ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52160

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
O2' A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C2' A 0, 0.000, 0.036, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.036 std_dev=0.036
O6 A 0, 0.000, 0.038, 0.076, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.038
N2 A 0, 0.000, 0.039, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.039 std_dev=0.039
C3' B 0, 0.000, 0.059, 0.118, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.059 std_dev=0.059
O5' A 0, 0.000, 0.061, 0.121, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.061 std_dev=0.061
P A 0, 0.000, 0.064, 0.128, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.064 std_dev=0.064
C4' B 0, 0.000, 0.066, 0.132, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.066 std_dev=0.066
O3' B 0, 0.000, 0.067, 0.134, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.067 std_dev=0.067
O4' A 0, 0.000, 0.071, 0.142, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.071 std_dev=0.071
O2' B 0, 0.000, 0.076, 0.151, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.076 std_dev=0.076
C2' B 0, 0.000, 0.077, 0.153, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.077 std_dev=0.077
C3' A 0, 0.000, 0.089, 0.179, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.089 std_dev=0.089
OP1 A 0, 0.000, 0.099, 0.198, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.099 std_dev=0.099
C4' A 0, 0.000, 0.100, 0.200, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.100 std_dev=0.100
N1 B 0, 0.000, 0.105, 0.210, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.105 std_dev=0.105
C1' B 0, 0.000, 0.106, 0.212, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.106 std_dev=0.106
OP2 A 0, 0.000, 0.115, 0.230, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.115 std_dev=0.115
O4' B 0, 0.000, 0.116, 0.231, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.116 std_dev=0.116
C6 B 0, 0.000, 0.123, 0.245, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.123 std_dev=0.123
C5' A 0, 0.000, 0.141, 0.283, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.141 std_dev=0.141
O3' A 0, 0.000, 0.154, 0.307, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.154 std_dev=0.154
C5 B 0, 0.000, 0.154, 0.309, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.154 std_dev=0.154
C5' B 0, 0.000, 0.163, 0.326, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.163 std_dev=0.163
C2 B 0, 0.000, 0.247, 0.494, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.247 std_dev=0.247
C4 B 0, 0.000, 0.253, 0.506, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.253 std_dev=0.253
O5' B 0, 0.000, 0.254, 0.508, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.254 std_dev=0.254
P B 0, 0.000, 0.297, 0.594, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.297 std_dev=0.297
OP1 B 0, 0.000, 0.305, 0.610, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.305 std_dev=0.305
N4 B 0, 0.000, 0.313, 0.626, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.313 std_dev=0.313
N3 B 0, 0.000, 0.321, 0.642, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.321 std_dev=0.321
O2 B 0, 0.000, 0.327, 0.655, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.327 std_dev=0.327
OP2 B 0, 0.000, 0.334, 0.668, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.334 std_dev=0.334

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02
C2 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.05 0.09 0.05
C2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.05 0.07 0.04
C3' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04
C4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.07 0.04
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00
C5 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.08 0.04
C5' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00
C6 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.06 0.08 0.05
C8 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.07 0.04
N1 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.05 0.08 0.04
N2 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.05 0.05 0.00 0.06 0.09 0.06
N3 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.05 0.08 0.04
N7 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.04 0.07 0.03
N9 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.07 0.03
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.05 0.02
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.01
O5' 0.02 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00
O6 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.05 0.05 0.00 0.08 0.11 0.07
