ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52188

back

Distances from reference structure (by RMSD)

5, 8, 8, 6, 6, 4, 8, 1, 6, 3, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.008, 0.011, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.011, 0.018, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.010, 0.017, 0.025, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.008, 0.019, 0.029, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.019 std_dev=0.010
O6 A 0, 0.015, 0.026, 0.037, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.026 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.015, 0.032, 0.049, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.032 std_dev=0.017
N2 A 0, 0.015, 0.032, 0.050, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.032 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.015, 0.035, 0.054, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.035 std_dev=0.019
C3' A 0, 0.033, 0.067, 0.102, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.067 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.044, 0.096, 0.148, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.096 std_dev=0.052
O3' A 0, 0.066, 0.121, 0.175, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.121 std_dev=0.054
C2' A 0, 0.058, 0.120, 0.181, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.120 std_dev=0.062
C4' A 0, 0.050, 0.122, 0.194, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.122 std_dev=0.072
O5' A 0, 0.108, 0.223, 0.338, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.223 std_dev=0.115
C5' A 0, 0.082, 0.214, 0.346, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.214 std_dev=0.132
O2' A 0, 0.128, 0.273, 0.419, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.273 std_dev=0.146
OP1 A 0, 0.159, 0.312, 0.466, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.312 std_dev=0.153
P A 0, 0.104, 0.258, 0.413, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.258 std_dev=0.154
N1 B 0, 0.105, 0.275, 0.445, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.275 std_dev=0.170
O4' B 0, 0.101, 0.271, 0.442, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.271 std_dev=0.171
C1' B 0, 0.125, 0.297, 0.468, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.297 std_dev=0.172
C6 B 0, 0.091, 0.265, 0.439, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.265 std_dev=0.174
O3' B 0, 0.144, 0.323, 0.502, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.323 std_dev=0.179
C2 B 0, 0.125, 0.304, 0.483, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.304 std_dev=0.179
C5 B 0, 0.084, 0.264, 0.445, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.264 std_dev=0.180
O2 B 0, 0.171, 0.355, 0.539, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.355 std_dev=0.184
C4 B 0, 0.088, 0.286, 0.484, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.286 std_dev=0.198
N3 B 0, 0.109, 0.308, 0.507, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.308 std_dev=0.199
OP2 A 0, 0.143, 0.362, 0.581, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.362 std_dev=0.219
O4 B 0, 0.111, 0.331, 0.552, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.331 std_dev=0.221
C4' B 0, 0.111, 0.351, 0.591, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.351 std_dev=0.240
C3' B 0, 0.138, 0.394, 0.650, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.394 std_dev=0.256
C2' B 0, 0.147, 0.425, 0.703, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.425 std_dev=0.278
O2' B 0, 0.205, 0.516, 0.827, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.516 std_dev=0.311
C5' B 0, 0.104, 0.434, 0.763, 1.560 max_d=1.560 avg_d=0.434 std_dev=0.330
OP2 B 0, 0.126, 0.486, 0.847, 1.785 max_d=1.785 avg_d=0.486 std_dev=0.361
O5' B 0, 0.114, 0.490, 0.866, 1.779 max_d=1.779 avg_d=0.490 std_dev=0.376
P B 0, 0.084, 0.500, 0.915, 2.032 max_d=2.032 avg_d=0.500 std_dev=0.416
OP1 B 0, 0.103, 0.566, 1.029, 2.336 max_d=2.336 avg_d=0.566 std_dev=0.463

