ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52204

back

Distances from reference structure (by RMSD)

6, 3, 3, 2, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.007, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.006, 0.012, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.008, 0.013, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.010, 0.016, 0.022, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.016 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.020 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.019 std_dev=0.014
O4' A 0, 0.024, 0.051, 0.078, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.051 std_dev=0.027
C2' A 0, 0.036, 0.070, 0.104, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.070 std_dev=0.034
C4' A 0, 0.033, 0.083, 0.133, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.083 std_dev=0.050
O2' A 0, 0.053, 0.104, 0.155, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.104 std_dev=0.051
C3' A 0, 0.047, 0.099, 0.151, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.099 std_dev=0.052
C5' A 0, 0.051, 0.124, 0.198, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.124 std_dev=0.073
O5' A 0, 0.047, 0.120, 0.193, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.120 std_dev=0.073
O3' A 0, 0.078, 0.158, 0.238, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.158 std_dev=0.080
P A 0, 0.049, 0.158, 0.267, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.158 std_dev=0.109
O3' B 0, 0.044, 0.175, 0.307, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.175 std_dev=0.132
OP1 A 0, 0.052, 0.190, 0.328, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.190 std_dev=0.138
C4' B 0, 0.035, 0.176, 0.318, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.176 std_dev=0.142
C3' B 0, 0.037, 0.186, 0.335, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.186 std_dev=0.149
C5' B 0, 0.046, 0.195, 0.344, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.195 std_dev=0.149
OP2 A 0, 0.064, 0.214, 0.363, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.214 std_dev=0.150
O4' B 0, 0.053, 0.216, 0.380, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.216 std_dev=0.163
OP1 B 0, 0.077, 0.249, 0.421, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.249 std_dev=0.172
O5' B 0, 0.049, 0.228, 0.407, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.228 std_dev=0.179
C1' B 0, 0.055, 0.237, 0.418, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.237 std_dev=0.182
C2' B 0, 0.041, 0.230, 0.419, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.230 std_dev=0.189
P B 0, 0.058, 0.261, 0.463, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.261 std_dev=0.203
O2' B 0, 0.063, 0.274, 0.484, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.274 std_dev=0.211
O2 B 0, 0.042, 0.269, 0.496, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.269 std_dev=0.227
N1 B 0, 0.057, 0.285, 0.514, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.285 std_dev=0.228
C2 B 0, 0.043, 0.291, 0.539, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.291 std_dev=0.248
OP2 B 0, 0.059, 0.309, 0.559, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.309 std_dev=0.250
C6 B 0, 0.058, 0.337, 0.615, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.337 std_dev=0.279
N3 B 0, 0.036, 0.343, 0.651, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.343 std_dev=0.308
C5 B 0, 0.048, 0.383, 0.719, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.383 std_dev=0.336
C4 B 0, 0.036, 0.386, 0.736, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.386 std_dev=0.350
O4 B 0, 0.041, 0.426, 0.811, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.426 std_dev=0.385

