ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52166

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.008, 0.018, 0.027, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.011, 0.023, 0.034, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.023 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.013, 0.025, 0.036, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.025 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.025 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.025 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.009, 0.027, 0.046, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.027 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.012, 0.031, 0.050, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.031 std_dev=0.019
O6 A 0, 0.028, 0.059, 0.090, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.059 std_dev=0.031
N2 A 0, 0.015, 0.047, 0.078, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.047 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.030, 0.078, 0.125, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.078 std_dev=0.047
C2' A 0, 0.056, 0.117, 0.178, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.117 std_dev=0.061
C4' A 0, 0.040, 0.115, 0.190, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.115 std_dev=0.075
C3' A 0, 0.048, 0.140, 0.232, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.140 std_dev=0.092
C5' A 0, 0.088, 0.189, 0.289, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.189 std_dev=0.101
O2' A 0, 0.125, 0.228, 0.332, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.228 std_dev=0.104
O3' A 0, 0.030, 0.142, 0.254, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.142 std_dev=0.112
C4 B 0, 0.067, 0.182, 0.298, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.182 std_dev=0.116
C5 B 0, 0.150, 0.270, 0.389, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.270 std_dev=0.119
N3 B 0, 0.132, 0.269, 0.406, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.269 std_dev=0.137
O5' A 0, 0.162, 0.300, 0.438, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.300 std_dev=0.138
C6 B 0, 0.097, 0.252, 0.406, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.252 std_dev=0.155
N9 B 0, 0.263, 0.458, 0.653, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.458 std_dev=0.195
P A 0, 0.230, 0.428, 0.626, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.428 std_dev=0.198
OP1 A 0, 0.229, 0.430, 0.631, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.430 std_dev=0.201
C1' B 0, 0.282, 0.486, 0.691, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.486 std_dev=0.204
N1 B 0, 0.259, 0.478, 0.696, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.478 std_dev=0.218
O4' B 0, 0.311, 0.531, 0.751, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.531 std_dev=0.220
C2' B 0, 0.319, 0.542, 0.764, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.542 std_dev=0.223
C2 B 0, 0.260, 0.483, 0.707, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.483 std_dev=0.224
O5' B 0, 0.257, 0.482, 0.707, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.482 std_dev=0.225
N7 B 0, 0.353, 0.601, 0.848, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.601 std_dev=0.247
OP2 A 0, 0.287, 0.536, 0.785, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.536 std_dev=0.249
O2' B 0, 0.345, 0.599, 0.853, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.599 std_dev=0.254
O3' B 0, 0.361, 0.618, 0.875, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.618 std_dev=0.257
C3' B 0, 0.360, 0.625, 0.890, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.625 std_dev=0.265
C4' B 0, 0.372, 0.646, 0.920, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.646 std_dev=0.274
C8 B 0, 0.415, 0.704, 0.993, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.704 std_dev=0.289
P B 0, 0.312, 0.604, 0.897, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.604 std_dev=0.292
N6 B 0, 0.047, 0.348, 0.649, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.348 std_dev=0.301
OP1 B 0, 0.429, 0.811, 1.193, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.811 std_dev=0.382
