ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52175

back

Distances from reference structure (by RMSD)

5, 23, 10, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.008, 0.017, 0.027, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.009, 0.021, 0.034, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N2 A 0, 0.013, 0.027, 0.040, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.027 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.007, 0.025, 0.042, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.025 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.015, 0.037, 0.058, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.037 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.016, 0.039, 0.063, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.039 std_dev=0.023
C3' A 0, 0.040, 0.090, 0.140, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.090 std_dev=0.050
C2' A 0, 0.021, 0.075, 0.130, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.075 std_dev=0.054
O4' A 0, 0.002, 0.061, 0.119, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.061 std_dev=0.058
C4' A 0, 0.005, 0.068, 0.131, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.068 std_dev=0.063
O3' A 0, 0.070, 0.139, 0.209, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.139 std_dev=0.069
O2' A 0, 0.019, 0.113, 0.206, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.113 std_dev=0.093
C5' A 0, -0.002, 0.115, 0.231, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.115 std_dev=0.117
P A 0, 0.046, 0.174, 0.302, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.174 std_dev=0.128
N3 B 0, 0.071, 0.199, 0.327, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.199 std_dev=0.128
O5' A 0, 0.015, 0.146, 0.277, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.146 std_dev=0.131
OP1 A 0, 0.077, 0.208, 0.340, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.208 std_dev=0.131
O2' B 0, 0.037, 0.172, 0.307, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.172 std_dev=0.135
C4 B 0, 0.060, 0.197, 0.335, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.197 std_dev=0.137
C2 B 0, 0.069, 0.207, 0.345, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.207 std_dev=0.138
C5 B 0, 0.062, 0.203, 0.345, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.203 std_dev=0.141
C6 B 0, 0.070, 0.214, 0.358, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.214 std_dev=0.144
O5' B 0, 0.119, 0.265, 0.410, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.265 std_dev=0.145
N2 B 0, 0.087, 0.234, 0.381, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.234 std_dev=0.147
OP2 A 0, 0.067, 0.214, 0.361, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.214 std_dev=0.147
N1 B 0, 0.066, 0.214, 0.362, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.214 std_dev=0.148
C2' B 0, 0.044, 0.193, 0.342, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.193 std_dev=0.149
P B 0, 0.120, 0.271, 0.422, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.271 std_dev=0.151
O6 B 0, 0.085, 0.238, 0.391, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.238 std_dev=0.153
N9 B 0, 0.054, 0.207, 0.360, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.207 std_dev=0.153
O3' B 0, 0.063, 0.219, 0.374, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.219 std_dev=0.155
C5' B 0, 0.096, 0.251, 0.407, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.251 std_dev=0.155
C1' B 0, 0.047, 0.203, 0.359, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.203 std_dev=0.156
N7 B 0, 0.065, 0.221, 0.377, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.221 std_dev=0.156
OP2 B 0, 0.138, 0.295, 0.453, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.295 std_dev=0.158
C3' B 0, 0.059, 0.221, 0.382, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.221 std_dev=0.162
C8 B 0, 0.058, 0.226, 0.393, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.226 std_dev=0.167
C4' B 0, 0.072, 0.242, 0.413, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.242 std_dev=0.170
OP1 B 0, 0.139, 0.313, 0.487, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.313 std_dev=0.174
O4' B 0, 0.070, 0.244, 0.418, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.244 std_dev=0.174

