ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52179

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 3, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, -0.001, 0.013, 0.027, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.013 std_dev=0.014
N1 A 0, -0.001, 0.016, 0.032, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.016 std_dev=0.017
C5 A 0, -0.003, 0.020, 0.044, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.020 std_dev=0.023
C2 A 0, -0.008, 0.017, 0.042, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.017 std_dev=0.025
C1' A 0, -0.007, 0.020, 0.048, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.020 std_dev=0.028
C4 A 0, -0.004, 0.025, 0.054, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.025 std_dev=0.029
N3 A 0, -0.006, 0.024, 0.054, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.024 std_dev=0.030
N7 A 0, 0.002, 0.037, 0.072, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.037 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.002, 0.042, 0.082, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.042 std_dev=0.040
N9 A 0, -0.006, 0.036, 0.077, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.036 std_dev=0.041
O6 A 0, -0.004, 0.038, 0.080, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.038 std_dev=0.042
N2 A 0, -0.021, 0.039, 0.098, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.039 std_dev=0.060
O2' B 0, 0.156, 0.427, 0.698, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.427 std_dev=0.271
C2' B 0, 0.142, 0.507, 0.872, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.507 std_dev=0.365
O4' A 0, -0.183, 0.584, 1.351, 2.081 max_d=2.081 avg_d=0.584 std_dev=0.767
C2' A 0, -0.212, 0.625, 1.463, 2.351 max_d=2.351 avg_d=0.625 std_dev=0.838
C4' A 0, -0.217, 0.811, 1.839, 2.640 max_d=2.640 avg_d=0.811 std_dev=1.028
C3' A 0, -0.302, 0.907, 2.115, 3.305 max_d=3.305 avg_d=0.907 std_dev=1.209
C1' B 0, -0.279, 1.012, 2.304, 3.878 max_d=3.878 avg_d=1.012 std_dev=1.291
C3' B 0, -0.128, 1.173, 2.475, 3.612 max_d=3.612 avg_d=1.173 std_dev=1.302
O2' A 0, -0.324, 0.983, 2.290, 3.685 max_d=3.685 avg_d=0.983 std_dev=1.307
O3' A 0, -0.396, 1.192, 2.780, 4.190 max_d=4.190 avg_d=1.192 std_dev=1.588
C4' B 0, -0.408, 1.493, 3.395, 5.640 max_d=5.640 avg_d=1.493 std_dev=1.901
O4' B 0, -0.567, 1.350, 3.267, 5.767 max_d=5.767 avg_d=1.350 std_dev=1.917
C5' A 0, -0.514, 1.409, 3.332, 5.447 max_d=5.447 avg_d=1.409 std_dev=1.923
N9 B 0, -0.523, 1.449, 3.421, 5.709 max_d=5.709 avg_d=1.449 std_dev=1.972
