ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52209

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 0, 2, 0, 1, 3, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.010, 0.023, 0.035, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.006, 0.021, 0.035, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.021 std_dev=0.015
O4' A 0, 0.032, 0.198, 0.365, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.198 std_dev=0.166
C2' A 0, 0.003, 0.173, 0.343, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.173 std_dev=0.170
C4' A 0, 0.077, 0.321, 0.564, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.321 std_dev=0.244
O2' A 0, -0.030, 0.215, 0.460, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.215 std_dev=0.245
C3' A 0, 0.054, 0.317, 0.581, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.317 std_dev=0.263
C2' B 0, 0.358, 0.693, 1.027, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.693 std_dev=0.334
O3' A 0, 0.109, 0.448, 0.787, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.448 std_dev=0.339
O2' B 0, 0.336, 0.709, 1.081, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.709 std_dev=0.372
C5' A 0, 0.085, 0.523, 0.961, 1.724 max_d=1.724 avg_d=0.523 std_dev=0.438
O5' A 0, 0.165, 0.673, 1.181, 2.046 max_d=2.046 avg_d=0.673 std_dev=0.508
C3' B 0, 0.270, 0.790, 1.310, 2.107 max_d=2.107 avg_d=0.790 std_dev=0.520
O3' B 0, 0.109, 0.776, 1.443, 2.677 max_d=2.677 avg_d=0.776 std_dev=0.667
P A 0, 0.116, 0.803, 1.490, 2.763 max_d=2.763 avg_d=0.803 std_dev=0.687
C1' B 0, 0.043, 0.803, 1.563, 3.145 max_d=3.145 avg_d=0.803 std_dev=0.760
OP2 A 0, 0.113, 0.882, 1.650, 3.008 max_d=3.008 avg_d=0.882 std_dev=0.768
OP1 A 0, 0.080, 0.944, 1.809, 3.517 max_d=3.517 avg_d=0.944 std_dev=0.865
C4' B 0, -0.005, 0.874, 1.753, 3.618 max_d=3.618 avg_d=0.874 std_dev=0.879
C5' B 0, 0.046, 1.019, 1.993, 4.016 max_d=4.016 avg_d=1.019 std_dev=0.974
O4' B 0, -0.130, 0.854, 1.837, 4.004 max_d=4.004 avg_d=0.854 std_dev=0.984
C6 B 0, 0.095, 1.082, 2.070, 4.109 max_d=4.109 avg_d=1.082 std_dev=0.988
N1 B 0, -0.202, 0.887, 1.975, 4.349 max_d=4.349 avg_d=0.887 std_dev=1.089
O5' B 0, -0.173, 1.089, 2.351, 4.218 max_d=4.218 avg_d=1.089 std_dev=1.262
C5 B 0, -0.235, 1.249, 2.733, 5.978 max_d=5.978 avg_d=1.249 std_dev=1.484
OP2 B 0, -0.134, 1.429, 2.992, 4.790 max_d=4.790 avg_d=1.429 std_dev=1.563
C2 B 0, -0.617, 1.007, 2.631, 6.328 max_d=6.328 avg_d=1.007 std_dev=1.624
OP1 B 0, -0.219, 1.411, 3.042, 5.191 max_d=5.191 avg_d=1.411 std_dev=1.630
P B 0, -0.316, 1.316, 2.948, 5.079 max_d=5.079 avg_d=1.316 std_dev=1.632
O2 B 0, -0.522, 1.144, 2.809, 6.615 max_d=6.615 avg_d=1.144 std_dev=1.665
N3 B 0, -0.930, 1.188, 3.306, 8.142 max_d=8.142 avg_d=1.188 std_dev=2.118
C4 B 0, -0.893, 1.244, 3.381, 8.210 max_d=8.210 avg_d=1.244 std_dev=2.137
O4 B 0, -1.239, 1.433, 4.104, 10.183 max_d=10.183 avg_d=1.433 std_dev=2.672

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.16 0.18 0.18 0.18
C2 0.02 0.00 0.16 0.19 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.22 0.05 0.28 0.45 0.28 0.35
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.09 0.02 0.05 0.01 0.08 0.06 0.12 0.16 0.06 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.18 0.22 0.24 0.24
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.11 0.00 0.09 0.01 0.13 0.08 0.17 0.18 0.11 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.20 0.23 0.26 0.25
