ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52172

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.000, 0.025, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.000, 0.026, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C4 A 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.000, 0.034, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.034 std_dev=0.034
N2 A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
N9 A 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
O6 A 0, 0.000, 0.055, 0.109, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.055 std_dev=0.055
C2' B 0, 0.000, 0.076, 0.152, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.076 std_dev=0.076
O3' B 0, 0.000, 0.086, 0.172, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.086 std_dev=0.086
O2' B 0, 0.000, 0.087, 0.175, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.087 std_dev=0.087
C3' B 0, 0.000, 0.095, 0.190, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.095 std_dev=0.095
C1' B 0, 0.000, 0.104, 0.208, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.104 std_dev=0.104
C8 B 0, 0.000, 0.106, 0.212, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.106 std_dev=0.106
N9 B 0, 0.000, 0.110, 0.220, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.110 std_dev=0.110
N7 B 0, 0.000, 0.130, 0.260, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.130 std_dev=0.130
C4' B 0, 0.000, 0.136, 0.271, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.136 std_dev=0.136
C4 B 0, 0.000, 0.136, 0.272, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.136 std_dev=0.136
O4' B 0, 0.000, 0.139, 0.278, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.139 std_dev=0.139
P A 0, 0.000, 0.139, 0.279, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.139 std_dev=0.139
C5 B 0, 0.000, 0.147, 0.294, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.147 std_dev=0.147
N3 B 0, 0.000, 0.161, 0.323, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.161 std_dev=0.161
OP1 B 0, 0.000, 0.162, 0.324, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.162 std_dev=0.162
P B 0, 0.000, 0.176, 0.352, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.176 std_dev=0.176
C2' A 0, 0.000, 0.177, 0.353, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.177 std_dev=0.177
C6 B 0, 0.000, 0.183, 0.366, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.183 std_dev=0.183
C2 B 0, 0.000, 0.184, 0.368, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.184 std_dev=0.184
C5' B 0, 0.000, 0.190, 0.379, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.190 std_dev=0.190
N1 B 0, 0.000, 0.200, 0.400, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.200 std_dev=0.200
O5' B 0, 0.000, 0.207, 0.415, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.207 std_dev=0.207
O3' A 0, 0.000, 0.212, 0.425, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.212 std_dev=0.212
OP2 B 0, 0.000, 0.218, 0.436, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.218 std_dev=0.218
O4' A 0, 0.000, 0.227, 0.454, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.227 std_dev=0.227
N6 B 0, 0.000, 0.232, 0.464, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.232 std_dev=0.232
O2' A 0, 0.000, 0.238, 0.477, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.238 std_dev=0.238
C3' A 0, 0.000, 0.284, 0.567, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.284 std_dev=0.284
C4' A 0, 0.000, 0.352, 0.704, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.352 std_dev=0.352
OP2 A 0, 0.000, 0.354, 0.707, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.354 std_dev=0.354
O5' A 0, 0.000, 0.426, 0.851, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.426 std_dev=0.426
C5' A 0, 0.000, 0.489, 0.978, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.489 std_dev=0.489
OP1 A 0, 0.000, 0.578, 1.157, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.578 std_dev=0.578

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.12 0.01 0.29 0.16 0.06
C2 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.08 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.11 0.05 0.01 0.34 0.12 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.32 0.07 0.33 0.10 0.14
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.29 0.04 0.32 0.14 0.11
C4 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.05 0.08 0.01 0.32 0.11 0.07
C4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.05 0.11 0.08 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.26 0.04
C5 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.03 0.02 0.04 0.02 0.29 0.11 0.05
C5' 0.02 0.06 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.09 0.03 0.09 0.06 0.07 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.33 0.24 0.01
C6 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.09 0.03 0.04 0.01 0.01 0.28 0.12 0.04
C8 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.09 0.03 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.06 0.09 0.05 0.26 0.11 0.06
N1 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.10 0.01 0.08 0.02 0.00 0.31 0.12 0.05
N2 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.11 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.02 0.14 0.06 0.00 0.36 0.11 0.08
N3 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.08 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.10 0.08 0.01 0.35 0.12 0.08