O5' B 0, -0.388, 1.589, 3.567, 5.869 max_d=5.869 avg_d=1.589 std_dev=1.977
O3' B 0, -0.392, 1.594, 3.579, 5.362 max_d=5.362 avg_d=1.594 std_dev=1.986
OP2 B 0, -0.197, 1.969, 4.135, 5.632 max_d=5.632 avg_d=1.969 std_dev=2.166
P B 0, -0.321, 1.964, 4.248, 6.311 max_d=6.311 avg_d=1.964 std_dev=2.284
C8 B 0, -0.556, 1.728, 4.013, 6.644 max_d=6.644 avg_d=1.728 std_dev=2.285
C5' B 0, -0.562, 1.767, 4.097, 6.941 max_d=6.941 avg_d=1.767 std_dev=2.330
O5' A 0, -0.830, 1.536, 3.901, 6.894 max_d=6.894 avg_d=1.536 std_dev=2.366
OP1 B 0, -0.356, 2.224, 4.804, 6.803 max_d=6.803 avg_d=2.224 std_dev=2.580
C4 B 0, -0.767, 1.979, 4.725, 7.542 max_d=7.542 avg_d=1.979 std_dev=2.746
N3 B 0, -0.783, 2.143, 5.068, 7.631 max_d=7.631 avg_d=2.143 std_dev=2.926
N7 B 0, -0.788, 2.335, 5.458, 8.695 max_d=8.695 avg_d=2.335 std_dev=3.123
P A 0, -1.288, 2.084, 5.456, 9.744 max_d=9.744 avg_d=2.084 std_dev=3.372
C5 B 0, -0.967, 2.473, 5.913, 9.414 max_d=9.414 avg_d=2.473 std_dev=3.440
OP2 A 0, -1.353, 2.191, 5.735, 10.364 max_d=10.364 avg_d=2.191 std_dev=3.544
C2 B 0, -1.114, 2.760, 6.635, 9.955 max_d=9.955 avg_d=2.760 std_dev=3.875
OP1 A 0, -1.448, 2.486, 6.420, 11.481 max_d=11.481 avg_d=2.486 std_dev=3.934
N2 B 0, -1.161, 3.102, 7.364, 10.515 max_d=10.515 avg_d=3.102 std_dev=4.262
C6 B 0, -1.296, 3.141, 7.578, 11.867 max_d=11.867 avg_d=3.141 std_dev=4.437
N1 B 0, -1.388, 3.199, 7.786, 11.978 max_d=11.978 avg_d=3.199 std_dev=4.587
O6 B 0, -1.472, 3.711, 8.893, 13.835 max_d=13.835 avg_d=3.711 std_dev=5.182

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.10 0.01 0.04 0.03 0.07 0.05 0.03 0.00 0.02 0.29 0.00 0.22 0.02 0.20 0.51 0.31
C2 0.05 0.00 0.27 0.64 0.01 0.58 0.02 0.97 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.29 0.39 0.39 1.14 0.04 1.23 1.35 1.25
C2' 0.00 0.27 0.00 0.00 0.15 0.01 0.10 0.23 0.14 0.14 0.22 0.33 0.26 0.09 0.02 0.01 0.02 0.01 0.60 0.13 0.57 0.80 0.65
C3' 0.02 0.64 0.00 0.00 0.45 0.00 0.44 0.01 0.53 0.25 0.62 0.69 0.58 0.32 0.24 0.02 0.00 0.03 0.22 0.52 0.22 0.16 0.19
C4 0.02 0.01 0.15 0.45 0.00 0.29 0.01 0.38 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.20 0.19 0.36 0.02 0.34 0.42 0.34
C4' 0.01 0.58 0.01 0.00 0.29 0.00 0.17 0.00 0.26 0.28 0.44 0.70 0.56 0.19 0.07 0.34 0.02 0.01 0.01 0.21 0.13 0.09 0.04
C5 0.01 0.02 0.10 0.44 0.01 0.17 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.26 0.24 0.06 0.13 0.01 0.27 0.56 0.32
C5' 0.10 0.97 0.23 0.01 0.38 0.00 0.14 0.00 0.33 0.53 0.70 1.27 0.90 0.38 0.10 0.10 0.22 0.01 0.01 0.22 0.13 0.14 0.01
