ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52212

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 2, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.009, 0.020, 0.032, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.006, 0.020, 0.033, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.014, 0.029, 0.044, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.029 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.009, 0.026, 0.043, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.026 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.001, 0.018, 0.035, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.018 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.014, 0.032, 0.049, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.032 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.006, 0.024, 0.043, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.024 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.019, 0.045, 0.072, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.045 std_dev=0.027
N6 A 0, 0.019, 0.048, 0.077, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.048 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.023, 0.058, 0.092, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.058 std_dev=0.035
C2' A 0, 0.055, 0.110, 0.164, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.110 std_dev=0.054
O4' A 0, 0.040, 0.104, 0.168, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.104 std_dev=0.064
C4' A 0, 0.068, 0.142, 0.216, 0.265 max_d=0.265 avg_d=0.142 std_dev=0.074
C3' A 0, 0.071, 0.149, 0.227, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.149 std_dev=0.078
O2' A 0, 0.094, 0.176, 0.257, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.176 std_dev=0.081
O3' A 0, 0.139, 0.250, 0.361, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.250 std_dev=0.111
C5' A 0, 0.125, 0.241, 0.358, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.241 std_dev=0.117
O3' B 0, 0.191, 0.327, 0.463, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.327 std_dev=0.136
P A 0, 0.187, 0.351, 0.515, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.351 std_dev=0.164
O2' B 0, 0.086, 0.276, 0.466, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.276 std_dev=0.190
OP2 A 0, 0.198, 0.400, 0.602, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.400 std_dev=0.202
C4' B 0, 0.180, 0.390, 0.601, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.390 std_dev=0.211
C3' B 0, 0.133, 0.346, 0.559, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.346 std_dev=0.213
O5' A 0, 0.220, 0.444, 0.669, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.444 std_dev=0.225
OP1 A 0, 0.262, 0.488, 0.713, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.488 std_dev=0.226
C2' B 0, 0.061, 0.314, 0.567, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.314 std_dev=0.253
C5' B 0, 0.246, 0.522, 0.797, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.522 std_dev=0.276
O4' B 0, 0.200, 0.495, 0.790, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.495 std_dev=0.295
O5' B 0, 0.211, 0.524, 0.837, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.524 std_dev=0.313
C1' B 0, 0.109, 0.437, 0.765, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.437 std_dev=0.328
OP1 B 0, 0.350, 0.696, 1.043, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.696 std_dev=0.346
P B 0, 0.269, 0.630, 0.991, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.630 std_dev=0.361
C6 B 0, 0.188, 0.582, 0.976, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.582 std_dev=0.394
N1 B 0, 0.078, 0.487, 0.895, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.487 std_dev=0.408
C5 B 0, 0.194, 0.634, 1.074, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.634 std_dev=0.440
