ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52169

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.021 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.014, 0.028, 0.043, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.028 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.005, 0.020, 0.036, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.010, 0.027, 0.044, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.027 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.015, 0.033, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.033 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.018, 0.038, 0.058, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.038 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.022, 0.047, 0.071, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.047 std_dev=0.025
N2 A 0, 0.021, 0.049, 0.078, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.049 std_dev=0.029
O6 A 0, 0.017, 0.049, 0.082, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.049 std_dev=0.032
N7 A 0, 0.018, 0.056, 0.094, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.056 std_dev=0.038
C8 A 0, 0.034, 0.075, 0.116, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.075 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.016, 0.247, 0.478, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.247 std_dev=0.231
C2' A 0, -0.047, 0.230, 0.506, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.230 std_dev=0.277
O2' B 0, 0.092, 0.457, 0.822, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.457 std_dev=0.365
C3' B 0, 0.205, 0.608, 1.010, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.608 std_dev=0.403
C4' A 0, 0.168, 0.617, 1.065, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.617 std_dev=0.449
O4' B 0, 0.147, 0.625, 1.103, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.625 std_dev=0.478
C4' B 0, 0.155, 0.692, 1.229, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.692 std_dev=0.537
C2' B 0, 0.153, 0.747, 1.341, 1.531 max_d=1.531 avg_d=0.747 std_dev=0.594
C5' A 0, 0.281, 0.919, 1.557, 1.776 max_d=1.776 avg_d=0.919 std_dev=0.638
O2' A 0, 0.154, 0.802, 1.450, 1.899 max_d=1.899 avg_d=0.802 std_dev=0.648
C3' A 0, 0.017, 0.726, 1.435, 1.872 max_d=1.872 avg_d=0.726 std_dev=0.709
O5' A 0, 0.299, 1.075, 1.850, 2.166 max_d=2.166 avg_d=1.075 std_dev=0.775
O3' B 0, 0.177, 0.969, 1.761, 2.156 max_d=2.156 avg_d=0.969 std_dev=0.792
C1' B 0, 0.083, 1.018, 1.953, 2.261 max_d=2.261 avg_d=1.018 std_dev=0.935
C5' B 0, 0.078, 1.148, 2.219, 2.676 max_d=2.676 avg_d=1.148 std_dev=1.070
O5' B 0, 0.326, 1.498, 2.669, 3.045 max_d=3.045 avg_d=1.498 std_dev=1.172
O3' A 0, -0.098, 1.196, 2.491, 3.485 max_d=3.485 avg_d=1.196 std_dev=1.295
P A 0, 0.444, 1.759, 3.073, 3.260 max_d=3.260 avg_d=1.759 std_dev=1.315
OP1 A 0, 0.588, 2.102, 3.616, 3.865 max_d=3.865 avg_d=2.102 std_dev=1.514
OP2 A 0, 0.462, 2.031, 3.601, 3.891 max_d=3.891 avg_d=2.031 std_dev=1.569
N9 B 0, 0.008, 1.649, 3.290, 3.888 max_d=3.888 avg_d=1.649 std_dev=1.641
