Doublet Group distance statistics: 52180

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 3, 3, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.013, 0.027, 0.040, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.027 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.011, 0.026, 0.040, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.018, 0.035, 0.052, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.035 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.013, 0.031, 0.048, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.018, 0.036, 0.054, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.036 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.021, 0.040, 0.060, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.040 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.022, 0.046, 0.070, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.046 std_dev=0.024
C2 A 0, 0.017, 0.042, 0.067, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.042 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.022, 0.050, 0.077, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.050 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.023, 0.063, 0.103, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.063 std_dev=0.040
N2 A 0, 0.019, 0.072, 0.124, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.072 std_dev=0.052
O2' B 0, 0.201, 0.339, 0.477, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.339 std_dev=0.138
C2' B 0, 0.379, 0.628, 0.876, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.628 std_dev=0.249
O4' B 0, 0.489, 0.817, 1.145, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.817 std_dev=0.328
C1' B 0, 0.156, 0.529, 0.902, 1.554 max_d=1.554 avg_d=0.529 std_dev=0.373
O4' A 0, 0.289, 0.744, 1.200, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.744 std_dev=0.455
OP2 A 0, 0.466, 0.958, 1.450, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.958 std_dev=0.492
C2' A 0, 0.337, 0.890, 1.442, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.890 std_dev=0.553
O5' A 0, 0.466, 1.065, 1.664, 1.717 max_d=1.717 avg_d=1.065 std_dev=0.599
P A 0, 0.519, 1.135, 1.750, 1.692 max_d=1.692 avg_d=1.135 std_dev=0.615
C4' A 0, 0.446, 1.185, 1.923, 1.821 max_d=1.821 avg_d=1.185 std_dev=0.738
C3' B 0, 0.956, 1.712, 2.468, 2.405 max_d=2.405 avg_d=1.712 std_dev=0.756
C3' A 0, 0.504, 1.282, 2.060, 1.927 max_d=1.927 avg_d=1.282 std_dev=0.778
OP1 A 0, 0.647, 1.442, 2.236, 2.194 max_d=2.194 avg_d=1.442 std_dev=0.795
C4' B 0, 0.970, 1.771, 2.573, 2.568 max_d=2.568 avg_d=1.771 std_dev=0.801
N9 B 0, 0.711, 1.531, 2.351, 3.310 max_d=3.310 avg_d=1.531 std_dev=0.820
O2' A 0, 0.548, 1.428, 2.308, 2.154 max_d=2.154 avg_d=1.428 std_dev=0.880
C5' A 0, 0.608, 1.493, 2.378, 2.337 max_d=2.337 avg_d=1.493 std_dev=0.885
O3' B 0, 1.213, 2.254, 3.295, 3.215 max_d=3.215 avg_d=2.254 std_dev=1.041
C5' B 0, 1.247, 2.381, 3.515, 3.324 max_d=3.324 avg_d=2.381 std_dev=1.134
O3' A 0, 0.736, 1.877, 3.019, 2.791 max_d=2.791 avg_d=1.877 std_dev=1.141
C8 B 0, 1.116, 2.269, 3.423, 4.445 max_d=4.445 avg_d=2.269 std_dev=1.153
C4 B 0, 1.092, 2.389, 3.687, 5.020 max_d=5.020 avg_d=2.389 std_dev=1.297
