ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52215

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.016, 0.027, 0.038, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.027 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.013, 0.025, 0.036, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.025 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.014, 0.029, 0.044, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.001, 0.018, 0.036, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.028, 0.048, 0.069, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.048 std_dev=0.020
N3 A 0, -0.002, 0.018, 0.038, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.018 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.031, 0.055, 0.080, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.055 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.003, 0.028, 0.053, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.028 std_dev=0.025
N9 A 0, 0.032, 0.060, 0.088, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.060 std_dev=0.028
N6 A 0, -0.005, 0.037, 0.078, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.037 std_dev=0.042
C2' B 0, 0.221, 0.609, 0.998, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.609 std_dev=0.389
C1' B 0, 0.070, 0.493, 0.916, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.493 std_dev=0.423
O4' A 0, 0.280, 0.761, 1.242, 1.748 max_d=1.748 avg_d=0.761 std_dev=0.481
C2' A 0, 0.275, 0.817, 1.359, 1.889 max_d=1.889 avg_d=0.817 std_dev=0.542
O2' B 0, 0.546, 1.119, 1.693, 1.843 max_d=1.843 avg_d=1.119 std_dev=0.573
C3' B 0, 0.448, 1.046, 1.645, 1.993 max_d=1.993 avg_d=1.046 std_dev=0.598
C3' A 0, 0.366, 0.997, 1.627, 2.005 max_d=2.005 avg_d=0.997 std_dev=0.630
C4' A 0, 0.421, 1.073, 1.724, 2.183 max_d=2.183 avg_d=1.073 std_dev=0.651
O3' B 0, 0.906, 1.632, 2.358, 2.216 max_d=2.216 avg_d=1.632 std_dev=0.726
N1 B 0, 0.429, 1.190, 1.952, 2.349 max_d=2.349 avg_d=1.190 std_dev=0.762
O3' A 0, 0.160, 0.940, 1.720, 2.046 max_d=2.046 avg_d=0.940 std_dev=0.780
O4' B 0, 0.315, 1.197, 2.078, 2.533 max_d=2.533 avg_d=1.197 std_dev=0.881
O2' A 0, 0.411, 1.329, 2.246, 3.078 max_d=3.078 avg_d=1.329 std_dev=0.917
C5' A 0, 0.677, 1.689, 2.701, 3.658 max_d=3.658 avg_d=1.689 std_dev=1.012
O5' A 0, 0.510, 1.541, 2.571, 3.746 max_d=3.746 avg_d=1.541 std_dev=1.030
C2 B 0, 0.725, 1.826, 2.926, 3.719 max_d=3.719 avg_d=1.826 std_dev=1.100
C4' B 0, 0.264, 1.382, 2.500, 3.293 max_d=3.293 avg_d=1.382 std_dev=1.118
P A 0, 0.797, 2.109, 3.420, 4.005 max_d=4.005 avg_d=2.109 std_dev=1.312
C6 B 0, 0.354, 1.812, 3.269, 3.984 max_d=3.984 avg_d=1.812 std_dev=1.457
O2 B 0, 0.535, 2.008, 3.482, 4.754 max_d=4.754 avg_d=2.008 std_dev=1.474
