ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52205

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 4, 0, 2, 3, 3, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.011, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.012, 0.019, 0.026, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.019 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.019 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.016, 0.027, 0.037, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.027 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.001, 0.012, 0.022, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.012 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.008, 0.019, 0.031, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.030, 0.045, 0.060, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.045 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.031, 0.048, 0.065, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.048 std_dev=0.017
O2' A 0, 0.023, 0.165, 0.307, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.165 std_dev=0.142
C2' A 0, -0.050, 0.112, 0.275, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.112 std_dev=0.162
O4' A 0, -0.072, 0.112, 0.296, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.112 std_dev=0.184
C4' A 0, -0.038, 0.231, 0.499, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.231 std_dev=0.269
C2' B 0, 0.366, 0.640, 0.914, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.640 std_dev=0.274
C3' A 0, -0.055, 0.221, 0.496, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.221 std_dev=0.276
O2' B 0, 0.475, 0.772, 1.069, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.772 std_dev=0.297
C3' B 0, 0.320, 0.660, 1.001, 1.771 max_d=1.771 avg_d=0.660 std_dev=0.341
O3' A 0, -0.070, 0.322, 0.713, 1.736 max_d=1.736 avg_d=0.322 std_dev=0.392
C5' A 0, -0.030, 0.404, 0.839, 2.086 max_d=2.086 avg_d=0.404 std_dev=0.435
O5' A 0, 0.148, 0.597, 1.045, 2.181 max_d=2.181 avg_d=0.597 std_dev=0.448
OP1 B 0, 0.281, 0.801, 1.322, 2.610 max_d=2.610 avg_d=0.801 std_dev=0.521
O3' B 0, 0.050, 0.597, 1.144, 2.659 max_d=2.659 avg_d=0.597 std_dev=0.547
O5' B 0, 0.493, 1.054, 1.616, 2.744 max_d=2.744 avg_d=1.054 std_dev=0.561
P B 0, 0.335, 0.953, 1.571, 3.070 max_d=3.070 avg_d=0.953 std_dev=0.618
P A 0, -0.067, 0.576, 1.219, 2.930 max_d=2.930 avg_d=0.576 std_dev=0.643
C4' B 0, 0.063, 0.709, 1.355, 3.185 max_d=3.185 avg_d=0.709 std_dev=0.646
C1' B 0, -0.033, 0.631, 1.295, 3.198 max_d=3.198 avg_d=0.631 std_dev=0.664
C5' B 0, 0.202, 0.868, 1.533, 3.322 max_d=3.322 avg_d=0.868 std_dev=0.665
OP2 B 0, 0.210, 0.953, 1.697, 3.651 max_d=3.651 avg_d=0.953 std_dev=0.744
OP2 A 0, -0.192, 0.572, 1.336, 3.258 max_d=3.258 avg_d=0.572 std_dev=0.764
OP1 A 0, -0.046, 0.739, 1.525, 3.629 max_d=3.629 avg_d=0.739 std_dev=0.785
O4' B 0, -0.204, 0.631, 1.465, 3.916 max_d=3.916 avg_d=0.631 std_dev=0.834
C6 B 0, -0.073, 0.933, 1.939, 4.792 max_d=4.792 avg_d=0.933 std_dev=1.006
N1 B 0, -0.242, 0.796, 1.834, 4.867 max_d=4.867 avg_d=0.796 std_dev=1.038
C5 B 0, -0.409, 1.088, 2.585, 6.907 max_d=6.907 avg_d=1.088 std_dev=1.497
C2 B 0, -0.661, 0.892, 2.445, 7.055 max_d=7.055 avg_d=0.892 std_dev=1.553
O2 B 0, -0.719, 0.892, 2.503, 7.305 max_d=7.305 avg_d=0.892 std_dev=1.611
N3 B 0, -0.945, 1.080, 3.104, 9.102 max_d=9.102 avg_d=1.080 std_dev=2.024
C4 B 0, -0.888, 1.162, 3.213, 9.239 max_d=9.239 avg_d=1.162 std_dev=2.050
O4 B 0, -1.188, 1.346, 3.879, 11.337 max_d=11.337 avg_d=1.346 std_dev=2.533

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.16 0.20 0.12 0.17