OP1 B 0, 1.778, 3.117, 4.457, 4.180 max_d=4.180 avg_d=3.117 std_dev=1.340
N3 B 0, 1.233, 2.735, 4.237, 5.704 max_d=5.704 avg_d=2.735 std_dev=1.502
O5' B 0, 2.309, 3.828, 5.348, 4.744 max_d=4.744 avg_d=3.828 std_dev=1.520
N7 B 0, 1.524, 3.180, 4.837, 6.260 max_d=6.260 avg_d=3.180 std_dev=1.657
C5 B 0, 1.500, 3.212, 4.925, 6.485 max_d=6.485 avg_d=3.212 std_dev=1.712
P B 0, 2.432, 4.422, 6.411, 5.672 max_d=5.672 avg_d=4.422 std_dev=1.990
C2 B 0, 1.694, 3.728, 5.762, 7.571 max_d=7.571 avg_d=3.728 std_dev=2.034
C6 B 0, 1.948, 4.196, 6.445, 8.382 max_d=8.382 avg_d=4.196 std_dev=2.249
N1 B 0, 1.989, 4.330, 6.672, 8.692 max_d=8.692 avg_d=4.330 std_dev=2.341
N2 B 0, 2.000, 4.411, 6.821, 8.838 max_d=8.838 avg_d=4.411 std_dev=2.410
O6 B 0, 2.349, 5.032, 7.715, 9.899 max_d=9.899 avg_d=5.032 std_dev=2.683
OP2 B 0, 3.410, 6.399, 9.388, 8.125 max_d=8.125 avg_d=6.399 std_dev=2.989

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.07 0.04 0.02 0.06 0.09 0.07 0.02 0.01 0.03 0.27 0.01 0.15 0.04 0.14 0.26 0.16
C2 0.07 0.00 0.34 0.27 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.17 0.18 0.11 0.02 0.14 0.28 0.18
C2' 0.01 0.34 0.00 0.00 0.17 0.01 0.07 0.19 0.14 0.18 0.25 0.42 0.33 0.10 0.02 0.01 0.03 0.02 0.42 0.10 0.45 0.57 0.46
C3' 0.01 0.27 0.00 0.00 0.24 0.00 0.28 0.01 0.31 0.22 0.30 0.28 0.24 0.27 0.19 0.02 0.01 0.02 0.07 0.34 0.12 0.08 0.08
C4 0.04 0.01 0.17 0.24 0.00 0.03 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.10 0.10 0.09 0.03 0.12 0.27 0.16
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.05 0.12 0.04 0.09 0.07 0.11 0.06 0.27 0.03 0.01 0.01 0.08 0.07 0.05 0.02
C5 0.03 0.01 0.07 0.28 0.01 0.06 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.22 0.08 0.04 0.05 0.02 0.12 0.27 0.15
C5' 0.07 0.13 0.19 0.01 0.08 0.01 0.05 0.00 0.06 0.03 0.10 0.14 0.12 0.03 0.04 0.07 0.18 0.01 0.01 0.06 0.09 0.02 0.01
C6 0.04 0.01 0.14 0.31 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.18 0.11 0.07 0.05 0.01 0.13 0.27 0.16
C8 0.02 0.02 0.18 0.22 0.01 0.12 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.37 0.08 0.11 0.03 0.05 0.10 0.26 0.12
N1 0.06 0.01 0.25 0.30 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.12 0.12 0.14 0.08 0.02 0.13 0.28 0.18
N2 0.09 0.00 0.42 0.28 0.01 0.09 0.02 0.14 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.32 0.22 0.20 0.12 0.04 0.14 0.28 0.19
N3 0.07 0.01 0.33 0.24 0.01 0.07 0.01 0.12 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.21 0.20 0.17 0.12 0.02 0.14 0.27 0.18
N7 0.02 0.01 0.10 0.27 0.01 0.11 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.37 0.13 0.06 0.03 0.05 0.11 0.26 0.13
N9 0.01 0.02 0.02 0.19 0.01 0.06 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.17 0.07 0.01 0.09 0.04 0.11 0.26 0.15
O2' 0.03 0.20 0.01 0.02 0.11 0.27 0.22 0.07 0.18 0.37 0.12 0.32 0.21 0.37 0.17 0.00 0.03 0.18 0.31 0.24 0.33 0.60 0.37
O3' 0.27 0.17 0.03 0.01 0.10 0.03 0.08 0.18 0.11 0.08 0.12 0.22 0.20 0.13 0.07 0.03 0.00 0.20 0.14 0.15 0.26 0.16 0.16
O4' 0.01 0.18 0.02 0.02 0.10 0.01 0.04 0.01 0.07 0.11 0.14 0.20 0.17 0.06 0.01 0.18 0.20 0.00 0.04 0.05 0.09 0.11 0.07