C6 0.01 0.02 0.14 0.53 0.01 0.26 0.01 0.33 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.27 0.33 0.13 0.28 0.01 0.25 0.37 0.25
C8 0.04 0.02 0.14 0.25 0.01 0.28 0.01 0.53 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.34 0.15 0.25 0.84 0.03 1.01 1.42 1.11
N1 0.03 0.01 0.22 0.62 0.01 0.44 0.01 0.70 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.26 0.38 0.27 0.77 0.03 0.80 0.86 0.80
N2 0.07 0.00 0.33 0.69 0.01 0.70 0.02 1.27 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.38 0.44 0.46 1.55 0.05 1.82 2.08 1.84
N3 0.05 0.00 0.26 0.58 0.00 0.56 0.01 0.90 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.32 0.40 1.05 0.03 1.06 1.09 1.07
N7 0.03 0.02 0.09 0.32 0.01 0.19 0.01 0.38 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.35 0.21 0.16 0.66 0.03 0.92 1.32 0.98
N9 0.00 0.01 0.02 0.24 0.01 0.07 0.02 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.19 0.04 0.01 0.25 0.03 0.33 0.66 0.43
O2' 0.02 0.29 0.01 0.02 0.20 0.34 0.26 0.10 0.27 0.34 0.26 0.38 0.27 0.35 0.19 0.00 0.04 0.23 0.38 0.31 0.35 0.77 0.46
O3' 0.29 0.39 0.02 0.00 0.20 0.02 0.24 0.22 0.33 0.15 0.38 0.44 0.32 0.21 0.04 0.04 0.00 0.23 0.14 0.36 0.37 0.23 0.20
O4' 0.00 0.39 0.01 0.03 0.19 0.01 0.06 0.01 0.13 0.25 0.27 0.46 0.40 0.16 0.01 0.23 0.23 0.00 0.10 0.08 0.16 0.21 0.13
O5' 0.22 1.14 0.60 0.22 0.36 0.01 0.13 0.01 0.28 0.84 0.77 1.55 1.05 0.66 0.25 0.38 0.14 0.10 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.04 0.13 0.52 0.02 0.21 0.01 0.22 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.03 0.31 0.36 0.08 0.16 0.00 0.24 0.43 0.24
OP1 0.20 1.23 0.57 0.22 0.34 0.13 0.27 0.13 0.25 1.01 0.80 1.82 1.06 0.92 0.33 0.35 0.37 0.16 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01
OP2 0.51 1.35 0.80 0.16 0.42 0.09 0.56 0.14 0.37 1.42 0.86 2.08 1.09 1.32 0.66 0.77 0.23 0.21 0.01 0.43 0.01 0.00 0.01
P 0.31 1.25 0.65 0.19 0.34 0.04 0.32 0.01 0.25 1.11 0.80 1.84 1.07 0.98 0.43 0.46 0.20 0.13 0.00 0.24 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.76 2.73 0.32 0.29 1.80 0.32 2.07 0.11 2.52 1.48 2.78 3.30 2.17 1.96 1.27 0.15 0.69 0.56 0.70 2.75 0.82 1.54 0.97
C2 0.48 1.28 0.25 0.37 1.04 0.31 1.25 0.07 1.37 1.06 1.32 1.38 1.17 1.32 0.82 0.15 0.77 0.33 0.47 1.49 0.64 1.04 0.64
C2' 0.62 2.82 0.39 0.15 1.84 0.11 2.24 0.41 2.76 1.63 3.00 3.43 2.14 2.18 1.29 0.21 0.40 0.33 0.91 3.07 1.03 1.72 1.20
C3' 0.11 2.14 0.43 0.35 1.12 0.53 1.52 0.72 1.98 1.21 2.22 2.84 1.52 1.65 0.66 0.57 0.48 0.28 1.01 2.32 1.23 1.81 1.37
C4 0.62 2.40 0.27 0.17 1.62 0.29 1.81 0.20 2.16 1.30 2.39 2.73 1.98 1.69 1.12 0.14 0.53 0.37 0.61 2.29 0.78 1.38 0.87
