ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52218

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.015, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.010, 0.021, 0.031, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.021 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.011, 0.021, 0.032, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.014, 0.026, 0.037, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.026 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.015, 0.031, 0.048, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.031 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.012, 0.029, 0.045, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.029 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.008, 0.024, 0.041, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.019, 0.039, 0.058, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.039 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.012, 0.033, 0.054, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.033 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.030, 0.054, 0.077, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.054 std_dev=0.024
C2' A 0, 0.067, 0.341, 0.614, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.341 std_dev=0.273
O4' A 0, 0.088, 0.371, 0.653, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.371 std_dev=0.283
C2' B 0, 0.134, 0.457, 0.780, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.457 std_dev=0.323
O2' A 0, 0.051, 0.378, 0.705, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.378 std_dev=0.327
C4' A 0, 0.122, 0.554, 0.986, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.554 std_dev=0.432
C3' A 0, 0.117, 0.577, 1.037, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.577 std_dev=0.460
O2' B 0, 0.162, 0.649, 1.137, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.649 std_dev=0.488
O3' A 0, 0.222, 0.879, 1.536, 1.693 max_d=1.693 avg_d=0.879 std_dev=0.657
C5' A 0, 0.196, 0.932, 1.667, 1.786 max_d=1.786 avg_d=0.932 std_dev=0.735
O5' A 0, 0.094, 0.916, 1.738, 1.972 max_d=1.972 avg_d=0.916 std_dev=0.822
C1' B 0, 0.181, 1.165, 2.150, 2.498 max_d=2.498 avg_d=1.165 std_dev=0.984
C3' B 0, 0.257, 1.421, 2.585, 3.060 max_d=3.060 avg_d=1.421 std_dev=1.164
N1 B 0, 0.398, 1.739, 3.079, 3.263 max_d=3.263 avg_d=1.739 std_dev=1.340
C4' B 0, 0.387, 1.888, 3.389, 3.896 max_d=3.896 avg_d=1.888 std_dev=1.501
O4' B 0, 0.265, 1.795, 3.325, 3.829 max_d=3.829 avg_d=1.795 std_dev=1.530
C6 B 0, 0.530, 2.067, 3.604, 3.698 max_d=3.698 avg_d=2.067 std_dev=1.537
O3' B 0, 0.355, 1.910, 3.465, 3.831 max_d=3.831 avg_d=1.910 std_dev=1.555
P A 0, -0.021, 1.604, 3.230, 3.834 max_d=3.834 avg_d=1.604 std_dev=1.626
C2 B 0, 0.567, 2.217, 3.868, 3.976 max_d=3.976 avg_d=2.217 std_dev=1.650
O2 B 0, 0.592, 2.253, 3.914, 4.118 max_d=4.118 avg_d=2.253 std_dev=1.661
OP2 B 0, 1.078, 2.836, 4.594, 4.929 max_d=4.929 avg_d=2.836 std_dev=1.758
O5' B 0, 0.755, 2.572, 4.389, 4.872 max_d=4.872 avg_d=2.572 std_dev=1.817
OP1 A 0, 0.083, 1.905, 3.727, 4.571 max_d=4.571 avg_d=1.905 std_dev=1.822
C5 B 0, 0.731, 2.626, 4.521, 4.658 max_d=4.658 avg_d=2.626 std_dev=1.895
OP2 A 0, 0.086, 2.062, 4.038, 4.887 max_d=4.887 avg_d=2.062 std_dev=1.976
P B 0, 1.027, 3.035, 5.042, 5.471 max_d=5.471 avg_d=3.035 std_dev=2.008
C5' B 0, 0.682, 2.690, 4.699, 5.332 max_d=5.332 avg_d=2.690 std_dev=2.009
N3 B 0, 0.785, 2.864, 4.942, 4.894 max_d=4.894 avg_d=2.864 std_dev=2.078
C4 B 0, 0.860, 3.032, 5.203, 5.116 max_d=5.116 avg_d=3.032 std_dev=2.172
OP1 B 0, 1.263, 3.455, 5.647, 6.102 max_d=6.102 avg_d=3.455 std_dev=2.192
