ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52203

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 3, 3, 2, 1, 0, 0, 2, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.006, 0.017, 0.027, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.006, 0.020, 0.033, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.008, 0.022, 0.037, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.022 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.010, 0.025, 0.041, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.009, 0.030, 0.052, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.030 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.005, 0.027, 0.049, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.027 std_dev=0.022
C2' B 0, 0.133, 0.333, 0.533, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.333 std_dev=0.200
C2' A 0, -0.139, 0.313, 0.764, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.313 std_dev=0.451
O4' A 0, -0.168, 0.304, 0.775, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.304 std_dev=0.471
O2' B 0, 0.086, 0.582, 1.078, 1.740 max_d=1.740 avg_d=0.582 std_dev=0.496
C3' B 0, -0.054, 0.645, 1.344, 2.191 max_d=2.191 avg_d=0.645 std_dev=0.699
C3' A 0, -0.222, 0.495, 1.213, 2.139 max_d=2.139 avg_d=0.495 std_dev=0.717
O2' A 0, -0.217, 0.503, 1.222, 2.265 max_d=2.265 avg_d=0.503 std_dev=0.720
C1' B 0, -0.099, 0.653, 1.406, 2.370 max_d=2.370 avg_d=0.653 std_dev=0.753
C4' A 0, -0.259, 0.534, 1.327, 2.379 max_d=2.379 avg_d=0.534 std_dev=0.793
O3' A 0, -0.251, 0.645, 1.541, 2.580 max_d=2.580 avg_d=0.645 std_dev=0.896
O3' B 0, -0.106, 0.794, 1.694, 2.576 max_d=2.576 avg_d=0.794 std_dev=0.900
O5' B 0, -0.032, 0.922, 1.876, 2.904 max_d=2.904 avg_d=0.922 std_dev=0.954
P B 0, -0.126, 0.983, 2.092, 3.476 max_d=3.476 avg_d=0.983 std_dev=1.109
OP1 B 0, -0.051, 1.110, 2.271, 3.549 max_d=3.549 avg_d=1.110 std_dev=1.161
C5' A 0, -0.372, 0.803, 1.977, 3.585 max_d=3.585 avg_d=0.803 std_dev=1.175
C4' B 0, -0.231, 0.962, 2.156, 3.598 max_d=3.598 avg_d=0.962 std_dev=1.194
O5' A 0, -0.360, 0.848, 2.057, 3.560 max_d=3.560 avg_d=0.848 std_dev=1.209
O4' B 0, -0.250, 0.960, 2.170, 3.672 max_d=3.672 avg_d=0.960 std_dev=1.210
O2 B 0, -0.253, 0.959, 2.171, 3.568 max_d=3.568 avg_d=0.959 std_dev=1.212
N1 B 0, -0.307, 1.003, 2.312, 3.817 max_d=3.817 avg_d=1.003 std_dev=1.310
P A 0, -0.409, 0.925, 2.259, 3.922 max_d=3.922 avg_d=0.925 std_dev=1.334
OP2 B 0, -0.183, 1.190, 2.563, 4.031 max_d=4.031 avg_d=1.190 std_dev=1.373
OP2 A 0, -0.381, 1.036, 2.452, 4.230 max_d=4.230 avg_d=1.036 std_dev=1.417
C5' B 0, -0.305, 1.150, 2.606, 4.289 max_d=4.289 avg_d=1.150 std_dev=1.455