O5' 0.15 0.11 0.42 0.07 0.09 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.08 0.12 0.12 0.03 0.09 0.31 0.14 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01
O6 0.04 0.02 0.10 0.34 0.03 0.08 0.02 0.06 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.24 0.15 0.05 0.05 0.00 0.14 0.26 0.15
OP1 0.14 0.14 0.45 0.12 0.12 0.07 0.12 0.09 0.13 0.10 0.13 0.14 0.14 0.11 0.11 0.33 0.26 0.09 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.28 0.57 0.08 0.27 0.05 0.27 0.02 0.27 0.26 0.28 0.28 0.27 0.26 0.26 0.60 0.16 0.11 0.01 0.26 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.18 0.46 0.08 0.16 0.02 0.15 0.01 0.16 0.12 0.18 0.19 0.18 0.13 0.15 0.37 0.16 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.21 1.00 0.06 0.18 0.55 0.20 0.76 0.11 1.04 0.56 1.08 1.30 0.77 0.80 0.30 0.14 0.47 0.23 0.43 1.28 0.44 1.15 0.69
C2 0.13 0.66 0.06 0.22 0.50 0.21 0.66 0.06 0.75 0.53 0.73 0.69 0.55 0.68 0.33 0.11 0.48 0.16 0.21 0.81 0.41 0.59 0.37
C2' 0.31 0.87 0.24 0.43 0.28 0.45 0.57 0.30 0.87 0.53 0.84 1.34 0.68 0.77 0.08 0.34 0.73 0.40 0.43 1.26 0.47 1.17 0.68
C3' 0.46 1.07 0.38 0.55 0.35 0.61 0.26 0.55 0.61 0.40 0.91 1.58 0.84 0.48 0.19 0.41 0.76 0.58 0.58 0.86 0.68 1.20 0.76
C4 0.23 0.93 0.07 0.12 0.57 0.14 0.73 0.11 0.93 0.51 0.96 1.13 0.76 0.72 0.33 0.13 0.38 0.22 0.40 1.02 0.41 1.01 0.61
C4' 0.25 1.07 0.06 0.21 0.44 0.29 0.47 0.24 0.74 0.38 0.98 1.49 0.82 0.54 0.14 0.13 0.47 0.31 0.46 0.91 0.52 1.25 0.74
C5 0.29 1.02 0.11 0.06 0.66 0.11 0.74 0.22 0.90 0.49 0.99 1.18 0.86 0.69 0.39 0.15 0.24 0.25 0.47 0.93 0.42 1.12 0.68
C5' 0.27 1.21 0.08 0.10 0.55 0.18 0.53 0.21 0.82 0.34 1.13 1.63 0.93 0.48 0.23 0.13 0.35 0.28 0.51 0.91 0.52 1.40 0.83
C6 0.29 0.82 0.14 0.08 0.60 0.13 0.64 0.23 0.72 0.45 0.79 0.89 0.73 0.58 0.39 0.15 0.18 0.24 0.42 0.70 0.39 0.93 0.57
C8 0.30 1.23 0.10 0.05 0.71 0.10 0.81 0.26 1.08 0.51 1.23 1.51 0.97 0.75 0.40 0.14 0.27 0.26 0.56 1.21 0.48 1.38 0.83
N1 0.19 0.55 0.09 0.11 0.44 0.13 0.50 0.08 0.54 0.40 0.55 0.59 0.50 0.49 0.29 0.12 0.31 0.17 0.26 0.55 0.40 0.63 0.39
N2 0.09 0.75 0.09 0.34 0.60 0.31 0.80 0.19 0.90 0.61 0.86 0.75 0.60 0.80 0.43 0.15 0.61 0.15 0.13 0.98 0.42 0.36 0.26
N3 0.15 0.81 0.06 0.21 0.53 0.22 0.74 0.07 0.91 0.57 0.91 0.92 0.63 0.77 0.33 0.11 0.49 0.18 0.29 1.01 0.41 0.78 0.47
N7 0.32 1.24 0.12 0.08 0.76 0.11 0.85 0.31 1.08 0.52 1.25 1.44 1.00 0.76 0.45 0.15 0.19 0.27 0.58 1.15 0.48 1.37 0.83
N9 0.24 1.06 0.08 0.11 0.60 0.13 0.76 0.15 1.02 0.52 1.08 1.34 0.84 0.75 0.33 0.13 0.37 0.23 0.47 1.18 0.44 1.19 0.72
O2' 0.25 0.93 0.16 0.23 0.69 0.25 1.13 0.19 1.47 0.91 1.25 1.16 0.71 1.26 0.53 0.15 0.59 0.26 0.58 1.94 0.54 1.35 0.88
O3' 0.27 1.10 0.17 0.37 0.37 0.46 0.44 0.46 0.76 0.48 1.02 1.59 0.82 0.62 0.08 0.17 0.57 0.42 0.57 0.98 0.65 1.23 0.78
O4' 0.26 1.08 0.16 0.10 0.58 0.14 0.68 0.16 0.92 0.50 1.07 1.41 0.85 0.68 0.34 0.16 0.36 0.23 0.48 1.07 0.46 1.22 0.74
O5' 0.32 1.37 0.09 0.10 0.69 0.15 0.69 0.21 1.03 0.33 1.34 1.76 1.05 0.52 0.33 0.15 0.32 0.30 0.53 1.12 0.52 1.47 0.86
O6 0.35 0.86 0.21 0.20 0.70 0.24 0.74 0.37 0.83 0.52 0.89 0.89 0.77 0.65 0.49 0.19 0.12 0.31 0.50 0.81 0.38 0.97 0.60
OP1 0.38 1.48 0.15 0.08 0.80 0.13 0.80 0.25 1.15 0.37 1.48 1.85 1.14 0.56 0.44 0.16 0.24 0.34 0.58 1.22 0.51 1.61 0.94
