ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52213

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.014, 0.031, 0.048, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.031 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.010, 0.027, 0.044, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.027 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.007, 0.029, 0.051, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.029 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.004, 0.026, 0.049, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.026 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.004, 0.027, 0.051, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.027 std_dev=0.024
N6 A 0, 0.009, 0.035, 0.062, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.035 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.019, 0.049, 0.080, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.049 std_dev=0.030
C1' A 0, 0.003, 0.034, 0.065, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.034 std_dev=0.031
N7 A 0, 0.020, 0.052, 0.084, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.052 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.018, 0.058, 0.098, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.058 std_dev=0.040
O4' A 0, 0.114, 0.245, 0.376, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.245 std_dev=0.131
C2' A 0, 0.134, 0.303, 0.472, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.303 std_dev=0.169
C4' A 0, 0.189, 0.429, 0.670, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.429 std_dev=0.240
C1' B 0, 0.280, 0.531, 0.783, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.531 std_dev=0.251
N1 B 0, 0.213, 0.468, 0.723, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.468 std_dev=0.255
C3' A 0, 0.178, 0.462, 0.746, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.462 std_dev=0.284
O2' A 0, 0.200, 0.490, 0.780, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.490 std_dev=0.290
C2 B 0, 0.115, 0.408, 0.700, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.408 std_dev=0.292
O2 B 0, 0.143, 0.453, 0.763, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.453 std_dev=0.310
C2' B 0, 0.179, 0.517, 0.855, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.517 std_dev=0.338
N3 B 0, 0.296, 0.658, 1.020, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.658 std_dev=0.362
C6 B 0, 0.333, 0.717, 1.101, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.717 std_dev=0.384
C5' A 0, 0.328, 0.728, 1.128, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.728 std_dev=0.400
O4' B 0, 0.432, 0.847, 1.263, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.847 std_dev=0.415
C3' B 0, 0.343, 0.759, 1.175, 1.531 max_d=1.531 avg_d=0.759 std_dev=0.416
O2' B 0, 0.190, 0.608, 1.026, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.608 std_dev=0.418
C4' B 0, 0.501, 0.952, 1.404, 1.568 max_d=1.568 avg_d=0.952 std_dev=0.451
C4 B 0, 0.389, 0.841, 1.293, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.841 std_dev=0.452
O3' A 0, 0.243, 0.704, 1.165, 1.531 max_d=1.531 avg_d=0.704 std_dev=0.461
C5 B 0, 0.392, 0.865, 1.339, 1.652 max_d=1.652 avg_d=0.865 std_dev=0.473
P A 0, 0.257, 0.819, 1.381, 2.115 max_d=2.115 avg_d=0.819 std_dev=0.562
O4 B 0, 0.527, 1.092, 1.658, 2.059 max_d=2.059 avg_d=1.092 std_dev=0.566
C5' B 0, 0.706, 1.328, 1.950, 2.257 max_d=2.257 avg_d=1.328 std_dev=0.622
O3' B 0, 0.289, 0.914, 1.538, 2.020 max_d=2.020 avg_d=0.914 std_dev=0.625
O5' A 0, 0.267, 0.927, 1.587, 2.132 max_d=2.132 avg_d=0.927 std_dev=0.660
O5' B 0, 0.690, 1.525, 2.361, 3.206 max_d=3.206 avg_d=1.525 std_dev=0.836
P B 0, 0.866, 1.756, 2.645, 3.603 max_d=3.603 avg_d=1.756 std_dev=0.890
OP2 B 0, 1.033, 1.935, 2.837, 3.647 max_d=3.647 avg_d=1.935 std_dev=0.902