C4 0.01 0.01 0.09 0.11 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.11 0.03 0.29 0.44 0.30 0.37
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.03 0.06 0.02 0.00 0.02 0.05 0.14 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.10 0.02 0.36 0.57 0.39 0.47
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.09 0.09 0.09 0.06 0.10 0.11 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.05 0.13 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.13 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.15 0.03 0.36 0.61 0.40 0.48
C8 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.08 0.03 0.37 0.52 0.42 0.47
N1 0.02 0.00 0.12 0.17 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.20 0.04 0.33 0.55 0.35 0.43
N3 0.02 0.00 0.16 0.18 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.19 0.05 0.24 0.37 0.25 0.30
N6 0.02 0.01 0.06 0.11 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.14 0.02 0.39 0.69 0.46 0.54
N7 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.40 0.63 0.47 0.53
N9 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.28 0.38 0.29 0.34
O2' 0.01 0.16 0.00 0.03 0.09 0.06 0.07 0.06 0.10 0.04 0.14 0.15 0.09 0.04 0.03 0.00 0.08 0.04 0.10 0.17 0.24 0.16
O3' 0.03 0.22 0.03 0.01 0.11 0.02 0.10 0.03 0.15 0.08 0.20 0.19 0.14 0.07 0.04 0.08 0.00 0.02 0.11 0.15 0.22 0.16
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.08 0.10 0.13 0.08
O5' 0.16 0.28 0.18 0.20 0.29 0.02 0.36 0.01 0.36 0.37 0.33 0.24 0.39 0.40 0.28 0.10 0.11 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.18 0.45 0.22 0.23 0.44 0.05 0.57 0.05 0.61 0.52 0.55 0.37 0.69 0.63 0.38 0.17 0.15 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.28 0.24 0.26 0.30 0.14 0.39 0.13 0.40 0.42 0.35 0.25 0.46 0.47 0.29 0.24 0.22 0.13 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.35 0.24 0.25 0.37 0.04 0.47 0.02 0.48 0.47 0.43 0.30 0.54 0.53 0.34 0.16 0.16 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.84 1.39 0.20 0.12 1.28 0.41 1.01 0.30 0.88 1.05 1.46 1.60 0.30 0.29 1.36 0.95 0.72 0.25 0.94 0.71
C2 0.78 1.78 0.24 0.21 1.96 0.15 1.48 0.22 1.15 1.25 2.10 1.94 0.33 0.48 2.21 0.72 0.39 0.46 0.90 0.32
C2' 0.64 1.23 0.19 0.18 1.16 0.21 0.88 0.17 0.73 0.87 1.33 1.44 0.51 0.37 1.26 0.70 0.48 0.21 0.72 0.49
C3' 0.61 1.08 0.17 0.17 0.95 0.21 0.71 0.15 0.61 0.77 1.11 1.29 0.46 0.33 1.01 0.66 0.34 0.22 0.48 0.34
C4 0.81 1.68 0.24 0.19 1.73 0.19 1.34 0.18 1.08 1.21 1.90 1.86 0.33 0.48 1.90 0.79 0.44 0.33 0.88 0.39
C4' 0.85 1.11 0.22 0.20 0.90 0.57 0.73 0.40 0.70 0.89 1.07 1.32 0.17 0.09 0.91 0.98 0.64 0.37 0.62 0.61
C5 0.77 1.72 0.26 0.27 1.86 0.17 1.44 0.28 1.14 1.23 2.00 1.84 0.33 0.58 2.05 0.69 0.28 0.57 0.78 0.17
C5' 0.91 0.97 0.32 0.32 0.72 0.67 0.60 0.44 0.63 0.83 0.88 1.15 0.18 0.20 0.69 1.00 0.50 0.33 0.38 0.44
C6 0.72 1.77 0.27 0.31 2.04 0.22 1.56 0.37 1.18 1.24 2.14 1.86 0.33 0.60 2.31 0.60 0.22 0.75 0.74 0.09
C8 0.81 1.51 0.25 0.22 1.46 0.21 1.17 0.17 1.00 1.14 1.62 1.65 0.32 0.56 1.55 0.84 0.41 0.28 0.78 0.33
N1 0.74 1.81 0.26 0.27 2.07 0.18 1.57 0.32 1.18 1.26 2.18 1.92 0.33 0.55 2.36 0.63 0.27 0.67 0.81 0.15
N3 0.81 1.71 0.23 0.17 1.79 0.20 1.37 0.17 1.09 1.21 1.96 1.90 0.33 0.43 1.99 0.79 0.49 0.29 0.94 0.45
N6 0.66 1.74 0.29 0.37 2.12 0.32 1.63 0.50 1.20 1.21 2.16 1.77 0.33 0.65 2.44 0.48 0.22 0.98 0.62 0.21
