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C3' A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O3' A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O5' A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C5' A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N1 B 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C4' A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C6 B 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
P A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
OP2 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C1' B 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C2' B 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N2 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C5 B 0, 0.000, 0.027, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.027
O2' B 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O3' B 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C3' B 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
OP2 B 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
OP1 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
O2' A 0, 0.000, 0.030, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C4' B 0, 0.000, 0.033, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.033 std_dev=0.033
O4' B 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
P B 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
O5' B 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C2 B 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C4 B 0, 0.000, 0.038, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.038 std_dev=0.038
C5' B 0, 0.000, 0.041, 0.081, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.041 std_dev=0.041
N3 B 0, 0.000, 0.041, 0.082, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.041 std_dev=0.041
O2 B 0, 0.000, 0.048, 0.095, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.048 std_dev=0.048
OP1 B 0, 0.000, 0.049, 0.097, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.049 std_dev=0.049
N4 B 0, 0.000, 0.055, 0.110, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.055 std_dev=0.055

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00
C5 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01
C8 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01
N1 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
N2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00
N3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01
N7 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01
O5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01
OP1 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C2 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C4 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02
C5 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C8 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
N1 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
N2 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03
N3 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02
N7 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
O3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
O4' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02
O5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
O6 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
OP2 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
P 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
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