ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52214

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 2, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.007, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.007 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.009, 0.015, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.014, 0.025, 0.036, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.025 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.014, 0.026, 0.037, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.026 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.012, 0.025, 0.037, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C2' A 0, 0.031, 0.091, 0.151, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.091 std_dev=0.060
O4' A 0, 0.022, 0.083, 0.144, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.083 std_dev=0.061
O2' A 0, 0.039, 0.127, 0.216, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.127 std_dev=0.088
C4' A 0, 0.053, 0.161, 0.268, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.161 std_dev=0.108
C3' A 0, 0.059, 0.169, 0.280, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.169 std_dev=0.111
C5' A 0, 0.110, 0.264, 0.418, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.264 std_dev=0.154
O3' A 0, 0.096, 0.258, 0.420, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.258 std_dev=0.162
O5' A 0, 0.219, 0.408, 0.596, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.408 std_dev=0.189
P A 0, 0.409, 0.723, 1.037, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.723 std_dev=0.314
O2' B 0, 0.431, 0.753, 1.075, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.753 std_dev=0.322
O3' B 0, 0.558, 0.895, 1.232, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.895 std_dev=0.337
OP1 A 0, 0.328, 0.703, 1.079, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.703 std_dev=0.375
OP2 A 0, 0.600, 0.991, 1.382, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.991 std_dev=0.391
C2' B 0, 0.627, 1.027, 1.426, 1.391 max_d=1.391 avg_d=1.027 std_dev=0.399
C3' B 0, 0.728, 1.172, 1.615, 1.622 max_d=1.622 avg_d=1.172 std_dev=0.444
C1' B 0, 0.840, 1.366, 1.891, 1.846 max_d=1.846 avg_d=1.366 std_dev=0.526
C4' B 0, 0.867, 1.416, 1.965, 1.931 max_d=1.931 avg_d=1.416 std_dev=0.549
O4' B 0, 0.978, 1.595, 2.212, 2.131 max_d=2.131 avg_d=1.595 std_dev=0.617
N1 B 0, 0.970, 1.589, 2.208, 2.174 max_d=2.174 avg_d=1.589 std_dev=0.619
O2 B 0, 0.969, 1.605, 2.242, 2.205 max_d=2.205 avg_d=1.605 std_dev=0.637
C5' B 0, 0.953, 1.599, 2.245, 2.200 max_d=2.200 avg_d=1.599 std_dev=0.646
OP1 B 0, 0.885, 1.552, 2.218, 2.161 max_d=2.161 avg_d=1.552 std_dev=0.666
C6 B 0, 1.023, 1.693, 2.362, 2.335 max_d=2.335 avg_d=1.693 std_dev=0.669
C2 B 0, 1.037, 1.716, 2.394, 2.371 max_d=2.371 avg_d=1.716 std_dev=0.678
O5' B 0, 0.995, 1.695, 2.396, 2.383 max_d=2.383 avg_d=1.695 std_dev=0.701
P B 0, 1.010, 1.750, 2.490, 2.432 max_d=2.432 avg_d=1.750 std_dev=0.740
C5 B 0, 1.155, 1.936, 2.718, 2.698 max_d=2.698 avg_d=1.936 std_dev=0.781
OP2 B 0, 1.054, 1.853, 2.653, 2.597 max_d=2.597 avg_d=1.853 std_dev=0.800
N3 B 0, 1.202, 2.007, 2.813, 2.796 max_d=2.796 avg_d=2.007 std_dev=0.805
C4 B 0, 1.271, 2.137, 3.003, 2.986 max_d=2.986 avg_d=2.137 std_dev=0.866
O4 B 0, 1.467, 2.486, 3.504, 3.462 max_d=3.462 avg_d=2.486 std_dev=1.018

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.09 0.10 0.07