C4' 0.36 1.96 0.29 0.36 1.01 0.55 1.29 0.47 1.71 0.95 1.96 2.61 1.47 1.38 0.53 0.52 0.76 0.44 0.68 2.01 0.90 1.52 1.05
C5 0.56 2.51 0.25 0.16 1.73 0.46 1.93 0.48 2.35 1.25 2.60 2.72 2.05 1.67 1.13 0.14 0.43 0.30 0.62 2.44 0.89 1.42 0.93
C5' 0.66 1.73 0.69 0.69 0.68 0.90 0.76 0.81 1.21 0.57 1.61 2.40 1.31 0.89 0.20 0.88 0.89 0.80 0.81 1.46 1.03 1.50 1.14
C6 0.44 1.99 0.23 0.24 1.49 0.59 1.64 0.58 1.95 1.06 2.09 2.05 1.68 1.41 0.98 0.15 0.40 0.33 0.55 2.01 0.83 1.24 0.81
C8 0.64 3.03 0.25 0.17 1.96 0.42 2.24 0.48 2.84 1.41 3.22 3.46 2.34 1.93 1.27 0.14 0.49 0.35 0.71 3.03 1.02 1.63 1.08
N1 0.40 1.35 0.23 0.12 1.07 0.36 1.18 0.28 1.33 0.92 1.38 1.39 1.21 1.14 0.78 0.15 0.40 0.27 0.42 1.39 0.61 1.03 0.62
N2 0.36 0.69 0.23 0.63 0.79 0.49 1.13 0.33 1.20 0.95 0.96 0.56 0.59 1.21 0.67 0.15 1.15 0.35 0.44 1.34 0.73 0.84 0.57
N3 0.60 1.81 0.27 0.37 1.32 0.34 1.55 0.09 1.76 1.23 1.80 2.07 1.57 1.58 0.98 0.15 0.77 0.44 0.56 1.93 0.69 1.21 0.75
N7 0.57 2.91 0.24 0.28 1.94 0.57 2.22 0.65 2.82 1.34 3.13 3.17 2.26 1.86 1.23 0.14 0.53 0.31 0.71 2.98 1.08 1.59 1.08
N9 0.67 2.77 0.27 0.14 1.80 0.29 2.04 0.24 2.50 1.40 2.82 3.25 2.19 1.86 1.22 0.14 0.54 0.42 0.67 2.67 0.86 1.53 0.98
O2' 1.23 3.46 0.75 0.67 2.45 0.64 2.82 0.54 3.38 2.04 3.65 4.05 2.76 2.62 1.84 0.39 0.87 1.03 1.04 3.70 0.96 1.75 1.17
O3' 0.40 2.34 0.11 0.20 1.32 0.32 1.65 0.34 2.10 1.23 2.34 3.06 1.78 1.74 0.81 0.30 0.77 0.34 0.82 2.45 0.99 1.72 1.20
O4' 0.56 2.17 0.20 0.40 1.28 0.53 1.49 0.24 1.89 1.02 2.15 2.74 1.72 1.45 0.80 0.40 0.87 0.54 0.49 2.12 0.71 1.37 0.83
O5' 0.76 1.86 0.86 0.85 0.76 1.00 0.76 0.93 1.29 0.46 1.78 2.52 1.41 0.74 0.28 1.04 0.93 0.87 0.93 1.48 1.22 1.61 1.28
O6 0.36 1.88 0.21 0.49 1.46 0.89 1.69 0.89 2.01 1.00 2.08 1.89 1.55 1.42 0.93 0.15 0.66 0.51 0.60 2.11 0.98 1.20 0.85
OP1 1.05 1.91 1.08 1.03 0.90 1.17 0.61 1.07 1.13 0.30 1.73 2.56 1.58 0.37 0.58 1.21 1.07 1.11 1.02 1.23 1.32 1.63 1.35
OP2 1.27 2.21 1.20 1.15 1.23 1.31 0.93 1.15 1.46 0.30 2.06 2.78 1.88 0.29 0.86 1.30 1.15 1.31 1.01 1.49 1.34 1.54 1.32
P 1.07 1.96 1.08 1.04 0.96 1.19 0.68 1.05 1.19 0.23 1.78 2.58 1.62 0.32 0.61 1.21 1.10 1.13 0.96 1.26 1.25 1.54 1.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.24 0.01 0.10 0.03 0.25 0.29 0.15
C2 0.02 0.00 0.33 0.28 0.01 0.06 0.02 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.15 0.10 0.20 0.16 0.01 0.14 0.42 0.26
C2' 0.01 0.33 0.00 0.01 0.18 0.01 0.10 0.16 0.17 0.14 0.27 0.40 0.32 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.36 0.14 0.65 0.72 0.54
