ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52176

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 8, 5, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.006, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.006, 0.010, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.008, 0.012, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.012 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.009, 0.014, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.011, 0.017, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.017 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.014, 0.022, 0.030, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.022 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.014, 0.024, 0.033, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.024 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.020, 0.031, 0.041, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.031 std_dev=0.010
O6 A 0, 0.024, 0.039, 0.054, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.039 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.035, 0.054, 0.072, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.054 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.043, 0.064, 0.085, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.064 std_dev=0.021
C2' A 0, 0.050, 0.083, 0.115, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.083 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.047, 0.084, 0.122, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.084 std_dev=0.037
C3' A 0, 0.086, 0.144, 0.202, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.144 std_dev=0.058
O2' A 0, 0.031, 0.091, 0.151, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.091 std_dev=0.060
C4' A 0, 0.085, 0.145, 0.205, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.145 std_dev=0.060
C5' A 0, 0.106, 0.205, 0.304, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.205 std_dev=0.099
O3' A 0, 0.113, 0.215, 0.317, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.215 std_dev=0.102
O5' A 0, 0.055, 0.181, 0.307, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.181 std_dev=0.126
O2' B 0, 0.111, 0.305, 0.498, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.305 std_dev=0.194
P A 0, 0.024, 0.219, 0.415, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.219 std_dev=0.196
C2' B 0, 0.116, 0.327, 0.538, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.327 std_dev=0.211
OP2 A 0, 0.008, 0.231, 0.453, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.231 std_dev=0.223
OP1 A 0, 0.065, 0.293, 0.522, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.293 std_dev=0.229
O3' B 0, 0.051, 0.314, 0.576, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.314 std_dev=0.262
C3' B 0, 0.035, 0.343, 0.652, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.343 std_dev=0.309
OP2 B 0, 0.048, 0.496, 0.944, 2.171 max_d=2.171 avg_d=0.496 std_dev=0.448
O5' B 0, 0.037, 0.494, 0.951, 2.246 max_d=2.246 avg_d=0.494 std_dev=0.457
C1' B 0, -0.083, 0.406, 0.895, 2.325 max_d=2.325 avg_d=0.406 std_dev=0.489
P B 0, -0.039, 0.479, 0.997, 2.465 max_d=2.465 avg_d=0.479 std_dev=0.518
C4' B 0, -0.120, 0.467, 1.054, 2.771 max_d=2.771 avg_d=0.467 std_dev=0.587
O4' B 0, -0.162, 0.488, 1.138, 3.050 max_d=3.050 avg_d=0.488 std_dev=0.650
C5' B 0, -0.166, 0.560, 1.285, 3.410 max_d=3.410 avg_d=0.560 std_dev=0.725
N9 B 0, -0.215, 0.514, 1.244, 3.405 max_d=3.405 avg_d=0.514 std_dev=0.730
N3 B 0, -0.373, 0.424, 1.221, 3.591 max_d=3.591 avg_d=0.424 std_dev=0.797
C4 B 0, -0.393, 0.488, 1.368, 3.988 max_d=3.988 avg_d=0.488 std_dev=0.881
C8 B 0, -0.197, 0.686, 1.569, 4.173 max_d=4.173 avg_d=0.686 std_dev=0.883
N2 B 0, -0.339, 0.603, 1.546, 4.347 max_d=4.347 avg_d=0.603 std_dev=0.943
C2 B 0, -0.486, 0.511, 1.508, 4.480 max_d=4.480 avg_d=0.511 std_dev=0.997
OP1 B 0, -0.392, 0.617, 1.625, 4.595 max_d=4.595 avg_d=0.617 std_dev=1.008