OP2 B 0, 0.247, 0.687, 1.128, 1.607 max_d=1.607 avg_d=0.687 std_dev=0.441
C2 B 0, 0.022, 0.527, 1.033, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.527 std_dev=0.505
C4 B 0, 0.061, 0.591, 1.121, 1.690 max_d=1.690 avg_d=0.591 std_dev=0.530
O2 B 0, 0.056, 0.602, 1.148, 1.686 max_d=1.686 avg_d=0.602 std_dev=0.546
N3 B 0, 0.019, 0.577, 1.134, 1.739 max_d=1.739 avg_d=0.577 std_dev=0.558
O4 B 0, 0.035, 0.630, 1.224, 1.859 max_d=1.859 avg_d=0.630 std_dev=0.594

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.14 0.32 0.17 0.11
C2 0.04 0.00 0.07 0.06 0.02 0.05 0.02 0.08 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.13 0.08 0.07 0.21 0.33 0.17 0.16
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03 0.06 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.24 0.22 0.08
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.21 0.23 0.03
C4 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.04 0.03 0.22 0.32 0.18 0.16
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.26 0.16 0.05
C5 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.03 0.03 0.26 0.30 0.18 0.17
C5' 0.04 0.08 0.04 0.02 0.08 0.01 0.09 0.00 0.09 0.09 0.09 0.07 0.10 0.10 0.07 0.04 0.03 0.02 0.01 0.16 0.15 0.01
C6 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.04 0.04 0.25 0.29 0.18 0.17
C8 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.03 0.04 0.28 0.30 0.19 0.18
N1 0.03 0.00 0.06 0.05 0.02 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.12 0.07 0.05 0.23 0.31 0.17 0.16
N3 0.03 0.01 0.06 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.11 0.07 0.06 0.19 0.33 0.18 0.15
N6 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.08 0.03 0.03 0.26 0.27 0.18 0.17
N7 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.29 0.27 0.20 0.19
N9 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.23 0.33 0.18 0.16
O2' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.07 0.01 0.07 0.04 0.09 0.04 0.12 0.11 0.08 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.08 0.22 0.24 0.08
O3' 0.03 0.08 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.07 0.07 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.05 0.07 0.24 0.24 0.05
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.06 0.03 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.13 0.35 0.12 0.10
O5' 0.14 0.21 0.08 0.08 0.22 0.02 0.26 0.01 0.25 0.28 0.23 0.19 0.26 0.29 0.23 0.08 0.07 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.32 0.33 0.24 0.21 0.32 0.26 0.30 0.16 0.29 0.30 0.31 0.33 0.27 0.27 0.33 0.22 0.24 0.35 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.17 0.22 0.23 0.18 0.16 0.18 0.15 0.18 0.19 0.17 0.18 0.18 0.20 0.18 0.24 0.24 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.16 0.08 0.03 0.16 0.05 0.17 0.01 0.17 0.18 0.16 0.15 0.17 0.19 0.16 0.08 0.05 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.07 0.11 0.06 0.09 0.07 0.17 0.09 0.19 0.11 0.07 0.13 0.18 0.11 0.09 0.13 0.04 0.13 0.08 0.07
C2 0.15 0.12 0.11 0.08 0.13 0.09 0.15 0.13 0.16 0.14 0.11 0.11 0.16 0.14 0.12 0.15 0.07 0.15 0.11 0.10
C2' 0.17 0.07 0.12 0.05 0.11 0.09 0.19 0.06 0.22 0.14 0.07 0.10 0.20 0.09 0.10 0.17 0.07 0.13 0.07 0.08
C3' 0.23 0.08 0.18 0.08 0.16 0.12 0.27 0.07 0.29 0.20 0.09 0.08 0.25 0.06 0.15 0.20 0.11 0.14 0.09 0.11
C4 0.10 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.11 0.15 0.12 0.09 0.08 0.11 0.13 0.15 0.08 0.11 0.07 0.15 0.11 0.10
C4' 0.18 0.06 0.16 0.07 0.13 0.08 0.25 0.05 0.27 0.16 0.06 0.13 0.24 0.05 0.12 0.15 0.08 0.13 0.07 0.08
C5 0.09 0.10 0.08 0.12 0.08 0.13 0.09 0.19 0.10 0.08 0.09 0.13 0.11 0.16 0.09 0.11 0.12 0.16 0.14 0.13
C5' 0.13 0.08 0.13 0.04 0.10 0.04 0.23 0.05 0.24 0.12 0.07 0.19 0.19 0.03 0.10 0.09 0.06 0.11 0.06 0.06
C6 0.09 0.08 0.07 0.11 0.09 0.12 0.10 0.19 0.11 0.08 0.08 0.09 0.11 0.15 0.09 0.11 0.12 0.17 0.15 0.14