OP2 A 0, 1.190, 2.762, 4.333, 4.833 max_d=4.833 avg_d=2.762 std_dev=1.572
N3 B 0, 1.024, 2.672, 4.319, 5.340 max_d=5.340 avg_d=2.672 std_dev=1.648
C5' B 0, 0.584, 2.316, 4.048, 5.481 max_d=5.481 avg_d=2.316 std_dev=1.732
C5 B 0, 0.661, 2.654, 4.648, 5.252 max_d=5.252 avg_d=2.654 std_dev=1.993
C4 B 0, 1.027, 3.054, 5.081, 5.917 max_d=5.917 avg_d=3.054 std_dev=2.027
OP1 A 0, 1.477, 3.520, 5.564, 6.049 max_d=6.049 avg_d=3.520 std_dev=2.043
O5' B 0, 0.545, 2.883, 5.222, 6.745 max_d=6.745 avg_d=2.883 std_dev=2.338
O4 B 0, 1.309, 3.925, 6.540, 7.729 max_d=7.729 avg_d=3.925 std_dev=2.615
P B 0, 1.132, 4.168, 7.204, 8.865 max_d=8.865 avg_d=4.168 std_dev=3.036
OP2 B 0, 1.370, 4.602, 7.834, 9.297 max_d=9.297 avg_d=4.602 std_dev=3.232
OP1 B 0, 1.268, 4.664, 8.060, 10.247 max_d=10.247 avg_d=4.664 std_dev=3.396

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05 0.05 0.01 0.06 0.06 0.05 0.02 0.01 0.06 0.27 0.01 0.38 0.61 0.64 0.25
C2 0.05 0.00 0.30 0.21 0.02 0.07 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.19 0.24 0.12 0.44 0.54 0.80 0.18
C2' 0.01 0.30 0.00 0.01 0.13 0.01 0.05 0.19 0.12 0.19 0.23 0.31 0.07 0.13 0.04 0.01 0.08 0.02 0.68 1.00 1.33 0.88
C3' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.17 0.01 0.21 0.04 0.23 0.25 0.23 0.19 0.26 0.25 0.15 0.05 0.02 0.02 0.35 0.92 0.80 0.58
C4 0.03 0.02 0.13 0.17 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.09 0.18 0.09 0.45 0.49 0.79 0.20
C4' 0.03 0.07 0.01 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.11 0.16 0.09 0.08 0.12 0.15 0.09 0.22 0.05 0.01 0.06 0.56 0.21 0.14
C5 0.03 0.02 0.05 0.21 0.01 0.11 0.00 0.13 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.20 0.12 0.09 0.46 0.45 0.84 0.22
C5' 0.05 0.05 0.19 0.04 0.07 0.01 0.13 0.00 0.12 0.18 0.09 0.04 0.16 0.18 0.09 0.03 0.24 0.03 0.01 0.28 0.39 0.06
C6 0.05 0.02 0.12 0.23 0.03 0.11 0.01 0.12 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.16 0.11 0.10 0.46 0.48 0.86 0.23
C8 0.01 0.02 0.19 0.25 0.01 0.16 0.02 0.18 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.32 0.19 0.13 0.47 0.38 0.76 0.22
N1 0.06 0.01 0.23 0.23 0.02 0.09 0.02 0.09 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.11 0.17 0.11 0.45 0.51 0.84 0.21
N3 0.06 0.01 0.31 0.19 0.01 0.08 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.21 0.26 0.12 0.43 0.54 0.76 0.17
N6 0.05 0.04 0.07 0.26 0.03 0.12 0.02 0.16 0.01 0.04 0.03 0.03 0.00 0.04 0.03 0.22 0.10 0.09 0.44 0.47 0.90 0.26
N7 0.02 0.02 0.13 0.25 0.01 0.15 0.01 0.18 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.33 0.17 0.11 0.47 0.38 0.82 0.24
N9 0.01 0.02 0.04 0.15 0.01 0.09 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.14 0.16 0.07 0.44 0.49 0.73 0.20