N7 B 0, -0.368, 0.749, 1.866, 5.177 max_d=5.177 avg_d=0.749 std_dev=1.117
C5 B 0, -0.507, 0.620, 1.747, 5.101 max_d=5.101 avg_d=0.620 std_dev=1.127
N1 B 0, -0.702, 0.567, 1.836, 5.620 max_d=5.620 avg_d=0.567 std_dev=1.269
C6 B 0, -0.718, 0.633, 1.984, 6.007 max_d=6.007 avg_d=0.633 std_dev=1.351
O6 B 0, -0.839, 0.748, 2.335, 7.061 max_d=7.061 avg_d=0.748 std_dev=1.587

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.01 0.07 0.00 0.08 0.11 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.04 0.03
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05
C4 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.07 0.00 0.08 0.09 0.07
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.09 0.00 0.10 0.12 0.10
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.03 0.03 0.08 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.07 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.01 0.09 0.00 0.11 0.14 0.11
C8 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.09 0.08
N1 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.08 0.00 0.10 0.13 0.09
N2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.02 0.07 0.00 0.08 0.11 0.07
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.06 0.00 0.07 0.09 0.06
N7 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.09 0.00 0.11 0.12 0.11
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.06
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.08 0.06 0.07 0.06 0.04 0.08 0.04 0.02 0.00 0.01 0.09 0.09 0.11 0.11 0.09
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.06 0.05
O5' 0.04 0.07 0.03 0.05 0.07 0.00 0.09 0.00 0.09 0.08 0.08 0.07 0.06 0.09 0.06 0.04 0.09 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.01 0.10 0.00 0.13 0.15 0.12
OP1 0.04 0.08 0.05 0.06 0.08 0.03 0.10 0.03 0.11 0.08 0.10 0.08 0.07 0.11 0.06 0.05 0.11 0.05 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.11 0.04 0.06 0.09 0.01 0.12 0.01 0.14 0.09 0.13 0.11 0.09 0.12 0.07 0.04 0.11 0.06 0.01 0.15 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.08 0.03 0.05 0.07 0.01 0.10 0.01 0.11 0.08 0.09 0.07 0.06 0.11 0.06 0.04 0.09 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.46 0.98 0.18 0.17 0.83 0.38 1.00 0.37 1.16 0.77 1.16 0.95 0.79 0.94 0.68 0.06 0.15 0.52 0.24 1.26 0.08 0.15 0.09
C2 0.35 0.61 0.13 0.12 0.57 0.25 0.63 0.22 0.68 0.53 0.66 0.56 0.55 0.60 0.49 0.09 0.12 0.34 0.15 0.70 0.12 0.15 0.08
C2' 0.45 0.96 0.18 0.21 0.79 0.45 0.93 0.45 1.09 0.72 1.12 0.97 0.77 0.87 0.64 0.08 0.19 0.55 0.29 1.17 0.10 0.14 0.15
C3' 0.54 1.06 0.26 0.28 0.90 0.54 1.08 0.55 1.27 0.85 1.28 1.03 0.85 1.03 0.76 0.06 0.24 0.67 0.38 1.40 0.15 0.14 0.21
C4 0.46 0.88 0.19 0.16 0.81 0.35 0.93 0.31 1.03 0.75 1.00 0.81 0.76 0.89 0.68 0.06 0.15 0.48 0.21 1.08 0.12 0.15 0.07
C4' 0.53 1.07 0.24 0.23 0.92 0.47 1.13 0.47 1.34 0.89 1.31 1.03 0.86 1.08 0.77 0.05 0.19 0.62 0.33 1.49 0.06 0.14 0.15
C5 0.51 0.85 0.22 0.17 0.86 0.35 1.00 0.31 1.06 0.84 0.99 0.73 0.77 0.97 0.75 0.06 0.15 0.52 0.21 1.11 0.17 0.17 0.07
C5' 0.59 1.12 0.29 0.27 1.00 0.52 1.24 0.52 1.46 0.99 1.40 1.05 0.91 1.21 0.85 0.09 0.22 0.69 0.37 1.66 0.08 0.14 0.17
C6 0.49 0.67 0.22 0.15 0.75 0.31 0.84 0.25 0.84 0.76 0.76 0.55 0.64 0.84 0.69 0.08 0.15 0.47 0.18 0.86 0.20 0.17 0.07
C8 0.54 1.01 0.23 0.19 0.94 0.40 1.15 0.37 1.31 0.92 1.24 0.90 0.84 1.11 0.79 0.06 0.16 0.58 0.25 1.42 0.14 0.19 0.07
N1 0.40 0.56 0.16 0.13 0.59 0.26 0.64 0.21 0.66 0.57 0.62 0.48 0.54 0.63 0.54 0.08 0.13 0.36 0.15 0.67 0.17 0.15 0.06
N2 0.24 0.46 0.10 0.09 0.41 0.18 0.46 0.17 0.51 0.37 0.50 0.44 0.41 0.44 0.34 0.12 0.10 0.22 0.12 0.53 0.11 0.18 0.09
N3 0.39 0.76 0.15 0.14 0.68 0.30 0.77 0.27 0.85 0.61 0.84 0.72 0.66 0.72 0.56 0.08 0.13 0.40 0.18 0.88 0.10 0.15 0.08
N7 0.55 0.94 0.24 0.18 0.94 0.39 1.15 0.34 1.26 0.94 1.14 0.79 0.82 1.13 0.81 0.08 0.16 0.58 0.24 1.35 0.18 0.20 0.07
