ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52190

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 4, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.001, 0.022, 0.044, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.022 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.013, 0.035, 0.057, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.035 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.004, 0.027, 0.051, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.027 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.018, 0.045, 0.071, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.045 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.009, 0.035, 0.062, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.035 std_dev=0.027
N1 A 0, -0.003, 0.030, 0.063, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.030 std_dev=0.033
O6 A 0, -0.002, 0.041, 0.083, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.041 std_dev=0.042
C2 A 0, -0.008, 0.036, 0.081, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.036 std_dev=0.045
N3 A 0, -0.009, 0.036, 0.081, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.036 std_dev=0.045
C1' A 0, -0.010, 0.038, 0.086, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.038 std_dev=0.048
N2 A 0, -0.010, 0.051, 0.112, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.051 std_dev=0.061
C2' B 0, 0.322, 0.633, 0.944, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.633 std_dev=0.311
O2' B 0, 0.405, 0.727, 1.048, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.727 std_dev=0.322
C1' B 0, 0.781, 1.296, 1.810, 1.692 max_d=1.692 avg_d=1.296 std_dev=0.514
C3' B 0, 0.993, 1.667, 2.342, 2.295 max_d=2.295 avg_d=1.667 std_dev=0.675
N1 B 0, 1.116, 1.851, 2.587, 2.428 max_d=2.428 avg_d=1.851 std_dev=0.735
C4' B 0, 1.159, 1.911, 2.663, 2.562 max_d=2.562 avg_d=1.911 std_dev=0.752
O3' B 0, 1.227, 2.063, 2.900, 2.756 max_d=2.756 avg_d=2.063 std_dev=0.837
O4' B 0, 1.143, 2.011, 2.879, 2.763 max_d=2.763 avg_d=2.011 std_dev=0.868
O4' A 0, -0.148, 0.829, 1.805, 2.538 max_d=2.538 avg_d=0.829 std_dev=0.976
C2' A 0, -0.252, 0.865, 1.982, 2.811 max_d=2.811 avg_d=0.865 std_dev=1.117
C5' B 0, 1.919, 3.140, 4.360, 4.033 max_d=4.033 avg_d=3.140 std_dev=1.220
C6 B 0, 1.431, 2.678, 3.925, 3.608 max_d=3.608 avg_d=2.678 std_dev=1.247
O2' A 0, -0.332, 0.973, 2.278, 3.304 max_d=3.304 avg_d=0.973 std_dev=1.305
C4 B 0, 1.805, 3.166, 4.527, 4.645 max_d=4.645 avg_d=3.166 std_dev=1.361
C4' A 0, -0.138, 1.280, 2.699, 3.728 max_d=3.728 avg_d=1.280 std_dev=1.418
C5 B 0, 1.884, 3.317, 4.750, 4.418 max_d=4.418 avg_d=3.317 std_dev=1.433
C2 B 0, 0.292, 1.734, 3.177, 5.018 max_d=5.018 avg_d=1.734 std_dev=1.443
C3' A 0, -0.238, 1.419, 3.076, 4.263 max_d=4.263 avg_d=1.419 std_dev=1.657
O4 B 0, 2.067, 3.749, 5.431, 5.892 max_d=5.892 avg_d=3.749 std_dev=1.682
