ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52165

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 4, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N2 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.008
O6 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.021 std_dev=0.016
O4' A 0, 0.025, 0.061, 0.096, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.061 std_dev=0.035
C2' A 0, 0.023, 0.067, 0.111, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.067 std_dev=0.044
O2' A 0, 0.041, 0.095, 0.149, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.095 std_dev=0.054
C4' A 0, 0.054, 0.121, 0.188, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.121 std_dev=0.067
C3' A 0, 0.044, 0.115, 0.186, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.115 std_dev=0.071
O3' A 0, 0.072, 0.173, 0.275, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.173 std_dev=0.101
C3' B 0, 0.133, 0.240, 0.346, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.240 std_dev=0.106
C5' A 0, 0.087, 0.231, 0.375, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.231 std_dev=0.144
C2' B 0, 0.095, 0.239, 0.383, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.239 std_dev=0.144
O3' B 0, 0.141, 0.295, 0.448, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.295 std_dev=0.153
O2' B 0, 0.075, 0.279, 0.483, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.279 std_dev=0.204
C4' B 0, 0.206, 0.446, 0.686, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.446 std_dev=0.240
C1' B 0, 0.133, 0.408, 0.683, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.408 std_dev=0.275
O4' B 0, 0.192, 0.507, 0.823, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.507 std_dev=0.315
C5' B 0, 0.208, 0.555, 0.903, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.555 std_dev=0.347
N9 B 0, 0.220, 0.571, 0.923, 1.376 max_d=1.376 avg_d=0.571 std_dev=0.352
OP1 A 0, 0.045, 0.432, 0.820, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.432 std_dev=0.388
O5' A 0, -0.077, 0.395, 0.866, 1.689 max_d=1.689 avg_d=0.395 std_dev=0.472
O5' B 0, 0.178, 0.665, 1.152, 1.861 max_d=1.861 avg_d=0.665 std_dev=0.487
P A 0, -0.015, 0.479, 0.973, 1.793 max_d=1.793 avg_d=0.479 std_dev=0.494
C5 B 0, 0.365, 0.867, 1.368, 1.894 max_d=1.894 avg_d=0.867 std_dev=0.502
C4 B 0, 0.238, 0.793, 1.347, 2.182 max_d=2.182 avg_d=0.793 std_dev=0.554
P B 0, 0.055, 0.613, 1.171, 2.073 max_d=2.073 avg_d=0.613 std_dev=0.558
OP2 B 0, 0.026, 0.601, 1.176, 2.098 max_d=2.098 avg_d=0.601 std_dev=0.575
OP1 B 0, 0.097, 0.731, 1.365, 2.304 max_d=2.304 avg_d=0.731 std_dev=0.634
N7 B 0, 0.324, 0.979, 1.634, 2.512 max_d=2.512 avg_d=0.979 std_dev=0.655
OP2 A 0, -0.062, 0.636, 1.333, 2.521 max_d=2.521 avg_d=0.636 std_dev=0.698
C8 B 0, 0.193, 0.909, 1.625, 2.766 max_d=2.766 avg_d=0.909 std_dev=0.716
N6 B 0, 0.538, 1.287, 2.036, 2.871 max_d=2.871 avg_d=1.287 std_dev=0.749
C6 B 0, 0.399, 1.185, 1.971, 3.086 max_d=3.086 avg_d=1.185 std_dev=0.786
N3 B 0, 0.053, 1.160, 2.267, 4.166 max_d=4.166 avg_d=1.160 std_dev=1.107
N1 B 0, 0.209, 1.535, 2.860, 5.081 max_d=5.081 avg_d=1.535 std_dev=1.325
C2 B 0, 0.055, 1.536, 3.016, 5.566 max_d=5.566 avg_d=1.536 std_dev=1.480

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.37 0.10
C2 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.01 0.12 0.00 0.06 0.37 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.05 0.06 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.16 0.03 0.14 0.19 0.06
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.06 0.03 0.07 0.07 0.06 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.26 0.06 0.22 0.08 0.17