N7 0.75 1.62 0.27 0.30 1.71 0.19 1.36 0.30 1.10 1.19 1.83 1.70 0.33 0.63 1.84 0.69 0.23 0.59 0.70 0.10
N9 0.83 1.54 0.23 0.15 1.49 0.27 1.17 0.18 0.99 1.14 1.67 1.74 0.32 0.44 1.60 0.88 0.55 0.16 0.89 0.50
O2' 0.62 1.15 0.15 0.11 1.09 0.29 0.83 0.23 0.69 0.82 1.24 1.34 0.50 0.25 1.19 0.73 0.64 0.36 0.84 0.69
O3' 0.49 0.89 0.21 0.15 0.81 0.17 0.60 0.13 0.50 0.63 0.94 1.07 0.50 0.23 0.87 0.55 0.29 0.25 0.40 0.30
O4' 0.96 1.30 0.32 0.24 1.11 0.65 0.90 0.49 0.85 1.04 1.29 1.51 0.14 0.12 1.13 1.12 0.84 0.40 0.89 0.80
O5' 0.60 0.59 0.14 0.16 0.35 0.51 0.27 0.30 0.30 0.48 0.49 0.75 0.10 0.02 0.33 0.73 0.47 0.47 0.30 0.45
OP1 0.14 0.12 0.08 0.07 0.46 0.30 0.51 0.17 0.38 0.15 0.29 0.11 0.08 0.04 0.53 0.26 0.32 0.54 0.41 0.33
OP2 0.17 0.44 0.39 0.18 0.67 0.08 0.64 0.08 0.51 0.39 0.58 0.38 0.30 0.02 0.74 0.15 0.32 0.48 0.53 0.29
P 0.21 0.14 0.12 0.02 0.29 0.24 0.32 0.08 0.22 0.10 0.20 0.23 0.14 0.01 0.34 0.30 0.24 0.45 0.32 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.18 0.01 0.00 0.32 0.28 0.30 0.32
C2 0.01 0.00 0.16 0.15 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.11 0.01 0.15 0.30 0.41 0.41 0.37
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.03 0.01 0.11 0.12 0.16 0.02 0.12 0.27 0.00 0.02 0.04 0.01 0.44 0.22 0.45 0.40
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.23 0.00 0.23 0.02 0.19 0.14 0.20 0.11 0.02 0.01 0.25 0.02 0.34 0.17 0.43 0.26
C4 0.01 0.01 0.03 0.23 0.00 0.09 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.09 0.00 0.03 0.64 0.86 0.75 0.82
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.09 0.00 0.17 0.01 0.18 0.05 0.05 0.17 0.19 0.02 0.09 0.00 0.02 0.15 0.18 0.02
C5 0.01 0.00 0.11 0.23 0.00 0.17 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.36 0.11 0.01 0.14 0.86 1.02 0.92 1.05
C5' 0.04 0.12 0.12 0.02 0.15 0.01 0.24 0.00 0.24 0.08 0.12 0.22 0.08 0.15 0.16 0.01 0.01 0.12 0.24 0.02
C6 0.01 0.00 0.16 0.19 0.01 0.18 0.00 0.24 0.00 0.00 0.01 0.00 0.36 0.08 0.01 0.18 0.85 0.87 0.80 0.95
N1 0.01 0.00 0.02 0.14 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.06 0.01 0.02 0.49 0.51 0.47 0.54
N3 0.01 0.00 0.12 0.20 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.08 0.01 0.10 0.41 0.59 0.54 0.53
O2 0.02 0.00 0.27 0.11 0.01 0.17 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.00 0.33 0.20 0.01 0.27 0.16 0.26 0.37 0.19
O2' 0.01 0.15 0.00 0.02 0.23 0.19 0.36 0.08 0.36 0.14 0.14 0.33 0.00 0.04 0.23 0.12 0.48 0.20 0.53 0.45
O3' 0.18 0.11 0.02 0.01 0.09 0.02 0.11 0.15 0.08 0.06 0.08 0.20 0.04 0.00 0.11 0.11 0.30 0.35 0.43 0.26
O4 0.01 0.01 0.04 0.25 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.11 0.00 0.02 0.66 0.93 0.80 0.86
O4' 0.00 0.15 0.01 0.02 0.03 0.00 0.14 0.01 0.18 0.02 0.10 0.27 0.12 0.11 0.02 0.00 0.15 0.22 0.24 0.15
O5' 0.32 0.30 0.44 0.34 0.64 0.02 0.86 0.01 0.85 0.49 0.41 0.16 0.48 0.30 0.66 0.15 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.28 0.41 0.22 0.17 0.86 0.15 1.02 0.12 0.87 0.51 0.59 0.26 0.20 0.35 0.93 0.22 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.30 0.41 0.45 0.43 0.75 0.18 0.92 0.24 0.80 0.47 0.54 0.37 0.53 0.43 0.80 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.32 0.37 0.40 0.26 0.82 0.02 1.05 0.02 0.95 0.54 0.53 0.19 0.45 0.26 0.86 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00