ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52186

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 13, 18, 11, 6, 2, 0, 0, 0, 5, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.011, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.011, 0.019, 0.028, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.019 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.015, 0.023, 0.032, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.023 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.015, 0.026, 0.037, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.011, 0.023, 0.034, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.023 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.018, 0.033, 0.047, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.033 std_dev=0.015
O6 A 0, 0.016, 0.033, 0.050, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.033 std_dev=0.017
N2 A 0, 0.008, 0.027, 0.047, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.027 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.026, 0.054, 0.082, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.054 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.032, 0.062, 0.093, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.062 std_dev=0.030
C2' A 0, 0.038, 0.097, 0.156, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.097 std_dev=0.059
C3' A 0, 0.070, 0.135, 0.200, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.135 std_dev=0.065
C4' A 0, 0.090, 0.162, 0.233, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.162 std_dev=0.072
O4' A 0, 0.021, 0.094, 0.166, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.094 std_dev=0.073
O3' A 0, 0.112, 0.198, 0.283, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.198 std_dev=0.085
O5' A 0, 0.093, 0.186, 0.278, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.186 std_dev=0.093
O2' A 0, 0.051, 0.152, 0.254, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.152 std_dev=0.102
C5' A 0, 0.114, 0.240, 0.365, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.240 std_dev=0.125
P A 0, 0.080, 0.231, 0.383, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.231 std_dev=0.151
O2 B 0, 0.237, 0.388, 0.539, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.388 std_dev=0.151
C2 B 0, 0.293, 0.446, 0.598, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.446 std_dev=0.153
N3 B 0, 0.340, 0.500, 0.660, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.500 std_dev=0.160
OP1 A 0, 0.090, 0.251, 0.411, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.251 std_dev=0.161
N1 B 0, 0.341, 0.529, 0.717, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.529 std_dev=0.188
C1' B 0, 0.326, 0.540, 0.753, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.540 std_dev=0.214
C4 B 0, 0.399, 0.617, 0.835, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.617 std_dev=0.218
C6 B 0, 0.425, 0.644, 0.864, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.644 std_dev=0.220
OP2 A 0, 0.100, 0.330, 0.560, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.330 std_dev=0.230
C5 B 0, 0.442, 0.684, 0.925, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.684 std_dev=0.241
O3' B 0, 1.132, 1.381, 1.631, 1.824 max_d=1.824 avg_d=1.381 std_dev=0.250
O4' B 0, 0.423, 0.683, 0.943, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.683 std_dev=0.260
O2' B 0, 0.178, 0.438, 0.699, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.438 std_dev=0.261
C2' B 0, 0.178, 0.442, 0.707, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.442 std_dev=0.264
O4 B 0, 0.416, 0.689, 0.962, 1.793 max_d=1.793 avg_d=0.689 std_dev=0.273
