ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52192

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000 max_d=0.000 avg_d=0.000 std_dev=0.000
C1' A 0, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000 max_d=0.000 avg_d=0.000 std_dev=0.000
C4 A 0, 0.000, 0.000, 0.001, 0.001 max_d=0.001 avg_d=0.000 std_dev=0.000
C6 A 0, 0.000, 0.000, 0.001, 0.001 max_d=0.001 avg_d=0.000 std_dev=0.000
N3 A 0, 0.000, 0.000, 0.001, 0.001 max_d=0.001 avg_d=0.000 std_dev=0.000
C5 A 0, 0.000, 0.000, 0.001, 0.001 max_d=0.001 avg_d=0.000 std_dev=0.000
N9 A 0, 0.000, 0.000, 0.001, 0.001 max_d=0.001 avg_d=0.000 std_dev=0.000
N7 A 0, 0.000, 0.000, 0.001, 0.001 max_d=0.001 avg_d=0.000 std_dev=0.000
O6 A 0, 0.000, 0.000, 0.001, 0.001 max_d=0.001 avg_d=0.000 std_dev=0.000
N2 A 0, 0.000, 0.000, 0.001, 0.001 max_d=0.001 avg_d=0.000 std_dev=0.000
N1 A 0, 0.000, 0.001, 0.001, 0.001 max_d=0.001 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C8 A 0, 0.000, 0.001, 0.001, 0.001 max_d=0.001 avg_d=0.001 std_dev=0.001
O4' A 0, 0.000, 0.062, 0.124, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.062 std_dev=0.062
C2' A 0, 0.000, 0.064, 0.129, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.064 std_dev=0.064
O2' A 0, 0.000, 0.068, 0.136, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.068 std_dev=0.068
C4' A 0, 0.000, 0.097, 0.195, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.097 std_dev=0.097
C3' A 0, 0.000, 0.105, 0.209, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.105 std_dev=0.105
O3' A 0, 0.000, 0.146, 0.292, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.146 std_dev=0.146
C5' A 0, 0.000, 0.161, 0.323, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.161 std_dev=0.161
O5' A 0, 0.000, 0.190, 0.380, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.190 std_dev=0.190
P A 0, 0.000, 0.335, 0.670, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.335 std_dev=0.335
OP1 A 0, 0.000, 0.359, 0.718, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.359 std_dev=0.359
O2 B 0, 0.000, 0.374, 0.748, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.374 std_dev=0.374
C2 B 0, 0.000, 0.385, 0.771, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.385 std_dev=0.385
N3 B 0, 0.000, 0.387, 0.773, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.387 std_dev=0.387
C2' B 0, 0.000, 0.396, 0.792, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.396 std_dev=0.396
O2' B 0, 0.000, 0.397, 0.794, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.397 std_dev=0.397
N1 B 0, 0.000, 0.408, 0.815, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.408 std_dev=0.408
C1' B 0, 0.000, 0.409, 0.817, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.409 std_dev=0.409
C4 B 0, 0.000, 0.410, 0.819, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.410 std_dev=0.410
O4 B 0, 0.000, 0.410, 0.820, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.410 std_dev=0.410
C3' B 0, 0.000, 0.417, 0.835, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.417 std_dev=0.417
O3' B 0, 0.000, 0.418, 0.836, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.418 std_dev=0.418
OP2 A 0, 0.000, 0.427, 0.853, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.427 std_dev=0.427
C6 B 0, 0.000, 0.435, 0.870, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.435 std_dev=0.435
C5 B 0, 0.000, 0.437, 0.874, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.437 std_dev=0.437
O4' B 0, 0.000, 0.446, 0.892, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.446 std_dev=0.446
C4' B 0, 0.000, 0.455, 0.909, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.455 std_dev=0.455
C5' B 0, 0.000, 0.506, 1.012, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.506 std_dev=0.506
O5' B 0, 0.000, 0.582, 1.165, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.582 std_dev=0.582
P B 0, 0.000, 0.658, 1.316, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.658 std_dev=0.658
OP1 B 0, 0.000, 0.659, 1.318, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.659 std_dev=0.659
OP2 B 0, 0.000, 0.731, 1.462, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.731 std_dev=0.731

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.08 0.05
C2 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.09 0.00 0.08 0.18 0.12
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.00 0.07 0.16 0.11
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.00 0.11 0.19 0.14