C8 B 0, 0.138, 1.882, 3.626, 4.367 max_d=4.367 avg_d=1.882 std_dev=1.744
P B 0, 0.182, 2.264, 4.347, 5.080 max_d=5.080 avg_d=2.264 std_dev=2.083
OP2 B 0, 0.092, 2.441, 4.790, 5.562 max_d=5.562 avg_d=2.441 std_dev=2.349
N7 B 0, 0.019, 2.625, 5.231, 6.353 max_d=6.353 avg_d=2.625 std_dev=2.606
OP1 B 0, 0.155, 2.775, 5.396, 6.183 max_d=6.183 avg_d=2.775 std_dev=2.620
C4 B 0, -0.182, 2.445, 5.071, 6.027 max_d=6.027 avg_d=2.445 std_dev=2.626
C5 B 0, -0.206, 2.902, 6.011, 7.246 max_d=7.246 avg_d=2.902 std_dev=3.109
N3 B 0, -0.161, 2.957, 6.076, 7.167 max_d=7.167 avg_d=2.957 std_dev=3.119
C2 B 0, -0.241, 3.784, 7.809, 9.262 max_d=9.262 avg_d=3.784 std_dev=4.025
C6 B 0, -0.390, 3.725, 7.840, 9.462 max_d=9.462 avg_d=3.725 std_dev=4.115
N1 B 0, -0.382, 4.138, 8.658, 10.372 max_d=10.372 avg_d=4.138 std_dev=4.520
N6 B 0, -0.432, 4.283, 8.998, 10.923 max_d=10.923 avg_d=4.283 std_dev=4.715

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.27 0.00 0.10 0.01 0.22 0.21 0.03
C2 0.02 0.00 0.20 0.21 0.01 0.05 0.02 0.09 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.35 0.43 0.06 0.21 0.03 0.75 0.42 0.26
C2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.10 0.01 0.05 0.17 0.08 0.09 0.15 0.25 0.20 0.06 0.01 0.00 0.02 0.03 0.38 0.05 0.42 0.52 0.38
C3' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.19 0.00 0.29 0.02 0.28 0.39 0.23 0.25 0.18 0.40 0.20 0.03 0.01 0.02 0.08 0.31 0.19 0.11 0.12
C4 0.00 0.01 0.10 0.19 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.29 0.20 0.02 0.22 0.01 0.72 0.42 0.25
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.12 0.21 0.08 0.08 0.05 0.21 0.09 0.27 0.01 0.01 0.02 0.14 0.15 0.17 0.02
C5 0.01 0.02 0.05 0.29 0.01 0.13 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.33 0.06 0.02 0.34 0.02 0.98 0.58 0.40
C5' 0.05 0.09 0.17 0.02 0.10 0.01 0.18 0.00 0.18 0.21 0.13 0.09 0.08 0.25 0.08 0.10 0.17 0.01 0.01 0.21 0.30 0.34 0.02
C6 0.01 0.02 0.08 0.28 0.01 0.12 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.38 0.11 0.02 0.36 0.01 1.08 0.63 0.45
C8 0.03 0.03 0.09 0.39 0.01 0.21 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.22 0.24 0.09 0.35 0.02 0.83 0.53 0.35
N1 0.01 0.01 0.15 0.23 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.37 0.27 0.04 0.29 0.02 0.95 0.54 0.38
N2 0.03 0.01 0.25 0.25 0.02 0.08 0.02 0.09 0.04 0.03 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.35 0.58 0.07 0.19 0.05 0.69 0.38 0.23
N3 0.01 0.00 0.20 0.18 0.01 0.05 0.01 0.08 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.30 0.44 0.06 0.18 0.02 0.61 0.35 0.19
N7 0.03 0.02 0.06 0.40 0.01 0.21 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.29 0.23 0.07 0.43 0.02 1.09 0.68 0.48
N9 0.01 0.02 0.01 0.20 0.01 0.09 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.20 0.08 0.01 0.18 0.01 0.56 0.36 0.18
O2' 0.01 0.35 0.00 0.03 0.29 0.27 0.33 0.10 0.38 0.22 0.37 0.35 0.30 0.29 0.20 0.00 0.03 0.18 0.28 0.41 0.32 0.54 0.31
O3' 0.27 0.43 0.02 0.01 0.20 0.01 0.06 0.17 0.11 0.24 0.27 0.58 0.44 0.23 0.08 0.03 0.00 0.16 0.16 0.08 0.16 0.30 0.21
