ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52182

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
O6 A 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.023
O6 B 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C6 B 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N1 A 0, 0.000, 0.032, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C5 B 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
N9 A 0, 0.000, 0.037, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.037 std_dev=0.037
N7 A 0, 0.000, 0.046, 0.091, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.046 std_dev=0.046
C8 A 0, 0.000, 0.049, 0.098, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.049 std_dev=0.049
N2 A 0, 0.000, 0.051, 0.103, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.051 std_dev=0.051
C4 B 0, 0.000, 0.059, 0.117, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.059 std_dev=0.059
N1 B 0, 0.000, 0.060, 0.120, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.060 std_dev=0.060
N7 B 0, 0.000, 0.080, 0.160, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.080 std_dev=0.080
C2 B 0, 0.000, 0.080, 0.161, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.080 std_dev=0.080
N3 B 0, 0.000, 0.081, 0.163, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.081 std_dev=0.081
N2 B 0, 0.000, 0.082, 0.164, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.082 std_dev=0.082
C8 B 0, 0.000, 0.092, 0.184, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.092 std_dev=0.092
N9 B 0, 0.000, 0.096, 0.191, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.096 std_dev=0.096
O4' B 0, 0.000, 0.104, 0.209, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.104 std_dev=0.104
O4' A 0, 0.000, 0.108, 0.216, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.108 std_dev=0.108
C1' B 0, 0.000, 0.112, 0.224, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.112 std_dev=0.112
C3' B 0, 0.000, 0.117, 0.234, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.117 std_dev=0.117
O3' B 0, 0.000, 0.126, 0.251, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.126 std_dev=0.126
C4' B 0, 0.000, 0.128, 0.255, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.128 std_dev=0.128
C2' B 0, 0.000, 0.128, 0.255, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.128 std_dev=0.128
C5' B 0, 0.000, 0.147, 0.295, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.147 std_dev=0.147
C2' A 0, 0.000, 0.150, 0.299, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.150 std_dev=0.150
O2' B 0, 0.000, 0.151, 0.301, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.151 std_dev=0.151
O3' A 0, 0.000, 0.169, 0.337, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.169 std_dev=0.169
OP2 A 0, 0.000, 0.172, 0.344, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.172 std_dev=0.172
OP1 A 0, 0.000, 0.173, 0.347, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.173 std_dev=0.173
P A 0, 0.000, 0.181, 0.362, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.181 std_dev=0.181
C4' A 0, 0.000, 0.181, 0.363, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.181 std_dev=0.181
C3' A 0, 0.000, 0.183, 0.367, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.183 std_dev=0.183
O5' A 0, 0.000, 0.186, 0.371, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.186 std_dev=0.186
OP2 B 0, 0.000, 0.190, 0.381, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.190 std_dev=0.190
P B 0, 0.000, 0.209, 0.418, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.209 std_dev=0.209
O5' B 0, 0.000, 0.213, 0.426, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.213 std_dev=0.213
O2' A 0, 0.000, 0.225, 0.449, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.225 std_dev=0.225
OP1 B 0, 0.000, 0.234, 0.468, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.234 std_dev=0.234
C5' A 0, 0.000, 0.260, 0.521, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.260 std_dev=0.260

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01
C2 0.03 0.00 0.09 0.06 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.07 0.12 0.08 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.02 0.05 0.10 0.08
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.05 0.10 0.05 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.08 0.06
C4 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.06 0.01 0.05 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00
C5 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.04 0.05 0.00 0.00 0.05 0.03
C5' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.04 0.05 0.01 0.00 0.04 0.03
C8 0.04 0.00 0.06 0.06 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.05 0.08 0.01 0.01 0.07 0.05
N1 0.02 0.01 0.07 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.12 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01
N2 0.05 0.01 0.12 0.10 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.17 0.08 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.03
N3 0.02 0.01 0.08 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.12 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00
N7 0.03 0.00 0.04 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.05 0.08 0.01 0.02 0.08 0.06
N9 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01