O2' 0.06 0.19 0.01 0.05 0.09 0.22 0.20 0.03 0.16 0.32 0.11 0.21 0.22 0.33 0.14 0.00 0.12 0.18 0.49 1.04 1.44 0.86
O3' 0.27 0.24 0.08 0.02 0.18 0.05 0.12 0.24 0.11 0.19 0.17 0.26 0.10 0.17 0.16 0.12 0.00 0.16 0.18 0.75 0.55 0.30
O4' 0.01 0.12 0.02 0.02 0.09 0.01 0.09 0.03 0.10 0.13 0.11 0.12 0.09 0.11 0.07 0.18 0.16 0.00 0.24 0.70 0.16 0.27
O5' 0.38 0.44 0.68 0.35 0.45 0.06 0.46 0.01 0.46 0.47 0.45 0.43 0.44 0.47 0.44 0.49 0.18 0.24 0.00 0.05 0.04 0.01
OP1 0.61 0.54 1.00 0.92 0.49 0.56 0.45 0.28 0.48 0.38 0.51 0.54 0.47 0.38 0.49 1.04 0.75 0.70 0.05 0.00 0.01 0.01
OP2 0.64 0.80 1.33 0.80 0.79 0.21 0.84 0.39 0.86 0.76 0.84 0.76 0.90 0.82 0.73 1.44 0.55 0.16 0.04 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.18 0.88 0.58 0.20 0.14 0.22 0.06 0.23 0.22 0.21 0.17 0.26 0.24 0.20 0.86 0.30 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.42 0.26 0.24 0.61 0.52 0.49 0.60 0.34 0.30 0.58 0.40 0.30 0.42 0.72 0.42 0.32 0.55 0.25 0.34
C2 0.14 0.76 0.23 0.29 1.11 0.67 0.81 0.72 0.50 0.43 1.09 0.77 0.34 0.60 1.36 0.52 0.45 0.50 0.32 0.43
C2' 0.49 0.85 0.66 0.49 1.16 0.21 1.11 0.35 0.93 0.78 1.04 0.71 0.45 0.32 1.28 0.25 0.56 0.99 0.92 0.75
C3' 0.53 0.85 0.53 0.24 0.95 0.19 0.83 0.24 0.69 0.69 0.95 0.87 0.60 0.07 1.04 0.36 0.23 0.83 0.49 0.43
C4 0.16 0.65 0.22 0.27 0.91 0.61 0.67 0.65 0.43 0.38 0.90 0.67 0.32 0.56 1.09 0.48 0.40 0.45 0.28 0.38
C4' 0.45 0.65 0.46 0.40 0.76 0.49 0.66 0.59 0.56 0.56 0.74 0.62 0.48 0.39 0.83 0.48 0.40 0.63 0.25 0.36
C5 0.14 0.78 0.21 0.30 1.02 0.66 0.72 0.70 0.45 0.43 1.05 0.85 0.34 0.60 1.22 0.51 0.45 0.48 0.33 0.46
C5' 0.54 0.87 0.60 0.45 1.02 0.36 0.91 0.45 0.78 0.75 0.99 0.80 0.52 0.29 1.09 0.44 0.37 0.58 0.36 0.32
C6 0.13 0.90 0.21 0.31 1.20 0.71 0.83 0.77 0.51 0.48 1.24 0.98 0.37 0.64 1.45 0.54 0.49 0.56 0.36 0.53
C8 0.18 0.54 0.22 0.28 0.69 0.58 0.51 0.60 0.35 0.32 0.71 0.59 0.32 0.54 0.80 0.47 0.38 0.41 0.28 0.37
N1 0.14 0.87 0.22 0.32 1.22 0.71 0.86 0.77 0.52 0.47 1.23 0.91 0.36 0.64 1.49 0.55 0.49 0.56 0.35 0.51
N3 0.16 0.65 0.23 0.27 0.96 0.62 0.72 0.67 0.45 0.38 0.93 0.64 0.32 0.56 1.17 0.49 0.41 0.47 0.29 0.38
N6 0.13 1.03 0.23 0.32 1.32 0.73 0.89 0.82 0.53 0.54 1.40 1.15 0.40 0.65 1.60 0.56 0.52 0.65 0.41 0.60
N7 0.15 0.73 0.20 0.30 0.89 0.65 0.62 0.69 0.40 0.39 0.95 0.84 0.35 0.59 1.05 0.51 0.44 0.46 0.34 0.46
N9 0.19 0.51 0.24 0.26 0.71 0.57 0.55 0.60 0.37 0.32 0.70 0.52 0.31 0.51 0.84 0.46 0.36 0.44 0.26 0.34
O2' 0.60 1.09 0.77 0.59 1.53 0.32 1.45 0.49 1.19 1.00 1.37 0.90 0.47 0.34 1.70 0.33 0.70 1.12 1.20 0.93
O3' 0.64 1.04 0.61 0.30 1.13 0.36 0.93 0.42 0.77 0.82 1.16 1.08 0.68 0.17 1.24 0.48 0.22 0.83 0.32 0.36
O4' 0.42 0.30 0.35 0.57 0.36 0.79 0.36 0.89 0.36 0.33 0.34 0.29 0.38 0.73 0.39 0.68 0.71 0.73 0.52 0.66
