ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52195

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 5, 7, 8, 7, 4, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.012, 0.019, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.008, 0.019, 0.029, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C2 A 0, -0.004, 0.010, 0.024, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.010 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.027 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.009, 0.024, 0.040, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.024 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.001, 0.017, 0.033, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.017 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.010, 0.026, 0.042, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.026 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.009, 0.031, 0.053, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.031 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.011, 0.035, 0.058, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.035 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.013, 0.039, 0.065, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.039 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.041, 0.105, 0.168, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.105 std_dev=0.063
O4' A 0, 0.007, 0.086, 0.165, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.086 std_dev=0.079
O2' A 0, 0.057, 0.162, 0.267, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.162 std_dev=0.105
C4' A 0, 0.026, 0.142, 0.259, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.142 std_dev=0.116
C3' A 0, 0.042, 0.171, 0.300, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.171 std_dev=0.129
P A 0, 0.157, 0.317, 0.476, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.317 std_dev=0.160
C1' B 0, 0.138, 0.311, 0.484, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.311 std_dev=0.173
C2' B 0, 0.159, 0.334, 0.508, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.334 std_dev=0.175
C5' A 0, 0.025, 0.223, 0.421, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.223 std_dev=0.198
O3' A 0, 0.089, 0.289, 0.489, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.289 std_dev=0.200
O3' B 0, 0.200, 0.407, 0.615, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.407 std_dev=0.207
OP1 A 0, 0.123, 0.346, 0.570, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.346 std_dev=0.223
C3' B 0, 0.317, 0.546, 0.776, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.546 std_dev=0.229
O2' B 0, 0.289, 0.548, 0.806, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.548 std_dev=0.259
O5' A 0, 0.000, 0.296, 0.592, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.296 std_dev=0.296
N1 B 0, 0.373, 0.685, 0.998, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.685 std_dev=0.313
OP2 A 0, 0.179, 0.501, 0.822, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.501 std_dev=0.321
O4' B 0, 0.327, 0.656, 0.986, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.656 std_dev=0.329
C4' B 0, 0.508, 0.878, 1.248, 1.803 max_d=1.803 avg_d=0.878 std_dev=0.370
C6 B 0, 0.655, 1.069, 1.482, 1.960 max_d=1.960 avg_d=1.069 std_dev=0.414
C2 B 0, 0.689, 1.132, 1.575, 1.728 max_d=1.728 avg_d=1.132 std_dev=0.443
O2 B 0, 0.841, 1.351, 1.861, 2.015 max_d=2.015 avg_d=1.351 std_dev=0.510
C5 B 0, 0.934, 1.507, 2.079, 2.500 max_d=2.500 avg_d=1.507 std_dev=0.572
N3 B 0, 0.972, 1.575, 2.177, 2.372 max_d=2.372 avg_d=1.575 std_dev=0.602
C4 B 0, 1.060, 1.716, 2.372, 2.667 max_d=2.667 avg_d=1.716 std_dev=0.656
