ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52187

back

Distances from reference structure (by RMSD)

7, 5, 12, 5, 10, 5, 2, 3, 7, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.002, 0.015, 0.027, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.021 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.008, 0.024, 0.039, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.024 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.008, 0.026, 0.043, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.026 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.010, 0.029, 0.047, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.029 std_dev=0.019
N2 A 0, 0.006, 0.032, 0.058, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.032 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.027, 0.183, 0.339, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.183 std_dev=0.156
C2' A 0, 0.053, 0.216, 0.378, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.216 std_dev=0.163
O2' A 0, 0.087, 0.261, 0.435, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.261 std_dev=0.174
C4' A 0, 0.034, 0.275, 0.515, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.275 std_dev=0.241
C3' A 0, 0.071, 0.331, 0.590, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.331 std_dev=0.259
C2' B 0, 0.129, 0.408, 0.686, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.408 std_dev=0.278
N1 B 0, 0.110, 0.405, 0.701, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.405 std_dev=0.295
C1' B 0, 0.133, 0.440, 0.747, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.440 std_dev=0.307
O2' B 0, 0.151, 0.461, 0.770, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.461 std_dev=0.309
C2 B 0, 0.142, 0.465, 0.788, 1.651 max_d=1.651 avg_d=0.465 std_dev=0.323
O2 B 0, 0.206, 0.546, 0.885, 1.698 max_d=1.698 avg_d=0.546 std_dev=0.339
C6 B 0, 0.060, 0.410, 0.759, 1.820 max_d=1.820 avg_d=0.410 std_dev=0.349
O5' A 0, 0.217, 0.575, 0.933, 1.545 max_d=1.545 avg_d=0.575 std_dev=0.358
OP2 A 0, 0.172, 0.540, 0.909, 1.924 max_d=1.924 avg_d=0.540 std_dev=0.369
O5' B 0, 0.143, 0.515, 0.888, 1.724 max_d=1.724 avg_d=0.515 std_dev=0.372
O4' B 0, 0.127, 0.501, 0.876, 1.926 max_d=1.926 avg_d=0.501 std_dev=0.375
P A 0, 0.233, 0.614, 0.995, 1.846 max_d=1.846 avg_d=0.614 std_dev=0.381
O3' A 0, 0.099, 0.481, 0.863, 1.949 max_d=1.949 avg_d=0.481 std_dev=0.382
C3' B 0, 0.111, 0.500, 0.889, 1.482 max_d=1.482 avg_d=0.500 std_dev=0.389
N3 B 0, 0.111, 0.503, 0.896, 2.165 max_d=2.165 avg_d=0.503 std_dev=0.392
C5' A 0, 0.090, 0.488, 0.885, 2.063 max_d=2.063 avg_d=0.488 std_dev=0.397
C5' B 0, 0.110, 0.508, 0.906, 2.062 max_d=2.062 avg_d=0.508 std_dev=0.398
C4' B 0, 0.098, 0.499, 0.900, 1.787 max_d=1.787 avg_d=0.499 std_dev=0.401
C5 B 0, 0.035, 0.454, 0.874, 2.386 max_d=2.386 avg_d=0.454 std_dev=0.420
P B 0, 0.132, 0.572, 1.011, 2.017 max_d=2.017 avg_d=0.572 std_dev=0.439
C4 B 0, 0.062, 0.506, 0.951, 2.541 max_d=2.541 avg_d=0.506 std_dev=0.445
OP2 B 0, 0.191, 0.637, 1.083, 2.184 max_d=2.184 avg_d=0.637 std_dev=0.446
OP1 B 0, 0.210, 0.660, 1.110, 2.189 max_d=2.189 avg_d=0.660 std_dev=0.450
OP1 A 0, 0.280, 0.781, 1.282, 2.592 max_d=2.592 avg_d=0.781 std_dev=0.501
O4 B 0, 0.090, 0.625, 1.159, 3.167 max_d=3.167 avg_d=0.625 std_dev=0.535
O3' B 0, 0.147, 0.716, 1.285, 2.304 max_d=2.304 avg_d=0.716 std_dev=0.569

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.02 0.09 0.11 0.07
C2 0.03 0.00 0.13 0.14 0.01 0.06 0.02 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.11 0.19 0.04 0.11 0.01 0.10 0.20 0.12
