ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52178

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 4, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.011, 0.024, 0.038, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.024 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.015, 0.029, 0.043, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.029 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.006, 0.020, 0.035, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.008, 0.024, 0.039, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.024 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.016, 0.032, 0.048, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.032 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.016, 0.033, 0.049, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.033 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.015, 0.039, 0.062, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.039 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.016, 0.044, 0.073, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.044 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.028, 0.059, 0.091, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.059 std_dev=0.031
O6 A 0, 0.025, 0.060, 0.095, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.060 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.032, 0.069, 0.106, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.069 std_dev=0.037
O3' A 0, 0.112, 0.284, 0.457, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.284 std_dev=0.173
O4' A 0, 0.002, 0.184, 0.367, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.184 std_dev=0.182
C2' A 0, 0.049, 0.254, 0.458, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.254 std_dev=0.204
C3' A 0, 0.050, 0.274, 0.498, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.274 std_dev=0.224
C4' B 0, 0.112, 0.350, 0.587, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.350 std_dev=0.238
C4' A 0, 0.004, 0.258, 0.512, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.258 std_dev=0.254
O4' B 0, 0.165, 0.427, 0.690, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.427 std_dev=0.262
C5' B 0, 0.132, 0.405, 0.678, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.405 std_dev=0.273
O3' B 0, 0.116, 0.402, 0.689, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.402 std_dev=0.287
C3' B 0, 0.110, 0.400, 0.689, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.400 std_dev=0.290
O5' A 0, 0.101, 0.396, 0.691, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.396 std_dev=0.295
O2' B 0, 0.174, 0.477, 0.779, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.477 std_dev=0.303
C1' B 0, 0.149, 0.457, 0.764, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.457 std_dev=0.307
C2' B 0, 0.126, 0.443, 0.760, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.443 std_dev=0.317
P A 0, 0.168, 0.491, 0.814, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.491 std_dev=0.323
O2' A 0, 0.160, 0.489, 0.818, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.489 std_dev=0.329
O5' B 0, 0.237, 0.579, 0.922, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.579 std_dev=0.343
P B 0, 0.250, 0.604, 0.958, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.604 std_dev=0.354
