ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52168

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.004, 0.007, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N9 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.005
O6 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C8 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.008, 0.022, 0.035, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.014
O4' A 0, 0.008, 0.056, 0.103, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.056 std_dev=0.048
C2' A 0, 0.015, 0.076, 0.136, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.076 std_dev=0.061
C4' A 0, 0.025, 0.101, 0.178, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.101 std_dev=0.076
C3' A 0, 0.024, 0.101, 0.178, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.101 std_dev=0.077
O3' A 0, 0.018, 0.142, 0.266, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.142 std_dev=0.124
O2' A 0, 0.037, 0.175, 0.313, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.175 std_dev=0.138
C5' A 0, 0.097, 0.241, 0.385, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.241 std_dev=0.144
C5' B 0, 0.155, 0.311, 0.466, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.311 std_dev=0.156
O5' A 0, 0.164, 0.321, 0.479, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.321 std_dev=0.157
C4 B 0, 0.127, 0.288, 0.450, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.288 std_dev=0.161
N1 B 0, 0.148, 0.314, 0.480, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.314 std_dev=0.166
N3 B 0, 0.133, 0.302, 0.470, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.302 std_dev=0.168
C2 B 0, 0.138, 0.308, 0.477, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.308 std_dev=0.170
C5 B 0, 0.106, 0.276, 0.446, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.276 std_dev=0.170
C6 B 0, 0.126, 0.297, 0.468, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.297 std_dev=0.171
C4' B 0, 0.159, 0.332, 0.505, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.332 std_dev=0.173
O4' B 0, 0.129, 0.304, 0.480, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.304 std_dev=0.176
N9 B 0, 0.140, 0.317, 0.494, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.317 std_dev=0.177
O5' B 0, 0.190, 0.369, 0.549, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.369 std_dev=0.179
N7 B 0, 0.110, 0.294, 0.478, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.294 std_dev=0.184
C8 B 0, 0.132, 0.316, 0.501, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.316 std_dev=0.185
N6 B 0, 0.150, 0.343, 0.535, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.343 std_dev=0.193
OP2 B 0, 0.252, 0.446, 0.640, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.446 std_dev=0.194
C1' B 0, 0.154, 0.352, 0.551, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.352 std_dev=0.199
P B 0, 0.238, 0.442, 0.646, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.442 std_dev=0.204
C3' B 0, 0.204, 0.409, 0.615, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.409 std_dev=0.205
OP1 B 0, 0.254, 0.474, 0.694, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.474 std_dev=0.220
O3' B 0, 0.219, 0.440, 0.662, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.440 std_dev=0.222
C2' B 0, 0.214, 0.441, 0.669, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.441 std_dev=0.227
P A 0, 0.242, 0.481, 0.720, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.481 std_dev=0.239