C2 B 0, -0.399, 1.127, 2.653, 4.351 max_d=4.351 avg_d=1.127 std_dev=1.526
C6 B 0, -0.407, 1.270, 2.947, 4.808 max_d=4.808 avg_d=1.270 std_dev=1.677
OP1 A 0, -0.556, 1.229, 3.013, 5.392 max_d=5.392 avg_d=1.229 std_dev=1.785
N3 B 0, -0.623, 1.515, 3.654, 5.934 max_d=5.934 avg_d=1.515 std_dev=2.139
C5 B 0, -0.615, 1.656, 3.927, 6.370 max_d=6.370 avg_d=1.656 std_dev=2.271
C4 B 0, -0.744, 1.799, 4.343, 7.036 max_d=7.036 avg_d=1.799 std_dev=2.544
O4 B 0, -0.903, 2.163, 5.228, 8.409 max_d=8.409 avg_d=2.163 std_dev=3.066

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.17 0.01 0.20 0.23 0.24 0.24
C2 0.03 0.00 0.31 0.36 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.34 0.12 0.51 0.49 0.72 0.53
C2' 0.00 0.31 0.00 0.00 0.16 0.03 0.07 0.11 0.13 0.15 0.23 0.32 0.08 0.08 0.02 0.00 0.07 0.01 0.32 0.31 0.43 0.35
C3' 0.01 0.36 0.00 0.00 0.30 0.00 0.33 0.02 0.37 0.23 0.38 0.32 0.38 0.30 0.21 0.02 0.01 0.01 0.14 0.21 0.10 0.13
C4 0.02 0.01 0.16 0.30 0.00 0.10 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.19 0.25 0.06 0.46 0.45 0.61 0.48
C4' 0.01 0.08 0.03 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.15 0.20 0.11 0.07 0.18 0.21 0.11 0.24 0.05 0.00 0.01 0.11 0.09 0.04
C5 0.01 0.01 0.07 0.33 0.00 0.16 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.27 0.28 0.03 0.55 0.55 0.78 0.59
C5' 0.04 0.16 0.11 0.02 0.18 0.01 0.28 0.00 0.29 0.30 0.23 0.12 0.34 0.35 0.17 0.13 0.12 0.01 0.01 0.19 0.18 0.01
C6 0.02 0.00 0.13 0.37 0.01 0.15 0.01 0.29 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.33 0.05 0.59 0.60 0.89 0.64
C8 0.01 0.01 0.15 0.23 0.00 0.20 0.01 0.30 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.28 0.20 0.10 0.43 0.45 0.53 0.47
N1 0.03 0.01 0.23 0.38 0.01 0.11 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.35 0.09 0.57 0.57 0.85 0.61
N3 0.03 0.01 0.32 0.32 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.30 0.11 0.44 0.42 0.59 0.46
N6 0.03 0.01 0.08 0.38 0.01 0.18 0.02 0.34 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.32 0.34 0.05 0.63 0.67 0.98 0.70
N7 0.01 0.01 0.08 0.30 0.01 0.21 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.32 0.26 0.06 0.53 0.56 0.77 0.60
N9 0.01 0.01 0.02 0.21 0.00 0.11 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.18 0.17 0.01 0.36 0.37 0.44 0.39
O2' 0.01 0.16 0.00 0.02 0.19 0.24 0.27 0.13 0.28 0.28 0.22 0.13 0.32 0.32 0.18 0.00 0.09 0.18 0.18 0.16 0.44 0.24
O3' 0.17 0.34 0.07 0.01 0.25 0.05 0.28 0.12 0.33 0.20 0.35 0.30 0.34 0.26 0.17 0.09 0.00 0.11 0.09 0.27 0.15 0.12