OP1 A 0, -0.033, 0.876, 1.784, 3.328 max_d=3.328 avg_d=0.876 std_dev=0.909
OP1 B 0, 1.019, 1.949, 2.879, 3.750 max_d=3.750 avg_d=1.949 std_dev=0.930
OP2 A 0, 0.088, 1.114, 2.139, 3.816 max_d=3.816 avg_d=1.114 std_dev=1.026

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.13 0.16 0.60 0.31
C2 0.06 0.00 0.16 0.16 0.01 0.08 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.25 0.21 0.04 0.33 0.16 0.85 0.37
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.08 0.02 0.04 0.01 0.07 0.08 0.12 0.17 0.05 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.21 0.13 0.53 0.28
C3' 0.02 0.16 0.00 0.00 0.09 0.01 0.10 0.01 0.10 0.18 0.12 0.16 0.12 0.16 0.08 0.01 0.01 0.01 0.29 0.33 0.39 0.27
C4 0.03 0.01 0.08 0.09 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.09 0.03 0.33 0.17 0.84 0.36
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.07 0.14 0.06 0.09 0.10 0.13 0.05 0.08 0.04 0.00 0.02 0.13 0.24 0.13
C5 0.02 0.01 0.04 0.10 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.09 0.04 0.43 0.19 0.92 0.36
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.15 0.21 0.10 0.06 0.20 0.23 0.09 0.08 0.05 0.02 0.01 0.29 0.17 0.02
C6 0.03 0.01 0.07 0.10 0.01 0.07 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.15 0.10 0.04 0.45 0.19 0.95 0.37
C8 0.02 0.01 0.08 0.18 0.00 0.14 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.18 0.07 0.42 0.20 0.87 0.35
N1 0.05 0.00 0.12 0.12 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.14 0.04 0.39 0.17 0.92 0.37
N3 0.06 0.00 0.17 0.16 0.01 0.09 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.23 0.21 0.05 0.28 0.17 0.80 0.37
N6 0.03 0.01 0.05 0.12 0.01 0.10 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.13 0.12 0.05 0.50 0.21 1.00 0.39
N7 0.02 0.01 0.06 0.16 0.00 0.13 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.17 0.06 0.49 0.21 0.95 0.36
N9 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.05 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.07 0.03 0.29 0.18 0.78 0.35
O2' 0.02 0.25 0.01 0.01 0.13 0.08 0.10 0.08 0.15 0.04 0.21 0.23 0.13 0.06 0.04 0.00 0.05 0.06 0.07 0.15 0.40 0.18
O3' 0.03 0.21 0.03 0.01 0.09 0.04 0.09 0.05 0.10 0.18 0.14 0.21 0.12 0.17 0.07 0.05 0.00 0.03 0.26 0.52 0.31 0.27
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.07 0.04 0.05 0.05 0.06 0.03 0.06 0.03 0.00 0.10 0.25 0.49 0.32
O5' 0.13 0.33 0.21 0.29 0.33 0.02 0.43 0.01 0.45 0.42 0.39 0.28 0.50 0.49 0.29 0.07 0.26 0.10 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.16 0.16 0.13 0.33 0.17 0.13 0.19 0.29 0.19 0.20 0.17 0.17 0.21 0.21 0.18 0.15 0.52 0.25 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.60 0.85 0.53 0.39 0.84 0.24 0.92 0.17 0.95 0.87 0.92 0.80 1.00 0.95 0.78 0.40 0.31 0.49 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.31 0.37 0.28 0.27 0.36 0.13 0.36 0.02 0.37 0.35 0.37 0.37 0.39 0.36 0.35 0.18 0.27 0.32 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.15 0.22 0.42 0.30 0.34 0.36 0.44 0.33 0.19 0.22 0.29 0.27 0.58 0.35 0.22 0.32 0.33 0.58 0.38
C2 0.06 0.19 0.16 0.33 0.47 0.23 0.51 0.36 0.38 0.17 0.32 0.33 0.21 0.46 0.58 0.11 0.55 0.60 0.84 0.65
C2' 0.17 0.18 0.14 0.31 0.34 0.26 0.39 0.39 0.34 0.19 0.26 0.30 0.32 0.47 0.42 0.16 0.40 0.41 0.58 0.42
C3' 0.25 0.22 0.22 0.17 0.36 0.17 0.45 0.30 0.40 0.25 0.27 0.33 0.44 0.35 0.43 0.14 0.39 0.46 0.50 0.39
C4 0.08 0.21 0.15 0.35 0.40 0.26 0.45 0.39 0.36 0.18 0.31 0.37 0.20 0.47 0.48 0.13 0.51 0.51 0.75 0.58
C4' 0.26 0.23 0.21 0.19 0.31 0.21 0.38 0.30 0.36 0.25 0.25 0.35 0.44 0.39 0.35 0.19 0.18 0.31 0.38 0.19
C5 0.12 0.24 0.12 0.27 0.44 0.23 0.50 0.37 0.40 0.21 0.34 0.39 0.21 0.36 0.52 0.19 0.61 0.61 0.82 0.67
C5' 0.39 0.35 0.39 0.11 0.36 0.18 0.43 0.21 0.43 0.36 0.34 0.45 0.60 0.22 0.39 0.25 0.21 0.39 0.31 0.19