C4 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.14 0.00 0.07 0.37 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.28 0.04
C5 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.20 0.00 0.09 0.33 0.08
C5' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.08 0.00 0.11 0.00 0.11 0.12 0.09 0.06 0.06 0.13 0.08 0.02 0.02 0.01 0.01 0.12 0.08 0.27 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.21 0.00 0.09 0.31 0.08
C8 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.21 0.01 0.09 0.34 0.07
N1 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.17 0.00 0.08 0.34 0.08
N2 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.09 0.01 0.10 0.00 0.06 0.38 0.10
N3 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.10 0.00 0.05 0.38 0.10
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.24 0.01 0.10 0.30 0.08
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.13 0.00 0.06 0.37 0.08
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.14 0.22 0.02
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.07 0.03 0.08 0.09 0.07 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.27 0.07 0.32 0.10 0.25
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.01 0.06 0.44 0.16
O5' 0.04 0.12 0.16 0.26 0.14 0.01 0.20 0.01 0.21 0.21 0.17 0.10 0.10 0.24 0.13 0.05 0.27 0.09 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.24 0.00 0.11 0.27 0.08
OP1 0.02 0.06 0.14 0.22 0.07 0.07 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.06 0.05 0.10 0.06 0.14 0.32 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00
OP2 0.37 0.37 0.19 0.08 0.37 0.28 0.33 0.27 0.31 0.34 0.34 0.38 0.38 0.30 0.37 0.22 0.10 0.44 0.01 0.27 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.09 0.06 0.17 0.08 0.04 0.08 0.01 0.08 0.07 0.08 0.10 0.10 0.08 0.08 0.02 0.25 0.16 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.17 0.10 0.11 0.09 0.18 0.09 0.22 0.10 0.16 0.14 0.14 0.09 0.14 0.11 0.12 0.11 0.21 0.15 0.17 0.18 0.12
C2 0.09 0.46 0.08 0.10 0.19 0.17 0.14 0.19 0.23 0.19 0.38 0.39 0.19 0.15 0.09 0.07 0.10 0.16 0.23 0.28 0.19 0.21
C2' 0.10 0.26 0.09 0.10 0.10 0.18 0.09 0.22 0.13 0.17 0.22 0.21 0.11 0.13 0.09 0.09 0.11 0.20 0.16 0.17 0.17 0.13
C3' 0.12 0.21 0.09 0.11 0.08 0.19 0.08 0.23 0.09 0.20 0.17 0.16 0.08 0.17 0.12 0.11 0.12 0.23 0.16 0.14 0.18 0.11
C4 0.12 0.25 0.10 0.11 0.09 0.19 0.09 0.22 0.11 0.22 0.20 0.20 0.10 0.18 0.12 0.11 0.11 0.21 0.17 0.19 0.17 0.14
C4' 0.15 0.20 0.12 0.11 0.13 0.19 0.13 0.22 0.13 0.18 0.18 0.17 0.13 0.16 0.14 0.15 0.12 0.23 0.14 0.14 0.22 0.12
C5 0.15 0.28 0.11 0.11 0.09 0.20 0.11 0.24 0.11 0.29 0.21 0.22 0.11 0.24 0.15 0.14 0.12 0.23 0.16 0.16 0.18 0.12
C5' 0.14 0.22 0.13 0.12 0.14 0.16 0.14 0.20 0.15 0.18 0.20 0.19 0.14 0.16 0.14 0.17 0.16 0.21 0.17 0.18 0.34 0.20
C6 0.13 0.43 0.10 0.11 0.14 0.20 0.12 0.24 0.18 0.33 0.34 0.36 0.15 0.26 0.14 0.11 0.12 0.21 0.19 0.19 0.17 0.14
C8 0.17 0.14 0.13 0.12 0.10 0.20 0.13 0.24 0.09 0.26 0.10 0.12 0.11 0.23 0.17 0.16 0.12 0.25 0.14 0.13 0.20 0.11
N1 0.09 0.53 0.08 0.10 0.20 0.18 0.14 0.21 0.24 0.27 0.43 0.45 0.20 0.21 0.10 0.06 0.10 0.17 0.23 0.26 0.19 0.20
N2 0.10 0.57 0.10 0.10 0.26 0.15 0.19 0.17 0.31 0.15 0.48 0.48 0.26 0.11 0.10 0.11 0.11 0.14 0.26 0.33 0.21 0.25
N3 0.10 0.32 0.09 0.10 0.13 0.18 0.10 0.20 0.16 0.17 0.27 0.27 0.14 0.13 0.09 0.08 0.11 0.18 0.20 0.24 0.17 0.17
N7 0.18 0.18 0.13 0.12 0.09 0.21 0.14 0.25 0.09 0.32 0.13 0.14 0.12 0.28 0.19 0.17 0.12 0.26 0.15 0.13 0.20 0.11
N9 0.13 0.17 0.11 0.11 0.08 0.19 0.10 0.23 0.09 0.21 0.13 0.14 0.09 0.18 0.13 0.13 0.11 0.22 0.15 0.16 0.18 0.12