OP2 B 0, 0.548, 0.965, 1.382, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.965 std_dev=0.417
C5' B 0, 0.364, 0.932, 1.500, 1.733 max_d=1.733 avg_d=0.932 std_dev=0.568

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.04 0.04 0.07 0.05
C2 0.03 0.00 0.05 0.06 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.10 0.09 0.02 0.03 0.02 0.04 0.08 0.06
C2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.05 0.05 0.04
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.03 0.02
C4 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.06 0.01 0.03 0.02 0.04 0.08 0.06
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.04 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.01 0.05 0.03 0.06 0.08 0.06
C5' 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03 0.04 0.02 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.04 0.04 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.08 0.06 0.02 0.05 0.01 0.06 0.09 0.07
C8 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.06 0.04 0.06 0.09 0.06
N1 0.03 0.01 0.05 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.09 0.08 0.03 0.05 0.02 0.06 0.08 0.06
N2 0.05 0.00 0.06 0.08 0.02 0.05 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.11 0.12 0.04 0.03 0.04 0.03 0.09 0.07
N3 0.03 0.02 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.09 0.08 0.02 0.02 0.01 0.03 0.08 0.06
N7 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.04 0.03 0.07 0.05 0.07 0.08 0.07
N9 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.03 0.05 0.08 0.06
O2' 0.02 0.10 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.03 0.08 0.03 0.09 0.11 0.09 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.09 0.06 0.05 0.04
O3' 0.04 0.09 0.01 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.08 0.12 0.08 0.04 0.04 0.02 0.00 0.03 0.02 0.06 0.09 0.03 0.02
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.04 0.07 0.05
O5' 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.06 0.05 0.03 0.02 0.07 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.07 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.05 0.03 0.09 0.06 0.04 0.07 0.00 0.07 0.11 0.09
OP1 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.05 0.06 0.04 0.06 0.06 0.06 0.03 0.03 0.07 0.05 0.06 0.09 0.04 0.02 0.07 0.00 0.03 0.02
OP2 0.07 0.08 0.05 0.03 0.08 0.04 0.08 0.04 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.05 0.03 0.07 0.02 0.11 0.03 0.00 0.01
P 0.05 0.06 0.04 0.02 0.06 0.03 0.06 0.02 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.04 0.02 0.05 0.01 0.09 0.02 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.08 0.12 0.13 0.04 0.19 0.03 0.54 0.08 0.12 0.10 0.06 0.13 0.08 0.10 0.18 0.12 0.08 0.21 0.23 0.06 0.13
C2 0.09 0.08 0.12 0.10 0.04 0.16 0.07 0.34 0.09 0.11 0.08 0.10 0.16 0.13 0.07 0.16 0.13 0.08 0.30 0.24 0.10 0.17
C2' 0.11 0.08 0.12 0.14 0.04 0.17 0.04 0.47 0.06 0.12 0.08 0.07 0.09 0.09 0.10 0.19 0.12 0.09 0.20 0.23 0.07 0.12
C3' 0.13 0.07 0.13 0.12 0.07 0.15 0.05 0.47 0.02 0.14 0.07 0.07 0.04 0.11 0.12 0.20 0.12 0.10 0.21 0.25 0.07 0.13
C4 0.11 0.08 0.13 0.12 0.04 0.21 0.07 0.52 0.12 0.10 0.11 0.07 0.18 0.10 0.09 0.17 0.12 0.08 0.23 0.23 0.07 0.14
C4' 0.14 0.07 0.14 0.11 0.07 0.16 0.05 0.54 0.03 0.16 0.08 0.06 0.06 0.12 0.13 0.21 0.12 0.10 0.19 0.25 0.06 0.13
C5 0.11 0.08 0.14 0.12 0.03 0.24 0.09 0.59 0.15 0.09 0.13 0.06 0.23 0.12 0.08 0.17 0.13 0.08 0.21 0.23 0.07 0.13
C5' 0.14 0.06 0.13 0.11 0.07 0.16 0.08 0.55 0.03 0.18 0.07 0.04 0.05 0.15 0.14 0.21 0.11 0.11 0.16 0.26 0.06 0.13
C6 0.09 0.07 0.14 0.12 0.04 0.25 0.12 0.56 0.16 0.10 0.12 0.06 0.24 0.16 0.06 0.15 0.15 0.07 0.24 0.23 0.07 0.14
C8 0.10 0.11 0.13 0.12 0.03 0.24 0.07 0.64 0.16 0.11 0.16 0.05 0.23 0.08 0.09 0.17 0.11 0.07 0.16 0.22 0.06 0.12
N1 0.08 0.08 0.12 0.11 0.04 0.21 0.10 0.41 0.13 0.12 0.09 0.08 0.20 0.16 0.06 0.14 0.15 0.07 0.28 0.23 0.09 0.15
N2 0.10 0.10 0.11 0.09 0.05 0.10 0.06 0.19 0.07 0.11 0.07 0.12 0.13 0.13 0.08 0.15 0.13 0.09 0.34 0.26 0.14 0.20
N3 0.11 0.08 0.13 0.11 0.04 0.17 0.06 0.41 0.09 0.10 0.08 0.09 0.15 0.11 0.09 0.17 0.12 0.08 0.27 0.23 0.09 0.15
