ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52181

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.001, 0.007, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C8 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N2 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.010
O6 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C2' A 0, -0.015, 0.063, 0.141, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.063 std_dev=0.078
O4' A 0, -0.030, 0.100, 0.230, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.100 std_dev=0.130
O2' B 0, -0.068, 0.199, 0.467, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.199 std_dev=0.268
N7 B 0, -0.068, 0.239, 0.546, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.239 std_dev=0.307
C8 B 0, -0.077, 0.255, 0.588, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.255 std_dev=0.332
C5 B 0, -0.089, 0.272, 0.633, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.272 std_dev=0.361
N9 B 0, -0.096, 0.284, 0.663, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.284 std_dev=0.379
O5' B 0, -0.077, 0.303, 0.683, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.303 std_dev=0.380
O6 B 0, -0.099, 0.298, 0.695, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.298 std_dev=0.397
C4 B 0, -0.103, 0.294, 0.692, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.294 std_dev=0.397
C6 B 0, -0.103, 0.300, 0.703, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.300 std_dev=0.403
C1' B 0, -0.114, 0.312, 0.738, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.312 std_dev=0.426
C5' A 0, -0.126, 0.317, 0.759, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.317 std_dev=0.443
C2' B 0, -0.122, 0.324, 0.770, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.324 std_dev=0.446
C4' A 0, -0.132, 0.324, 0.780, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.324 std_dev=0.456
N3 B 0, -0.128, 0.336, 0.799, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.336 std_dev=0.463
N1 B 0, -0.132, 0.352, 0.836, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.352 std_dev=0.484
C2 B 0, -0.140, 0.365, 0.870, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.365 std_dev=0.505
O2' A 0, -0.143, 0.387, 0.917, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.387 std_dev=0.530
O4' B 0, -0.147, 0.386, 0.918, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.386 std_dev=0.532
N2 B 0, -0.166, 0.418, 1.002, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.418 std_dev=0.584
C3' B 0, -0.168, 0.431, 1.030, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.431 std_dev=0.599
P A 0, -0.171, 0.461, 1.093, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.461 std_dev=0.632
O3' B 0, -0.181, 0.489, 1.159, 1.437 max_d=1.437 avg_d=0.489 std_dev=0.670
O5' A 0, -0.199, 0.507, 1.214, 1.506 max_d=1.506 avg_d=0.507 std_dev=0.706
C4' B 0, -0.202, 0.533, 1.269, 1.574 max_d=1.574 avg_d=0.533 std_dev=0.736
P B 0, -0.181, 0.562, 1.304, 1.611 max_d=1.611 avg_d=0.562 std_dev=0.742
C3' A 0, -0.218, 0.543, 1.303, 1.618 max_d=1.618 avg_d=0.543 std_dev=0.760