N9 B 0, 0.149, 0.522, 0.894, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.522 std_dev=0.372
OP1 B 0, 0.276, 0.668, 1.060, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.668 std_dev=0.392
OP2 B 0, 0.283, 0.676, 1.069, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.676 std_dev=0.393
OP2 A 0, 0.243, 0.668, 1.092, 1.637 max_d=1.637 avg_d=0.668 std_dev=0.424
N3 B 0, 0.206, 0.631, 1.057, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.631 std_dev=0.425
C4 B 0, 0.164, 0.592, 1.020, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.592 std_dev=0.428
C5' A 0, -0.005, 0.425, 0.854, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.425 std_dev=0.430
C8 B 0, 0.139, 0.570, 1.002, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.570 std_dev=0.431
C2 B 0, 0.220, 0.728, 1.235, 1.516 max_d=1.516 avg_d=0.728 std_dev=0.507
C5 B 0, 0.120, 0.650, 1.180, 1.510 max_d=1.510 avg_d=0.650 std_dev=0.530
N7 B 0, 0.118, 0.653, 1.188, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.653 std_dev=0.535
OP1 A 0, 0.229, 0.765, 1.300, 1.769 max_d=1.769 avg_d=0.765 std_dev=0.536
N2 B 0, 0.259, 0.806, 1.352, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.806 std_dev=0.546
N1 B 0, 0.179, 0.768, 1.357, 1.703 max_d=1.703 avg_d=0.768 std_dev=0.589
C6 B 0, 0.112, 0.741, 1.370, 1.731 max_d=1.731 avg_d=0.741 std_dev=0.629
O6 B 0, 0.077, 0.827, 1.578, 2.091 max_d=2.091 avg_d=0.827 std_dev=0.750

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.11 0.03 0.43 0.12 0.15
C2 0.03 0.00 0.19 0.14 0.01 0.05 0.01 0.10 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.12 0.05 0.21 0.04 0.31 0.18 0.13
C2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.11 0.01 0.07 0.05 0.11 0.05 0.16 0.22 0.19 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.30 0.09 0.40 0.18 0.17
C3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.07 0.01 0.04 0.03 0.07 0.07 0.11 0.17 0.13 0.05 0.02 0.03 0.01 0.02 0.19 0.06 0.38 0.19 0.11
C4 0.02 0.01 0.11 0.07 0.00 0.03 0.01 0.10 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.18 0.05 0.04 0.20 0.03 0.32 0.17 0.13
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.07 0.10 0.04 0.07 0.05 0.10 0.04 0.02 0.03 0.00 0.02 0.09 0.37 0.17 0.08
C5 0.02 0.01 0.07 0.04 0.01 0.07 0.00 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.15 0.03 0.06 0.25 0.02 0.23 0.19 0.13
C5' 0.03 0.10 0.05 0.03 0.10 0.01 0.15 0.00 0.16 0.18 0.12 0.10 0.09 0.19 0.10 0.05 0.04 0.02 0.01 0.19 0.27 0.28 0.02
C6 0.03 0.02 0.11 0.07 0.03 0.07 0.01 0.16 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.20 0.04 0.07 0.26 0.01 0.20 0.20 0.14
C8 0.02 0.02 0.05 0.07 0.01 0.10 0.02 0.18 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.06 0.22 0.04 0.28 0.16 0.14
N1 0.03 0.02 0.16 0.11 0.02 0.04 0.01 0.12 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.27 0.08 0.06 0.24 0.03 0.25 0.20 0.14
N2 0.03 0.01 0.22 0.17 0.02 0.07 0.02 0.10 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.35 0.16 0.05 0.20 0.05 0.33 0.18 0.14
N3 0.04 0.01 0.19 0.13 0.01 0.05 0.01 0.09 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.29 0.11 0.04 0.18 0.05 0.35 0.16 0.13
N7 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.10 0.01 0.19 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.06 0.06 0.25 0.03 0.20 0.19 0.14