N7 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.01 0.07 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.05 0.05 0.25 0.10 0.05
N9 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.11 0.03 0.31 0.12 0.08
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.06 0.01 0.07 0.04 0.09 0.02 0.10 0.09 0.08 0.04 0.02 0.00 0.04 0.02 0.35 0.11 0.33 0.07 0.16
O3' 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.04 0.00 0.03 0.20 0.05 0.27 0.16 0.07
O4' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.06 0.08 0.14 0.10 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.08 0.02 0.22 0.25 0.06
O5' 0.12 0.05 0.32 0.29 0.08 0.01 0.04 0.01 0.01 0.09 0.02 0.06 0.08 0.05 0.11 0.35 0.20 0.08 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.07 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.11 0.05 0.02 0.03 0.00 0.23 0.14 0.00
OP1 0.29 0.34 0.33 0.32 0.32 0.25 0.29 0.33 0.28 0.26 0.31 0.36 0.35 0.25 0.31 0.33 0.27 0.22 0.01 0.23 0.00 0.00 0.00
OP2 0.16 0.12 0.10 0.14 0.11 0.26 0.11 0.24 0.12 0.11 0.12 0.11 0.12 0.10 0.12 0.07 0.16 0.25 0.01 0.14 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.07 0.14 0.11 0.07 0.04 0.05 0.01 0.04 0.06 0.05 0.08 0.08 0.05 0.08 0.16 0.07 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.07 0.01 0.08 0.06 0.06 0.01 0.11 0.08 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.11 0.01 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.05 0.06 0.02 0.03 0.09 0.04 0.01
C2' 0.09 0.09 0.10 0.11 0.06 0.09 0.02 0.10 0.00 0.04 0.02 0.10 0.05 0.02 0.07 0.10 0.12 0.08 0.06 0.03 0.09 0.04
C3' 0.05 0.10 0.05 0.06 0.05 0.06 0.03 0.07 0.02 0.02 0.06 0.09 0.02 0.01 0.05 0.05 0.07 0.05 0.03 0.08 0.05 0.01
C4 0.02 0.02 0.05 0.06 0.01 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.02 0.04 0.08 0.06 0.00 0.05 0.07 0.02 0.01 0.09 0.02 0.02
C4' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.07 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.15 0.03 0.08
C5 0.04 0.08 0.05 0.06 0.03 0.05 0.00 0.06 0.00 0.02 0.04 0.08 0.03 0.04 0.02 0.06 0.07 0.04 0.01 0.09 0.01 0.02
C5' 0.05 0.19 0.02 0.02 0.10 0.05 0.10 0.07 0.13 0.04 0.19 0.14 0.11 0.06 0.07 0.02 0.02 0.06 0.01 0.12 0.01 0.04
C6 0.04 0.08 0.04 0.05 0.05 0.04 0.02 0.06 0.03 0.02 0.06 0.08 0.02 0.02 0.03 0.04 0.05 0.04 0.01 0.11 0.01 0.04
C8 0.04 0.07 0.06 0.06 0.02 0.05 0.02 0.06 0.03 0.02 0.02 0.07 0.08 0.04 0.02 0.06 0.08 0.03 0.01 0.08 0.01 0.02
N1 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.05 0.03 0.02 0.10 0.01 0.02
N2 0.00 0.03 0.04 0.05 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.02 0.05 0.06 0.01 0.05 0.06 0.07 0.02
N3 0.00 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.06 0.04 0.07 0.06 0.05 0.00 0.08 0.07 0.03 0.04 0.06 0.00 0.01 0.09 0.03 0.02
N7 0.05 0.10 0.06 0.06 0.05 0.06 0.01 0.07 0.02 0.01 0.07 0.09 0.03 0.02 0.04 0.06 0.08 0.05 0.01 0.09 0.00 0.02
N9 0.02 0.02 0.05 0.05 0.01 0.03 0.05 0.04 0.07 0.04 0.04 0.03 0.11 0.06 0.01 0.06 0.07 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02
O2' 0.13 0.08 0.15 0.16 0.09 0.14 0.04 0.14 0.00 0.08 0.00 0.12 0.06 0.05 0.11 0.15 0.18 0.13 0.11 0.03 0.16 0.10
O3' 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.02 0.05 0.06 0.03 0.02 0.08 0.06 0.00
O4' 0.08 0.01 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.05 0.05 0.09 0.02 0.03 0.06 0.08 0.08 0.05 0.07 0.08 0.08 0.18 0.07 0.11
O5' 0.10 0.17 0.04 0.03 0.15 0.07 0.17 0.04 0.20 0.14 0.20 0.14 0.24 0.16 0.12 0.00 0.03 0.11 0.05 0.10 0.04 0.06
O6 0.04 0.10 0.02 0.03 0.07 0.03 0.06 0.05 0.08 0.00 0.10 0.09 0.08 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.02 0.14 0.05 0.07
OP1 0.27 0.17 0.28 0.27 0.24 0.26 0.23 0.23 0.20 0.27 0.16 0.21 0.20 0.25 0.26 0.27 0.28 0.26 0.28 0.39 0.29 0.32
OP2 0.18 0.23 0.18 0.18 0.18 0.18 0.14 0.19 0.14 0.12 0.20 0.22 0.08 0.11 0.17 0.17 0.20 0.17 0.13 0.01 0.13 0.09
P 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03 0.06 0.00 0.05 0.07 0.02 0.01 0.09 0.07 0.04 0.01 0.01 0.04 0.04 0.14 0.05 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.03
C2 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.07 0.00 0.04
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.02 0.03
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.05 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.06 0.01 0.04
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00
C5 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.06 0.00 0.03
C5' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.02 0.01 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00
C6 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03
C8 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.06 0.01 0.04
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03
N3 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.03
N6 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.04 0.02 0.07 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00
N7 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.06 0.01 0.04
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.02 0.06
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.08 0.00
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01
O5' 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.05 0.07 0.08 0.05 0.06 0.00 0.06 0.04 0.05 0.06 0.06 0.06 0.02 0.06 0.07 0.12 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.00 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03 0.00 0.04 0.04 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00