C5' B 0, 0.918, 1.577, 2.236, 2.999 max_d=2.999 avg_d=1.577 std_dev=0.659
O5' B 0, 1.063, 1.763, 2.462, 2.735 max_d=2.735 avg_d=1.763 std_dev=0.699
O4 B 0, 1.355, 2.184, 3.014, 3.292 max_d=3.292 avg_d=2.184 std_dev=0.830
P B 0, 1.485, 2.517, 3.550, 4.070 max_d=4.070 avg_d=2.517 std_dev=1.032
OP2 B 0, 1.653, 2.802, 3.950, 4.429 max_d=4.429 avg_d=2.802 std_dev=1.149
OP1 B 0, 1.655, 2.843, 4.031, 4.497 max_d=4.497 avg_d=2.843 std_dev=1.188

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.06 0.31 0.10
C2 0.03 0.00 0.07 0.07 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.09 0.04 0.23 0.09 0.28 0.10
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.06 0.07 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.14 0.09 0.25 0.04
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.19 0.17 0.19 0.08
C4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.23 0.09 0.29 0.10
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04 0.03 0.05 0.06 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.09 0.27 0.06
C5 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.28 0.12 0.28 0.12
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.09 0.10 0.08 0.05 0.10 0.11 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.14 0.22 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.03 0.29 0.14 0.28 0.14
C8 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.09 0.03 0.27 0.10 0.29 0.11
N1 0.03 0.01 0.06 0.07 0.02 0.04 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.08 0.04 0.27 0.12 0.27 0.12
N3 0.03 0.01 0.07 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.08 0.04 0.19 0.08 0.29 0.09
N6 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.09 0.03 0.32 0.16 0.28 0.17
N7 0.02 0.01 0.03 0.08 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.09 0.03 0.31 0.14 0.29 0.14
N9 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.20 0.08 0.30 0.09
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.05 0.05 0.04 0.04 0.06 0.02 0.08 0.08 0.06 0.02 0.01 0.00 0.05 0.05 0.08 0.10 0.26 0.05
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.04 0.05 0.00 0.01 0.19 0.25 0.15 0.12
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.08 0.09 0.35 0.15
O5' 0.09 0.23 0.14 0.19 0.23 0.01 0.28 0.01 0.29 0.27 0.27 0.19 0.32 0.31 0.20 0.08 0.19 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.06 0.09 0.09 0.17 0.09 0.09 0.12 0.14 0.14 0.10 0.12 0.08 0.16 0.14 0.08 0.10 0.25 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.28 0.25 0.19 0.29 0.27 0.28 0.22 0.28 0.29 0.27 0.29 0.28 0.29 0.30 0.26 0.15 0.35 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.10 0.04 0.08 0.10 0.06 0.12 0.01 0.14 0.11 0.12 0.09 0.17 0.14 0.09 0.05 0.12 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.14 0.09 0.10 0.15 0.11 0.12 0.14 0.10 0.10 0.16 0.17 0.12 0.12 0.17 0.09 0.12 0.20 0.17 0.14
C2 0.14 0.20 0.12 0.13 0.27 0.11 0.25 0.13 0.20 0.16 0.24 0.25 0.20 0.16 0.31 0.11 0.16 0.20 0.34 0.20
C2' 0.07 0.13 0.07 0.08 0.13 0.08 0.10 0.12 0.08 0.08 0.14 0.17 0.10 0.11 0.16 0.07 0.08 0.19 0.18 0.12
C3' 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.14 0.09 0.15 0.10 0.09 0.12 0.14 0.13 0.13 0.13 0.13 0.08 0.18 0.16 0.11
C4 0.12 0.17 0.11 0.12 0.20 0.10 0.19 0.12 0.15 0.13 0.19 0.22 0.19 0.15 0.23 0.09 0.14 0.18 0.29 0.17
C4' 0.11 0.11 0.10 0.07 0.11 0.10 0.09 0.10 0.08 0.09 0.12 0.15 0.15 0.06 0.14 0.11 0.10 0.21 0.13 0.13
C5 0.14 0.18 0.12 0.14 0.21 0.11 0.22 0.15 0.19 0.14 0.19 0.27 0.23 0.18 0.24 0.11 0.20 0.25 0.39 0.25
C5' 0.19 0.12 0.16 0.14 0.13 0.22 0.11 0.17 0.11 0.12 0.13 0.15 0.24 0.16 0.16 0.21 0.08 0.17 0.11 0.09
