ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52193

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N2 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.000, 0.034, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O4' B 0, 0.000, 0.201, 0.401, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.201 std_dev=0.201
C1' B 0, 0.000, 0.251, 0.501, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.251 std_dev=0.251
C5' B 0, 0.000, 0.378, 0.757, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.378 std_dev=0.378
C4' B 0, 0.000, 0.378, 0.757, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.378 std_dev=0.378
C2' B 0, 0.000, 0.455, 0.909, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.455 std_dev=0.455
C3' B 0, 0.000, 0.482, 0.964, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.482 std_dev=0.482
N1 B 0, 0.000, 0.566, 1.132, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.566 std_dev=0.566
O2' B 0, 0.000, 0.603, 1.206, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.603 std_dev=0.603
O2 B 0, 0.000, 0.678, 1.357, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.678 std_dev=0.678
O3' B 0, 0.000, 0.680, 1.360, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.680 std_dev=0.680
C6 B 0, 0.000, 0.728, 1.456, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.728 std_dev=0.728
C2 B 0, 0.000, 0.779, 1.558, 1.558 max_d=1.558 avg_d=0.779 std_dev=0.779
O4' A 0, 0.000, 0.857, 1.713, 1.713 max_d=1.713 avg_d=0.857 std_dev=0.857
C2' A 0, 0.000, 0.890, 1.781, 1.781 max_d=1.781 avg_d=0.890 std_dev=0.890
O2' A 0, 0.000, 0.970, 1.941, 1.941 max_d=1.941 avg_d=0.970 std_dev=0.970
C5 B 0, 0.000, 1.074, 2.148, 2.148 max_d=2.148 avg_d=1.074 std_dev=1.074
N3 B 0, 0.000, 1.139, 2.277, 2.277 max_d=2.277 avg_d=1.139 std_dev=1.139
O5' B 0, 0.000, 1.244, 2.489, 2.489 max_d=2.489 avg_d=1.244 std_dev=1.244
C4 B 0, 0.000, 1.304, 2.608, 2.608 max_d=2.608 avg_d=1.304 std_dev=1.304
C4' A 0, 0.000, 1.324, 2.648, 2.648 max_d=2.648 avg_d=1.324 std_dev=1.324
C3' A 0, 0.000, 1.432, 2.865, 2.865 max_d=2.865 avg_d=1.432 std_dev=1.432
O4 B 0, 0.000, 1.638, 3.276, 3.276 max_d=3.276 avg_d=1.638 std_dev=1.638
P B 0, 0.000, 1.808, 3.616, 3.616 max_d=3.616 avg_d=1.808 std_dev=1.808
OP1 B 0, 0.000, 1.824, 3.649, 3.649 max_d=3.649 avg_d=1.824 std_dev=1.824
OP2 B 0, 0.000, 1.999, 3.999, 3.999 max_d=3.999 avg_d=1.999 std_dev=1.999
O3' A 0, 0.000, 2.129, 4.257, 4.257 max_d=4.257 avg_d=2.129 std_dev=2.129
C5' A 0, 0.000, 2.220, 4.441, 4.441 max_d=4.441 avg_d=2.220 std_dev=2.220
OP2 A 0, 0.000, 2.422, 4.844, 4.844 max_d=4.844 avg_d=2.422 std_dev=2.422
O5' A 0, 0.000, 2.434, 4.868, 4.868 max_d=4.868 avg_d=2.434 std_dev=2.434
P A 0, 0.000, 3.124, 6.248, 6.248 max_d=6.248 avg_d=3.124 std_dev=3.124
OP1 A 0, 0.000, 4.079, 8.159, 8.159 max_d=8.159 avg_d=4.079 std_dev=4.079

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.28 0.13
C2 0.03 0.00 0.37 0.45 0.01 0.16 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.29 0.60 0.10 0.01 0.00 0.21 0.22 0.12
C2' 0.00 0.37 0.00 0.00 0.18 0.01 0.06 0.01 0.14 0.20 0.27 0.46 0.38 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.15 0.29 0.08
C3' 0.01 0.45 0.00 0.00 0.20 0.00 0.05 0.01 0.15 0.33 0.33 0.57 0.42 0.22 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.19 0.28 0.04
C4 0.01 0.01 0.18 0.20 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.23 0.05 0.01 0.00 0.08 0.29 0.16