N7 0.10 0.11 0.13 0.12 0.03 0.26 0.10 0.67 0.18 0.09 0.17 0.05 0.26 0.10 0.08 0.16 0.12 0.07 0.15 0.22 0.06 0.12
N9 0.11 0.09 0.13 0.12 0.03 0.21 0.05 0.57 0.12 0.11 0.12 0.06 0.18 0.08 0.09 0.18 0.11 0.08 0.20 0.23 0.06 0.13
O2' 0.11 0.09 0.12 0.19 0.07 0.20 0.08 0.45 0.09 0.13 0.09 0.08 0.12 0.12 0.10 0.16 0.15 0.12 0.19 0.19 0.10 0.10
O3' 0.12 0.08 0.12 0.15 0.06 0.17 0.04 0.48 0.02 0.13 0.07 0.08 0.04 0.10 0.11 0.19 0.14 0.10 0.20 0.22 0.09 0.12
O4' 0.14 0.08 0.14 0.11 0.06 0.18 0.03 0.57 0.06 0.15 0.09 0.07 0.10 0.10 0.13 0.20 0.12 0.10 0.20 0.25 0.06 0.14
O5' 0.14 0.07 0.14 0.12 0.07 0.19 0.07 0.61 0.05 0.19 0.10 0.03 0.07 0.16 0.14 0.20 0.11 0.12 0.14 0.24 0.06 0.12
O6 0.09 0.08 0.15 0.13 0.05 0.28 0.15 0.63 0.19 0.10 0.15 0.05 0.29 0.20 0.04 0.15 0.17 0.08 0.23 0.23 0.09 0.15
OP1 0.16 0.06 0.15 0.10 0.10 0.16 0.10 0.58 0.03 0.20 0.06 0.06 0.04 0.17 0.16 0.23 0.11 0.13 0.15 0.24 0.07 0.12
OP2 0.16 0.07 0.14 0.13 0.11 0.23 0.11 0.69 0.07 0.20 0.07 0.08 0.07 0.18 0.17 0.21 0.11 0.12 0.08 0.18 0.06 0.06
P 0.14 0.06 0.13 0.14 0.08 0.21 0.08 0.65 0.04 0.19 0.07 0.05 0.06 0.16 0.15 0.20 0.11 0.11 0.12 0.21 0.06 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.10 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.11 0.04 0.04 0.08 0.10 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.24 0.05 0.06
C2 0.10 0.00 0.07 0.05 0.02 0.08 0.01 0.22 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.19 0.07 0.11 0.05 0.21 0.04 0.04
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.07 0.02 0.04 0.06 0.08 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.28 0.01 0.13
C3' 0.02 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.12 0.01 0.11 0.16 0.05 0.06 0.17 0.18 0.06 0.02 0.01 0.04 0.29 0.28 0.07 0.17
C4 0.04 0.02 0.02 0.04 0.00 0.05 0.01 0.33 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.03 0.04 0.06 0.21 0.07 0.04
C4' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.05 0.00 0.18 0.01 0.15 0.31 0.05 0.11 0.25 0.31 0.12 0.11 0.01 0.00 0.02 0.08 0.12 0.09
C5 0.02 0.01 0.02 0.12 0.01 0.18 0.00 0.54 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.08 0.03 0.15 0.17 0.14 0.09
C5' 0.11 0.22 0.07 0.01 0.33 0.01 0.54 0.00 0.53 0.66 0.37 0.15 0.68 0.72 0.36 0.08 0.11 0.02 0.00 0.07 0.23 0.01
C6 0.04 0.01 0.02 0.11 0.01 0.15 0.01 0.53 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.11 0.07 0.03 0.17 0.14 0.15 0.11
C8 0.04 0.02 0.04 0.16 0.01 0.31 0.01 0.66 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.13 0.09 0.12 0.21 0.15 0.09
N1 0.08 0.00 0.06 0.05 0.03 0.05 0.02 0.37 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.16 0.04 0.08 0.12 0.16 0.09 0.06
N3 0.10 0.01 0.08 0.06 0.01 0.11 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.17 0.08 0.11 0.03 0.24 0.03 0.07
N6 0.01 0.01 0.03 0.17 0.00 0.25 0.02 0.68 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.08 0.12 0.04 0.26 0.13 0.22 0.20
N7 0.03 0.02 0.04 0.18 0.02 0.31 0.01 0.72 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.04 0.14 0.08 0.19 0.18 0.19 0.14
N9 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.36 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.23 0.07 0.05
O2' 0.02 0.19 0.01 0.02 0.10 0.11 0.08 0.08 0.11 0.03 0.16 0.17 0.08 0.04 0.04 0.00 0.03 0.02 0.16 0.22 0.06 0.08
O3' 0.03 0.07 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.11 0.07 0.13 0.04 0.08 0.12 0.14 0.05 0.03 0.00 0.06 0.26 0.19 0.04 0.11
O4' 0.00 0.11 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.09 0.08 0.11 0.04 0.08 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.21 0.08 0.02
O5' 0.06 0.05 0.20 0.29 0.06 0.02 0.15 0.00 0.17 0.12 0.12 0.03 0.26 0.19 0.03 0.16 0.26 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.24 0.21 0.28 0.28 0.21 0.08 0.17 0.07 0.14 0.21 0.16 0.24 0.13 0.18 0.23 0.22 0.19 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.04 0.01 0.07 0.07 0.12 0.14 0.23 0.15 0.15 0.09 0.03 0.22 0.19 0.07 0.06 0.04 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.04 0.13 0.17 0.04 0.09 0.09 0.01 0.11 0.09 0.06 0.07 0.20 0.14 0.05 0.08 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00