O2' B 0, 0.215, 0.459, 0.704, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.459 std_dev=0.244
OP1 A 0, 0.295, 0.607, 0.920, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.607 std_dev=0.313
OP2 A 0, 0.307, 0.623, 0.938, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.623 std_dev=0.315

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.04 0.01 0.07 0.08 0.05
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.08 0.05 0.09 0.01 0.11 0.12 0.10
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.10 0.13 0.08
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.11 0.13 0.08
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.03 0.09 0.01 0.10 0.11 0.10
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.02 0.05 0.00 0.01 0.04 0.07 0.05 0.03
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.11 0.01 0.12 0.14 0.12
C5' 0.02 0.09 0.03 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.10 0.08 0.10 0.10 0.08 0.09 0.06 0.02 0.04 0.01 0.00 0.11 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03 0.11 0.00 0.13 0.16 0.13
C8 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.09 0.01 0.12 0.12 0.11
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.04 0.11 0.01 0.12 0.14 0.12
N2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.09 0.06 0.09 0.01 0.11 0.11 0.10
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.08 0.05 0.08 0.01 0.10 0.10 0.09
N7 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.11 0.01 0.13 0.15 0.13
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.09 0.09 0.08
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.06 0.10 0.08 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.12 0.18 0.12
O3' 0.07 0.08 0.01 0.01 0.07 0.05 0.06 0.04 0.07 0.05 0.08 0.09 0.08 0.05 0.06 0.01 0.00 0.08 0.08 0.06 0.12 0.17 0.11
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02
O5' 0.04 0.09 0.05 0.03 0.09 0.01 0.11 0.00 0.11 0.09 0.11 0.09 0.08 0.11 0.07 0.06 0.08 0.03 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.12 0.00 0.14 0.18 0.14
OP1 0.07 0.11 0.10 0.11 0.10 0.07 0.12 0.04 0.13 0.12 0.12 0.11 0.10 0.13 0.09 0.12 0.12 0.05 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.12 0.13 0.13 0.11 0.05 0.14 0.02 0.16 0.12 0.14 0.11 0.10 0.15 0.09 0.18 0.17 0.05 0.01 0.18 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.10 0.08 0.08 0.10 0.03 0.12 0.01 0.13 0.11 0.12 0.10 0.09 0.13 0.08 0.12 0.11 0.02 0.01 0.14 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.11 0.13 0.12 0.11 0.13 0.13 0.11 0.16 0.15 0.15 0.09 0.22 0.15 0.13 0.13 0.12 0.14 0.11 0.11 0.12 0.11
C2 0.11 0.08 0.10 0.11 0.04 0.13 0.08 0.13 0.12 0.08 0.11 0.06 0.16 0.08 0.07 0.11 0.12 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13
C2' 0.13 0.12 0.12 0.10 0.10 0.11 0.12 0.09 0.15 0.13 0.15 0.09 0.21 0.12 0.12 0.12 0.10 0.14 0.09 0.10 0.11 0.09
C3' 0.14 0.14 0.14 0.12 0.13 0.13 0.14 0.10 0.17 0.16 0.17 0.12 0.21 0.15 0.14 0.14 0.12 0.15 0.10 0.10 0.11 0.10
C4 0.11 0.07 0.10 0.10 0.05 0.12 0.08 0.11 0.13 0.10 0.11 0.05 0.19 0.09 0.09 0.11 0.11 0.13 0.11 0.11 0.12 0.11
C4' 0.14 0.12 0.13 0.12 0.11 0.13 0.13 0.11 0.15 0.16 0.15 0.10 0.19 0.15 0.13 0.14 0.12 0.15 0.11 0.11 0.12 0.10
C5 0.09 0.08 0.08 0.08 0.04 0.09 0.09 0.09 0.14 0.06 0.12 0.05 0.21 0.10 0.05 0.08 0.08 0.12 0.10 0.11 0.12 0.10
C5' 0.12 0.11 0.12 0.11 0.09 0.11 0.08 0.10 0.11 0.13 0.13 0.09 0.15 0.11 0.11 0.12 0.11 0.13 0.10 0.12 0.14 0.11
C6 0.08 0.10 0.06 0.06 0.08 0.08 0.13 0.09 0.16 0.07 0.14 0.08 0.21 0.14 0.06 0.07 0.07 0.10 0.10 0.11 0.13 0.11