C2' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.01 0.06 0.05 0.10 0.15 0.12 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.13 0.14 0.06
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.09 0.01 0.08 0.01 0.10 0.08 0.12 0.16 0.13 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.07 0.09 0.16 0.18 0.10
C4 0.02 0.01 0.07 0.09 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.02 0.11 0.01 0.10 0.19 0.12
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.07 0.05 0.07 0.05 0.07 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.06 0.12 0.08 0.02
C5 0.01 0.02 0.04 0.08 0.01 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.02 0.12 0.01 0.13 0.22 0.14
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.11 0.12 0.10 0.08 0.07 0.14 0.07 0.05 0.04 0.01 0.01 0.13 0.13 0.07 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.13 0.03 0.12 0.01 0.14 0.23 0.15
C8 0.02 0.02 0.05 0.08 0.01 0.07 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.04 0.13 0.02 0.11 0.18 0.13
N1 0.03 0.01 0.10 0.12 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.17 0.03 0.12 0.01 0.12 0.22 0.14
N2 0.04 0.01 0.15 0.16 0.02 0.07 0.02 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.14 0.22 0.05 0.11 0.02 0.10 0.20 0.12
N3 0.03 0.01 0.12 0.13 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.10 0.16 0.04 0.11 0.01 0.09 0.18 0.11
N7 0.01 0.02 0.04 0.08 0.01 0.07 0.00 0.14 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.04 0.13 0.03 0.15 0.22 0.15
N9 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.11 0.02 0.09 0.16 0.10
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.05 0.05 0.04 0.05 0.06 0.04 0.09 0.14 0.10 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.03 0.05 0.14 0.12 0.04
O3' 0.02 0.19 0.02 0.01 0.10 0.02 0.10 0.04 0.13 0.08 0.17 0.22 0.16 0.09 0.04 0.04 0.00 0.02 0.13 0.12 0.25 0.25 0.17
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.11 0.03 0.13 0.13 0.12
O5' 0.08 0.11 0.04 0.07 0.11 0.01 0.12 0.01 0.12 0.13 0.12 0.11 0.11 0.13 0.11 0.03 0.13 0.11 0.00 0.13 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.06 0.09 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.12 0.03 0.13 0.00 0.17 0.25 0.17
OP1 0.09 0.10 0.13 0.16 0.10 0.12 0.13 0.13 0.14 0.11 0.12 0.10 0.09 0.15 0.09 0.14 0.25 0.13 0.02 0.17 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.20 0.14 0.18 0.19 0.08 0.22 0.07 0.23 0.18 0.22 0.20 0.18 0.22 0.16 0.12 0.25 0.13 0.02 0.25 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.12 0.06 0.10 0.12 0.02 0.14 0.02 0.15 0.13 0.14 0.12 0.11 0.15 0.10 0.04 0.17 0.12 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.15 0.14 0.16 0.28 0.15 0.36 0.20 0.28 0.15 0.17 0.26 0.16 0.19 0.38 0.14 0.26 0.32 0.40 0.33
C2 0.15 0.12 0.16 0.16 0.27 0.15 0.35 0.18 0.30 0.18 0.16 0.21 0.15 0.20 0.30 0.16 0.21 0.25 0.32 0.25
C2' 0.15 0.17 0.14 0.15 0.34 0.14 0.39 0.19 0.28 0.16 0.18 0.30 0.16 0.19 0.47 0.15 0.24 0.31 0.40 0.32
C3' 0.18 0.24 0.16 0.16 0.21 0.13 0.28 0.14 0.20 0.15 0.21 0.39 0.19 0.20 0.31 0.14 0.20 0.28 0.37 0.28
C4 0.13 0.15 0.15 0.17 0.21 0.15 0.32 0.19 0.26 0.13 0.14 0.28 0.18 0.20 0.27 0.13 0.24 0.30 0.38 0.31
C4' 0.15 0.21 0.15 0.16 0.19 0.13 0.27 0.17 0.21 0.14 0.19 0.34 0.18 0.20 0.27 0.13 0.21 0.30 0.38 0.30
C5 0.14 0.21 0.16 0.19 0.11 0.17 0.22 0.21 0.20 0.12 0.21 0.32 0.22 0.21 0.16 0.14 0.26 0.32 0.38 0.32
C5' 0.18 0.26 0.17 0.18 0.18 0.15 0.23 0.18 0.20 0.17 0.26 0.38 0.21 0.21 0.23 0.15 0.19 0.32 0.37 0.29
C6 0.16 0.24 0.18 0.21 0.12 0.18 0.19 0.21 0.20 0.14 0.23 0.32 0.23 0.22 0.15 0.17 0.24 0.29 0.34 0.28
C8 0.13 0.21 0.16 0.19 0.15 0.17 0.24 0.22 0.20 0.12 0.22 0.32 0.21 0.21 0.22 0.14 0.28 0.35 0.42 0.36