OP2 0.51 1.63 0.29 0.22 1.01 0.25 1.08 0.39 1.44 0.59 1.71 1.92 1.28 0.84 0.64 0.25 0.23 0.43 0.66 1.55 0.54 1.66 0.99
P 0.39 1.47 0.19 0.12 0.83 0.14 0.86 0.29 1.19 0.44 1.49 1.81 1.14 0.64 0.48 0.18 0.21 0.33 0.61 1.27 0.52 1.59 0.94

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.06 0.10 0.07 0.02 0.01 0.01 0.08 0.00 0.10 0.06 0.32 0.10 0.05
C2 0.08 0.00 0.08 0.09 0.02 0.15 0.02 0.13 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.13 0.16 0.17 0.12 0.02 0.38 0.49 0.17
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.05 0.04 0.07 0.11 0.07 0.04 0.02 0.00 0.03 0.02 0.09 0.05 0.47 0.27 0.24
C3' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.07 0.06 0.14 0.09 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.05 0.51 0.42 0.29
C4 0.04 0.02 0.05 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.10 0.09 0.15 0.03 0.38 0.50 0.20
C4' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.06 0.00 0.05 0.01 0.07 0.10 0.11 0.20 0.14 0.09 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.31 0.19 0.09
C5 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.08 0.06 0.21 0.03 0.44 0.75 0.33
C5' 0.03 0.13 0.03 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.08 0.12 0.10 0.17 0.13 0.13 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.11 0.25 0.20 0.03
C6 0.05 0.01 0.05 0.03 0.02 0.07 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.10 0.09 0.21 0.01 0.45 0.83 0.36
C8 0.02 0.03 0.04 0.07 0.02 0.10 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.05 0.08 0.09 0.25 0.04 0.45 0.67 0.33
N1 0.06 0.01 0.07 0.06 0.02 0.11 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.10 0.14 0.14 0.16 0.01 0.41 0.68 0.27
N2 0.10 0.01 0.11 0.14 0.03 0.20 0.02 0.17 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.17 0.22 0.20 0.11 0.02 0.39 0.42 0.12
N3 0.07 0.01 0.07 0.09 0.01 0.14 0.01 0.13 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.12 0.15 0.16 0.11 0.02 0.38 0.37 0.12
N7 0.02 0.02 0.04 0.07 0.01 0.09 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.08 0.07 0.27 0.04 0.52 0.89 0.43
N9 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01 0.16 0.05 0.36 0.40 0.17
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.10 0.17 0.12 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.10 0.04 0.58 0.37 0.32
O3' 0.08 0.16 0.03 0.00 0.10 0.02 0.08 0.03 0.10 0.08 0.14 0.22 0.15 0.08 0.08 0.03 0.00 0.05 0.09 0.11 0.57 0.51 0.30
O4' 0.00 0.17 0.02 0.00 0.09 0.00 0.06 0.01 0.09 0.09 0.14 0.20 0.16 0.07 0.01 0.01 0.05 0.00 0.12 0.10 0.15 0.19 0.15
O5' 0.10 0.12 0.09 0.08 0.15 0.01 0.21 0.01 0.21 0.25 0.16 0.11 0.11 0.27 0.16 0.10 0.09 0.12 0.00 0.24 0.02 0.02 0.01
O6 0.06 0.02 0.05 0.05 0.03 0.08 0.03 0.11 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.04 0.11 0.10 0.24 0.00 0.49 0.97 0.43
OP1 0.32 0.38 0.47 0.51 0.38 0.31 0.44 0.25 0.45 0.45 0.41 0.39 0.38 0.52 0.36 0.58 0.57 0.15 0.02 0.49 0.00 0.03 0.01
OP2 0.10 0.49 0.27 0.42 0.50 0.19 0.75 0.20 0.83 0.67 0.68 0.42 0.37 0.89 0.40 0.37 0.51 0.19 0.02 0.97 0.03 0.00 0.02
P 0.05 0.17 0.24 0.29 0.20 0.09 0.33 0.03 0.36 0.33 0.27 0.12 0.12 0.43 0.17 0.32 0.30 0.15 0.01 0.43 0.01 0.02 0.00