O2' 0.09 0.27 0.10 0.10 0.12 0.17 0.10 0.20 0.15 0.12 0.24 0.22 0.14 0.10 0.08 0.09 0.11 0.19 0.17 0.20 0.17 0.15
O3' 0.12 0.26 0.09 0.11 0.09 0.19 0.09 0.24 0.12 0.21 0.22 0.20 0.10 0.17 0.11 0.10 0.12 0.23 0.17 0.15 0.16 0.12
O4' 0.16 0.23 0.14 0.12 0.16 0.19 0.15 0.23 0.17 0.18 0.21 0.20 0.16 0.16 0.15 0.16 0.12 0.24 0.14 0.15 0.21 0.12
O5' 0.18 0.24 0.13 0.15 0.19 0.27 0.19 0.36 0.19 0.23 0.22 0.22 0.20 0.22 0.19 0.15 0.11 0.29 0.25 0.23 0.21 0.22
O6 0.15 0.50 0.10 0.11 0.15 0.21 0.14 0.26 0.20 0.40 0.39 0.41 0.18 0.33 0.17 0.13 0.13 0.23 0.19 0.16 0.17 0.13
OP1 0.11 0.16 0.15 0.15 0.08 0.16 0.10 0.21 0.09 0.20 0.12 0.12 0.10 0.18 0.12 0.19 0.17 0.20 0.24 0.25 0.39 0.26
OP2 0.33 0.35 0.42 0.39 0.32 0.30 0.31 0.26 0.30 0.33 0.32 0.35 0.30 0.32 0.32 0.48 0.43 0.30 0.35 0.35 0.43 0.35
P 0.11 0.15 0.15 0.13 0.08 0.15 0.10 0.22 0.09 0.19 0.12 0.12 0.10 0.18 0.12 0.21 0.16 0.19 0.18 0.17 0.27 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.23 0.12 0.09
C2 0.02 0.00 0.24 0.61 0.00 0.45 0.00 0.67 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.69 0.15 0.71 0.94 0.70 0.86
C2' 0.00 0.24 0.00 0.00 0.11 0.00 0.04 0.01 0.09 0.12 0.17 0.25 0.05 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.29 0.09 0.12
C3' 0.01 0.61 0.00 0.00 0.28 0.00 0.13 0.01 0.25 0.30 0.46 0.60 0.17 0.19 0.05 0.00 0.00 0.01 0.08 0.28 0.10 0.14
C4 0.01 0.00 0.11 0.28 0.00 0.23 0.00 0.35 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.29 0.09 0.32 0.49 0.30 0.40
C4' 0.01 0.45 0.00 0.00 0.23 0.00 0.13 0.00 0.22 0.23 0.36 0.43 0.16 0.15 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.12 0.09 0.03
C5 0.01 0.00 0.04 0.13 0.00 0.13 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.14 0.04 0.24 0.47 0.33 0.35
C5' 0.03 0.67 0.01 0.01 0.35 0.00 0.24 0.00 0.37 0.33 0.57 0.61 0.31 0.24 0.12 0.01 0.03 0.01 0.01 0.08 0.13 0.01
C6 0.01 0.00 0.09 0.25 0.00 0.22 0.00 0.37 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.28 0.08 0.37 0.60 0.41 0.49
C8 0.01 0.00 0.12 0.30 0.00 0.23 0.00 0.33 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.31 0.08 0.41 0.64 0.60 0.54
N1 0.02 0.00 0.17 0.46 0.00 0.36 0.00 0.57 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.53 0.12 0.59 0.84 0.59 0.74
N3 0.02 0.00 0.25 0.60 0.00 0.43 0.00 0.61 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.64 0.15 0.62 0.78 0.57 0.73
N6 0.01 0.00 0.05 0.17 0.00 0.16 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.20 0.05 0.32 0.58 0.44 0.46
N7 0.00 0.00 0.08 0.19 0.00 0.15 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.21 0.04 0.34 0.60 0.57 0.49
N9 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.13 0.34 0.23 0.22
O2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.06 0.02 0.04 0.01 0.06 0.04 0.09 0.10 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.04 0.24 0.08 0.07
O3' 0.01 0.69 0.01 0.00 0.29 0.02 0.14 0.03 0.28 0.31 0.53 0.64 0.20 0.21 0.05 0.02 0.00 0.02 0.12 0.29 0.07 0.14
O4' 0.00 0.15 0.01 0.01 0.09 0.00 0.04 0.01 0.08 0.08 0.12 0.15 0.05 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.13 0.12 0.03
O5' 0.03 0.71 0.05 0.08 0.32 0.01 0.24 0.01 0.37 0.41 0.59 0.62 0.32 0.34 0.13 0.04 0.12 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.23 0.94 0.29 0.28 0.49 0.12 0.47 0.08 0.60 0.64 0.84 0.78 0.58 0.60 0.34 0.24 0.29 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.70 0.09 0.10 0.30 0.09 0.33 0.13 0.41 0.60 0.59 0.57 0.44 0.57 0.23 0.08 0.07 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.86 0.12 0.14 0.40 0.03 0.35 0.01 0.49 0.54 0.74 0.73 0.46 0.49 0.22 0.07 0.14 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00