C5' B 0, -0.303, 0.801, 1.905, 2.362 max_d=2.362 avg_d=0.801 std_dev=1.104
OP2 B 0, -0.294, 0.844, 1.982, 2.453 max_d=2.453 avg_d=0.844 std_dev=1.138
OP1 A 0, -0.319, 0.828, 1.975, 2.450 max_d=2.450 avg_d=0.828 std_dev=1.147
O3' A 0, -0.349, 0.873, 2.095, 2.601 max_d=2.601 avg_d=0.873 std_dev=1.222
OP2 A 0, -0.357, 0.919, 2.196, 2.724 max_d=2.724 avg_d=0.919 std_dev=1.276
OP1 B 0, -0.471, 1.272, 3.014, 3.735 max_d=3.735 avg_d=1.272 std_dev=1.742

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.13 0.00 0.02 0.87 0.14
C2 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.36 0.09 0.02 0.34 0.02 0.07 0.61 0.03
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.06 0.02 0.06 0.22 0.06 0.05 0.06 0.04 0.05 0.06 0.05 0.01 0.09 0.01 0.04 0.06 0.21 1.04 0.29
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.18 0.00 0.30 0.06 0.28 0.40 0.17 0.02 0.03 0.41 0.22 0.02 0.01 0.00 0.15 0.34 0.08 0.65 0.05
C4 0.00 0.00 0.06 0.18 0.00 0.08 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.28 0.08 0.00 0.37 0.01 0.12 0.69 0.08
C4' 0.00 0.01 0.02 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.13 0.23 0.07 0.04 0.01 0.22 0.11 0.24 0.05 0.00 0.01 0.16 0.23 0.59 0.03
C5 0.01 0.00 0.06 0.30 0.00 0.15 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.29 0.23 0.03 0.49 0.00 0.20 0.55 0.06
C5' 0.10 0.01 0.22 0.06 0.03 0.01 0.12 0.00 0.12 0.17 0.06 0.05 0.04 0.20 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.17 0.20 0.43 0.01
C6 0.00 0.01 0.06 0.28 0.00 0.13 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.35 0.19 0.02 0.50 0.01 0.19 0.44 0.03
C8 0.01 0.00 0.05 0.40 0.00 0.23 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.37 0.07 0.51 0.00 0.25 0.76 0.15
N1 0.00 0.00 0.06 0.17 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.37 0.05 0.01 0.43 0.01 0.13 0.51 0.02
N2 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.36 0.22 0.04 0.29 0.02 0.03 0.61 0.02
N3 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.32 0.12 0.03 0.29 0.01 0.05 0.69 0.06
N7 0.01 0.01 0.06 0.41 0.00 0.22 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.22 0.38 0.06 0.56 0.00 0.28 0.52 0.10
N9 0.01 0.00 0.05 0.22 0.00 0.11 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.15 0.03 0.34 0.00 0.13 0.81 0.13
O2' 0.01 0.36 0.01 0.02 0.28 0.24 0.29 0.01 0.35 0.14 0.37 0.36 0.32 0.22 0.16 0.00 0.15 0.17 0.17 0.35 0.04 0.97 0.11
O3' 0.04 0.09 0.09 0.01 0.08 0.05 0.23 0.08 0.19 0.37 0.05 0.22 0.12 0.38 0.15 0.15 0.00 0.02 0.15 0.27 0.29 0.54 0.05
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.07 0.01 0.04 0.03 0.06 0.03 0.17 0.02 0.00 0.09 0.03 0.20 0.66 0.01
O5' 0.13 0.34 0.04 0.15 0.37 0.01 0.49 0.01 0.50 0.51 0.43 0.29 0.29 0.56 0.34 0.17 0.15 0.09 0.00 0.55 0.00 0.03 0.01
O6 0.00 0.02 0.06 0.34 0.01 0.16 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.35 0.27 0.03 0.55 0.00 0.24 0.32 0.02
OP1 0.02 0.07 0.21 0.08 0.12 0.23 0.20 0.20 0.19 0.25 0.13 0.03 0.05 0.28 0.13 0.04 0.29 0.20 0.00 0.24 0.00 0.02 0.00