C6 0.16 0.21 0.14 0.16 0.26 0.12 0.28 0.17 0.23 0.17 0.22 0.30 0.25 0.18 0.30 0.13 0.24 0.30 0.46 0.31
C8 0.10 0.15 0.10 0.12 0.15 0.10 0.14 0.14 0.12 0.10 0.16 0.22 0.20 0.16 0.18 0.08 0.15 0.19 0.28 0.18
N1 0.16 0.21 0.13 0.15 0.29 0.11 0.29 0.15 0.23 0.18 0.25 0.28 0.23 0.17 0.33 0.12 0.21 0.26 0.43 0.27
N3 0.12 0.18 0.11 0.12 0.23 0.11 0.20 0.13 0.16 0.14 0.21 0.22 0.18 0.15 0.26 0.10 0.12 0.17 0.28 0.15
N6 0.19 0.24 0.16 0.19 0.29 0.15 0.32 0.22 0.28 0.20 0.24 0.36 0.27 0.20 0.32 0.16 0.31 0.39 0.55 0.40
N7 0.13 0.18 0.13 0.15 0.17 0.11 0.19 0.18 0.17 0.12 0.18 0.29 0.24 0.19 0.20 0.10 0.22 0.28 0.39 0.28
N9 0.10 0.14 0.10 0.11 0.16 0.09 0.14 0.12 0.12 0.10 0.16 0.19 0.17 0.14 0.19 0.08 0.11 0.16 0.23 0.13
O2' 0.10 0.14 0.10 0.07 0.13 0.09 0.10 0.13 0.09 0.10 0.15 0.17 0.12 0.07 0.15 0.08 0.11 0.23 0.14 0.14
O3' 0.13 0.11 0.12 0.13 0.12 0.17 0.11 0.17 0.12 0.10 0.13 0.14 0.14 0.14 0.15 0.16 0.10 0.18 0.15 0.12
O4' 0.09 0.13 0.09 0.09 0.14 0.10 0.11 0.15 0.09 0.10 0.15 0.16 0.12 0.10 0.16 0.08 0.15 0.25 0.17 0.17
O5' 0.06 0.14 0.11 0.02 0.16 0.11 0.12 0.20 0.09 0.09 0.16 0.16 0.12 0.01 0.19 0.06 0.16 0.27 0.20 0.20
OP1 0.21 0.33 0.14 0.11 0.41 0.33 0.34 0.35 0.27 0.26 0.39 0.32 0.18 0.01 0.46 0.29 0.19 0.19 0.25 0.20
OP2 0.18 0.35 0.26 0.09 0.30 0.16 0.22 0.36 0.20 0.24 0.37 0.43 0.26 0.02 0.33 0.09 0.26 0.51 0.40 0.39
P 0.05 0.21 0.10 0.01 0.23 0.17 0.16 0.24 0.11 0.12 0.24 0.23 0.08 0.00 0.26 0.10 0.10 0.22 0.15 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.07 0.07 0.11 0.08
C2 0.01 0.00 0.08 0.10 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.02 0.10 0.10 0.14 0.11
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.08 0.12 0.00 0.02 0.06 0.01 0.05 0.05 0.09 0.05
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.10 0.01 0.07 0.02 0.06 0.06 0.11 0.13 0.02 0.01 0.11 0.01 0.07 0.06 0.06 0.04
C4 0.02 0.01 0.06 0.10 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.13 0.00 0.02 0.13 0.14 0.17 0.15
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.05 0.05 0.02 0.05 0.01 0.01 0.06 0.05 0.03
C5 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.09 0.01 0.03 0.14 0.14 0.17 0.15
C5' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.09 0.01 0.09 0.00 0.08 0.05 0.07 0.05 0.05 0.04 0.09 0.02 0.01 0.07 0.04 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.03 0.13 0.12 0.14 0.13
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.01 0.10 0.10 0.13 0.10
N3 0.02 0.01 0.08 0.11 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.14 0.01 0.02 0.12 0.12 0.16 0.13
O2 0.02 0.01 0.12 0.13 0.02 0.05 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.15 0.02 0.03 0.09 0.09 0.13 0.09
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.02 0.05 0.08 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02 0.06 0.07 0.04
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.13 0.02 0.09 0.04 0.07 0.06 0.14 0.15 0.03 0.00 0.15 0.02 0.11 0.08 0.07 0.06
O4 0.02 0.01 0.06 0.11 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.15 0.00 0.03 0.13 0.15 0.18 0.16
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.08 0.08 0.11 0.08
O5' 0.07 0.10 0.05 0.07 0.13 0.01 0.14 0.01 0.13 0.10 0.12 0.09 0.02 0.11 0.13 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.07 0.10 0.05 0.06 0.14 0.06 0.14 0.07 0.12 0.10 0.12 0.09 0.06 0.08 0.15 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.14 0.09 0.06 0.17 0.05 0.17 0.04 0.14 0.13 0.16 0.13 0.07 0.07 0.18 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.11 0.05 0.04 0.15 0.03 0.15 0.01 0.13 0.10 0.13 0.09 0.04 0.06 0.16 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00