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.00 0.12 0.21 0.15
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.00 0.09 0.15 0.12
N1 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.10 0.00 0.10 0.20 0.14
N2 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.08 0.00 0.07 0.18 0.11
N3 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.08 0.00 0.06 0.16 0.10
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.00 0.12 0.19 0.15
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.06 0.13 0.09
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.08 0.05 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.05 0.03
O5' 0.05 0.09 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.10 0.09 0.10 0.08 0.08 0.10 0.08 0.01 0.06 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.00 0.13 0.23 0.16
OP1 0.01 0.08 0.02 0.02 0.07 0.02 0.11 0.03 0.12 0.09 0.10 0.07 0.06 0.12 0.06 0.06 0.08 0.01 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.18 0.05 0.01 0.16 0.01 0.19 0.01 0.21 0.15 0.20 0.18 0.16 0.19 0.13 0.01 0.05 0.05 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.12 0.01 0.01 0.11 0.01 0.14 0.00 0.15 0.12 0.14 0.11 0.10 0.15 0.09 0.02 0.07 0.03 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.14 0.07 0.07 0.18 0.05 0.16 0.06 0.13 0.12 0.18 0.13 0.01 0.04 0.20 0.06 0.10 0.09 0.13 0.10
C2 0.09 0.18 0.05 0.02 0.20 0.02 0.17 0.02 0.14 0.14 0.21 0.19 0.03 0.03 0.22 0.06 0.06 0.04 0.09 0.07
C2' 0.12 0.18 0.11 0.11 0.23 0.09 0.21 0.10 0.18 0.16 0.22 0.16 0.03 0.08 0.26 0.10 0.15 0.14 0.19 0.16
C3' 0.14 0.20 0.14 0.15 0.25 0.13 0.24 0.14 0.21 0.19 0.24 0.18 0.07 0.13 0.27 0.13 0.19 0.18 0.23 0.20
C4 0.11 0.18 0.10 0.08 0.21 0.07 0.18 0.07 0.16 0.16 0.21 0.18 0.04 0.04 0.22 0.09 0.11 0.09 0.13 0.11
C4' 0.10 0.16 0.10 0.11 0.20 0.08 0.19 0.09 0.16 0.14 0.19 0.14 0.04 0.09 0.22 0.08 0.14 0.14 0.18 0.15
C5 0.15 0.21 0.15 0.12 0.23 0.11 0.20 0.10 0.19 0.19 0.23 0.22 0.10 0.08 0.24 0.13 0.14 0.12 0.16 0.14
C5' 0.11 0.17 0.13 0.13 0.21 0.10 0.20 0.11 0.17 0.15 0.20 0.15 0.06 0.12 0.23 0.10 0.16 0.16 0.20 0.17
C6 0.17 0.23 0.17 0.12 0.23 0.11 0.21 0.10 0.20 0.20 0.24 0.24 0.13 0.07 0.24 0.14 0.14 0.11 0.16 0.14
C8 0.14 0.20 0.14 0.12 0.22 0.11 0.20 0.11 0.18 0.17 0.22 0.19 0.09 0.10 0.23 0.12 0.15 0.14 0.18 0.15
N1 0.14 0.22 0.12 0.07 0.22 0.07 0.19 0.06 0.18 0.18 0.23 0.23 0.06 0.00 0.23 0.11 0.10 0.07 0.12 0.10
N2 0.03 0.16 0.02 0.04 0.18 0.03 0.14 0.03 0.11 0.10 0.19 0.17 0.12 0.09 0.20 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02
N3 0.08 0.16 0.05 0.04 0.19 0.03 0.16 0.03 0.13 0.13 0.20 0.16 0.02 0.01 0.21 0.05 0.07 0.06 0.10 0.07
N7 0.17 0.21 0.17 0.14 0.23 0.13 0.21 0.13 0.20 0.20 0.23 0.22 0.12 0.11 0.24 0.14 0.17 0.15 0.19 0.16
N9 0.11 0.17 0.10 0.09 0.20 0.08 0.18 0.08 0.16 0.15 0.20 0.17 0.04 0.06 0.22 0.09 0.12 0.11 0.15 0.12
O2' 0.08 0.15 0.07 0.07 0.20 0.06 0.18 0.07 0.15 0.13 0.19 0.12 0.01 0.05 0.23 0.07 0.12 0.11 0.16 0.13
O3' 0.15 0.21 0.15 0.16 0.27 0.14 0.26 0.15 0.22 0.20 0.25 0.18 0.07 0.14 0.29 0.14 0.21 0.21 0.26 0.23
O4' 0.06 0.13 0.07 0.07 0.17 0.05 0.15 0.05 0.12 0.11 0.16 0.11 0.01 0.05 0.19 0.05 0.09 0.09 0.12 0.10
O5' 0.24 0.27 0.25 0.26 0.31 0.24 0.30 0.25 0.28 0.27 0.30 0.26 0.19 0.25 0.32 0.23 0.29 0.29 0.33 0.30
O6 0.21 0.24 0.20 0.15 0.24 0.15 0.22 0.13 0.22 0.23 0.25 0.25 0.19 0.11 0.24 0.18 0.17 0.14 0.18 0.16
OP1 0.24 0.25 0.26 0.29 0.30 0.27 0.30 0.29 0.29 0.26 0.27 0.23 0.21 0.30 0.31 0.25 0.34 0.36 0.38 0.35
OP2 0.40 0.41 0.42 0.44 0.45 0.42 0.46 0.44 0.44 0.42 0.43 0.39 0.37 0.44 0.46 0.40 0.49 0.50 0.53 0.50
P 0.30 0.31 0.32 0.33 0.35 0.31 0.35 0.33 0.34 0.32 0.33 0.29 0.26 0.34 0.36 0.29 0.38 0.39 0.42 0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01
C2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.05 0.02
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.05 0.02
C5' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.02
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01
N3 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02
O2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.04 0.06 0.05
O4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.05 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01
O5' 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.04 0.00 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.04 0.04 0.03 0.02 0.06 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00