O4' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.10 0.09 0.11 0.05 0.06 0.01 0.18 0.11 0.00 0.15 0.23 0.19 0.21
O5' 0.20 0.51 0.32 0.14 0.46 0.01 0.55 0.01 0.59 0.43 0.57 0.44 0.63 0.53 0.36 0.18 0.09 0.15 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.23 0.49 0.31 0.21 0.45 0.11 0.55 0.19 0.60 0.45 0.57 0.42 0.67 0.56 0.37 0.16 0.27 0.23 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.72 0.43 0.10 0.61 0.09 0.78 0.18 0.89 0.53 0.85 0.59 0.98 0.77 0.44 0.44 0.15 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.53 0.35 0.13 0.48 0.04 0.59 0.01 0.64 0.47 0.61 0.46 0.70 0.60 0.39 0.24 0.12 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.43 0.15 0.28 0.60 0.34 0.55 0.31 0.46 0.39 0.55 0.34 0.19 0.39 0.66 0.32 0.22 0.17 0.76 0.30
C2 0.61 1.22 0.21 0.30 1.70 0.40 1.48 0.33 1.17 1.01 1.60 1.04 0.26 0.50 1.94 0.64 0.25 0.28 0.64 0.15
C2' 0.42 0.55 0.38 0.35 0.75 0.36 0.75 0.34 0.66 0.55 0.66 0.41 0.40 0.39 0.81 0.34 0.27 0.33 0.61 0.20
C3' 0.25 0.44 0.18 0.10 0.61 0.23 0.59 0.22 0.50 0.41 0.55 0.36 0.27 0.19 0.67 0.19 0.12 0.17 0.79 0.26
C4 0.54 1.06 0.20 0.30 1.38 0.36 1.22 0.29 1.00 0.88 1.32 0.91 0.25 0.50 1.52 0.52 0.20 0.24 0.68 0.20
C4' 0.23 0.35 0.20 0.15 0.45 0.29 0.43 0.29 0.38 0.32 0.43 0.32 0.29 0.17 0.49 0.25 0.22 0.17 0.83 0.33
C5 0.65 1.30 0.22 0.31 1.73 0.36 1.53 0.28 1.25 1.09 1.64 1.07 0.26 0.53 1.88 0.62 0.23 0.27 0.65 0.18
C5' 0.34 0.47 0.35 0.12 0.56 0.22 0.55 0.24 0.50 0.44 0.53 0.44 0.51 0.08 0.59 0.20 0.19 0.18 0.85 0.32
C6 0.72 1.45 0.23 0.30 2.08 0.40 1.81 0.32 1.43 1.22 1.93 1.18 0.27 0.53 2.34 0.73 0.29 0.31 0.61 0.14
C8 0.47 0.86 0.19 0.32 1.08 0.31 1.01 0.25 0.87 0.77 1.01 0.69 0.21 0.52 1.14 0.40 0.17 0.22 0.73 0.27
N1 0.69 1.40 0.23 0.30 2.01 0.42 1.73 0.34 1.36 1.16 1.86 1.16 0.27 0.52 2.30 0.72 0.29 0.31 0.61 0.13
N3 0.53 1.03 0.20 0.30 1.39 0.38 1.22 0.31 0.98 0.85 1.32 0.89 0.25 0.48 1.56 0.54 0.21 0.25 0.67 0.18
N6 0.78 1.56 0.25 0.30 2.39 0.41 2.08 0.34 1.62 1.34 2.13 1.22 0.26 0.54 2.72 0.80 0.34 0.33 0.58 0.13
N7 0.63 1.21 0.21 0.31 1.57 0.32 1.44 0.24 1.22 1.07 1.47 0.95 0.24 0.54 1.65 0.56 0.20 0.26 0.68 0.22
N9 0.42 0.78 0.18 0.30 1.00 0.33 0.91 0.28 0.76 0.67 0.95 0.66 0.22 0.47 1.08 0.39 0.18 0.21 0.72 0.25
O2' 0.28 0.38 0.29 0.24 0.61 0.32 0.61 0.31 0.52 0.40 0.50 0.24 0.38 0.26 0.68 0.32 0.21 0.19 0.64 0.23
O3' 0.25 0.43 0.23 0.09 0.60 0.25 0.56 0.26 0.47 0.38 0.55 0.38 0.34 0.10 0.67 0.22 0.18 0.21 0.83 0.32
O4' 0.20 0.33 0.16 0.28 0.42 0.36 0.37 0.34 0.31 0.27 0.41 0.30 0.25 0.36 0.46 0.30 0.28 0.16 0.83 0.37
O5' 0.26 0.39 0.25 0.06 0.43 0.12 0.40 0.15 0.36 0.33 0.43 0.41 0.36 0.03 0.45 0.11 0.14 0.22 0.88 0.30