C2 0.02 0.00 0.07 0.09 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.11 0.03 0.14 0.11 0.15 0.11
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.06 0.07 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.12 0.06
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.02 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.07 0.04 0.10 0.07
C4 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.15 0.11 0.13 0.10
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.07 0.06 0.04 0.08 0.07 0.04 0.05 0.01 0.00 0.01 0.08 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.02 0.18 0.13 0.15 0.12
C5' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.08 0.01 0.11 0.00 0.11 0.11 0.10 0.07 0.13 0.12 0.07 0.05 0.03 0.01 0.01 0.08 0.04 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.08 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.10 0.02 0.18 0.14 0.16 0.13
C8 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.19 0.13 0.11 0.11
N1 0.02 0.00 0.06 0.09 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.11 0.03 0.16 0.12 0.16 0.12
N3 0.03 0.00 0.07 0.09 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.03 0.13 0.10 0.14 0.09
N6 0.02 0.01 0.04 0.09 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.10 0.02 0.19 0.16 0.18 0.15
N7 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.08 0.01 0.20 0.14 0.14 0.13
N9 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.14 0.11 0.11 0.08
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.02 0.08 0.08 0.05 0.03 0.02 0.00 0.04 0.06 0.03 0.06 0.10 0.05
O3' 0.02 0.11 0.03 0.01 0.07 0.01 0.08 0.03 0.10 0.08 0.11 0.10 0.10 0.08 0.05 0.04 0.00 0.01 0.11 0.08 0.10 0.09
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.10 0.12 0.10 0.09
O5' 0.08 0.14 0.04 0.07 0.15 0.01 0.18 0.01 0.18 0.19 0.16 0.13 0.19 0.20 0.14 0.03 0.11 0.10 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.09 0.11 0.03 0.04 0.11 0.08 0.13 0.08 0.14 0.13 0.12 0.10 0.16 0.14 0.11 0.06 0.08 0.12 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.10 0.15 0.12 0.10 0.13 0.03 0.15 0.04 0.16 0.11 0.16 0.14 0.18 0.14 0.11 0.10 0.10 0.10 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.07 0.11 0.06 0.07 0.10 0.02 0.12 0.02 0.13 0.11 0.12 0.09 0.15 0.13 0.08 0.05 0.09 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.24 0.20 0.16 0.22 0.21 0.19 0.24 0.18 0.19 0.25 0.27 0.21 0.13 0.25 0.20 0.23 0.21 0.23 0.22
C2 0.20 0.21 0.17 0.15 0.22 0.23 0.19 0.25 0.18 0.18 0.24 0.23 0.19 0.13 0.26 0.22 0.23 0.19 0.22 0.22
C2' 0.18 0.25 0.19 0.15 0.25 0.19 0.20 0.20 0.18 0.19 0.28 0.28 0.19 0.13 0.28 0.18 0.19 0.16 0.19 0.17
C3' 0.16 0.23 0.17 0.14 0.24 0.17 0.20 0.18 0.19 0.18 0.25 0.24 0.17 0.14 0.27 0.17 0.15 0.13 0.17 0.13
C4 0.18 0.22 0.18 0.15 0.22 0.22 0.18 0.24 0.18 0.18 0.24 0.25 0.19 0.12 0.25 0.20 0.23 0.19 0.22 0.21
C4' 0.16 0.20 0.16 0.13 0.19 0.17 0.17 0.18 0.16 0.16 0.21 0.22 0.18 0.12 0.21 0.16 0.18 0.15 0.19 0.16
C5 0.18 0.21 0.17 0.15 0.21 0.23 0.18 0.24 0.17 0.17 0.23 0.23 0.19 0.14 0.24 0.20 0.22 0.18 0.21 0.21
C5' 0.14 0.16 0.13 0.11 0.17 0.16 0.16 0.17 0.16 0.14 0.18 0.18 0.15 0.12 0.18 0.15 0.14 0.13 0.18 0.13
C6 0.20 0.20 0.17 0.16 0.22 0.24 0.18 0.25 0.18 0.18 0.23 0.22 0.20 0.15 0.25 0.22 0.22 0.18 0.21 0.21
C8 0.17 0.22 0.18 0.15 0.21 0.20 0.17 0.22 0.17 0.17 0.24 0.26 0.18 0.13 0.23 0.18 0.22 0.17 0.21 0.20