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.06 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.05 0.05 0.10 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.07 0.02
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.07 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.05 0.09 0.05
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.06 0.10 0.06
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.06 0.11 0.07
C8 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.05 0.09 0.06
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.05 0.06 0.11 0.06
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.05 0.05 0.10 0.05
N6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.06 0.07 0.11 0.07
N7 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.07 0.06 0.10 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.08 0.04
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.07 0.02
O3' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.06 0.04 0.08 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.05 0.05 0.04
O5' 0.04 0.05 0.02 0.03 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.05 0.06 0.07 0.05 0.02 0.06 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.05 0.02 0.03 0.05 0.02 0.06 0.02 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.04 0.03 0.04 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.10 0.07 0.07 0.09 0.04 0.10 0.03 0.11 0.09 0.11 0.10 0.11 0.10 0.08 0.07 0.08 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.02 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.06 0.06 0.05 0.07 0.07 0.04 0.02 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.09 0.05 0.05 0.09 0.06 0.09 0.05 0.09 0.09 0.10 0.10 0.07 0.07 0.09 0.08 0.04 0.06 0.04 0.04
C2 0.08 0.12 0.05 0.04 0.14 0.05 0.13 0.05 0.12 0.10 0.14 0.11 0.07 0.05 0.15 0.08 0.05 0.07 0.05 0.06
C2' 0.07 0.09 0.05 0.04 0.08 0.05 0.07 0.04 0.07 0.07 0.09 0.10 0.06 0.06 0.08 0.07 0.03 0.06 0.05 0.03
C3' 0.06 0.08 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.05 0.06 0.07 0.10 0.07 0.05 0.06 0.06 0.04 0.06 0.07 0.04
C4 0.07 0.10 0.05 0.04 0.11 0.04 0.11 0.05 0.10 0.09 0.11 0.10 0.06 0.05 0.11 0.07 0.04 0.06 0.04 0.05
C4' 0.07 0.08 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.07 0.10 0.07 0.06 0.06 0.07 0.03 0.06 0.07 0.04
C5 0.07 0.10 0.06 0.05 0.12 0.06 0.10 0.07 0.09 0.09 0.12 0.10 0.07 0.06 0.12 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07
C5' 0.06 0.07 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.09 0.07 0.05 0.05 0.06 0.05 0.08 0.09 0.06
C6 0.08 0.12 0.07 0.06 0.14 0.07 0.13 0.08 0.11 0.10 0.14 0.12 0.08 0.06 0.14 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08
C8 0.06 0.09 0.04 0.04 0.08 0.04 0.07 0.06 0.07 0.07 0.09 0.10 0.06 0.06 0.08 0.05 0.05 0.08 0.05 0.06
N1 0.08 0.12 0.06 0.05 0.15 0.06 0.14 0.07 0.12 0.11 0.15 0.12 0.08 0.06 0.16 0.08 0.06 0.08 0.07 0.07
N3 0.08 0.11 0.05 0.03 0.13 0.04 0.12 0.05 0.11 0.10 0.12 0.10 0.06 0.05 0.13 0.07 0.04 0.06 0.04 0.05
N6 0.09 0.13 0.09 0.08 0.15 0.09 0.14 0.10 0.12 0.11 0.15 0.13 0.10 0.07 0.16 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09
N7 0.06 0.09 0.06 0.06 0.09 0.06 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.10 0.07 0.06 0.09 0.06 0.07 0.09 0.07 0.08
N9 0.07 0.09 0.04 0.03 0.10 0.04 0.09 0.04 0.08 0.08 0.10 0.10 0.06 0.06 0.09 0.07 0.04 0.06 0.04 0.05
O2' 0.08 0.09 0.05 0.05 0.09 0.06 0.08 0.05 0.08 0.08 0.09 0.10 0.07 0.06 0.08 0.08 0.04 0.07 0.07 0.05
O3' 0.06 0.08 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.06 0.07 0.10 0.07 0.05 0.05 0.06 0.04 0.06 0.08 0.04
O4' 0.09 0.09 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.05 0.08 0.08 0.09 0.10 0.08 0.09 0.08 0.09 0.03 0.06 0.05 0.04
O5' 0.04 0.05 0.02 0.03 0.04 0.08 0.06 0.10 0.06 0.04 0.05 0.07 0.05 0.01 0.04 0.08 0.09 0.12 0.09 0.10
OP1 0.05 0.07 0.06 0.04 0.07 0.03 0.08 0.05 0.07 0.05 0.07 0.10 0.08 0.01 0.07 0.03 0.09 0.10 0.14 0.11
OP2 0.06 0.11 0.06 0.02 0.09 0.03 0.07 0.03 0.06 0.07 0.11 0.15 0.12 0.02 0.10 0.05 0.05 0.07 0.09 0.05
P 0.03 0.06 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.06 0.09 0.08 0.00 0.05 0.03 0.05 0.07 0.09 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.00 0.04 0.04 0.05 0.08 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.06 0.07 0.13 0.08
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.06 0.06 0.13 0.08
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.03 0.03 0.05 0.05 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.05 0.04 0.10 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.08 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.00 0.03 0.05 0.06 0.11 0.07
O2 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.07 0.01 0.06 0.04 0.05 0.07 0.05
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.06 0.10 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.04 0.05 0.03
O3' 0.03 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.07 0.04 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04
O4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.07 0.09 0.14 0.10
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03
O5' 0.02 0.04 0.02 0.03 0.06 0.01 0.06 0.01 0.05 0.03 0.05 0.04 0.03 0.03 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.05 0.03 0.04 0.07 0.02 0.06 0.02 0.04 0.03 0.06 0.05 0.04 0.04 0.09 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.08 0.04 0.04 0.13 0.02 0.13 0.02 0.10 0.08 0.11 0.07 0.05 0.05 0.14 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.06 0.03 0.03 0.08 0.01 0.08 0.01 0.06 0.04 0.07 0.05 0.03 0.04 0.10 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00