C2 0.02 0.00 0.13 0.20 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.23 0.03 0.24 0.39 0.19 0.28
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.01 0.07 0.05 0.11 0.13 0.06 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.18 0.20 0.13 0.18
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.13 0.00 0.12 0.02 0.16 0.07 0.19 0.18 0.15 0.08 0.06 0.03 0.01 0.01 0.20 0.20 0.16 0.18
C4 0.01 0.00 0.07 0.13 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.14 0.02 0.26 0.38 0.23 0.30
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.08 0.05 0.09 0.07 0.09 0.06 0.04 0.04 0.01 0.00 0.02 0.06 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.05 0.12 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.14 0.01 0.31 0.46 0.31 0.37
C5' 0.02 0.12 0.01 0.02 0.10 0.01 0.12 0.00 0.14 0.09 0.14 0.10 0.15 0.11 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.09 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.16 0.01 0.08 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.19 0.02 0.30 0.48 0.30 0.38
C8 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.04 0.33 0.42 0.34 0.39
N1 0.02 0.00 0.11 0.19 0.01 0.09 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.23 0.03 0.27 0.44 0.25 0.34
N3 0.02 0.00 0.13 0.18 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.19 0.03 0.22 0.34 0.16 0.25
N6 0.02 0.01 0.06 0.15 0.01 0.09 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.19 0.02 0.32 0.53 0.36 0.42
N7 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.03 0.34 0.49 0.38 0.43
N9 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.26 0.34 0.23 0.29
O2' 0.01 0.08 0.00 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.07 0.08 0.05 0.03 0.02 0.00 0.08 0.04 0.08 0.09 0.09 0.08
O3' 0.02 0.23 0.03 0.01 0.14 0.01 0.14 0.04 0.19 0.08 0.23 0.19 0.19 0.10 0.06 0.08 0.00 0.02 0.12 0.13 0.10 0.11
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.08 0.13 0.08 0.08
O5' 0.16 0.24 0.18 0.20 0.26 0.02 0.31 0.01 0.30 0.33 0.27 0.22 0.32 0.34 0.26 0.08 0.12 0.08 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.20 0.39 0.20 0.20 0.38 0.06 0.46 0.09 0.48 0.42 0.44 0.34 0.53 0.49 0.34 0.09 0.13 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.19 0.13 0.16 0.23 0.05 0.31 0.06 0.30 0.34 0.25 0.16 0.36 0.38 0.23 0.09 0.10 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.28 0.18 0.18 0.30 0.02 0.37 0.01 0.38 0.39 0.34 0.25 0.42 0.43 0.29 0.08 0.11 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.75 1.24 0.15 0.08 1.14 0.38 0.87 0.25 0.76 0.93 1.30 1.41 0.17 0.18 1.21 0.85 0.46 0.15 0.40 0.37
C2 0.75 1.67 0.20 0.08 1.86 0.13 1.40 0.17 1.08 1.18 1.99 1.77 0.19 0.34 2.10 0.67 0.40 0.30 0.50 0.27
C2' 0.61 1.13 0.04 0.06 1.05 0.23 0.78 0.15 0.66 0.80 1.21 1.31 0.30 0.21 1.14 0.68 0.34 0.11 0.31 0.26
C3' 0.60 1.00 0.06 0.06 0.87 0.24 0.65 0.14 0.57 0.72 1.02 1.19 0.25 0.15 0.92 0.66 0.24 0.09 0.19 0.16
C4 0.75 1.55 0.18 0.08 1.60 0.18 1.22 0.15 0.98 1.11 1.75 1.67 0.19 0.35 1.75 0.73 0.42 0.26 0.46 0.29
C4' 0.77 0.98 0.20 0.21 0.78 0.52 0.61 0.36 0.60 0.78 0.94 1.17 0.08 0.08 0.79 0.89 0.37 0.13 0.22 0.28
C5 0.72 1.59 0.19 0.14 1.73 0.12 1.32 0.19 1.04 1.15 1.86 1.65 0.19 0.43 1.90 0.64 0.38 0.35 0.46 0.23
C5' 0.82 0.85 0.30 0.31 0.61 0.61 0.49 0.41 0.53 0.73 0.76 1.02 0.19 0.21 0.58 0.92 0.33 0.11 0.13 0.21
C6 0.69 1.66 0.20 0.16 1.94 0.12 1.47 0.26 1.12 1.18 2.03 1.69 0.19 0.44 2.19 0.56 0.35 0.41 0.48 0.19
C8 0.72 1.32 0.16 0.12 1.27 0.22 1.00 0.16 0.85 1.00 1.41 1.41 0.20 0.42 1.34 0.78 0.41 0.25 0.38 0.28
