ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52159

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.000, 0.022, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C6 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C3' A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N2 A 0, 0.000, 0.027, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C4' A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C2' A 0, 0.000, 0.067, 0.134, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.067 std_dev=0.067
O3' A 0, 0.000, 0.072, 0.144, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.072 std_dev=0.072
C5' A 0, 0.000, 0.099, 0.199, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.099 std_dev=0.099
O2' A 0, 0.000, 0.162, 0.325, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.162 std_dev=0.162
O5' A 0, 0.000, 0.189, 0.377, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.189 std_dev=0.189
C4' B 0, 0.000, 0.190, 0.381, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.190 std_dev=0.190
C5' B 0, 0.000, 0.212, 0.424, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.212 std_dev=0.212
O3' B 0, 0.000, 0.221, 0.441, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.221 std_dev=0.221
C3' B 0, 0.000, 0.224, 0.448, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.224 std_dev=0.224
P A 0, 0.000, 0.233, 0.466, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.233 std_dev=0.233
O4' B 0, 0.000, 0.238, 0.476, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.238 std_dev=0.238
OP1 B 0, 0.000, 0.250, 0.501, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.250 std_dev=0.250
C1' B 0, 0.000, 0.264, 0.529, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.264 std_dev=0.264
O5' B 0, 0.000, 0.282, 0.564, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.282 std_dev=0.282
C2' B 0, 0.000, 0.295, 0.591, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.295 std_dev=0.295
P B 0, 0.000, 0.300, 0.599, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.300 std_dev=0.300
N1 B 0, 0.000, 0.314, 0.628, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.314 std_dev=0.314
C6 B 0, 0.000, 0.332, 0.664, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.332 std_dev=0.332
O2' B 0, 0.000, 0.358, 0.716, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.358 std_dev=0.358
C2 B 0, 0.000, 0.374, 0.749, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.374 std_dev=0.374
O2 B 0, 0.000, 0.386, 0.771, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.386 std_dev=0.386
OP2 A 0, 0.000, 0.403, 0.805, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.403 std_dev=0.403
C5 B 0, 0.000, 0.409, 0.817, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.409 std_dev=0.409
OP2 B 0, 0.000, 0.412, 0.824, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.412 std_dev=0.412
N3 B 0, 0.000, 0.456, 0.912, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.456 std_dev=0.456
C4 B 0, 0.000, 0.467, 0.934, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.467 std_dev=0.467
N4 B 0, 0.000, 0.543, 1.087, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.543 std_dev=0.543
OP1 A 0, 0.000, 0.755, 1.510, 1.510 max_d=1.510 avg_d=0.755 std_dev=0.755

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.01 0.07 0.07
C2 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.03 0.01 0.01 0.01 0.13 0.10 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04 0.15 0.06
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.17 0.03
C4 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.03 0.02 0.02 0.02 0.09 0.09 0.07
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.02 0.05 0.07 0.03
C5 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03 0.02 0.01 0.02 0.13 0.08 0.07
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.06 0.00
C6 0.03 0.00 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.04 0.03 0.01 0.00 0.16 0.09 0.08
C8 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.06 0.10
N1 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.03 0.02 0.01 0.01 0.15 0.10 0.07
N2 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.09 0.04
N3 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.09 0.04 0.02 0.02 0.01 0.09 0.10 0.07
N7 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.13 0.05 0.08
N9 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.05 0.08 0.08
O2' 0.00 0.09 0.00 0.02 0.06 0.04 0.07 0.04 0.09 0.02 0.09 0.08 0.09 0.04 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.10 0.02 0.08 0.02
O3' 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.07 0.18 0.01
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.07 0.04 0.10 0.03 0.09
O5' 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00
O6 0.04 0.01 0.05 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.10 0.04 0.04 0.01 0.00 0.17 0.09 0.08
OP1 0.01 0.13 0.04 0.06 0.09 0.05 0.13 0.06 0.16 0.06 0.15 0.14 0.09 0.13 0.05 0.02 0.07 0.10 0.02 0.17 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.10 0.15 0.17 0.09 0.07 0.08 0.06 0.09 0.06 0.10 0.09 0.10 0.05 0.08 0.08 0.18 0.03 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.05 0.06 0.03 0.07 0.03 0.07 0.00 0.08 0.10 0.07 0.04 0.07 0.08 0.08 0.02 0.01 0.09 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02
C2 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.04 0.01 0.03 0.05 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.02 0.05 0.04
C2' 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.02
C4 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.03 0.02 0.05 0.02 0.05 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02
C4' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.04 0.04 0.04
C5 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.04 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.04 0.08 0.04 0.04 0.04
C5' 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.01 0.08 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.10 0.07 0.07 0.07
C6 0.06 0.06 0.07 0.07 0.05 0.07 0.04 0.06 0.05 0.06 0.05 0.04 0.05 0.06 0.08 0.04 0.08 0.04 0.03 0.03
C8 0.06 0.08 0.06 0.05 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.08 0.08 0.07 0.05 0.06 0.05 0.10 0.06 0.07 0.07
N1 0.03 0.02 0.03 0.04 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.07 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02
N2 0.06 0.08 0.05 0.02 0.12 0.03 0.13 0.04 0.11 0.08 0.11 0.13 0.04 0.05 0.03 0.08 0.04 0.06 0.11 0.08
N3 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01
N7 0.07 0.08 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.06 0.06 0.05 0.10 0.06 0.08 0.07
N9 0.04 0.05 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.03 0.05 0.04 0.03 0.06 0.02 0.04 0.02 0.07 0.03 0.03 0.03
O2' 0.10 0.09 0.11 0.10 0.11 0.09 0.12 0.07 0.11 0.09 0.11 0.11 0.08 0.13 0.09 0.11 0.05 0.07 0.09 0.07
O3' 0.04 0.05 0.04 0.03 0.08 0.02 0.08 0.00 0.06 0.04 0.08 0.09 0.05 0.06 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01
O4' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.04 0.04 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.03 0.04 0.04
O5' 0.03 0.02 0.04 0.05 0.01 0.06 0.00 0.08 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03 0.09 0.07 0.06 0.07
O6 0.08 0.07 0.09 0.09 0.07 0.09 0.06 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.05 0.09 0.09 0.07 0.10 0.06 0.05 0.06
OP1 0.21 0.15 0.24 0.28 0.09 0.27 0.10 0.28 0.14 0.17 0.11 0.07 0.15 0.23 0.30 0.21 0.27 0.24 0.20 0.22
OP2 0.05 0.01 0.05 0.07 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.05 0.08 0.11 0.04 0.06 0.07 0.10 0.08
P 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.04
C4' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.04 0.02 0.03
C5' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.02
C6 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.04 0.01 0.03
N4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.07 0.05 0.04 0.04
O2 0.05 0.00 0.07 0.07 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.10 0.05 0.04 0.01 0.01 0.05 0.03
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.03
O3' 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02
O4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03
O5' 0.02 0.03 0.02 0.00 0.06 0.02 0.06 0.00 0.05 0.03 0.05 0.07 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.03 0.02 0.06 0.06 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.07 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00