OP2 0.87 0.61 1.04 0.65 0.69 0.59 0.55 0.43 0.44 0.76 0.51 0.61 0.69 0.52 0.81 0.97 0.54 0.66 0.03 0.32 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.03 0.29 0.05 0.08 0.03 0.06 0.01 0.03 0.15 0.02 0.02 0.06 0.10 0.13 0.11 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.14 0.03 0.04 0.03 0.07 0.01 0.01 0.20 0.08 0.05 0.07 0.05 0.11 0.01 0.10 0.06 0.03 0.14 0.17 0.15 0.13 0.61 0.25
C2 0.05 0.28 0.02 0.02 0.14 0.06 0.19 0.11 0.26 0.05 0.31 0.31 0.18 0.13 0.04 0.04 0.02 0.04 0.20 0.28 0.19 0.54 0.27
C2' 0.26 0.15 0.16 0.09 0.18 0.12 0.09 0.33 0.01 0.16 0.02 0.18 0.23 0.10 0.21 0.03 0.10 0.26 0.08 0.07 0.10 0.53 0.12
C3' 0.35 0.46 0.22 0.09 0.43 0.14 0.43 0.41 0.43 0.41 0.44 0.47 0.44 0.42 0.40 0.07 0.00 0.32 0.03 0.41 0.15 0.41 0.02
C4 0.12 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.06 0.23 0.14 0.02 0.14 0.03 0.06 0.04 0.07 0.06 0.01 0.11 0.16 0.19 0.21 0.65 0.29
C4' 0.22 0.29 0.08 0.03 0.26 0.02 0.23 0.27 0.22 0.23 0.25 0.32 0.29 0.22 0.24 0.05 0.10 0.20 0.09 0.19 0.08 0.56 0.18
C5 0.11 0.03 0.05 0.01 0.06 0.05 0.03 0.30 0.09 0.03 0.07 0.06 0.11 0.03 0.08 0.05 0.00 0.10 0.13 0.15 0.30 0.74 0.32
C5' 0.19 0.20 0.09 0.01 0.20 0.03 0.16 0.30 0.13 0.18 0.15 0.22 0.22 0.16 0.20 0.02 0.07 0.16 0.09 0.09 0.13 0.62 0.21
C6 0.08 0.05 0.05 0.02 0.01 0.06 0.09 0.31 0.15 0.01 0.13 0.04 0.03 0.07 0.03 0.03 0.02 0.06 0.13 0.18 0.35 0.76 0.35
C8 0.14 0.16 0.05 0.00 0.12 0.06 0.04 0.32 0.01 0.07 0.05 0.21 0.20 0.02 0.12 0.06 0.02 0.14 0.13 0.07 0.26 0.76 0.31
N1 0.04 0.22 0.04 0.01 0.13 0.00 0.18 0.20 0.24 0.06 0.26 0.21 0.14 0.13 0.04 0.02 0.04 0.03 0.17 0.26 0.29 0.65 0.32
N2 0.01 0.39 0.01 0.05 0.23 0.14 0.25 0.03 0.32 0.10 0.38 0.43 0.31 0.18 0.11 0.03 0.03 0.03 0.24 0.32 0.12 0.41 0.24
N3 0.09 0.19 0.02 0.03 0.06 0.05 0.13 0.13 0.21 0.01 0.25 0.23 0.06 0.09 0.02 0.05 0.01 0.08 0.19 0.25 0.15 0.55 0.26
N7 0.13 0.16 0.06 0.01 0.12 0.08 0.04 0.36 0.00 0.06 0.05 0.20 0.19 0.02 0.11 0.05 0.01 0.13 0.11 0.07 0.33 0.80 0.33
N9 0.14 0.06 0.05 0.01 0.08 0.02 0.01 0.25 0.07 0.05 0.05 0.09 0.14 0.01 0.10 0.06 0.02 0.14 0.15 0.14 0.19 0.67 0.28
O2' 0.25 0.48 0.31 0.35 0.40 0.38 0.49 0.22 0.57 0.39 0.58 0.49 0.37 0.47 0.34 0.39 0.29 0.25 0.60 0.62 0.30 0.95 0.59
O3' 0.23 0.46 0.07 0.10 0.39 0.04 0.44 0.24 0.49 0.37 0.50 0.47 0.39 0.42 0.33 0.09 0.21 0.20 0.12 0.52 0.07 0.50 0.12
O4' 0.12 0.11 0.01 0.09 0.10 0.06 0.05 0.17 0.01 0.07 0.03 0.15 0.15 0.04 0.11 0.11 0.13 0.11 0.18 0.04 0.23 0.65 0.30
O5' 0.56 0.60 0.46 0.34 0.60 0.40 0.58 0.70 0.55 0.59 0.56 0.60 0.62 0.57 0.59 0.33 0.25 0.53 0.32 0.51 0.16 0.25 0.16
O6 0.04 0.01 0.05 0.03 0.00 0.09 0.07 0.36 0.11 0.02 0.08 0.01 0.04 0.07 0.02 0.02 0.03 0.04 0.10 0.14 0.45 0.85 0.39
OP1 0.08 0.23 0.11 0.12 0.24 0.13 0.39 0.10 0.50 0.29 0.42 0.14 0.13 0.41 0.19 0.15 0.09 0.08 0.33 0.64 0.52 1.00 0.55
OP2 0.46 0.69 0.42 0.49 0.57 0.52 0.62 0.21 0.71 0.49 0.75 0.71 0.59 0.56 0.50 0.45 0.54 0.51 0.57 0.74 0.80 1.15 0.76
P 0.05 0.07 0.01 0.05 0.05 0.03 0.14 0.22 0.22 0.06 0.19 0.03 0.01 0.14 0.01 0.06 0.06 0.03 0.17 0.31 0.38 0.79 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.00 0.00 0.03 0.11 0.01 0.35 0.01 0.15 0.67 0.36