N9 0.49 0.98 0.20 0.17 0.87 0.38 1.04 0.35 1.18 0.82 1.16 0.91 0.82 0.99 0.72 0.05 0.15 0.53 0.23 1.27 0.11 0.16 0.08
O2' 0.35 0.84 0.12 0.15 0.67 0.37 0.80 0.39 0.96 0.61 0.98 0.87 0.65 0.75 0.53 0.14 0.13 0.46 0.24 1.05 0.11 0.16 0.14
O3' 0.55 1.03 0.28 0.33 0.88 0.60 1.05 0.63 1.23 0.84 1.24 1.01 0.83 1.00 0.74 0.06 0.27 0.71 0.45 1.36 0.26 0.15 0.28
O4' 0.49 1.03 0.20 0.17 0.89 0.39 1.09 0.37 1.29 0.85 1.26 0.99 0.83 1.05 0.74 0.05 0.14 0.55 0.25 1.43 0.10 0.16 0.08
O5' 0.65 1.17 0.33 0.30 1.07 0.57 1.32 0.56 1.56 1.06 1.47 1.07 0.96 1.29 0.91 0.12 0.25 0.75 0.41 1.77 0.09 0.15 0.19
O6 0.50 0.56 0.25 0.16 0.70 0.30 0.80 0.23 0.76 0.80 0.65 0.45 0.56 0.85 0.70 0.13 0.15 0.47 0.17 0.78 0.26 0.20 0.09
OP1 0.71 1.18 0.39 0.36 1.12 0.64 1.40 0.65 1.63 1.16 1.50 1.07 0.99 1.40 0.98 0.17 0.29 0.84 0.50 1.90 0.15 0.16 0.25
OP2 0.75 1.16 0.42 0.37 1.15 0.64 1.45 0.64 1.67 1.21 1.49 1.01 1.00 1.47 1.02 0.20 0.30 0.86 0.50 1.96 0.12 0.16 0.23
P 0.70 1.18 0.38 0.33 1.12 0.60 1.40 0.59 1.64 1.16 1.50 1.06 0.99 1.40 0.98 0.16 0.26 0.81 0.45 1.91 0.10 0.15 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.12 0.01 0.19 0.21 0.16
C2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.00 0.14 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.13 0.12 0.15 0.00 0.13 0.40 0.22
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.06 0.02 0.06 0.06 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.06 0.24 0.16 0.13
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.03 0.08 0.05 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.16 0.21 0.09
C4 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.09 0.06 0.23 0.01 0.26 0.46 0.32
C4' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.12 0.09 0.19 0.14 0.10 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.12 0.04
C5 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.33 0.01 0.39 0.63 0.46
C5' 0.03 0.10 0.03 0.01 0.04 0.00 0.12 0.00 0.09 0.26 0.04 0.18 0.10 0.24 0.11 0.03 0.01 0.01 0.00 0.13 0.03 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.09 0.04 0.32 0.00 0.36 0.65 0.45
C8 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.12 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.03 0.07 0.43 0.01 0.51 0.65 0.54
N1 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.09 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.12 0.09 0.23 0.00 0.24 0.54 0.34
N2 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.19 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.18 0.15 0.14 0.09 0.01 0.06 0.32 0.15
N3 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.14 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.12 0.12 0.12 0.00 0.12 0.34 0.19
N7 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.10 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.05 0.44 0.01 0.53 0.75 0.58
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.26 0.01 0.32 0.43 0.34
O2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.05 0.11 0.11 0.18 0.13 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.25 0.17 0.12
O3' 0.05 0.13 0.01 0.00 0.09 0.01 0.08 0.01 0.09 0.03 0.12 0.15 0.12 0.05 0.06 0.02 0.00 0.01 0.06 0.09 0.15 0.26 0.11
O4' 0.00 0.12 0.02 0.00 0.06 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.09 0.14 0.12 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.03 0.09 0.13 0.09
O5' 0.12 0.15 0.05 0.05 0.23 0.01 0.33 0.00 0.32 0.43 0.23 0.09 0.12 0.44 0.26 0.04 0.06 0.08 0.00 0.36 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.03 0.36 0.00 0.43 0.75 0.53
OP1 0.19 0.13 0.24 0.16 0.26 0.07 0.39 0.03 0.36 0.51 0.24 0.06 0.12 0.53 0.32 0.25 0.15 0.09 0.01 0.43 0.00 0.01 0.00
OP2 0.21 0.40 0.16 0.21 0.46 0.12 0.63 0.06 0.65 0.65 0.54 0.32 0.34 0.75 0.43 0.17 0.26 0.13 0.01 0.75 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.22 0.13 0.09 0.32 0.04 0.46 0.01 0.45 0.54 0.34 0.15 0.19 0.58 0.34 0.12 0.11 0.09 0.00 0.53 0.00 0.00 0.00