N1 0.16 0.16 0.16 0.18 0.16 0.16 0.27 0.18 0.26 0.15 0.14 0.27 0.19 0.21 0.17 0.16 0.21 0.25 0.31 0.25
N2 0.19 0.19 0.17 0.16 0.34 0.18 0.36 0.18 0.32 0.24 0.26 0.18 0.15 0.22 0.36 0.20 0.20 0.24 0.30 0.23
N3 0.15 0.12 0.15 0.16 0.30 0.15 0.38 0.18 0.30 0.17 0.17 0.22 0.15 0.21 0.36 0.15 0.23 0.27 0.36 0.28
N7 0.14 0.25 0.17 0.21 0.16 0.18 0.18 0.23 0.17 0.13 0.28 0.34 0.23 0.22 0.22 0.16 0.28 0.35 0.41 0.35
N9 0.13 0.16 0.15 0.17 0.21 0.15 0.32 0.20 0.25 0.13 0.16 0.28 0.18 0.20 0.29 0.13 0.26 0.32 0.40 0.33
O2' 0.19 0.20 0.17 0.18 0.43 0.19 0.45 0.24 0.34 0.22 0.28 0.25 0.16 0.22 0.56 0.21 0.29 0.33 0.42 0.35
O3' 0.22 0.28 0.19 0.19 0.21 0.16 0.26 0.14 0.18 0.19 0.23 0.44 0.22 0.23 0.31 0.18 0.18 0.25 0.35 0.25
O4' 0.13 0.16 0.16 0.18 0.20 0.15 0.30 0.20 0.24 0.13 0.16 0.28 0.18 0.21 0.28 0.13 0.24 0.32 0.39 0.32
O5' 0.17 0.28 0.15 0.17 0.19 0.14 0.20 0.17 0.17 0.17 0.30 0.40 0.19 0.17 0.25 0.15 0.23 0.33 0.37 0.31
O6 0.21 0.30 0.21 0.25 0.24 0.24 0.18 0.25 0.19 0.21 0.31 0.34 0.27 0.26 0.26 0.22 0.28 0.30 0.33 0.29
OP1 0.21 0.32 0.18 0.20 0.25 0.18 0.22 0.21 0.21 0.22 0.34 0.41 0.22 0.20 0.30 0.19 0.20 0.36 0.36 0.31
OP2 0.23 0.33 0.23 0.24 0.30 0.19 0.24 0.22 0.23 0.24 0.37 0.40 0.31 0.26 0.37 0.18 0.21 0.38 0.37 0.32
P 0.19 0.30 0.18 0.20 0.24 0.16 0.21 0.19 0.20 0.20 0.33 0.40 0.23 0.21 0.29 0.16 0.20 0.35 0.36 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.17 0.03 0.01 0.11 0.15 0.14 0.10
C2 0.02 0.00 0.05 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.19 0.01 0.07 0.16 0.16 0.20 0.14
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.07 0.03 0.11 0.07 0.11 0.03 0.05 0.09 0.00 0.06 0.07 0.02 0.12 0.19 0.18 0.13
C3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.08 0.00 0.12 0.03 0.11 0.03 0.03 0.08 0.02 0.01 0.09 0.01 0.09 0.16 0.15 0.09
C4 0.02 0.01 0.07 0.08 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.16 0.00 0.04 0.22 0.21 0.27 0.21
C4' 0.01 0.05 0.03 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.02 0.04 0.10 0.02 0.03 0.07 0.00 0.02 0.14 0.09 0.03
C5 0.03 0.01 0.11 0.12 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.15 0.01 0.07 0.24 0.22 0.26 0.23
C5' 0.03 0.07 0.07 0.03 0.11 0.01 0.14 0.00 0.12 0.05 0.08 0.11 0.06 0.05 0.12 0.01 0.01 0.14 0.06 0.02
C6 0.03 0.01 0.11 0.11 0.01 0.09 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.15 0.01 0.08 0.22 0.19 0.20 0.18
N1 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.16 0.02 0.01 0.16 0.16 0.18 0.14
N3 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.18 0.01 0.05 0.19 0.18 0.23 0.17
O2 0.04 0.01 0.09 0.08 0.02 0.10 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.00 0.21 0.24 0.02 0.13 0.14 0.15 0.19 0.13
O2' 0.03 0.11 0.00 0.02 0.07 0.02 0.14 0.06 0.15 0.03 0.08 0.21 0.00 0.08 0.08 0.03 0.15 0.24 0.26 0.19
O3' 0.17 0.19 0.06 0.01 0.16 0.03 0.15 0.05 0.15 0.16 0.18 0.24 0.08 0.00 0.15 0.12 0.09 0.19 0.16 0.10
O4 0.03 0.01 0.07 0.09 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.15 0.00 0.05 0.23 0.23 0.30 0.24
O4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.05 0.13 0.03 0.12 0.05 0.00 0.11 0.14 0.11 0.07
O5' 0.11 0.16 0.12 0.09 0.22 0.02 0.24 0.01 0.22 0.16 0.19 0.14 0.15 0.09 0.23 0.11 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.15 0.16 0.19 0.16 0.21 0.14 0.22 0.14 0.19 0.16 0.18 0.15 0.24 0.19 0.23 0.14 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.20 0.18 0.15 0.27 0.09 0.26 0.06 0.20 0.18 0.23 0.19 0.26 0.16 0.30 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.14 0.13 0.09 0.21 0.03 0.23 0.02 0.18 0.14 0.17 0.13 0.19 0.10 0.24 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00