C3' 0.01 0.28 0.01 0.00 0.26 0.01 0.33 0.01 0.36 0.24 0.33 0.26 0.23 0.31 0.19 0.02 0.01 0.02 0.06 0.39 0.43 0.34 0.25
C4 0.01 0.01 0.18 0.26 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.05 0.10 0.17 0.02 0.14 0.37 0.25
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.06 0.00 0.13 0.00 0.12 0.21 0.07 0.10 0.06 0.21 0.09 0.23 0.01 0.01 0.01 0.16 0.20 0.14 0.06
C5 0.02 0.02 0.10 0.33 0.01 0.13 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.19 0.10 0.04 0.28 0.02 0.33 0.55 0.41
C5' 0.04 0.06 0.16 0.01 0.05 0.00 0.14 0.00 0.14 0.21 0.08 0.10 0.06 0.22 0.06 0.05 0.16 0.01 0.01 0.19 0.06 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.36 0.01 0.12 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.12 0.08 0.30 0.01 0.41 0.65 0.47
C8 0.02 0.02 0.14 0.24 0.01 0.21 0.01 0.21 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.31 0.10 0.16 0.27 0.03 0.27 0.40 0.35
N1 0.02 0.00 0.27 0.33 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.09 0.08 0.15 0.24 0.01 0.29 0.56 0.38
N2 0.03 0.00 0.40 0.26 0.02 0.10 0.02 0.10 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.25 0.15 0.24 0.13 0.01 0.09 0.38 0.21
N3 0.02 0.01 0.32 0.23 0.01 0.06 0.02 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.16 0.14 0.20 0.12 0.01 0.08 0.32 0.18
N7 0.02 0.02 0.06 0.31 0.01 0.21 0.00 0.22 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.31 0.16 0.10 0.34 0.03 0.44 0.60 0.49
N9 0.00 0.02 0.02 0.19 0.01 0.09 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.15 0.05 0.01 0.14 0.03 0.10 0.29 0.19
O2' 0.02 0.15 0.01 0.02 0.08 0.23 0.19 0.05 0.16 0.31 0.09 0.25 0.16 0.31 0.15 0.00 0.03 0.18 0.27 0.21 0.67 0.85 0.54
O3' 0.24 0.10 0.01 0.01 0.05 0.01 0.10 0.16 0.12 0.10 0.08 0.15 0.14 0.16 0.05 0.03 0.00 0.17 0.10 0.18 0.24 0.24 0.11
O4' 0.01 0.20 0.01 0.02 0.10 0.01 0.04 0.01 0.08 0.16 0.15 0.24 0.20 0.10 0.01 0.18 0.17 0.00 0.09 0.06 0.07 0.16 0.11
O5' 0.10 0.16 0.36 0.06 0.17 0.01 0.28 0.01 0.30 0.27 0.24 0.13 0.12 0.34 0.14 0.27 0.10 0.09 0.00 0.36 0.01 0.03 0.01
O6 0.03 0.01 0.14 0.39 0.02 0.16 0.02 0.19 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.21 0.18 0.06 0.36 0.00 0.55 0.78 0.58
OP1 0.25 0.14 0.65 0.43 0.14 0.20 0.33 0.06 0.41 0.27 0.29 0.09 0.08 0.44 0.10 0.67 0.24 0.07 0.01 0.55 0.00 0.03 0.01
OP2 0.29 0.42 0.72 0.34 0.37 0.14 0.55 0.03 0.65 0.40 0.56 0.38 0.32 0.60 0.29 0.85 0.24 0.16 0.03 0.78 0.03 0.00 0.02
P 0.15 0.26 0.54 0.25 0.25 0.06 0.41 0.02 0.47 0.35 0.38 0.21 0.18 0.49 0.19 0.54 0.11 0.11 0.01 0.58 0.01 0.02 0.00