O5' 0.33 0.52 0.38 0.23 0.74 0.13 0.69 0.18 0.56 0.47 0.64 0.47 0.51 0.04 0.82 0.22 0.26 0.29 0.34 0.15
OP1 0.19 0.14 0.19 0.20 0.22 0.18 0.31 0.30 0.25 0.13 0.11 0.29 0.16 0.02 0.27 0.20 0.51 0.79 0.52 0.58
OP2 0.34 0.41 0.49 0.12 0.52 0.20 0.56 0.42 0.46 0.37 0.43 0.52 0.69 0.02 0.59 0.08 0.52 0.39 0.59 0.49
P 0.13 0.08 0.20 0.01 0.32 0.09 0.37 0.12 0.27 0.12 0.17 0.19 0.32 0.01 0.38 0.05 0.32 0.34 0.26 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.11 0.06 0.02 0.01 0.09 0.04 0.09 0.03 0.00 0.26 0.26 0.22 0.13
C2 0.02 0.00 0.07 0.12 0.01 0.07 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.12 0.03 0.07 0.24 0.15 0.26 0.07
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.14 0.02 0.17 0.08 0.16 0.07 0.09 0.13 0.01 0.04 0.14 0.05 0.27 0.39 0.23 0.22
C3' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.25 0.00 0.28 0.03 0.23 0.12 0.18 0.13 0.06 0.00 0.28 0.01 0.24 0.44 0.11 0.21
C4 0.03 0.01 0.14 0.25 0.00 0.20 0.01 0.48 0.02 0.01 0.01 0.02 0.14 0.23 0.01 0.08 0.19 0.16 0.41 0.20
C4' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.20 0.00 0.25 0.01 0.22 0.09 0.12 0.10 0.09 0.04 0.22 0.01 0.03 0.23 0.23 0.04
C5 0.05 0.01 0.17 0.28 0.01 0.25 0.00 0.52 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.27 0.02 0.10 0.19 0.17 0.39 0.20
C5' 0.11 0.28 0.08 0.03 0.48 0.01 0.52 0.00 0.44 0.28 0.38 0.19 0.05 0.09 0.51 0.03 0.01 0.27 0.38 0.06
C6 0.06 0.01 0.16 0.23 0.02 0.22 0.00 0.44 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.21 0.02 0.10 0.22 0.08 0.26 0.09
N1 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.09 0.01 0.28 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.09 0.02 0.05 0.25 0.17 0.23 0.07
N3 0.01 0.01 0.09 0.18 0.01 0.12 0.01 0.38 0.01 0.01 0.00 0.03 0.13 0.16 0.03 0.07 0.21 0.08 0.34 0.12
O2 0.09 0.01 0.13 0.13 0.02 0.10 0.02 0.19 0.02 0.03 0.03 0.00 0.21 0.20 0.04 0.12 0.29 0.24 0.23 0.09
O2' 0.04 0.12 0.01 0.06 0.14 0.09 0.16 0.05 0.15 0.08 0.13 0.21 0.00 0.14 0.14 0.14 0.19 0.33 0.23 0.16
O3' 0.09 0.12 0.04 0.00 0.23 0.04 0.27 0.09 0.21 0.09 0.16 0.20 0.14 0.00 0.27 0.09 0.21 0.50 0.21 0.26
O4 0.03 0.03 0.14 0.28 0.01 0.22 0.02 0.51 0.02 0.02 0.03 0.04 0.14 0.27 0.00 0.09 0.18 0.25 0.48 0.27
O4' 0.00 0.07 0.05 0.01 0.08 0.01 0.10 0.03 0.10 0.05 0.07 0.12 0.14 0.09 0.09 0.00 0.25 0.22 0.23 0.13
O5' 0.26 0.24 0.27 0.24 0.19 0.03 0.19 0.01 0.22 0.25 0.21 0.29 0.19 0.21 0.18 0.25 0.00 0.02 0.05 0.01
OP1 0.26 0.15 0.39 0.44 0.16 0.23 0.17 0.27 0.08 0.17 0.08 0.24 0.33 0.50 0.25 0.22 0.02 0.00 0.04 0.01
OP2 0.22 0.26 0.23 0.11 0.41 0.23 0.39 0.38 0.26 0.23 0.34 0.23 0.23 0.21 0.48 0.23 0.05 0.04 0.00 0.00
P 0.13 0.07 0.22 0.21 0.20 0.04 0.20 0.06 0.09 0.07 0.12 0.09 0.16 0.26 0.27 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00