C4' 0.00 0.16 0.01 0.00 0.07 0.00 0.02 0.00 0.06 0.14 0.12 0.21 0.15 0.09 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.04 0.12 0.20 0.04
C5 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.29 0.18
C5' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.04 0.17 0.11 0.20 0.13 0.12 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.11 0.13 0.01
C6 0.00 0.00 0.14 0.15 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.19 0.03 0.04 0.00 0.05 0.23 0.16
C8 0.01 0.01 0.20 0.33 0.01 0.14 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.38 0.06 0.01 0.01 0.19 0.40 0.23
N1 0.02 0.00 0.27 0.33 0.00 0.12 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.22 0.44 0.07 0.03 0.01 0.15 0.21 0.14
N2 0.03 0.00 0.46 0.57 0.00 0.21 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.38 0.79 0.11 0.01 0.01 0.28 0.19 0.10
N3 0.03 0.00 0.38 0.42 0.00 0.15 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.28 0.54 0.10 0.00 0.00 0.19 0.24 0.13
N7 0.01 0.00 0.13 0.22 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.28 0.04 0.03 0.02 0.18 0.37 0.23
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.32 0.18
O2' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.14 0.03 0.06 0.03 0.11 0.13 0.22 0.38 0.28 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.08 0.13 0.28 0.09
O3' 0.00 0.60 0.00 0.00 0.23 0.00 0.05 0.01 0.19 0.38 0.44 0.79 0.54 0.28 0.04 0.02 0.00 0.00 0.02 0.10 0.24 0.28 0.01
O4' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.07 0.11 0.10 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.21 0.11
O5' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.09 0.09 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.10 0.01 0.06 0.00 0.00 0.19 0.15
OP1 0.05 0.21 0.15 0.19 0.08 0.12 0.01 0.11 0.05 0.19 0.15 0.28 0.19 0.18 0.01 0.13 0.24 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.28 0.22 0.29 0.28 0.29 0.20 0.29 0.13 0.23 0.40 0.21 0.19 0.24 0.37 0.32 0.28 0.28 0.21 0.01 0.19 0.00 0.00 0.00
P 0.13 0.12 0.08 0.04 0.16 0.04 0.18 0.01 0.16 0.23 0.14 0.10 0.13 0.23 0.18 0.09 0.01 0.11 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.08 0.16 0.19 0.06 0.20 0.10 0.19 0.11 0.11 0.06 0.08 0.26 0.27 0.04 0.13 0.16 0.26 0.04 0.15
C2 0.11 0.03 0.07 0.13 0.01 0.19 0.02 0.21 0.05 0.06 0.01 0.03 0.18 0.19 0.04 0.14 0.32 0.41 0.22 0.35
C2' 0.29 0.15 0.34 0.40 0.07 0.42 0.14 0.42 0.20 0.21 0.07 0.15 0.49 0.52 0.01 0.31 0.43 0.55 0.20 0.42
C3' 0.41 0.27 0.40 0.44 0.14 0.52 0.21 0.51 0.29 0.32 0.17 0.31 0.57 0.52 0.06 0.45 0.43 0.52 0.18 0.41
C4 0.13 0.04 0.16 0.20 0.01 0.21 0.06 0.20 0.09 0.09 0.00 0.04 0.28 0.28 0.02 0.14 0.17 0.25 0.01 0.15
C4' 0.33 0.28 0.27 0.27 0.20 0.36 0.22 0.34 0.26 0.29 0.23 0.32 0.41 0.30 0.15 0.35 0.23 0.29 0.00 0.21
C5 0.13 0.01 0.20 0.23 0.02 0.22 0.05 0.21 0.09 0.08 0.04 0.02 0.34 0.32 0.05 0.14 0.07 0.14 0.14 0.03
C5' 0.39 0.37 0.28 0.25 0.27 0.38 0.28 0.35 0.31 0.36 0.32 0.43 0.42 0.23 0.23 0.41 0.14 0.17 0.10 0.11
C6 0.12 0.03 0.19 0.22 0.06 0.22 0.02 0.20 0.06 0.05 0.08 0.07 0.34 0.30 0.09 0.14 0.08 0.13 0.10 0.04
C8 0.14 0.05 0.22 0.25 0.03 0.22 0.09 0.20 0.12 0.11 0.00 0.02 0.34 0.34 0.01 0.14 0.02 0.09 0.23 0.04
N1 0.11 0.01 0.10 0.16 0.05 0.21 0.00 0.21 0.04 0.05 0.06 0.02 0.25 0.23 0.07 0.14 0.23 0.30 0.11 0.23
N2 0.09 0.03 0.01 0.06 0.02 0.16 0.00 0.19 0.02 0.04 0.01 0.04 0.05 0.10 0.04 0.12 0.43 0.54 0.38 0.50