C8 0.11 0.18 0.11 0.16 0.11 0.16 0.09 0.22 0.09 0.11 0.16 0.23 0.11 0.19 0.12 0.13 0.13 0.16 0.15 0.13
N1 0.12 0.10 0.09 0.09 0.11 0.10 0.13 0.15 0.13 0.11 0.10 0.09 0.14 0.14 0.11 0.14 0.09 0.16 0.13 0.12
N3 0.15 0.11 0.11 0.08 0.12 0.08 0.15 0.12 0.16 0.13 0.11 0.11 0.16 0.14 0.12 0.15 0.05 0.14 0.09 0.08
N6 0.08 0.09 0.08 0.12 0.10 0.13 0.10 0.21 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.15 0.10 0.11 0.15 0.18 0.17 0.16
N7 0.13 0.17 0.12 0.17 0.13 0.19 0.11 0.26 0.11 0.13 0.16 0.21 0.10 0.19 0.14 0.15 0.16 0.18 0.18 0.16
N9 0.09 0.10 0.08 0.10 0.07 0.10 0.10 0.15 0.12 0.08 0.09 0.16 0.14 0.15 0.07 0.11 0.07 0.15 0.11 0.09
O2' 0.21 0.10 0.13 0.07 0.14 0.13 0.21 0.09 0.23 0.18 0.10 0.08 0.17 0.10 0.13 0.22 0.11 0.15 0.10 0.11
O3' 0.25 0.13 0.19 0.09 0.21 0.12 0.30 0.07 0.32 0.24 0.13 0.07 0.24 0.07 0.19 0.22 0.11 0.13 0.09 0.10
O4' 0.17 0.09 0.15 0.09 0.12 0.10 0.22 0.10 0.24 0.15 0.08 0.14 0.23 0.09 0.12 0.15 0.08 0.15 0.10 0.10
O5' 0.24 0.23 0.26 0.12 0.27 0.07 0.34 0.04 0.35 0.26 0.23 0.26 0.27 0.01 0.28 0.16 0.09 0.14 0.08 0.08
OP1 0.09 0.19 0.05 0.12 0.21 0.14 0.26 0.25 0.23 0.15 0.20 0.25 0.09 0.01 0.21 0.14 0.26 0.29 0.33 0.29
OP2 0.09 0.22 0.12 0.04 0.11 0.06 0.22 0.13 0.21 0.10 0.18 0.35 0.16 0.01 0.11 0.06 0.16 0.25 0.20 0.21
P 0.03 0.12 0.05 0.02 0.08 0.04 0.19 0.09 0.20 0.05 0.08 0.22 0.08 0.01 0.08 0.03 0.06 0.11 0.07 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.08 0.11 0.11 0.08
C2 0.01 0.00 0.11 0.07 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.11 0.03 0.05 0.10 0.13 0.12 0.09
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.08 0.19 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.10 0.05 0.04
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.06 0.01 0.14 0.02 0.15 0.03 0.03 0.14 0.01 0.01 0.06 0.01 0.04 0.10 0.04 0.05
C4 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.06 0.01 0.02 0.12 0.14 0.12 0.12
C4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.08 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.07 0.00 0.02 0.08 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.08 0.14 0.01 0.09 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.16 0.01 0.03 0.14 0.16 0.12 0.13
C5' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.14 0.01 0.15 0.00 0.13 0.07 0.10 0.05 0.03 0.03 0.15 0.01 0.00 0.10 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.11 0.15 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.17 0.01 0.04 0.12 0.14 0.10 0.11
N1 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.09 0.12 0.11 0.09
N3 0.01 0.01 0.08 0.03 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.03 0.11 0.07 0.02 0.04 0.10 0.12 0.11 0.10
O2 0.02 0.01 0.19 0.14 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.22 0.21 0.05 0.08 0.10 0.13 0.13 0.09
O2' 0.02 0.13 0.01 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.07 0.03 0.11 0.22 0.00 0.02 0.05 0.04 0.03 0.10 0.04 0.04
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.06 0.02 0.16 0.03 0.17 0.03 0.07 0.21 0.02 0.00 0.07 0.02 0.10 0.15 0.10 0.11
O4 0.02 0.03 0.03 0.06 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.02 0.05 0.05 0.07 0.00 0.02 0.13 0.15 0.14 0.14
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.08 0.04 0.02 0.02 0.00 0.12 0.13 0.14 0.12
O5' 0.08 0.10 0.03 0.04 0.12 0.02 0.14 0.00 0.12 0.09 0.10 0.10 0.03 0.10 0.13 0.12 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.11 0.13 0.10 0.10 0.14 0.08 0.16 0.10 0.14 0.12 0.12 0.13 0.10 0.15 0.15 0.13 0.03 0.00 0.03 0.02
OP2 0.11 0.12 0.05 0.04 0.12 0.04 0.12 0.01 0.10 0.11 0.11 0.13 0.04 0.10 0.14 0.14 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.08 0.09 0.04 0.05 0.12 0.02 0.13 0.01 0.11 0.09 0.10 0.09 0.04 0.11 0.14 0.12 0.01 0.02 0.01 0.00