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.14 0.16 0.11
C2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.05 0.13 0.01 0.18 0.24 0.16
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.02 0.19 0.17 0.15
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.13 0.09 0.08
C4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.10 0.01 0.15 0.24 0.15
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.06 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.06 0.04
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.10 0.01 0.14 0.25 0.14
C5' 0.02 0.07 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.08 0.06 0.09 0.07 0.08 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.06 0.03 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.11 0.00 0.15 0.25 0.14
C8 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.03 0.09 0.01 0.15 0.24 0.15
N1 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.12 0.01 0.16 0.24 0.15
N2 0.03 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.06 0.14 0.01 0.19 0.25 0.17
N3 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.05 0.13 0.01 0.17 0.24 0.16
N7 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.02 0.10 0.01 0.14 0.25 0.15
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.08 0.01 0.15 0.22 0.14
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.06 0.04 0.07 0.05 0.06 0.02 0.00 0.04 0.01 0.07 0.04 0.22 0.20 0.16
O3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.12 0.08 0.06
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.11 0.11 0.07
O5' 0.06 0.13 0.07 0.02 0.10 0.01 0.10 0.00 0.11 0.09 0.12 0.14 0.13 0.10 0.08 0.07 0.02 0.04 0.00 0.11 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.11 0.00 0.14 0.25 0.14
OP1 0.14 0.18 0.19 0.13 0.15 0.08 0.14 0.03 0.15 0.15 0.16 0.19 0.17 0.14 0.15 0.22 0.12 0.11 0.02 0.14 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.24 0.17 0.09 0.24 0.06 0.25 0.02 0.25 0.24 0.24 0.25 0.24 0.25 0.22 0.20 0.08 0.11 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.16 0.15 0.08 0.15 0.04 0.14 0.01 0.14 0.15 0.15 0.17 0.16 0.15 0.14 0.16 0.06 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.12 0.09 0.08 0.17 0.08 0.15 0.09 0.12 0.10 0.15 0.12 0.10 0.09 0.22 0.08 0.11 0.11 0.10 0.06
C2 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.10 0.06 0.07 0.09 0.11 0.08 0.10 0.08 0.09 0.10 0.17 0.20 0.12
C2' 0.10 0.13 0.10 0.09 0.17 0.08 0.16 0.09 0.13 0.11 0.15 0.14 0.12 0.10 0.22 0.08 0.12 0.11 0.10 0.07
C3' 0.09 0.12 0.09 0.08 0.17 0.07 0.15 0.09 0.12 0.11 0.15 0.13 0.11 0.09 0.22 0.08 0.11 0.12 0.09 0.06
C4 0.07 0.09 0.07 0.07 0.11 0.07 0.12 0.08 0.10 0.08 0.11 0.11 0.08 0.08 0.14 0.07 0.10 0.12 0.14 0.08
C4' 0.08 0.12 0.08 0.07 0.16 0.07 0.15 0.09 0.12 0.10 0.14 0.12 0.09 0.07 0.22 0.07 0.11 0.13 0.11 0.07
C5 0.08 0.11 0.08 0.07 0.14 0.07 0.14 0.08 0.12 0.10 0.13 0.12 0.09 0.08 0.16 0.08 0.12 0.12 0.16 0.10
C5' 0.08 0.13 0.08 0.07 0.17 0.07 0.15 0.09 0.12 0.10 0.16 0.14 0.10 0.08 0.22 0.07 0.11 0.13 0.13 0.09
C6 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.08 0.11 0.09 0.11 0.07 0.08 0.10 0.07 0.08 0.10 0.08 0.12 0.13 0.19 0.12
C8 0.10 0.15 0.11 0.09 0.21 0.08 0.19 0.08 0.15 0.13 0.19 0.15 0.14 0.10 0.26 0.08 0.13 0.11 0.12 0.08
N1 0.06 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.05 0.08 0.11 0.06 0.09 0.07 0.07 0.10 0.15 0.21 0.13
N2 0.11 0.13 0.12 0.11 0.13 0.12 0.13 0.12 0.12 0.12 0.13 0.13 0.12 0.12 0.13 0.12 0.12 0.22 0.26 0.16
N3 0.08 0.09 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.07 0.09 0.10 0.07 0.09 0.10 0.08 0.10 0.15 0.16 0.10
N7 0.11 0.16 0.12 0.09 0.20 0.08 0.18 0.09 0.16 0.14 0.19 0.16 0.14 0.10 0.23 0.09 0.13 0.12 0.15 0.10
N9 0.09 0.12 0.09 0.08 0.17 0.07 0.16 0.08 0.13 0.10 0.15 0.12 0.10 0.09 0.21 0.08 0.11 0.11 0.12 0.07
O2' 0.12 0.14 0.13 0.11 0.17 0.10 0.16 0.10 0.14 0.13 0.16 0.15 0.15 0.12 0.22 0.10 0.13 0.13 0.11 0.09
O3' 0.10 0.13 0.11 0.09 0.17 0.09 0.16 0.10 0.13 0.12 0.15 0.13 0.12 0.10 0.22 0.09 0.12 0.12 0.07 0.06
O4' 0.08 0.11 0.08 0.07 0.16 0.07 0.15 0.09 0.12 0.10 0.14 0.12 0.09 0.07 0.22 0.07 0.11 0.12 0.11 0.07
O5' 0.12 0.16 0.12 0.11 0.19 0.10 0.18 0.12 0.15 0.14 0.18 0.17 0.13 0.11 0.24 0.11 0.12 0.15 0.15 0.11
O6 0.10 0.10 0.09 0.09 0.11 0.10 0.12 0.11 0.13 0.11 0.10 0.11 0.10 0.09 0.11 0.11 0.13 0.14 0.20 0.14
OP1 0.16 0.21 0.16 0.15 0.26 0.16 0.24 0.17 0.20 0.19 0.25 0.21 0.17 0.16 0.32 0.16 0.16 0.17 0.21 0.16
OP2 0.22 0.28 0.20 0.17 0.30 0.15 0.27 0.12 0.24 0.24 0.30 0.29 0.23 0.20 0.34 0.18 0.12 0.10 0.13 0.08
P 0.15 0.21 0.14 0.12 0.25 0.10 0.22 0.10 0.19 0.18 0.24 0.22 0.16 0.13 0.30 0.12 0.10 0.11 0.14 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.07 0.15 0.06
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.04 0.01 0.02 0.10 0.09 0.12 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.08 0.13 0.07
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.07 0.12 0.05
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.00 0.02 0.14 0.13 0.09 0.08
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.13 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.02 0.15 0.14 0.09 0.09
C5' 0.03 0.04 0.04 0.02 0.08 0.01 0.09 0.00 0.08 0.05 0.06 0.03 0.04 0.02 0.09 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.14 0.13 0.11 0.07
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.11 0.10 0.13 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.01 0.02 0.12 0.11 0.10 0.06
O2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.06 0.01 0.03 0.09 0.08 0.13 0.06
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.04 0.04 0.03 0.07 0.10 0.00 0.03 0.06 0.01 0.08 0.11 0.13 0.08
O3' 0.03 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.06 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.07 0.13 0.05
O4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.00 0.03 0.15 0.14 0.09 0.09
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.06 0.08 0.19 0.09
O5' 0.07 0.10 0.07 0.04 0.14 0.02 0.15 0.01 0.14 0.11 0.12 0.09 0.08 0.04 0.15 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.07 0.09 0.08 0.07 0.13 0.03 0.14 0.05 0.13 0.10 0.11 0.08 0.11 0.07 0.14 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.12 0.13 0.12 0.09 0.13 0.09 0.08 0.11 0.13 0.10 0.13 0.13 0.13 0.09 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.06 0.07 0.05 0.08 0.03 0.09 0.01 0.07 0.06 0.06 0.06 0.08 0.05 0.09 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00