N3 0.13 0.06 0.11 0.16 0.02 0.20 0.05 0.21 0.08 0.09 0.02 0.06 0.22 0.23 0.01 0.14 0.29 0.39 0.15 0.31
N7 0.14 0.01 0.24 0.26 0.00 0.23 0.08 0.21 0.11 0.10 0.04 0.03 0.37 0.35 0.05 0.14 0.03 0.03 0.28 0.09
N9 0.14 0.06 0.18 0.21 0.04 0.21 0.08 0.20 0.11 0.11 0.03 0.05 0.30 0.30 0.01 0.14 0.12 0.21 0.09 0.10
O2' 0.24 0.12 0.30 0.37 0.06 0.38 0.12 0.39 0.17 0.18 0.05 0.12 0.43 0.51 0.01 0.26 0.46 0.61 0.25 0.47
O3' 0.49 0.29 0.48 0.53 0.13 0.64 0.22 0.63 0.32 0.36 0.16 0.34 0.67 0.63 0.02 0.55 0.57 0.68 0.32 0.56
O4' 0.17 0.18 0.13 0.13 0.15 0.18 0.16 0.17 0.16 0.17 0.16 0.20 0.24 0.15 0.14 0.17 0.07 0.13 0.14 0.05
O5' 0.39 0.45 0.25 0.19 0.38 0.33 0.36 0.30 0.36 0.40 0.43 0.50 0.37 0.13 0.36 0.41 0.04 0.03 0.19 0.00
O6 0.11 0.11 0.23 0.24 0.11 0.21 0.01 0.19 0.05 0.02 0.16 0.20 0.37 0.32 0.14 0.12 0.05 0.00 0.23 0.10
OP1 0.53 0.54 0.30 0.21 0.37 0.45 0.35 0.40 0.40 0.49 0.47 0.66 0.47 0.10 0.31 0.58 0.02 0.04 0.24 0.04
OP2 0.26 0.35 0.10 0.04 0.32 0.18 0.29 0.15 0.27 0.29 0.36 0.38 0.20 0.04 0.33 0.28 0.23 0.26 0.45 0.29
P 0.28 0.36 0.09 0.00 0.29 0.19 0.25 0.15 0.25 0.30 0.36 0.44 0.22 0.09 0.28 0.31 0.21 0.25 0.44 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.34 0.34 0.28 0.35
C2 0.01 0.00 0.04 0.10 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.10 0.00 0.01 0.62 0.64 0.74 0.69
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.22 0.21 0.19 0.22
C3' 0.02 0.10 0.00 0.00 0.14 0.00 0.14 0.01 0.13 0.09 0.12 0.08 0.00 0.00 0.15 0.01 0.18 0.19 0.08 0.16
C4 0.00 0.00 0.04 0.14 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.18 0.00 0.02 0.93 1.04 1.21 1.09
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.02 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.11 0.17 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.14 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.19 0.00 0.02 1.00 1.10 1.25 1.16
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.14 0.00 0.16 0.00 0.14 0.09 0.11 0.06 0.05 0.01 0.15 0.00 0.00 0.20 0.35 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.13 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.15 0.00 0.02 0.90 0.92 0.97 0.98
N1 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.00 0.01 0.65 0.65 0.68 0.70
N3 0.01 0.00 0.04 0.12 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.14 0.00 0.01 0.77 0.83 0.99 0.89
O2 0.03 0.00 0.05 0.08 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.01 0.46 0.47 0.58 0.52
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.02
O3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.18 0.00 0.19 0.01 0.15 0.10 0.14 0.06 0.03 0.00 0.20 0.00 0.07 0.04 0.09 0.07
O4 0.00 0.00 0.04 0.15 0.00 0.07 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.20 0.00 0.02 0.97 1.13 1.33 1.18
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.26 0.30 0.07 0.25
O5' 0.34 0.62 0.22 0.18 0.93 0.01 1.00 0.00 0.90 0.65 0.77 0.46 0.02 0.07 0.97 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.34 0.64 0.21 0.19 1.04 0.11 1.10 0.20 0.92 0.65 0.83 0.47 0.01 0.04 1.13 0.30 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.28 0.74 0.19 0.08 1.21 0.17 1.25 0.35 0.97 0.68 0.99 0.58 0.01 0.09 1.33 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.35 0.69 0.22 0.16 1.09 0.01 1.16 0.00 0.98 0.70 0.89 0.52 0.02 0.07 1.18 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00