C2 0.03 0.00 0.05 0.10 0.01 0.06 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.09 0.05 0.35 0.00 0.04 0.90 0.36
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.17 0.03 0.11 0.02 0.09 0.04 0.10 0.05 0.00 0.03 0.02 0.12 0.04 0.33 0.45 0.27
C3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.03 0.16 0.04 0.16 0.09 0.14 0.06 0.01 0.00 0.04 0.03 0.06 0.11 0.03 0.02
C4 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.34 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.04 0.01 0.31 0.00 0.06 0.91 0.36
C4' 0.01 0.06 0.05 0.01 0.06 0.00 0.15 0.01 0.13 0.26 0.03 0.14 0.07 0.26 0.12 0.01 0.01 0.00 0.03 0.17 0.26 0.04 0.09
C5 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.15 0.00 0.50 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.08 0.01 0.22 0.00 0.02 1.00 0.33
C5' 0.14 0.23 0.17 0.02 0.34 0.01 0.50 0.00 0.49 0.59 0.36 0.13 0.19 0.62 0.37 0.15 0.09 0.01 0.01 0.56 0.03 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.13 0.00 0.49 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.04 0.01 0.22 0.00 0.02 1.01 0.31
C8 0.01 0.01 0.11 0.16 0.00 0.26 0.00 0.59 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.04 0.18 0.01 0.08 0.99 0.34
N1 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.36 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.04 0.02 0.29 0.00 0.00 0.97 0.34
N2 0.04 0.00 0.09 0.16 0.01 0.14 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.16 0.07 0.39 0.00 0.05 0.87 0.37
N3 0.03 0.01 0.04 0.09 0.01 0.07 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.06 0.05 0.36 0.00 0.07 0.85 0.37
N7 0.00 0.01 0.10 0.14 0.00 0.26 0.00 0.62 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.15 0.04 0.14 0.01 0.02 1.04 0.30
N9 0.00 0.01 0.05 0.06 0.00 0.12 0.00 0.37 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.12 0.01 0.30 0.00 0.10 0.87 0.37
O2' 0.03 0.18 0.00 0.01 0.10 0.01 0.09 0.15 0.12 0.01 0.17 0.22 0.16 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.05 0.11 0.37 0.38 0.23
O3' 0.11 0.09 0.03 0.00 0.04 0.01 0.08 0.09 0.04 0.18 0.04 0.16 0.06 0.15 0.12 0.01 0.00 0.17 0.05 0.06 0.02 0.18 0.07
O4' 0.01 0.05 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.07 0.05 0.04 0.01 0.01 0.17 0.00 0.40 0.02 0.11 0.48 0.25
O5' 0.35 0.35 0.12 0.03 0.31 0.03 0.22 0.01 0.22 0.18 0.29 0.39 0.36 0.14 0.30 0.05 0.05 0.40 0.00 0.17 0.00 0.02 0.00
O6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.17 0.00 0.56 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.06 0.02 0.17 0.00 0.05 1.04 0.28
OP1 0.15 0.04 0.33 0.11 0.06 0.26 0.02 0.03 0.02 0.08 0.00 0.05 0.07 0.02 0.10 0.37 0.02 0.11 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00
OP2 0.67 0.90 0.45 0.03 0.91 0.04 1.00 0.02 1.01 0.99 0.97 0.87 0.85 1.04 0.87 0.38 0.18 0.48 0.02 1.04 0.00 0.00 0.00
P 0.36 0.36 0.27 0.02 0.36 0.09 0.33 0.01 0.31 0.34 0.34 0.37 0.37 0.30 0.37 0.23 0.07 0.25 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00