N3 B 0, 0.653, 2.368, 4.083, 6.039 max_d=6.039 avg_d=2.368 std_dev=1.715
O5' B 0, 2.532, 4.493, 6.455, 6.247 max_d=6.247 avg_d=4.493 std_dev=1.961
O2 B 0, -0.406, 1.599, 3.605, 6.506 max_d=6.506 avg_d=1.599 std_dev=2.006
O3' A 0, -0.225, 2.075, 4.374, 6.059 max_d=6.059 avg_d=2.075 std_dev=2.300
O5' A 0, 1.073, 3.537, 6.000, 7.562 max_d=7.562 avg_d=3.537 std_dev=2.464
P B 0, 3.662, 6.178, 8.694, 8.128 max_d=8.128 avg_d=6.178 std_dev=2.516
C5' A 0, -0.357, 2.201, 4.758, 6.582 max_d=6.582 avg_d=2.201 std_dev=2.558
OP2 B 0, 3.944, 6.567, 9.190, 8.671 max_d=8.671 avg_d=6.567 std_dev=2.623
OP2 A 0, 2.897, 5.586, 8.276, 9.209 max_d=9.209 avg_d=5.586 std_dev=2.690
OP1 B 0, 4.206, 6.965, 9.725, 9.131 max_d=9.131 avg_d=6.965 std_dev=2.760
P A 0, 1.453, 4.608, 7.762, 9.734 max_d=9.734 avg_d=4.608 std_dev=3.155
OP1 A 0, 1.788, 5.303, 8.818, 10.954 max_d=10.954 avg_d=5.303 std_dev=3.515

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.06 0.03 0.03 0.07 0.09 0.09 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.21 0.01 0.29 0.21 0.12
C2 0.09 0.00 0.26 0.51 0.01 0.84 0.01 1.55 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.57 0.46 0.62 1.56 0.02 1.78 2.29 1.94
C2' 0.01 0.26 0.00 0.01 0.11 0.01 0.02 0.03 0.07 0.17 0.18 0.33 0.27 0.12 0.02 0.01 0.03 0.02 0.22 0.02 0.47 0.19 0.21
C3' 0.02 0.51 0.01 0.00 0.32 0.01 0.24 0.02 0.33 0.14 0.44 0.59 0.49 0.10 0.11 0.04 0.01 0.01 0.33 0.29 0.63 0.22 0.35
C4 0.04 0.01 0.11 0.32 0.00 0.44 0.00 0.77 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.29 0.32 0.65 0.01 0.68 0.86 0.71
C4' 0.01 0.84 0.01 0.01 0.44 0.00 0.26 0.01 0.41 0.33 0.66 1.02 0.81 0.20 0.10 0.08 0.02 0.00 0.03 0.33 0.18 0.25 0.13
C5 0.02 0.01 0.02 0.24 0.00 0.26 0.00 0.51 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.13 0.24 0.12 0.37 0.01 0.49 0.43 0.33
C5' 0.06 1.55 0.03 0.02 0.77 0.01 0.51 0.00 0.79 0.55 1.24 1.93 1.43 0.41 0.23 0.08 0.03 0.02 0.01 0.66 0.27 0.39 0.02
C6 0.03 0.02 0.07 0.33 0.01 0.41 0.00 0.79 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.23 0.33 0.24 0.58 0.00 0.72 0.87 0.70
C8 0.03 0.02 0.17 0.14 0.01 0.33 0.01 0.55 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.23 0.10 0.35 0.89 0.03 1.03 0.95 0.92
N1 0.07 0.01 0.18 0.44 0.03 0.66 0.01 1.24 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.43 0.42 0.45 1.14 0.01 1.36 1.75 1.45
N2 0.09 0.01 0.33 0.59 0.01 1.02 0.02 1.93 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.71 0.53 0.75 2.07 0.02 2.49 3.17 2.68
N3 0.09 0.00 0.27 0.49 0.01 0.81 0.02 1.43 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.53 0.41 0.63 1.42 0.02 1.49 1.90 1.65
N7 0.02 0.02 0.12 0.10 0.00 0.20 0.01 0.41 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.15 0.13 0.20 0.71 0.03 0.88 0.78 0.73
N9 0.01 0.03 0.02 0.11 0.01 0.10 0.01 0.23 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.11 0.01 0.30 0.02 0.40 0.23 0.17