O4' 0.00 0.06 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.04 0.07 0.06 0.07 0.01 0.18 0.16 0.00 0.08 0.02 0.15 0.10 0.15
O5' 0.10 0.21 0.38 0.08 0.22 0.02 0.34 0.01 0.36 0.35 0.29 0.19 0.18 0.43 0.18 0.28 0.16 0.08 0.00 0.41 0.02 0.02 0.01
O6 0.01 0.03 0.05 0.31 0.01 0.14 0.02 0.21 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.41 0.08 0.02 0.41 0.00 1.23 0.72 0.53
OP1 0.22 0.75 0.42 0.19 0.72 0.15 0.98 0.30 1.08 0.83 0.95 0.69 0.61 1.09 0.56 0.32 0.16 0.15 0.02 1.23 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.42 0.52 0.11 0.42 0.17 0.58 0.34 0.63 0.53 0.54 0.38 0.35 0.68 0.36 0.54 0.30 0.10 0.02 0.72 0.02 0.00 0.01
P 0.03 0.26 0.38 0.12 0.25 0.02 0.40 0.02 0.45 0.35 0.38 0.23 0.19 0.48 0.18 0.31 0.21 0.15 0.01 0.53 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 1.25 0.23 0.19 1.22 0.18 2.09 0.33 2.53 1.64 2.10 0.76 3.26 2.30 0.97 0.23 0.28 0.16 1.00 1.21 1.64 1.28
C2 0.19 0.41 0.18 0.16 0.66 0.19 1.31 0.33 1.35 1.25 0.87 0.31 1.70 1.64 0.62 0.28 0.27 0.23 0.96 1.14 1.48 1.22
C2' 0.31 0.94 0.34 0.33 1.07 0.23 1.90 0.41 2.24 1.59 1.73 0.60 2.94 2.18 0.91 0.39 0.42 0.21 1.12 1.41 1.90 1.49
C3' 0.31 1.13 0.36 0.35 1.17 0.25 2.02 0.38 2.41 1.67 1.93 0.72 3.18 2.31 0.97 0.48 0.50 0.21 1.10 1.39 1.84 1.46
C4 0.22 1.36 0.23 0.18 1.30 0.24 2.06 0.24 2.42 1.56 2.07 0.88 2.89 2.16 0.99 0.22 0.29 0.18 0.86 0.97 1.43 1.09
C4' 0.21 1.35 0.25 0.20 1.29 0.20 2.18 0.35 2.66 1.71 2.23 0.83 3.48 2.40 1.02 0.28 0.33 0.18 1.01 1.24 1.65 1.29
C5 0.31 1.90 0.26 0.17 1.58 0.31 2.21 0.19 2.64 1.54 2.48 1.35 2.98 2.13 1.13 0.17 0.29 0.19 0.67 0.67 1.20 0.84
C5' 0.25 1.66 0.29 0.24 1.42 0.27 2.29 0.24 2.85 1.69 2.53 1.06 3.66 2.41 1.06 0.33 0.40 0.18 0.87 1.03 1.50 1.11
C6 0.29 1.68 0.24 0.16 1.46 0.35 1.93 0.21 2.21 1.36 2.08 1.28 2.41 1.83 1.05 0.16 0.29 0.21 0.58 0.54 1.06 0.72
C8 0.36 2.16 0.28 0.19 1.71 0.28 2.46 0.20 3.06 1.69 2.93 1.47 3.61 2.38 1.22 0.17 0.30 0.18 0.73 0.74 1.31 0.91
N1 0.17 0.82 0.20 0.16 0.97 0.28 1.46 0.20 1.55 1.22 1.25 0.58 1.77 1.58 0.79 0.23 0.29 0.24 0.74 0.79 1.22 0.94
N2 0.37 0.88 0.15 0.13 0.24 0.12 0.61 0.48 0.51 0.94 0.39 0.96 0.85 1.15 0.22 0.33 0.24 0.27 1.10 1.41 1.63 1.43
N3 0.17 0.66 0.19 0.17 0.86 0.18 1.63 0.35 1.80 1.42 1.29 0.40 2.27 1.93 0.75 0.27 0.27 0.19 1.00 1.21 1.58 1.28
N7 0.40 2.38 0.29 0.18 1.80 0.33 2.44 0.22 3.03 1.62 3.02 1.68 3.43 2.27 1.25 0.15 0.29 0.18 0.60 0.55 1.14 0.74
N9 0.26 1.61 0.25 0.19 1.42 0.23 2.23 0.24 2.72 1.65 2.41 1.03 3.33 2.31 1.07 0.21 0.30 0.17 0.87 0.98 1.47 1.10
O2' 0.26 0.63 0.42 0.41 0.96 0.25 1.79 0.73 2.01 1.67 1.40 0.37 2.71 2.19 0.94 0.31 0.36 0.24 1.45 1.82 2.23 1.87
O3' 0.46 1.00 0.50 0.48 1.30 0.41 2.21 0.90 2.48 2.04 1.85 0.64 3.28 2.64 1.23 0.35 0.40 0.50 1.59 1.97 2.27 2.00
O4' 0.19 1.51 0.22 0.14 1.35 0.23 2.25 0.31 2.79 1.69 2.41 0.92 3.59 2.40 1.03 0.16 0.24 0.20 0.91 1.08 1.49 1.14
O5' 0.40 1.91 0.40 0.40 1.52 0.45 2.31 0.24 2.91 1.61 2.71 1.28 3.64 2.33 1.08 0.48 0.61 0.31 0.73 0.82 1.41 0.95
O6 0.37 1.98 0.25 0.14 1.57 0.44 1.87 0.35 2.19 1.22 2.23 1.59 2.31 1.66 1.07 0.14 0.28 0.21 0.36 0.29 0.82 0.47