C6 0.13 0.23 0.12 0.24 0.48 0.23 0.55 0.36 0.43 0.22 0.35 0.36 0.20 0.33 0.60 0.22 0.67 0.71 0.90 0.76
C8 0.15 0.23 0.14 0.32 0.33 0.27 0.42 0.41 0.38 0.21 0.27 0.38 0.26 0.40 0.38 0.19 0.50 0.46 0.66 0.52
N1 0.09 0.20 0.14 0.28 0.49 0.22 0.54 0.35 0.41 0.20 0.33 0.34 0.20 0.39 0.61 0.17 0.63 0.69 0.90 0.73
N3 0.08 0.19 0.19 0.37 0.43 0.26 0.46 0.39 0.35 0.17 0.31 0.33 0.22 0.52 0.52 0.11 0.49 0.51 0.77 0.57
N6 0.19 0.23 0.14 0.19 0.49 0.25 0.58 0.37 0.46 0.25 0.34 0.35 0.21 0.24 0.64 0.30 0.75 0.82 0.97 0.85
N7 0.18 0.28 0.15 0.24 0.40 0.25 0.48 0.38 0.42 0.24 0.34 0.40 0.24 0.30 0.46 0.24 0.62 0.58 0.77 0.65
N9 0.13 0.19 0.16 0.39 0.34 0.30 0.40 0.43 0.34 0.18 0.26 0.36 0.23 0.51 0.39 0.16 0.44 0.43 0.66 0.49
O2' 0.24 0.16 0.22 0.33 0.32 0.30 0.37 0.38 0.33 0.20 0.25 0.27 0.34 0.47 0.40 0.24 0.28 0.31 0.55 0.33
O3' 0.28 0.22 0.26 0.12 0.37 0.14 0.46 0.24 0.42 0.27 0.27 0.32 0.48 0.25 0.45 0.17 0.41 0.55 0.52 0.42
O4' 0.22 0.18 0.19 0.40 0.26 0.33 0.34 0.43 0.33 0.20 0.21 0.32 0.34 0.60 0.30 0.22 0.24 0.29 0.49 0.28
O5' 0.52 0.44 0.58 0.25 0.56 0.21 0.63 0.15 0.60 0.49 0.48 0.44 0.79 0.01 0.61 0.37 0.33 0.40 0.38 0.27
OP1 0.71 0.53 0.52 0.30 0.54 0.73 0.60 0.71 0.60 0.58 0.50 0.59 0.77 0.01 0.56 0.84 0.55 0.70 0.65 0.58
OP2 0.26 0.70 0.25 0.29 0.96 0.21 0.90 0.42 0.73 0.58 0.87 0.66 0.23 0.01 1.07 0.21 0.52 0.55 0.66 0.53
P 0.20 0.22 0.24 0.03 0.40 0.28 0.43 0.32 0.35 0.17 0.32 0.29 0.49 0.01 0.48 0.26 0.18 0.43 0.34 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.06 0.02 0.02 0.03 0.00 0.14 0.24 0.45 0.30
C2 0.03 0.00 0.16 0.22 0.01 0.09 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00 0.15 0.23 0.02 0.03 0.28 0.29 0.57 0.37
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.07 0.02 0.13 0.02 0.14 0.03 0.12 0.30 0.00 0.02 0.10 0.01 0.21 0.25 0.33 0.20
C3' 0.02 0.22 0.00 0.00 0.20 0.00 0.23 0.01 0.22 0.12 0.22 0.31 0.03 0.01 0.23 0.02 0.31 0.34 0.26 0.21
C4 0.02 0.01 0.07 0.20 0.00 0.13 0.01 0.27 0.01 0.02 0.00 0.01 0.09 0.23 0.01 0.02 0.33 0.35 0.59 0.39
C4' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.13 0.00 0.15 0.00 0.14 0.07 0.10 0.11 0.11 0.03 0.14 0.00 0.01 0.21 0.31 0.11
C5 0.01 0.01 0.13 0.23 0.01 0.15 0.00 0.30 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.26 0.01 0.03 0.30 0.35 0.58 0.39
C5' 0.04 0.17 0.02 0.01 0.27 0.00 0.30 0.00 0.26 0.16 0.22 0.15 0.10 0.04 0.29 0.02 0.01 0.21 0.34 0.02
C6 0.02 0.00 0.14 0.22 0.01 0.14 0.00 0.26 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.23 0.01 0.04 0.26 0.30 0.56 0.38
N1 0.01 0.01 0.03 0.12 0.02 0.07 0.01 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.10 0.02 0.01 0.24 0.27 0.54 0.36
N3 0.03 0.01 0.12 0.22 0.00 0.10 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.24 0.01 0.03 0.32 0.32 0.59 0.39
O2 0.06 0.00 0.30 0.31 0.01 0.11 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.27 0.35 0.02 0.06 0.27 0.28 0.56 0.35
O2' 0.02 0.15 0.00 0.03 0.09 0.11 0.10 0.10 0.10 0.04 0.13 0.27 0.00 0.06 0.11 0.12 0.04 0.26 0.31 0.13
O3' 0.02 0.23 0.02 0.01 0.23 0.03 0.26 0.04 0.23 0.10 0.24 0.35 0.06 0.00 0.28 0.03 0.30 0.50 0.28 0.28
O4 0.03 0.02 0.10 0.23 0.01 0.14 0.01 0.29 0.01 0.02 0.01 0.02 0.11 0.28 0.00 0.03 0.34 0.37 0.57 0.38
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.06 0.12 0.03 0.03 0.00 0.17 0.30 0.44 0.32
O5' 0.14 0.28 0.21 0.31 0.33 0.01 0.30 0.01 0.26 0.24 0.32 0.27 0.04 0.30 0.34 0.17 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.24 0.29 0.25 0.34 0.35 0.21 0.35 0.21 0.30 0.27 0.32 0.28 0.26 0.50 0.37 0.30 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.45 0.57 0.33 0.26 0.59 0.31 0.58 0.34 0.56 0.54 0.59 0.56 0.31 0.28 0.57 0.44 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.30 0.37 0.20 0.21 0.39 0.11 0.39 0.02 0.38 0.36 0.39 0.35 0.13 0.28 0.38 0.32 0.00 0.00 0.00 0.00