ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52216

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.008, 0.023, 0.039, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.013, 0.029, 0.044, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.023, 0.042, 0.061, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.042 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.020, 0.040, 0.060, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.040 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.011, 0.034, 0.058, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.034 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.010, 0.034, 0.058, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.034 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.021, 0.046, 0.070, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.046 std_dev=0.024
N6 A 0, 0.035, 0.060, 0.085, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.060 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.036, 0.071, 0.106, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.071 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.031, 0.073, 0.115, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.073 std_dev=0.042
O5' A 0, 0.276, 0.554, 0.833, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.554 std_dev=0.279
O3' B 0, 0.194, 0.486, 0.779, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.486 std_dev=0.293
O2' B 0, 0.094, 0.420, 0.745, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.420 std_dev=0.325
C3' B 0, 0.164, 0.568, 0.973, 1.495 max_d=1.495 avg_d=0.568 std_dev=0.405
O4' A 0, -0.049, 0.434, 0.916, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.434 std_dev=0.483
C2' A 0, -0.061, 0.477, 1.015, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.477 std_dev=0.538
P A 0, 0.246, 0.796, 1.345, 1.668 max_d=1.668 avg_d=0.796 std_dev=0.550
C4' B 0, 0.127, 0.717, 1.306, 1.880 max_d=1.880 avg_d=0.717 std_dev=0.589
C5' B 0, 0.088, 0.685, 1.281, 2.154 max_d=2.154 avg_d=0.685 std_dev=0.597
C2' B 0, 0.258, 0.855, 1.452, 1.663 max_d=1.663 avg_d=0.855 std_dev=0.597
C3' A 0, 0.012, 0.683, 1.354, 1.696 max_d=1.696 avg_d=0.683 std_dev=0.671
C4' A 0, -0.091, 0.605, 1.302, 1.750 max_d=1.750 avg_d=0.605 std_dev=0.697
OP2 A 0, 0.282, 1.209, 2.136, 2.735 max_d=2.735 avg_d=1.209 std_dev=0.927
C5' A 0, -0.099, 0.842, 1.784, 2.455 max_d=2.455 avg_d=0.842 std_dev=0.942
O2' A 0, -0.082, 0.861, 1.803, 2.295 max_d=2.295 avg_d=0.861 std_dev=0.943
O3' A 0, 0.065, 1.025, 1.984, 2.402 max_d=2.402 avg_d=1.025 std_dev=0.959
OP1 A 0, 0.103, 1.143, 2.183, 2.872 max_d=2.872 avg_d=1.143 std_dev=1.040
O5' B 0, 0.250, 1.332, 2.414, 2.905 max_d=2.905 avg_d=1.332 std_dev=1.082
O4' B 0, 0.148, 1.375, 2.601, 3.211 max_d=3.211 avg_d=1.375 std_dev=1.226