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.07 0.04 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04 0.08 0.06
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.06 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.04 0.04
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.06 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.08 0.05 0.05
C5' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.08 0.05 0.05
C8 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.04 0.01 0.08 0.06 0.06
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.03 0.00 0.08 0.04 0.04
N2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.04 0.04 0.02 0.01 0.07 0.04 0.03
N3 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03 0.03 0.02 0.01 0.07 0.04 0.03
N7 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.04 0.01 0.09 0.06 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.04 0.04
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.08 0.07 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.09 0.06
O3' 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.00 0.03 0.04 0.04 0.06 0.07 0.04
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.08 0.04 0.02
O5' 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.02 0.00 0.04 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.04 0.00 0.08 0.06 0.06
OP1 0.06 0.07 0.04 0.04 0.07 0.06 0.08 0.04 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.04 0.06 0.08 0.02 0.08 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.04 0.08 0.06 0.04 0.04 0.05 0.02 0.05 0.06 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04 0.09 0.07 0.04 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.04 0.06 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.06 0.04 0.03 0.03 0.06 0.04 0.06 0.04 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.07 0.05 0.05 0.05 0.04 0.07 0.05 0.09 0.05 0.09 0.08 0.05 0.07 0.04 0.07 0.06 0.04 0.07 0.12 0.08 0.14 0.08
C2 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.08 0.08 0.05 0.06 0.08 0.07 0.06 0.08 0.08 0.09 0.14 0.08
C2' 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.08 0.07 0.10 0.07 0.10 0.08 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.05 0.08 0.13 0.10 0.16 0.09
C3' 0.04 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.07 0.06 0.09 0.06 0.08 0.08 0.05 0.07 0.04 0.07 0.06 0.04 0.08 0.11 0.09 0.15 0.08
C4 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.07 0.05 0.09 0.05 0.08 0.06 0.04 0.07 0.04 0.07 0.06 0.04 0.07 0.11 0.08 0.14 0.08
C4' 0.03 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.07 0.04 0.07 0.07 0.04 0.06 0.03 0.08 0.06 0.04 0.07 0.10 0.07 0.13 0.07
C5 0.05 0.07 0.06 0.05 0.06 0.05 0.08 0.06 0.10 0.07 0.09 0.07 0.05 0.08 0.06 0.08 0.06 0.05 0.07 0.12 0.08 0.15 0.08
C5' 0.03 0.05 0.05 0.05 0.04 0.03 0.06 0.05 0.07 0.05 0.06 0.06 0.04 0.06 0.03 0.08 0.06 0.04 0.07 0.10 0.07 0.13 0.07
C6 0.05 0.06 0.05 0.05 0.07 0.04 0.09 0.06 0.10 0.08 0.08 0.06 0.06 0.09 0.07 0.08 0.06 0.05 0.07 0.11 0.09 0.15 0.09
C8 0.05 0.09 0.06 0.07 0.07 0.06 0.09 0.07 0.11 0.07 0.12 0.10 0.07 0.09 0.06 0.08 0.08 0.05 0.07 0.13 0.08 0.15 0.08
N1 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.08 0.07 0.06 0.06 0.07 0.08 0.06 0.08 0.07 0.06 0.07 0.10 0.08 0.14 0.08
N2 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.07 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.06 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.14 0.09
N3 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.06 0.05 0.08 0.09 0.09 0.14 0.08
N7 0.06 0.10 0.07 0.08 0.08 0.07 0.10 0.08 0.12 0.08 0.12 0.10 0.08 0.09 0.07 0.09 0.08 0.06 0.07 0.13 0.09 0.16 0.09
N9 0.04 0.07 0.05 0.05 0.05 0.04 0.08 0.05 0.10 0.06 0.10 0.08 0.05 0.07 0.05 0.07 0.06 0.04 0.07 0.12 0.08 0.15 0.08
O2' 0.06 0.09 0.06 0.06 0.08 0.06 0.10 0.08 0.13 0.08 0.12 0.09 0.07 0.11 0.07 0.07 0.06 0.06 0.09 0.17 0.11 0.17 0.11
O3' 0.04 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.06 0.08 0.06 0.08 0.08 0.05 0.07 0.04 0.07 0.05 0.04 0.09 0.11 0.09 0.15 0.09
O4' 0.03 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.07 0.04 0.07 0.07 0.04 0.06 0.03 0.08 0.07 0.04 0.07 0.10 0.07 0.13 0.07
O5' 0.03 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.07 0.04 0.06 0.06 0.03 0.06 0.03 0.08 0.07 0.03 0.07 0.10 0.07 0.13 0.07
O6 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.10 0.08 0.10 0.10 0.09 0.07 0.08 0.11 0.10 0.10 0.07 0.08 0.09 0.11 0.10 0.16 0.11
OP1 0.09 0.11 0.10 0.10 0.10 0.09 0.12 0.09 0.13 0.11 0.13 0.11 0.10 0.12 0.10 0.12 0.10 0.08 0.11 0.15 0.11 0.16 0.11
OP2 0.04 0.07 0.05 0.05 0.05 0.04 0.07 0.05 0.09 0.05 0.09 0.07 0.05 0.07 0.04 0.06 0.06 0.04 0.06 0.12 0.07 0.13 0.06
P 0.03 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04 0.08 0.05 0.08 0.06 0.04 0.07 0.04 0.06 0.06 0.04 0.07 0.11 0.07 0.12 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.10 0.05
C2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.06 0.03 0.07 0.01 0.07 0.11 0.06
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.08 0.12 0.07
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.06 0.08 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.02 0.08 0.01 0.06 0.11 0.06
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.06 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.02 0.09 0.01 0.07 0.12 0.07
C5' 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.04 0.03 0.03 0.07 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.06 0.07 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.04 0.02 0.10 0.00 0.08 0.12 0.08
C8 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.10 0.01 0.08 0.12 0.08
N1 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.05 0.02 0.09 0.01 0.07 0.11 0.07
N2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.07 0.03 0.07 0.01 0.07 0.10 0.06
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.05 0.02 0.07 0.01 0.06 0.10 0.05
N7 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.02 0.10 0.01 0.08 0.13 0.08
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.07 0.01 0.06 0.11 0.06
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.06 0.01 0.07 0.04 0.08 0.05 0.09 0.10 0.08 0.06 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.08 0.09 0.14 0.08
O3' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.07 0.05 0.03 0.02 0.05 0.00 0.03 0.02 0.04 0.06 0.07 0.02
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.05 0.09 0.04
O5' 0.05 0.07 0.05 0.02 0.08 0.01 0.09 0.01 0.10 0.10 0.09 0.07 0.07 0.10 0.07 0.05 0.02 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.04 0.02 0.11 0.00 0.09 0.13 0.09
OP1 0.06 0.07 0.08 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.09 0.06 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.11 0.12 0.08 0.11 0.06 0.12 0.07 0.12 0.12 0.11 0.10 0.10 0.13 0.11 0.14 0.07 0.09 0.01 0.13 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.07 0.03 0.06 0.01 0.07 0.01 0.08 0.08 0.07 0.06 0.05 0.08 0.06 0.08 0.02 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00