O2' 0.03 0.57 0.01 0.04 0.25 0.08 0.13 0.08 0.23 0.23 0.43 0.71 0.53 0.15 0.04 0.00 0.06 0.13 0.09 0.16 0.27 0.19 0.16
O3' 0.03 0.46 0.03 0.01 0.29 0.02 0.24 0.03 0.33 0.10 0.42 0.53 0.41 0.13 0.11 0.06 0.00 0.02 0.31 0.32 0.75 0.24 0.41
O4' 0.01 0.62 0.02 0.01 0.32 0.00 0.12 0.02 0.24 0.35 0.45 0.75 0.63 0.20 0.01 0.13 0.02 0.00 0.21 0.16 0.20 0.29 0.20
O5' 0.21 1.56 0.22 0.33 0.65 0.03 0.37 0.01 0.58 0.89 1.14 2.07 1.42 0.71 0.30 0.09 0.31 0.21 0.00 0.44 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.02 0.02 0.29 0.01 0.33 0.01 0.66 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.16 0.32 0.16 0.44 0.00 0.60 0.62 0.49
OP1 0.29 1.78 0.47 0.63 0.68 0.18 0.49 0.27 0.72 1.03 1.36 2.49 1.49 0.88 0.40 0.27 0.75 0.20 0.01 0.60 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 2.29 0.19 0.22 0.86 0.25 0.43 0.39 0.87 0.95 1.75 3.17 1.90 0.78 0.23 0.19 0.24 0.29 0.01 0.62 0.01 0.00 0.00
P 0.12 1.94 0.21 0.35 0.71 0.13 0.33 0.02 0.70 0.92 1.45 2.68 1.65 0.73 0.17 0.16 0.41 0.20 0.01 0.49 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.98 0.22 0.14 0.91 0.55 0.47 0.66 0.35 0.38 1.20 1.35 0.18 0.23 1.13 0.50 0.38 0.58 0.27 0.46
C2 0.19 0.90 0.16 0.15 0.69 0.46 0.36 0.49 0.33 0.31 1.01 1.34 0.28 0.26 0.83 0.43 0.28 0.38 0.27 0.32
C2' 0.21 1.24 0.48 0.33 1.27 0.40 0.74 0.52 0.47 0.60 1.53 1.57 0.17 0.36 1.53 0.39 0.22 0.39 0.31 0.27
C3' 0.68 0.51 0.34 0.41 0.48 0.94 0.47 1.03 0.64 0.37 0.71 0.87 0.56 0.42 0.70 1.05 0.76 0.83 0.49 0.79
C4 0.24 0.80 0.19 0.17 0.66 0.59 0.32 0.69 0.30 0.27 0.94 1.16 0.19 0.25 0.82 0.56 0.45 0.61 0.32 0.51
C4' 0.96 0.35 0.61 0.67 0.23 1.16 0.77 1.21 1.00 0.65 0.36 0.71 0.86 0.62 0.24 1.26 0.98 1.03 0.74 1.01
C5 0.31 0.60 0.21 0.23 0.46 0.69 0.23 0.82 0.29 0.23 0.70 0.90 0.18 0.27 0.58 0.65 0.60 0.77 0.46 0.68
C5' 1.73 1.05 1.32 1.29 1.13 1.75 1.67 1.76 1.86 1.51 0.89 0.99 1.51 1.13 0.94 1.94 1.61 1.55 1.40 1.62
C6 0.34 0.50 0.22 0.24 0.35 0.69 0.23 0.81 0.31 0.24 0.55 0.77 0.18 0.26 0.42 0.66 0.60 0.74 0.49 0.68
C8 0.31 0.64 0.21 0.24 0.53 0.73 0.24 0.90 0.28 0.23 0.78 0.94 0.20 0.29 0.69 0.69 0.65 0.88 0.50 0.76
N1 0.26 0.66 0.17 0.18 0.45 0.55 0.24 0.61 0.30 0.24 0.72 1.01 0.20 0.25 0.55 0.53 0.42 0.51 0.33 0.46
N2 0.15 1.08 0.18 0.17 0.83 0.33 0.47 0.32 0.41 0.40 1.20 1.58 0.38 0.26 0.98 0.29 0.17 0.22 0.34 0.21
N3 0.19 0.94 0.17 0.15 0.78 0.50 0.39 0.55 0.33 0.32 1.10 1.37 0.26 0.25 0.95 0.46 0.31 0.44 0.27 0.36
N7 0.35 0.52 0.23 0.28 0.40 0.77 0.21 0.96 0.30 0.23 0.62 0.78 0.21 0.30 0.52 0.73 0.72 0.95 0.59 0.84
N9 0.25 0.80 0.19 0.18 0.70 0.63 0.33 0.76 0.30 0.28 0.97 1.16 0.20 0.26 0.88 0.59 0.49 0.69 0.34 0.57
O2' 0.50 1.71 0.74 0.55 1.79 0.15 1.19 0.24 0.84 1.01 2.05 2.03 0.34 0.48 2.11 0.18 0.23 0.19 0.64 0.23
O3' 0.67 0.56 0.32 0.38 0.59 0.92 0.48 1.01 0.62 0.35 0.81 0.89 0.53 0.43 0.85 1.06 0.72 0.79 0.44 0.75
O4' 0.69 0.38 0.43 0.53 0.20 0.96 0.55 1.03 0.76 0.39 0.50 0.81 0.68 0.55 0.36 0.98 0.80 0.90 0.61 0.85