OP1 0.12 0.14 0.07 0.16 0.10 0.37 0.14 0.47 0.15 0.11 0.12 0.22 0.13 0.02 0.10 0.28 0.31 0.40 1.16 0.53
OP2 0.29 0.32 0.31 0.14 0.43 0.07 0.47 0.08 0.45 0.35 0.37 0.29 0.42 0.02 0.44 0.16 0.28 0.32 0.95 0.33
P 0.14 0.20 0.13 0.02 0.22 0.13 0.22 0.18 0.21 0.17 0.22 0.24 0.23 0.01 0.23 0.06 0.14 0.21 0.98 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.02 0.01 0.02 0.05 0.05 0.08 0.02 0.00 0.17 0.37 0.35 0.23
C2 0.03 0.00 0.10 0.05 0.02 0.05 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.13 0.02 0.08 0.20 0.60 0.22 0.27
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.06 0.03 0.09 0.05 0.11 0.03 0.08 0.17 0.01 0.03 0.07 0.03 0.11 0.27 0.56 0.30
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.04 0.07 0.02 0.04 0.09 0.02 0.01 0.06 0.01 0.11 0.17 0.71 0.26
C4 0.02 0.02 0.06 0.05 0.00 0.06 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.09 0.01 0.03 0.32 0.85 0.23 0.38
C4' 0.01 0.05 0.03 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.12 0.03 0.04 0.12 0.03 0.03 0.07 0.01 0.03 0.17 0.38 0.07
C5 0.03 0.02 0.09 0.08 0.01 0.12 0.00 0.27 0.01 0.02 0.01 0.03 0.20 0.08 0.02 0.09 0.37 0.90 0.26 0.42
C5' 0.06 0.07 0.05 0.04 0.19 0.01 0.27 0.00 0.26 0.12 0.11 0.09 0.05 0.04 0.20 0.02 0.01 0.13 0.29 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.07 0.01 0.12 0.01 0.26 0.00 0.01 0.02 0.02 0.21 0.08 0.02 0.11 0.35 0.79 0.17 0.39
N1 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.09 0.02 0.02 0.25 0.60 0.21 0.29
N3 0.02 0.01 0.08 0.04 0.01 0.04 0.01 0.11 0.02 0.01 0.00 0.02 0.13 0.12 0.01 0.06 0.25 0.72 0.19 0.31
O2 0.05 0.01 0.17 0.09 0.02 0.12 0.03 0.09 0.02 0.02 0.02 0.00 0.34 0.18 0.03 0.14 0.14 0.51 0.28 0.21
O2' 0.05 0.18 0.01 0.02 0.09 0.03 0.20 0.05 0.21 0.04 0.13 0.34 0.00 0.11 0.09 0.05 0.10 0.31 0.62 0.31
O3' 0.08 0.13 0.03 0.01 0.09 0.03 0.08 0.04 0.08 0.09 0.12 0.18 0.11 0.00 0.10 0.04 0.10 0.20 0.78 0.25
O4 0.02 0.02 0.07 0.06 0.01 0.07 0.02 0.20 0.02 0.02 0.01 0.03 0.09 0.10 0.00 0.04 0.34 0.89 0.27 0.40
O4' 0.00 0.08 0.03 0.01 0.03 0.01 0.09 0.02 0.11 0.02 0.06 0.14 0.05 0.04 0.04 0.00 0.12 0.31 0.20 0.09
O5' 0.17 0.20 0.11 0.11 0.32 0.03 0.37 0.01 0.35 0.25 0.25 0.14 0.10 0.10 0.34 0.12 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.37 0.60 0.27 0.17 0.85 0.17 0.90 0.13 0.79 0.60 0.72 0.51 0.31 0.20 0.89 0.31 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 0.22 0.56 0.71 0.23 0.38 0.26 0.29 0.17 0.21 0.19 0.28 0.62 0.78 0.27 0.20 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.27 0.30 0.26 0.38 0.07 0.42 0.02 0.39 0.29 0.31 0.21 0.31 0.25 0.40 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00