P B 0, 0.243, 0.516, 0.790, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.516 std_dev=0.273
C3' B 0, 0.362, 0.639, 0.916, 1.493 max_d=1.493 avg_d=0.639 std_dev=0.277
O5' B 0, 0.130, 0.411, 0.692, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.411 std_dev=0.281
OP1 B 0, 0.517, 0.821, 1.125, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.821 std_dev=0.304
C4' B 0, 0.335, 0.686, 1.036, 1.799 max_d=1.799 avg_d=0.686 std_dev=0.350
OP2 B 0, 0.448, 0.873, 1.298, 2.079 max_d=2.079 avg_d=0.873 std_dev=0.425
C5' B 0, 0.125, 0.585, 1.045, 2.106 max_d=2.106 avg_d=0.585 std_dev=0.460

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.10 0.11 0.06
C2 0.02 0.00 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.05 0.06 0.05 0.01 0.09 0.14 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.06 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.03 0.19 0.10 0.08
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.18 0.09 0.08
C4 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.03 0.05 0.01 0.09 0.14 0.07
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.07 0.07 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02 0.06 0.01 0.09 0.15 0.09
C5' 0.02 0.07 0.03 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.06 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.08 0.05 0.04 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.04 0.03 0.06 0.00 0.09 0.16 0.10
C8 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.04 0.06 0.01 0.09 0.14 0.09
N1 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.04 0.05 0.05 0.01 0.09 0.15 0.09
N2 0.03 0.00 0.06 0.04 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.06 0.07 0.05 0.01 0.09 0.14 0.07
N3 0.02 0.00 0.05 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.05 0.06 0.05 0.01 0.09 0.13 0.07
N7 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.06 0.01 0.10 0.16 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.09 0.12 0.07
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.07 0.01 0.06 0.03 0.08 0.04 0.10 0.13 0.10 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.09 0.07 0.24 0.11 0.10
O3' 0.03 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.06 0.05 0.03 0.03 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03 0.20 0.09 0.08
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.07 0.06 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.03 0.06 0.12 0.07
O5' 0.03 0.05 0.08 0.06 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.09 0.05 0.06 0.00 0.06 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.03 0.03 0.06 0.00 0.11 0.17 0.11
OP1 0.10 0.09 0.19 0.18 0.09 0.07 0.09 0.05 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.24 0.20 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.14 0.10 0.09 0.14 0.07 0.15 0.04 0.16 0.14 0.15 0.14 0.13 0.16 0.12 0.11 0.09 0.12 0.02 0.17 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.07 0.08 0.08 0.07 0.03 0.09 0.01 0.10 0.09 0.09 0.07 0.07 0.10 0.07 0.10 0.08 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.08 0.07 0.08 0.13 0.07 0.14 0.07 0.11 0.07 0.09 0.13 0.08 0.10 0.17 0.06 0.26 0.16 0.24 0.15
C2 0.07 0.09 0.07 0.07 0.16 0.07 0.17 0.07 0.13 0.09 0.12 0.16 0.09 0.09 0.20 0.07 0.30 0.23 0.27 0.19
C2' 0.08 0.10 0.08 0.08 0.11 0.08 0.12 0.09 0.10 0.07 0.09 0.16 0.08 0.09 0.15 0.07 0.18 0.09 0.23 0.09
C3' 0.07 0.08 0.07 0.07 0.12 0.07 0.13 0.09 0.10 0.07 0.09 0.14 0.08 0.09 0.17 0.06 0.19 0.10 0.22 0.09
C4 0.07 0.09 0.09 0.10 0.14 0.08 0.15 0.08 0.12 0.09 0.11 0.13 0.09 0.11 0.18 0.08 0.29 0.21 0.28 0.18
C4' 0.08 0.09 0.08 0.08 0.15 0.07 0.16 0.07 0.13 0.09 0.11 0.11 0.09 0.11 0.20 0.07 0.26 0.17 0.22 0.15