C1' B 0, 0.152, 1.467, 2.781, 3.564 max_d=3.564 avg_d=1.467 std_dev=1.315
P B 0, 0.266, 1.611, 2.956, 3.631 max_d=3.631 avg_d=1.611 std_dev=1.345
OP1 B 0, 0.205, 2.105, 4.006, 5.194 max_d=5.194 avg_d=2.105 std_dev=1.900
OP2 B 0, 0.099, 2.279, 4.458, 5.851 max_d=5.851 avg_d=2.279 std_dev=2.179
N1 B 0, -0.037, 2.144, 4.325, 5.783 max_d=5.783 avg_d=2.144 std_dev=2.181
O2 B 0, 0.457, 2.724, 4.990, 6.489 max_d=6.489 avg_d=2.724 std_dev=2.267
C2 B 0, 0.211, 2.653, 5.095, 6.748 max_d=6.748 avg_d=2.653 std_dev=2.442
C6 B 0, -0.431, 2.572, 5.576, 7.647 max_d=7.647 avg_d=2.572 std_dev=3.003
N3 B 0, 0.071, 3.361, 6.650, 8.937 max_d=8.937 avg_d=3.361 std_dev=3.290
C5 B 0, -0.604, 3.290, 7.183, 9.916 max_d=9.916 avg_d=3.290 std_dev=3.893
C4 B 0, -0.302, 3.693, 7.689, 10.502 max_d=10.502 avg_d=3.693 std_dev=3.996
O4 B 0, -0.374, 4.410, 9.194, 12.586 max_d=12.586 avg_d=4.410 std_dev=4.784

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.06 0.04 0.01 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.02 0.31 0.00 0.18 0.62 0.11 0.27
C2 0.06 0.00 0.33 0.22 0.01 0.11 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.26 0.43 0.21 0.25 0.90 0.27 0.43
C2' 0.00 0.33 0.00 0.01 0.17 0.01 0.08 0.19 0.16 0.17 0.26 0.32 0.11 0.09 0.01 0.00 0.02 0.03 0.59 0.86 0.42 0.64
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.19 0.00 0.24 0.02 0.25 0.26 0.24 0.19 0.28 0.27 0.17 0.01 0.01 0.01 0.38 0.56 0.09 0.29
C4 0.04 0.01 0.17 0.19 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.26 0.12 0.25 0.83 0.24 0.41
C4' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.04 0.16 0.06 0.11 0.07 0.13 0.06 0.24 0.03 0.01 0.02 0.43 0.19 0.06
C5 0.03 0.01 0.08 0.24 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.25 0.15 0.06 0.29 0.85 0.32 0.45
C5' 0.06 0.13 0.19 0.02 0.09 0.01 0.10 0.00 0.10 0.14 0.11 0.14 0.12 0.15 0.07 0.05 0.18 0.02 0.01 0.41 0.27 0.01
C6 0.04 0.00 0.16 0.25 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.21 0.21 0.10 0.28 0.89 0.36 0.47
C8 0.01 0.01 0.17 0.26 0.00 0.16 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.40 0.09 0.11 0.29 0.71 0.26 0.39
N1 0.05 0.00 0.26 0.24 0.01 0.06 0.02 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.19 0.33 0.16 0.26 0.91 0.32 0.46
N3 0.06 0.00 0.32 0.19 0.00 0.11 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.26 0.44 0.21 0.25 0.85 0.23 0.40
N6 0.03 0.01 0.11 0.28 0.01 0.07 0.02 0.12 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.27 0.16 0.07 0.30 0.87 0.41 0.49
N7 0.01 0.01 0.09 0.27 0.01 0.13 0.00 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.40 0.08 0.05 0.31 0.78 0.34 0.45
N9 0.01 0.02 0.01 0.17 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.19 0.15 0.01 0.24 0.74 0.19 0.36