C8 0.11 0.07 0.10 0.09 0.05 0.10 0.08 0.08 0.13 0.09 0.12 0.05 0.20 0.09 0.08 0.09 0.08 0.13 0.09 0.10 0.11 0.10
N1 0.08 0.10 0.07 0.08 0.07 0.11 0.12 0.12 0.15 0.07 0.13 0.08 0.19 0.12 0.04 0.08 0.09 0.10 0.12 0.13 0.13 0.13
N2 0.12 0.09 0.12 0.13 0.07 0.15 0.07 0.15 0.10 0.09 0.10 0.08 0.12 0.08 0.09 0.13 0.14 0.15 0.15 0.15 0.14 0.14
N3 0.13 0.08 0.12 0.12 0.08 0.13 0.09 0.13 0.12 0.12 0.11 0.07 0.17 0.11 0.11 0.12 0.13 0.14 0.13 0.13 0.13 0.12
N7 0.10 0.08 0.08 0.07 0.05 0.09 0.09 0.07 0.14 0.06 0.12 0.05 0.21 0.09 0.06 0.08 0.07 0.12 0.08 0.10 0.11 0.09
N9 0.12 0.08 0.11 0.10 0.07 0.11 0.09 0.10 0.14 0.12 0.12 0.06 0.20 0.11 0.10 0.11 0.10 0.13 0.10 0.11 0.12 0.11
O2' 0.16 0.20 0.15 0.12 0.17 0.13 0.18 0.10 0.22 0.15 0.22 0.18 0.26 0.16 0.16 0.16 0.12 0.16 0.09 0.09 0.11 0.09
O3' 0.10 0.11 0.10 0.09 0.07 0.10 0.08 0.08 0.11 0.11 0.13 0.08 0.15 0.10 0.09 0.10 0.10 0.11 0.09 0.10 0.12 0.09
O4' 0.13 0.09 0.13 0.13 0.10 0.13 0.11 0.12 0.13 0.16 0.13 0.07 0.20 0.15 0.13 0.13 0.13 0.15 0.12 0.12 0.13 0.12
O5' 0.14 0.09 0.13 0.13 0.09 0.13 0.08 0.11 0.10 0.15 0.11 0.08 0.14 0.11 0.13 0.13 0.12 0.16 0.10 0.12 0.13 0.10
O6 0.09 0.12 0.07 0.05 0.11 0.07 0.16 0.06 0.18 0.13 0.15 0.11 0.22 0.18 0.10 0.07 0.05 0.10 0.08 0.11 0.13 0.11
OP1 0.13 0.13 0.13 0.12 0.10 0.13 0.09 0.11 0.13 0.14 0.15 0.10 0.16 0.11 0.12 0.13 0.12 0.15 0.10 0.12 0.12 0.10
OP2 0.18 0.08 0.18 0.17 0.11 0.18 0.09 0.16 0.09 0.17 0.10 0.10 0.13 0.12 0.16 0.17 0.17 0.21 0.15 0.15 0.14 0.14
P 0.14 0.10 0.13 0.13 0.09 0.14 0.07 0.11 0.10 0.14 0.12 0.08 0.15 0.10 0.12 0.13 0.13 0.16 0.11 0.12 0.12 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01
C2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.05 0.02 0.04 0.03 0.10 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.08 0.04 0.03 0.07 0.08 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.07 0.06 0.11 0.07
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.08 0.03 0.02 0.07 0.08 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.12 0.12 0.17 0.13
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.12 0.13 0.09 0.04 0.14 0.15 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.12 0.13 0.19 0.14
C8 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.03 0.14 0.14 0.17 0.15
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.02 0.08 0.08 0.15 0.10
N3 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.02 0.03 0.02 0.07 0.03
N6 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.03 0.15 0.17 0.24 0.18
N7 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.03 0.16 0.17 0.21 0.18
N9 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.06 0.09 0.07
O2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.07 0.07 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.05 0.08 0.05 0.04 0.07 0.08 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.03
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02
O5' 0.01 0.04 0.02 0.02 0.07 0.01 0.12 0.00 0.12 0.14 0.08 0.03 0.15 0.16 0.07 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.03 0.03 0.03 0.06 0.01 0.12 0.01 0.13 0.14 0.08 0.02 0.17 0.17 0.06 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.10 0.03 0.03 0.11 0.03 0.17 0.03 0.19 0.17 0.15 0.07 0.24 0.21 0.09 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.05 0.01 0.02 0.07 0.01 0.13 0.01 0.14 0.15 0.10 0.03 0.18 0.18 0.07 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00