N9 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.10 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.04 0.03 0.18 0.04 0.36 0.15 0.14
O2' 0.02 0.31 0.01 0.03 0.18 0.02 0.15 0.05 0.20 0.04 0.27 0.35 0.29 0.08 0.06 0.00 0.05 0.02 0.33 0.18 0.40 0.18 0.19
O3' 0.04 0.12 0.02 0.01 0.05 0.03 0.03 0.04 0.04 0.08 0.08 0.16 0.11 0.06 0.04 0.05 0.00 0.07 0.12 0.04 0.39 0.18 0.10
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.02 0.07 0.06 0.06 0.05 0.04 0.06 0.03 0.02 0.07 0.00 0.14 0.08 0.46 0.10 0.21
O5' 0.11 0.21 0.30 0.19 0.20 0.02 0.25 0.01 0.26 0.22 0.24 0.20 0.18 0.25 0.18 0.33 0.12 0.14 0.00 0.29 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.04 0.09 0.06 0.03 0.09 0.02 0.19 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.04 0.18 0.04 0.08 0.29 0.00 0.15 0.21 0.15
OP1 0.43 0.31 0.40 0.38 0.32 0.37 0.23 0.27 0.20 0.28 0.25 0.33 0.35 0.20 0.36 0.40 0.39 0.46 0.02 0.15 0.00 0.02 0.01
OP2 0.12 0.18 0.18 0.19 0.17 0.17 0.19 0.28 0.20 0.16 0.20 0.18 0.16 0.19 0.15 0.18 0.18 0.10 0.02 0.21 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.13 0.17 0.11 0.13 0.08 0.13 0.02 0.14 0.14 0.14 0.14 0.13 0.14 0.14 0.19 0.10 0.21 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 0.15 0.12 0.11 0.14 0.11 0.19 0.15 0.20 0.21 0.17 0.17 0.13 0.24 0.14 0.23 0.15 0.15 0.18 0.23 0.22 0.14 0.10
C2 0.13 0.17 0.15 0.13 0.17 0.12 0.22 0.12 0.23 0.24 0.20 0.17 0.15 0.27 0.17 0.24 0.17 0.14 0.17 0.26 0.19 0.12 0.08
C2' 0.17 0.21 0.17 0.18 0.22 0.18 0.27 0.20 0.28 0.28 0.24 0.23 0.20 0.31 0.21 0.26 0.20 0.20 0.26 0.31 0.28 0.22 0.21
C3' 0.13 0.20 0.13 0.13 0.20 0.13 0.25 0.15 0.27 0.25 0.23 0.22 0.18 0.29 0.19 0.23 0.16 0.16 0.21 0.31 0.23 0.16 0.14
C4 0.09 0.14 0.11 0.09 0.14 0.10 0.19 0.13 0.19 0.21 0.16 0.16 0.13 0.23 0.14 0.23 0.13 0.14 0.18 0.22 0.23 0.14 0.11
C4' 0.11 0.18 0.10 0.11 0.17 0.12 0.23 0.15 0.24 0.24 0.21 0.19 0.15 0.27 0.17 0.20 0.15 0.17 0.19 0.28 0.21 0.14 0.10
C5 0.10 0.14 0.11 0.09 0.14 0.11 0.17 0.14 0.18 0.19 0.16 0.16 0.13 0.20 0.14 0.22 0.10 0.17 0.19 0.20 0.27 0.17 0.14
C5' 0.17 0.23 0.14 0.15 0.23 0.18 0.29 0.20 0.31 0.30 0.27 0.23 0.20 0.33 0.23 0.20 0.18 0.23 0.24 0.35 0.22 0.19 0.13
C6 0.10 0.13 0.11 0.09 0.14 0.11 0.17 0.15 0.17 0.19 0.15 0.14 0.12 0.20 0.14 0.21 0.09 0.17 0.20 0.19 0.27 0.17 0.15
C8 0.11 0.17 0.13 0.10 0.16 0.12 0.18 0.15 0.19 0.19 0.18 0.20 0.16 0.21 0.15 0.23 0.12 0.17 0.18 0.20 0.26 0.17 0.13
N1 0.10 0.14 0.12 0.10 0.15 0.09 0.19 0.12 0.19 0.21 0.17 0.15 0.13 0.23 0.15 0.23 0.12 0.13 0.18 0.22 0.23 0.14 0.12
N2 0.19 0.22 0.20 0.19 0.22 0.19 0.28 0.16 0.29 0.29 0.25 0.22 0.20 0.32 0.22 0.26 0.22 0.19 0.18 0.32 0.15 0.13 0.08
N3 0.11 0.15 0.13 0.12 0.16 0.11 0.22 0.13 0.22 0.23 0.19 0.16 0.14 0.26 0.16 0.24 0.17 0.14 0.17 0.26 0.19 0.13 0.08
N7 0.13 0.18 0.14 0.11 0.16 0.13 0.18 0.16 0.19 0.19 0.18 0.20 0.17 0.20 0.16 0.22 0.11 0.19 0.19 0.20 0.28 0.18 0.15
N9 0.10 0.15 0.11 0.10 0.14 0.11 0.19 0.15 0.19 0.21 0.16 0.17 0.13 0.23 0.14 0.23 0.13 0.16 0.18 0.22 0.24 0.15 0.11
O2' 0.23 0.24 0.27 0.29 0.25 0.28 0.29 0.29 0.29 0.31 0.25 0.25 0.24 0.33 0.25 0.33 0.32 0.25 0.34 0.32 0.40 0.31 0.32
O3' 0.08 0.15 0.12 0.11 0.14 0.09 0.19 0.10 0.21 0.20 0.18 0.17 0.13 0.24 0.13 0.24 0.17 0.11 0.15 0.25 0.22 0.11 0.11
O4' 0.10 0.15 0.11 0.12 0.14 0.15 0.19 0.19 0.20 0.22 0.17 0.17 0.13 0.24 0.15 0.21 0.16 0.18 0.20 0.23 0.25 0.18 0.15