OP1 0.01 0.05 0.05 0.04 0.04 0.01 0.05 0.03 0.06 0.04 0.05 0.06 0.05 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.09 0.07 0.04 0.07 0.02 0.08 0.00 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.07 0.07 0.05 0.02 0.02 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.04 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.04 0.06 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.08 0.05 0.08 0.06 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.10 0.11 0.11 0.07 0.08
C2 0.06 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.08 0.09 0.05 0.06
C2' 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.08 0.09 0.06 0.06
C3' 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.06 0.07 0.07 0.05 0.05
C4 0.07 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.06 0.03 0.05 0.05 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.08 0.09 0.05 0.06
C4' 0.08 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.07 0.05 0.07 0.06 0.03 0.03 0.00 0.03 0.02 0.10 0.10 0.10 0.07 0.08
C5 0.07 0.04 0.05 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.05 0.05 0.05 0.02 0.05 0.03 0.02 0.08 0.06 0.08 0.04 0.04
C5' 0.09 0.04 0.06 0.04 0.05 0.05 0.08 0.05 0.08 0.07 0.04 0.04 0.02 0.04 0.01 0.11 0.10 0.11 0.08 0.08
C6 0.06 0.05 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.02 0.07 0.03 0.03 0.07 0.05 0.07 0.03 0.03
C8 0.07 0.04 0.05 0.03 0.04 0.03 0.06 0.03 0.05 0.05 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.08 0.07 0.08 0.04 0.05
N1 0.07 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.01 0.05 0.02 0.02 0.08 0.08 0.09 0.05 0.06
N2 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03 0.05 0.09 0.09 0.05 0.06
N3 0.06 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.05 0.04 0.05 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.07 0.09 0.09 0.05 0.06
N7 0.07 0.05 0.06 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.05 0.05 0.05 0.03 0.06 0.05 0.02 0.09 0.06 0.07 0.04 0.04
N9 0.07 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.06 0.05 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.09 0.09 0.09 0.06 0.06
O2' 0.07 0.02 0.04 0.03 0.05 0.04 0.08 0.06 0.07 0.05 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.08 0.12 0.12 0.09 0.09
O3' 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.06 0.05 0.07 0.08 0.06 0.05
O4' 0.09 0.04 0.07 0.05 0.06 0.06 0.09 0.06 0.09 0.07 0.04 0.04 0.01 0.05 0.00 0.11 0.12 0.12 0.08 0.09
O5' 0.09 0.06 0.07 0.04 0.07 0.05 0.08 0.04 0.08 0.07 0.07 0.06 0.05 0.05 0.01 0.11 0.09 0.10 0.07 0.07
O6 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.08 0.02 0.06 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01
OP1 0.11 0.09 0.10 0.08 0.09 0.07 0.10 0.06 0.10 0.10 0.10 0.08 0.09 0.09 0.03 0.12 0.11 0.11 0.08 0.08
OP2 0.14 0.13 0.13 0.10 0.12 0.10 0.13 0.08 0.12 0.13 0.14 0.11 0.14 0.12 0.05 0.15 0.12 0.13 0.10 0.10
P 0.11 0.08 0.09 0.06 0.08 0.06 0.09 0.05 0.09 0.09 0.09 0.07 0.08 0.08 0.01 0.12 0.09 0.10 0.07 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.02
C2 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.08 0.01 0.12 0.13 0.08 0.10
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.12 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.02
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.02
C4 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.10 0.11 0.09 0.09
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01
C5 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.09 0.10 0.08 0.09
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.06 0.06 0.03 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00
C6 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.09 0.09 0.05 0.08
N1 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.10 0.10 0.05 0.08
N3 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.08 0.03 0.12 0.13 0.09 0.10
N4 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.07 0.09 0.12 0.10 0.10
O2 0.05 0.00 0.12 0.12 0.02 0.06 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.08 0.12 0.03 0.14 0.15 0.08 0.11
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.08 0.00 0.03 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.04 0.12 0.03 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.03 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.03
O5' 0.05 0.12 0.03 0.01 0.10 0.00 0.09 0.00 0.09 0.10 0.12 0.09 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.06 0.13 0.07 0.07 0.11 0.05 0.10 0.04 0.09 0.10 0.13 0.12 0.15 0.05 0.09 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.08 0.00 0.01 0.09 0.03 0.08 0.02 0.05 0.05 0.09 0.10 0.08 0.02 0.02 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.10 0.02 0.02 0.09 0.01 0.09 0.00 0.08 0.08 0.10 0.10 0.11 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00