OP1 1.08 2.48 1.10 1.14 1.94 0.97 2.53 0.77 3.13 1.79 3.08 1.92 3.76 2.44 1.49 1.19 1.43 0.89 1.05 1.00 1.62 1.12
OP2 0.48 1.73 0.51 0.67 1.12 1.16 1.91 1.05 2.62 1.08 2.55 0.95 3.33 1.82 0.61 0.63 0.67 0.93 0.46 0.61 0.58 0.45
P 0.39 1.93 0.41 0.50 1.39 0.72 2.13 0.52 2.80 1.34 2.69 1.25 3.50 2.07 0.89 0.56 0.71 0.54 0.43 0.48 1.06 0.56

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.31 0.01 0.17 0.17 0.25 0.16
C2 0.02 0.00 0.25 0.28 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.30 0.31 0.08 0.22 0.22 0.67 0.34
C2' 0.01 0.25 0.00 0.01 0.12 0.02 0.05 0.19 0.10 0.14 0.19 0.25 0.06 0.09 0.01 0.00 0.02 0.02 0.43 0.42 0.60 0.49
C3' 0.02 0.28 0.01 0.00 0.28 0.01 0.38 0.03 0.39 0.39 0.34 0.24 0.43 0.43 0.26 0.03 0.01 0.03 0.13 0.04 0.38 0.17
C4 0.02 0.01 0.12 0.28 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.30 0.14 0.05 0.23 0.22 0.71 0.36
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.08 0.00 0.14 0.01 0.13 0.20 0.10 0.05 0.16 0.19 0.11 0.34 0.01 0.01 0.02 0.10 0.19 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.38 0.00 0.14 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.39 0.10 0.03 0.34 0.35 1.07 0.55
C5' 0.06 0.07 0.19 0.03 0.09 0.01 0.16 0.00 0.16 0.19 0.13 0.04 0.20 0.22 0.09 0.12 0.23 0.01 0.01 0.15 0.15 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.39 0.00 0.13 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.41 0.11 0.04 0.35 0.38 1.13 0.58
C8 0.01 0.01 0.14 0.39 0.01 0.20 0.01 0.19 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.23 0.07 0.35 0.31 1.02 0.54
N1 0.03 0.00 0.19 0.34 0.02 0.10 0.01 0.13 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.18 0.06 0.31 0.32 0.94 0.49
N3 0.02 0.01 0.25 0.24 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.25 0.35 0.08 0.18 0.16 0.51 0.26
N6 0.02 0.02 0.06 0.43 0.01 0.16 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.45 0.17 0.04 0.41 0.47 1.35 0.69
N7 0.02 0.01 0.09 0.43 0.01 0.19 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.41 0.25 0.05 0.41 0.42 1.28 0.67
N9 0.01 0.01 0.01 0.26 0.00 0.11 0.00 0.09 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.24 0.05 0.01 0.22 0.18 0.61 0.32
O2' 0.02 0.30 0.00 0.03 0.30 0.34 0.39 0.12 0.41 0.32 0.36 0.25 0.45 0.41 0.24 0.00 0.05 0.25 0.30 0.28 0.72 0.42
O3' 0.31 0.31 0.02 0.01 0.14 0.01 0.10 0.23 0.11 0.23 0.18 0.35 0.17 0.25 0.05 0.05 0.00 0.20 0.37 0.45 0.45 0.36
O4' 0.01 0.08 0.02 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.07 0.06 0.08 0.04 0.05 0.01 0.25 0.20 0.00 0.12 0.14 0.16 0.13
O5' 0.17 0.22 0.43 0.13 0.23 0.02 0.34 0.01 0.35 0.35 0.31 0.18 0.41 0.41 0.22 0.30 0.37 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.17 0.22 0.42 0.04 0.22 0.10 0.35 0.15 0.38 0.31 0.32 0.16 0.47 0.42 0.18 0.28 0.45 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.25 0.67 0.60 0.38 0.71 0.19 1.07 0.15 1.13 1.02 0.94 0.51 1.35 1.28 0.61 0.72 0.45 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.34 0.49 0.17 0.36 0.04 0.55 0.02 0.58 0.54 0.49 0.26 0.69 0.67 0.32 0.42 0.36 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00