N1 0.71 1.70 0.21 0.13 1.98 0.11 1.49 0.23 1.13 1.20 2.07 1.76 0.19 0.40 2.26 0.59 0.37 0.38 0.50 0.22
N3 0.76 1.59 0.18 0.06 1.68 0.18 1.27 0.15 1.01 1.13 1.83 1.72 0.19 0.30 1.87 0.73 0.42 0.24 0.48 0.30
N6 0.62 1.63 0.21 0.20 2.04 0.19 1.55 0.34 1.14 1.16 2.06 1.60 0.19 0.48 2.34 0.44 0.30 0.49 0.47 0.14
N7 0.69 1.46 0.18 0.17 1.54 0.12 1.21 0.19 0.98 1.08 1.65 1.48 0.20 0.49 1.64 0.65 0.37 0.36 0.41 0.22
N9 0.75 1.38 0.16 0.07 1.33 0.26 1.03 0.17 0.86 1.02 1.49 1.52 0.19 0.32 1.43 0.80 0.43 0.20 0.41 0.32
O2' 0.62 1.07 0.04 0.05 1.00 0.31 0.75 0.21 0.63 0.78 1.15 1.24 0.28 0.12 1.09 0.72 0.38 0.12 0.34 0.33
O3' 0.52 0.84 0.13 0.10 0.74 0.23 0.55 0.14 0.49 0.61 0.87 1.00 0.29 0.12 0.79 0.57 0.19 0.09 0.16 0.13
O4' 0.83 1.12 0.25 0.20 0.94 0.56 0.74 0.39 0.70 0.89 1.11 1.30 0.07 0.05 0.97 0.97 0.48 0.17 0.35 0.39
O5' 0.47 0.44 0.05 0.11 0.22 0.40 0.13 0.22 0.17 0.35 0.35 0.59 0.13 0.02 0.20 0.60 0.23 0.33 0.20 0.27
OP1 0.17 0.08 0.04 0.08 0.37 0.30 0.41 0.13 0.29 0.09 0.22 0.12 0.05 0.03 0.43 0.28 0.21 0.76 0.41 0.47
OP2 0.12 0.37 0.38 0.19 0.61 0.02 0.61 0.10 0.50 0.36 0.50 0.23 0.28 0.02 0.66 0.03 0.29 0.63 0.51 0.44
P 0.16 0.05 0.11 0.02 0.25 0.20 0.30 0.04 0.21 0.05 0.14 0.15 0.12 0.01 0.29 0.26 0.16 0.56 0.34 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.17 0.02 0.00 0.25 0.41 0.17 0.33
C2 0.02 0.00 0.12 0.13 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.10 0.02 0.10 0.21 0.68 0.22 0.40
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.13 0.09 0.02 0.09 0.19 0.00 0.02 0.04 0.01 0.43 0.29 0.33 0.43
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.22 0.00 0.22 0.01 0.19 0.13 0.18 0.09 0.01 0.01 0.23 0.01 0.19 0.18 0.20 0.12
C4 0.02 0.01 0.04 0.22 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.09 0.00 0.02 0.33 0.89 0.46 0.59
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.14 0.05 0.03 0.10 0.16 0.02 0.08 0.00 0.01 0.08 0.06 0.02
C5 0.00 0.01 0.06 0.22 0.00 0.13 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.26 0.13 0.00 0.08 0.44 0.88 0.53 0.69
C5' 0.06 0.07 0.13 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.11 0.03 0.04 0.13 0.04 0.14 0.06 0.01 0.01 0.06 0.13 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.19 0.01 0.14 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.24 0.09 0.01 0.11 0.45 0.76 0.44 0.64
N1 0.00 0.01 0.02 0.13 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.05 0.02 0.01 0.30 0.63 0.27 0.46
N3 0.02 0.00 0.09 0.18 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.06 0.01 0.07 0.24 0.80 0.33 0.47
O2 0.03 0.00 0.19 0.09 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.20 0.01 0.17 0.14 0.60 0.13 0.30
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.20 0.16 0.26 0.04 0.24 0.11 0.12 0.14 0.00 0.05 0.21 0.11 0.42 0.20 0.39 0.43
O3' 0.17 0.10 0.02 0.01 0.09 0.02 0.13 0.14 0.09 0.05 0.06 0.20 0.05 0.00 0.10 0.11 0.18 0.43 0.28 0.24
O4 0.02 0.02 0.04 0.23 0.00 0.08 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.21 0.10 0.00 0.03 0.33 0.94 0.50 0.60
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.07 0.17 0.11 0.11 0.03 0.00 0.07 0.35 0.06 0.16
O5' 0.25 0.21 0.43 0.19 0.33 0.01 0.44 0.01 0.45 0.30 0.24 0.14 0.42 0.18 0.33 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.41 0.68 0.29 0.18 0.89 0.08 0.88 0.06 0.76 0.63 0.80 0.60 0.20 0.43 0.94 0.35 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.22 0.33 0.20 0.46 0.06 0.53 0.13 0.44 0.27 0.33 0.13 0.39 0.28 0.50 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.33 0.40 0.43 0.12 0.59 0.02 0.69 0.01 0.64 0.46 0.47 0.30 0.43 0.24 0.60 0.16 0.00 0.00 0.01 0.00