C5 0.10 0.10 0.13 0.15 0.15 0.13 0.15 0.12 0.14 0.11 0.12 0.12 0.14 0.16 0.17 0.10 0.32 0.24 0.32 0.21
C5' 0.11 0.12 0.12 0.13 0.18 0.11 0.18 0.09 0.16 0.12 0.14 0.11 0.13 0.16 0.22 0.11 0.30 0.20 0.25 0.17
C6 0.12 0.12 0.16 0.17 0.16 0.15 0.17 0.14 0.15 0.13 0.14 0.12 0.17 0.18 0.18 0.12 0.34 0.26 0.36 0.24
C8 0.09 0.09 0.12 0.15 0.13 0.12 0.14 0.11 0.13 0.10 0.11 0.11 0.13 0.16 0.16 0.10 0.30 0.21 0.30 0.19
N1 0.09 0.11 0.11 0.12 0.17 0.10 0.17 0.10 0.15 0.11 0.14 0.13 0.12 0.12 0.19 0.09 0.33 0.26 0.33 0.23
N2 0.09 0.11 0.09 0.10 0.18 0.09 0.18 0.10 0.13 0.09 0.12 0.20 0.13 0.11 0.22 0.08 0.28 0.23 0.24 0.17
N3 0.07 0.09 0.07 0.07 0.15 0.07 0.16 0.07 0.12 0.08 0.11 0.15 0.08 0.09 0.19 0.07 0.28 0.20 0.25 0.17
N7 0.11 0.11 0.15 0.18 0.14 0.15 0.15 0.14 0.14 0.11 0.12 0.11 0.16 0.19 0.17 0.11 0.32 0.23 0.33 0.21
N9 0.07 0.08 0.09 0.10 0.13 0.08 0.14 0.08 0.12 0.08 0.10 0.13 0.10 0.12 0.17 0.07 0.28 0.19 0.27 0.17
O2' 0.13 0.14 0.12 0.13 0.10 0.13 0.11 0.14 0.10 0.11 0.12 0.22 0.13 0.13 0.13 0.12 0.12 0.08 0.25 0.10
O3' 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.11 0.12 0.09 0.07 0.08 0.16 0.09 0.09 0.16 0.07 0.17 0.09 0.21 0.09
O4' 0.09 0.10 0.10 0.11 0.17 0.09 0.18 0.07 0.14 0.10 0.13 0.11 0.11 0.13 0.21 0.09 0.31 0.22 0.25 0.19
O5' 0.09 0.09 0.11 0.13 0.15 0.11 0.15 0.10 0.13 0.10 0.11 0.10 0.12 0.16 0.18 0.09 0.29 0.19 0.26 0.17
O6 0.15 0.15 0.20 0.23 0.17 0.20 0.17 0.20 0.17 0.15 0.16 0.14 0.22 0.24 0.18 0.15 0.36 0.29 0.40 0.27
OP1 0.12 0.11 0.15 0.18 0.17 0.16 0.19 0.15 0.16 0.12 0.13 0.11 0.16 0.19 0.21 0.13 0.33 0.24 0.26 0.22
OP2 0.16 0.15 0.17 0.18 0.18 0.17 0.19 0.16 0.17 0.15 0.17 0.16 0.17 0.20 0.21 0.16 0.26 0.19 0.24 0.14
P 0.09 0.09 0.11 0.12 0.14 0.11 0.14 0.11 0.12 0.09 0.11 0.10 0.11 0.14 0.18 0.09 0.25 0.17 0.24 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.24 0.22 0.27 0.13
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.01 0.30 0.28 0.24 0.17
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.07 0.00 0.02 0.04 0.01 0.18 0.13 0.31 0.12
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.07 0.14 0.33 0.15
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.00 0.03 0.37 0.41 0.25 0.27
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.12 0.23 0.06
C5 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.04 0.38 0.46 0.29 0.31
C5' 0.03 0.09 0.03 0.01 0.13 0.01 0.13 0.00 0.11 0.08 0.11 0.08 0.03 0.01 0.13 0.01 0.01 0.12 0.22 0.02
C6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.04 0.37 0.41 0.29 0.28
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.32 0.31 0.26 0.19
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.01 0.02 0.34 0.34 0.23 0.21
O2 0.02 0.00 0.07 0.05 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.09 0.01 0.03 0.25 0.22 0.27 0.13
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.03 0.05 0.03 0.06 0.09 0.00 0.03 0.07 0.01 0.16 0.13 0.35 0.15
O3' 0.03 0.06 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.05 0.09 0.03 0.00 0.04 0.03 0.10 0.16 0.35 0.17
O4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.00 0.03 0.38 0.45 0.27 0.30
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.20 0.24 0.26 0.13
O5' 0.24 0.30 0.18 0.07 0.37 0.01 0.38 0.01 0.37 0.32 0.34 0.25 0.16 0.10 0.38 0.20 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.22 0.28 0.13 0.14 0.41 0.12 0.46 0.12 0.41 0.31 0.34 0.22 0.13 0.16 0.45 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.24 0.31 0.33 0.25 0.23 0.29 0.22 0.29 0.26 0.23 0.27 0.35 0.35 0.27 0.26 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.17 0.12 0.15 0.27 0.06 0.31 0.02 0.28 0.19 0.21 0.13 0.15 0.17 0.30 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00