O5' 0.24 0.26 0.18 0.19 0.29 0.24 0.34 0.26 0.34 0.35 0.30 0.26 0.25 0.38 0.29 0.20 0.19 0.31 0.30 0.38 0.27 0.28 0.21
O6 0.15 0.14 0.14 0.13 0.16 0.15 0.18 0.17 0.18 0.20 0.16 0.14 0.14 0.20 0.17 0.20 0.11 0.21 0.22 0.19 0.29 0.21 0.19
OP1 0.14 0.18 0.16 0.19 0.17 0.18 0.21 0.20 0.23 0.21 0.22 0.20 0.15 0.24 0.16 0.23 0.21 0.19 0.21 0.27 0.33 0.25 0.26
OP2 0.24 0.36 0.25 0.20 0.29 0.16 0.29 0.13 0.31 0.24 0.35 0.41 0.34 0.26 0.25 0.32 0.18 0.21 0.16 0.32 0.21 0.19 0.14
P 0.13 0.21 0.15 0.13 0.17 0.10 0.20 0.08 0.22 0.19 0.22 0.24 0.18 0.21 0.15 0.24 0.15 0.16 0.14 0.24 0.20 0.15 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.11 0.03 0.18 0.23 0.11
C2 0.04 0.00 0.05 0.04 0.02 0.03 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.06 0.05 0.17 0.02 0.21 0.30 0.18
C2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.06 0.23 0.30 0.15
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.07 0.05 0.04 0.04 0.08 0.04 0.01 0.01 0.02 0.08 0.07 0.24 0.25 0.13
C4 0.02 0.02 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.18 0.02 0.19 0.27 0.17
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.05 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.04 0.18 0.13 0.04
C5 0.02 0.02 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.06 0.08 0.02 0.20 0.02 0.20 0.27 0.19
C5' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.08 0.08 0.08 0.06 0.09 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.08 0.17 0.07 0.03
C6 0.03 0.02 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.07 0.09 0.03 0.19 0.01 0.21 0.29 0.20
C8 0.02 0.02 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.09 0.03 0.20 0.03 0.18 0.24 0.17
N1 0.04 0.01 0.05 0.05 0.02 0.03 0.02 0.08 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.08 0.07 0.04 0.18 0.01 0.21 0.30 0.20
N2 0.05 0.01 0.05 0.04 0.03 0.05 0.03 0.08 0.03 0.03 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.09 0.06 0.07 0.17 0.04 0.22 0.32 0.19
N3 0.04 0.01 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.07 0.06 0.04 0.16 0.02 0.20 0.29 0.17
N7 0.02 0.02 0.05 0.08 0.01 0.05 0.00 0.09 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.11 0.03 0.21 0.04 0.20 0.26 0.19
N9 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.17 0.03 0.18 0.25 0.15
O2' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.05 0.05 0.06 0.04 0.07 0.04 0.08 0.09 0.07 0.05 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.07 0.22 0.27 0.11
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.06 0.02 0.08 0.03 0.09 0.09 0.07 0.06 0.06 0.11 0.04 0.04 0.00 0.02 0.15 0.10 0.25 0.23 0.12
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.07 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.11 0.04 0.14 0.17 0.08
O5' 0.11 0.17 0.07 0.08 0.18 0.02 0.20 0.01 0.19 0.20 0.18 0.17 0.16 0.21 0.17 0.04 0.15 0.11 0.00 0.18 0.03 0.04 0.01
O6 0.03 0.02 0.06 0.07 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.07 0.10 0.04 0.18 0.00 0.23 0.29 0.21
OP1 0.18 0.21 0.23 0.24 0.19 0.18 0.20 0.17 0.21 0.18 0.21 0.22 0.20 0.20 0.18 0.22 0.25 0.14 0.03 0.23 0.00 0.03 0.01
OP2 0.23 0.30 0.30 0.25 0.27 0.13 0.27 0.07 0.29 0.24 0.30 0.32 0.29 0.26 0.25 0.27 0.23 0.17 0.04 0.29 0.03 0.00 0.02
P 0.11 0.18 0.15 0.13 0.17 0.04 0.19 0.03 0.20 0.17 0.20 0.19 0.17 0.19 0.15 0.11 0.12 0.08 0.01 0.21 0.01 0.02 0.00