O2' 0.02 0.26 0.00 0.01 0.14 0.24 0.25 0.05 0.21 0.40 0.19 0.26 0.27 0.40 0.19 0.00 0.03 0.15 0.42 0.70 0.38 0.55
O3' 0.31 0.43 0.02 0.01 0.26 0.03 0.15 0.18 0.21 0.09 0.33 0.44 0.16 0.08 0.15 0.03 0.00 0.22 0.29 0.43 0.35 0.20
O4' 0.00 0.21 0.03 0.01 0.12 0.01 0.06 0.02 0.10 0.11 0.16 0.21 0.07 0.05 0.01 0.15 0.22 0.00 0.23 0.46 0.22 0.12
O5' 0.18 0.25 0.59 0.38 0.25 0.02 0.29 0.01 0.28 0.29 0.26 0.25 0.30 0.31 0.24 0.42 0.29 0.23 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.62 0.90 0.86 0.56 0.83 0.43 0.85 0.41 0.89 0.71 0.91 0.85 0.87 0.78 0.74 0.70 0.43 0.46 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.27 0.42 0.09 0.24 0.19 0.32 0.27 0.36 0.26 0.32 0.23 0.41 0.34 0.19 0.38 0.35 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.43 0.64 0.29 0.41 0.06 0.45 0.01 0.47 0.39 0.46 0.40 0.49 0.45 0.36 0.55 0.20 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.72 0.67 0.09 0.14 1.32 0.12 1.68 0.26 1.58 1.01 0.89 0.26 0.20 0.20 1.37 0.47 0.36 0.45 0.41 0.39
C2 1.13 1.56 0.30 0.23 2.64 0.27 2.90 0.38 2.48 1.76 2.04 1.00 0.28 0.31 2.87 0.87 0.24 0.44 0.37 0.21
C2' 0.24 0.23 0.51 0.64 1.05 0.60 1.48 0.64 1.30 0.59 0.51 0.39 0.52 0.68 1.14 0.20 0.77 0.65 0.84 0.75
C3' 0.58 0.46 0.20 0.21 1.04 0.19 1.41 0.20 1.35 0.80 0.63 0.30 0.38 0.28 1.07 0.38 0.44 0.17 0.56 0.37
C4 1.09 1.36 0.28 0.20 2.18 0.22 2.46 0.33 2.22 1.59 1.71 0.88 0.28 0.29 2.30 0.80 0.17 0.42 0.16 0.17
C4' 0.78 0.54 0.31 0.16 0.84 0.18 1.13 0.12 1.16 0.82 0.60 0.35 0.63 0.13 0.83 0.55 0.39 0.35 0.61 0.39
C5 1.21 1.62 0.39 0.29 2.36 0.31 2.52 0.40 2.27 1.76 1.96 1.20 0.31 0.36 2.48 0.94 0.28 0.46 0.40 0.23
C5' 0.79 0.51 0.49 0.29 0.50 0.29 0.64 0.20 0.75 0.67 0.46 0.47 0.96 0.20 0.47 0.57 0.43 0.42 0.76 0.45
C6 1.26 1.83 0.43 0.33 2.69 0.37 2.80 0.46 2.43 1.89 2.25 1.38 0.31 0.38 2.89 1.02 0.41 0.52 0.65 0.35
C8 1.09 1.20 0.33 0.22 1.62 0.18 1.79 0.29 1.74 1.39 1.37 0.89 0.31 0.29 1.65 0.77 0.16 0.43 0.08 0.20
N1 1.22 1.78 0.38 0.29 2.81 0.34 2.98 0.44 2.53 1.89 2.27 1.26 0.30 0.36 3.07 0.97 0.37 0.49 0.60 0.32
N3 1.04 1.33 0.24 0.19 2.32 0.21 2.64 0.33 2.31 1.60 1.74 0.78 0.27 0.27 2.50 0.77 0.16 0.41 0.16 0.16
N6 1.30 2.00 0.50 0.39 2.79 0.44 2.77 0.54 2.37 1.95 2.43 1.63 0.33 0.42 3.01 1.10 0.57 0.61 0.91 0.50
N7 1.24 1.56 0.43 0.32 2.02 0.31 2.11 0.38 1.98 1.66 1.79 1.25 0.33 0.39 2.09 0.96 0.26 0.45 0.34 0.21
N9 0.97 1.07 0.22 0.16 1.72 0.15 2.00 0.27 1.89 1.34 1.32 0.65 0.26 0.24 1.78 0.67 0.19 0.42 0.13 0.23
O2' 0.51 0.47 0.88 0.88 0.83 0.95 1.30 0.94 1.09 0.46 0.36 1.00 0.92 0.78 0.93 0.65 1.02 0.86 1.07 1.00
O3' 0.66 0.67 0.40 0.30 1.26 0.28 1.61 0.26 1.46 0.91 0.86 0.59 0.52 0.25 1.34 0.48 0.42 0.17 0.49 0.31
O4' 0.97 0.77 0.37 0.22 1.12 0.26 1.40 0.09 1.41 1.06 0.86 0.50 0.48 0.16 1.11 0.73 0.28 0.40 0.41 0.31