O5' 1.64 1.07 1.23 1.11 1.18 1.51 1.70 1.46 1.85 1.48 0.94 1.03 1.42 0.90 1.02 1.76 1.33 1.18 1.13 1.30
O6 0.40 0.35 0.27 0.31 0.25 0.78 0.30 0.94 0.38 0.30 0.36 0.51 0.28 0.26 0.27 0.74 0.75 0.90 0.67 0.84
OP1 2.21 1.82 1.71 1.48 2.01 1.86 2.48 1.78 2.56 2.16 1.76 1.73 1.82 1.13 1.90 2.25 1.75 1.50 1.63 1.72
OP2 2.67 2.39 2.13 1.85 2.62 2.20 3.01 2.09 3.06 2.69 2.36 2.24 2.18 1.41 2.54 2.65 2.11 1.78 2.02 2.07
P 2.25 1.85 1.79 1.58 2.05 1.93 2.51 1.84 2.59 2.20 1.79 1.72 1.90 1.24 1.94 2.28 1.81 1.55 1.68 1.77

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02 0.02 0.07 0.01 0.13 0.13 0.21 0.12
C2 0.04 0.00 0.06 0.25 0.05 0.35 0.05 0.52 0.02 0.00 0.01 0.01 0.16 0.20 0.06 0.32 0.65 0.68 0.77 0.70
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.10 0.01 0.10 0.02 0.07 0.04 0.08 0.08 0.00 0.02 0.11 0.01 0.07 0.13 0.15 0.07
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.11 0.00 0.23 0.01 0.29 0.07 0.20 0.48 0.02 0.01 0.12 0.01 0.09 0.15 0.10 0.06
C4 0.07 0.05 0.10 0.11 0.00 0.11 0.02 0.19 0.04 0.04 0.02 0.07 0.11 0.11 0.01 0.08 0.29 0.37 0.46 0.34
C4' 0.01 0.35 0.01 0.00 0.11 0.00 0.30 0.01 0.38 0.06 0.27 0.68 0.04 0.02 0.12 0.01 0.03 0.08 0.12 0.03
C5 0.04 0.05 0.10 0.23 0.02 0.30 0.00 0.52 0.01 0.03 0.01 0.06 0.16 0.22 0.05 0.23 0.69 0.80 0.94 0.82
C5' 0.04 0.52 0.02 0.01 0.19 0.01 0.52 0.00 0.60 0.12 0.43 1.02 0.03 0.02 0.21 0.02 0.01 0.08 0.12 0.02
C6 0.03 0.02 0.07 0.29 0.04 0.38 0.01 0.60 0.00 0.01 0.04 0.03 0.17 0.25 0.06 0.32 0.78 0.83 0.93 0.86
N1 0.02 0.00 0.04 0.07 0.04 0.06 0.03 0.12 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.06 0.05 0.04 0.22 0.24 0.33 0.23
N3 0.05 0.01 0.08 0.20 0.02 0.27 0.01 0.43 0.04 0.03 0.00 0.05 0.14 0.17 0.04 0.23 0.57 0.65 0.77 0.65
O2 0.05 0.01 0.08 0.48 0.07 0.68 0.06 1.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.31 0.39 0.10 0.58 1.28 1.31 1.43 1.37
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.11 0.04 0.16 0.03 0.17 0.05 0.14 0.31 0.00 0.06 0.12 0.06 0.04 0.11 0.14 0.05
O3' 0.02 0.20 0.02 0.01 0.11 0.02 0.22 0.02 0.25 0.06 0.17 0.39 0.06 0.00 0.12 0.02 0.13 0.18 0.13 0.11
O4 0.07 0.06 0.11 0.12 0.01 0.12 0.05 0.21 0.06 0.05 0.04 0.10 0.12 0.12 0.00 0.09 0.30 0.40 0.49 0.36
O4' 0.01 0.32 0.01 0.01 0.08 0.01 0.23 0.02 0.32 0.04 0.23 0.58 0.06 0.02 0.09 0.00 0.11 0.09 0.18 0.10
O5' 0.13 0.65 0.07 0.09 0.29 0.03 0.69 0.01 0.78 0.22 0.57 1.28 0.04 0.13 0.30 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.13 0.68 0.13 0.15 0.37 0.08 0.80 0.08 0.83 0.24 0.65 1.31 0.11 0.18 0.40 0.09 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.77 0.15 0.10 0.46 0.12 0.94 0.12 0.93 0.33 0.77 1.43 0.14 0.13 0.49 0.18 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.70 0.07 0.06 0.34 0.03 0.82 0.02 0.86 0.23 0.65 1.37 0.05 0.11 0.36 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00