O2' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.05 0.12 0.17 0.12 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.10 0.05 0.07 0.13 0.10
O3' 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.03 0.08 0.02 0.06 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.03
O5' 0.03 0.00 0.08 0.06 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.08 0.02 0.03 0.01 0.08 0.04 0.10 0.03 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.02 0.04 0.06 0.00 0.01 0.05 0.04
OP1 0.02 0.03 0.05 0.05 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.02 0.07 0.04 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.01 0.10 0.08 0.03 0.01 0.05 0.00 0.04 0.07 0.02 0.02 0.01 0.08 0.03 0.13 0.06 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.08 0.06 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.10 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.05 0.06 0.01 0.06 0.05 0.03 0.06 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03
C2 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.03 0.04 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02
C2' 0.10 0.06 0.11 0.09 0.09 0.10 0.08 0.08 0.06 0.08 0.05 0.05 0.09 0.07 0.11 0.10 0.07 0.10 0.07 0.05 0.08 0.08 0.07
C3' 0.07 0.03 0.08 0.06 0.05 0.07 0.04 0.05 0.02 0.04 0.01 0.01 0.05 0.03 0.07 0.08 0.04 0.07 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04
C4 0.06 0.03 0.06 0.05 0.04 0.06 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.05 0.02 0.06 0.05 0.03 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
C4' 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00
C5 0.08 0.01 0.07 0.06 0.04 0.07 0.02 0.05 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03 0.07 0.07 0.04 0.07 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02
C5' 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01
C6 0.07 0.01 0.08 0.06 0.03 0.07 0.02 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.01 0.04 0.07 0.08 0.03 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01
C8 0.08 0.02 0.08 0.07 0.05 0.09 0.02 0.07 0.00 0.03 0.01 0.05 0.05 0.02 0.07 0.08 0.06 0.08 0.04 0.02 0.05 0.03 0.03
N1 0.04 0.00 0.05 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.05 0.06 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01
N2 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.06 0.03 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.06 0.03 0.05 0.05 0.05
N3 0.04 0.04 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01
N7 0.09 0.01 0.09 0.08 0.05 0.10 0.03 0.08 0.00 0.05 0.01 0.04 0.05 0.04 0.08 0.09 0.07 0.09 0.05 0.01 0.05 0.04 0.04
N9 0.07 0.04 0.06 0.05 0.05 0.07 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.07 0.06 0.01 0.06 0.05 0.03 0.07 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02
O2' 0.16 0.12 0.16 0.14 0.15 0.15 0.14 0.14 0.12 0.15 0.11 0.10 0.14 0.14 0.17 0.14 0.11 0.16 0.12 0.11 0.13 0.13 0.13
O3' 0.04 0.02 0.05 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.05 0.04 0.05 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02 0.02
O5' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01
O6 0.08 0.02 0.08 0.07 0.02 0.08 0.01 0.06 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01 0.04 0.06 0.09 0.05 0.07 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01
OP1 0.05 0.00 0.05 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.06 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03
OP2 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01
P 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.04
C2 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.01 0.06 0.07 0.09
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.04 0.04 0.06
C4 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02
C5 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.04 0.03
C5' 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02
C6 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.05 0.05 0.04
C8 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02
N1 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04
N2 0.05 0.01 0.05 0.03 0.04 0.05 0.03 0.04 0.02 0.03 0.00 0.00 0.04 0.03 0.05 0.05 0.01 0.04 0.06 0.02 0.06 0.06 0.06
N3 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02
N7 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.07 0.06 0.05
N9 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.12 0.02 0.09 0.10 0.11
O3' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.08 0.03 0.05 0.05 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01
O5' 0.04 0.04 0.11 0.08 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.06 0.02 0.05 0.02 0.12 0.08 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01
O6 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.05 0.05 0.04
OP1 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.00 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.06 0.02 0.07 0.00 0.09 0.05 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.05 0.07 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.04 0.06 0.03 0.06 0.00 0.10 0.05 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.04 0.09 0.06 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.06 0.02 0.05 0.02 0.11 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00