N1 0.20 0.21 0.17 0.16 0.22 0.24 0.19 0.25 0.19 0.18 0.24 0.22 0.20 0.14 0.26 0.22 0.22 0.19 0.21 0.21
N3 0.19 0.22 0.18 0.15 0.22 0.23 0.18 0.25 0.18 0.18 0.25 0.24 0.19 0.12 0.26 0.21 0.23 0.20 0.22 0.22
N6 0.21 0.19 0.17 0.18 0.21 0.25 0.18 0.25 0.19 0.18 0.22 0.20 0.23 0.17 0.25 0.23 0.22 0.18 0.21 0.21
N7 0.17 0.21 0.17 0.15 0.21 0.22 0.17 0.23 0.17 0.17 0.23 0.24 0.18 0.15 0.23 0.19 0.21 0.17 0.21 0.20
N9 0.18 0.22 0.18 0.15 0.22 0.21 0.18 0.23 0.17 0.18 0.24 0.26 0.19 0.12 0.24 0.19 0.22 0.19 0.22 0.21
O2' 0.17 0.23 0.18 0.15 0.22 0.20 0.18 0.24 0.17 0.18 0.26 0.27 0.19 0.13 0.25 0.19 0.24 0.22 0.23 0.23
O3' 0.15 0.21 0.15 0.14 0.23 0.17 0.20 0.17 0.18 0.17 0.24 0.22 0.15 0.14 0.26 0.16 0.12 0.12 0.15 0.11
O4' 0.20 0.25 0.21 0.17 0.23 0.21 0.19 0.23 0.19 0.20 0.25 0.28 0.23 0.15 0.24 0.20 0.24 0.22 0.25 0.23
O5' 0.02 0.12 0.04 0.01 0.14 0.02 0.11 0.06 0.08 0.06 0.15 0.16 0.08 0.01 0.17 0.01 0.10 0.09 0.13 0.08
OP1 0.04 0.15 0.04 0.02 0.19 0.09 0.16 0.13 0.12 0.10 0.18 0.15 0.04 0.01 0.21 0.06 0.13 0.17 0.15 0.12
OP2 0.06 0.15 0.08 0.03 0.17 0.03 0.12 0.08 0.10 0.09 0.18 0.18 0.13 0.01 0.20 0.03 0.11 0.18 0.13 0.14
P 0.03 0.13 0.04 0.01 0.15 0.03 0.12 0.06 0.10 0.08 0.16 0.15 0.06 0.00 0.17 0.02 0.08 0.11 0.11 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.06 0.09 0.05 0.04
C2 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.10 0.02 0.01 0.09 0.11 0.05 0.07
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.10 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.08 0.06 0.03
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.08 0.00 0.07 0.01 0.07 0.04 0.09 0.10 0.02 0.01 0.09 0.02 0.04 0.08 0.07 0.04
C4 0.02 0.01 0.03 0.08 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.10 0.01 0.03 0.10 0.09 0.06 0.07
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.05 0.02 0.04 0.00 0.02 0.09 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.03 0.10 0.09 0.08 0.07
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.04 0.04 0.06 0.06 0.05 0.04 0.05 0.02 0.00 0.09 0.01 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.03 0.10 0.10 0.08 0.07
N1 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.08 0.10 0.05 0.06
N3 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.11 0.02 0.02 0.09 0.11 0.06 0.07
O2 0.02 0.00 0.10 0.10 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.13 0.03 0.02 0.08 0.12 0.05 0.07
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.05 0.02 0.05 0.03 0.01 0.03 0.08 0.00 0.04 0.03 0.03 0.03 0.10 0.05 0.03
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.10 0.02 0.08 0.04 0.07 0.05 0.11 0.13 0.04 0.00 0.11 0.01 0.08 0.09 0.10 0.06
O4 0.02 0.02 0.04 0.09 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.11 0.00 0.03 0.09 0.09 0.06 0.06
O4' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.08 0.10 0.07 0.06
O5' 0.06 0.09 0.02 0.04 0.10 0.02 0.10 0.00 0.10 0.08 0.09 0.08 0.03 0.08 0.09 0.08 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.09 0.11 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.11 0.12 0.10 0.09 0.09 0.10 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.05 0.06 0.07 0.06 0.03 0.08 0.01 0.08 0.05 0.06 0.05 0.05 0.10 0.06 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.07 0.03 0.04 0.07 0.02 0.07 0.02 0.07 0.06 0.07 0.07 0.03 0.06 0.06 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00