O5' 0.27 0.32 0.30 0.15 0.41 0.11 0.27 0.18 0.14 0.19 0.42 0.35 0.41 0.01 0.51 0.17 0.70 0.69 1.05 0.73
OP1 0.28 0.09 0.09 0.11 0.43 0.16 0.53 0.25 0.37 0.05 0.20 0.32 0.25 0.02 0.55 0.23 0.76 1.05 1.02 0.81
OP2 0.08 0.24 0.19 0.05 0.85 0.08 1.01 0.21 0.80 0.36 0.52 0.16 0.70 0.01 0.98 0.09 0.99 0.83 1.53 1.01
P 0.21 0.11 0.11 0.02 0.49 0.04 0.55 0.20 0.40 0.12 0.29 0.18 0.38 0.01 0.59 0.11 0.79 0.82 1.13 0.81

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.07 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.30 0.03 0.00 0.12 0.37 0.25 0.06
C2 0.01 0.00 0.09 0.07 0.01 0.32 0.01 0.60 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.18 0.02 0.32 0.50 1.28 0.34 0.59
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.10 0.22 0.11 0.02 0.07 0.18 0.01 0.04 0.07 0.02 0.10 0.44 0.30 0.06
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.37 0.00 0.60 0.04 0.59 0.22 0.12 0.40 0.01 0.01 0.39 0.02 0.38 0.18 0.55 0.30
C4 0.02 0.01 0.05 0.37 0.00 0.15 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.02 0.33 0.17 0.01 0.05 0.51 0.31 0.90 0.51
C4' 0.00 0.32 0.01 0.00 0.15 0.00 0.46 0.01 0.52 0.09 0.18 0.72 0.29 0.02 0.15 0.00 0.01 0.18 0.09 0.03
C5 0.03 0.01 0.10 0.60 0.01 0.46 0.00 0.67 0.01 0.01 0.01 0.02 0.42 0.27 0.02 0.25 1.13 0.58 1.70 1.28
C5' 0.07 0.60 0.22 0.04 0.16 0.01 0.67 0.00 0.72 0.05 0.41 1.25 0.08 0.18 0.16 0.01 0.01 0.18 0.05 0.02
C6 0.03 0.01 0.11 0.59 0.01 0.52 0.01 0.72 0.00 0.01 0.01 0.02 0.38 0.20 0.02 0.33 1.13 0.60 1.54 1.22
N1 0.01 0.01 0.02 0.22 0.02 0.09 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.19 0.07 0.02 0.01 0.30 0.35 0.51 0.25
N3 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01 0.18 0.01 0.41 0.01 0.01 0.00 0.02 0.19 0.08 0.02 0.22 0.30 1.12 0.11 0.34
O2 0.03 0.01 0.18 0.40 0.02 0.72 0.02 1.25 0.02 0.02 0.02 0.00 0.12 0.38 0.03 0.59 1.26 2.17 1.22 1.48
O2' 0.03 0.09 0.01 0.01 0.33 0.29 0.42 0.08 0.38 0.19 0.19 0.12 0.00 0.07 0.35 0.21 0.27 0.27 0.38 0.16
O3' 0.30 0.18 0.04 0.01 0.17 0.02 0.27 0.18 0.20 0.07 0.08 0.38 0.07 0.00 0.22 0.20 0.53 0.58 0.71 0.53
O4 0.03 0.02 0.07 0.39 0.01 0.15 0.02 0.16 0.02 0.02 0.02 0.03 0.35 0.22 0.00 0.06 0.52 0.35 0.94 0.52
O4' 0.00 0.32 0.02 0.02 0.05 0.00 0.25 0.01 0.33 0.01 0.22 0.59 0.21 0.20 0.06 0.00 0.13 0.31 0.14 0.04
O5' 0.12 0.50 0.10 0.38 0.51 0.01 1.13 0.01 1.13 0.30 0.30 1.26 0.27 0.53 0.52 0.13 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.37 1.28 0.44 0.18 0.31 0.18 0.58 0.18 0.60 0.35 1.12 2.17 0.27 0.58 0.35 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.34 0.30 0.55 0.90 0.09 1.70 0.05 1.54 0.51 0.11 1.22 0.38 0.71 0.94 0.14 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.59 0.06 0.30 0.51 0.03 1.28 0.02 1.22 0.25 0.34 1.48 0.16 0.53 0.52 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00