O4 B 0, 1.084, 3.642, 6.201, 6.198 max_d=6.198 avg_d=3.642 std_dev=2.559

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.17 0.72 0.28
C2 0.03 0.00 0.12 0.25 0.01 0.11 0.02 0.21 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.15 0.30 0.03 0.47 0.47 1.31 0.79
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.06 0.02 0.02 0.02 0.04 0.07 0.08 0.13 0.02 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.29 0.29 0.65 0.25
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.17 0.00 0.16 0.01 0.19 0.15 0.22 0.23 0.18 0.16 0.10 0.02 0.01 0.01 0.39 0.38 0.52 0.25
C4 0.02 0.01 0.06 0.17 0.00 0.10 0.01 0.20 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.18 0.02 0.51 0.53 1.26 0.81
C4' 0.01 0.11 0.02 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.13 0.15 0.12 0.10 0.14 0.16 0.08 0.08 0.01 0.00 0.02 0.32 0.45 0.12
C5 0.02 0.02 0.02 0.16 0.01 0.13 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.18 0.03 0.67 0.83 1.55 1.11
C5' 0.03 0.21 0.02 0.01 0.20 0.01 0.27 0.00 0.28 0.28 0.25 0.18 0.31 0.32 0.17 0.08 0.04 0.01 0.01 0.25 0.36 0.01
C6 0.02 0.02 0.04 0.19 0.02 0.13 0.01 0.28 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.10 0.22 0.04 0.68 0.87 1.66 1.17
C8 0.01 0.02 0.07 0.15 0.01 0.15 0.01 0.28 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.04 0.15 0.03 0.69 0.84 1.36 1.07
N1 0.03 0.01 0.08 0.22 0.02 0.12 0.01 0.25 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.13 0.27 0.04 0.59 0.69 1.54 1.01
N3 0.03 0.01 0.13 0.23 0.01 0.10 0.01 0.18 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.14 0.27 0.02 0.41 0.36 1.14 0.65
N6 0.02 0.02 0.02 0.18 0.02 0.14 0.02 0.31 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.10 0.22 0.04 0.75 1.07 1.82 1.33
N7 0.01 0.02 0.05 0.16 0.01 0.16 0.01 0.32 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.16 0.03 0.77 1.04 1.65 1.28
N9 0.01 0.02 0.01 0.10 0.01 0.08 0.01 0.17 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.09 0.01 0.49 0.47 1.08 0.71
O2' 0.01 0.15 0.00 0.02 0.09 0.08 0.08 0.08 0.10 0.04 0.13 0.14 0.10 0.05 0.04 0.00 0.02 0.08 0.14 0.43 0.56 0.24
O3' 0.01 0.30 0.02 0.01 0.18 0.01 0.18 0.04 0.22 0.15 0.27 0.27 0.22 0.16 0.09 0.02 0.00 0.01 0.36 0.58 0.31 0.18
O4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.18 0.10 0.63 0.17
O5' 0.23 0.47 0.29 0.39 0.51 0.02 0.67 0.01 0.68 0.69 0.59 0.41 0.75 0.77 0.49 0.14 0.36 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.17 0.47 0.29 0.38 0.53 0.32 0.83 0.25 0.87 0.84 0.69 0.36 1.07 1.04 0.47 0.43 0.58 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.72 1.31 0.65 0.52 1.26 0.45 1.55 0.36 1.66 1.36 1.54 1.14 1.82 1.65 1.08 0.56 0.31 0.63 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.28 0.79 0.25 0.25 0.81 0.12 1.11 0.01 1.17 1.07 1.01 0.65 1.33 1.28 0.71 0.24 0.18 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.50 1.25 0.23 0.48 1.31 0.43 0.98 0.54 0.75 0.84 1.45 1.38 0.19 0.74 1.45 0.15 0.20 0.32 0.24 0.16
C2 0.65 1.53 0.32 0.62 1.90 0.24 1.49 0.27 1.14 1.11 1.95 1.51 0.09 0.81 2.18 0.51 0.15 0.22 0.45 0.22
C2' 0.38 1.22 0.28 0.68 1.31 0.66 0.89 0.85 0.63 0.75 1.47 1.39 0.15 0.98 1.50 0.06 0.46 0.69 0.13 0.43
C3' 0.08 0.91 0.42 0.99 1.01 1.09 0.58 1.33 0.30 0.43 1.16 1.07 0.07 1.35 1.21 0.46 0.85 1.09 0.40 0.80
C4 0.58 1.44 0.34 0.67 1.67 0.35 1.29 0.39 1.00 1.02 1.77 1.47 0.14 0.89 1.87 0.36 0.07 0.22 0.35 0.12
C4' 0.06 0.71 0.40 0.88 0.78 1.10 0.43 1.28 0.20 0.30 0.91 0.85 0.06 1.21 0.94 0.55 0.78 0.89 0.28 0.69
C5 0.55 1.39 0.39 0.79 1.73 0.42 1.35 0.42 1.04 1.00 1.78 1.32 0.13 1.01 1.93 0.41 0.18 0.28 0.43 0.24
C5' 0.46 0.33 0.63 1.25 0.41 1.59 0.11 1.79 0.22 0.17 0.52 0.45 0.16 1.67 0.57 1.05 1.19 1.26 0.56 1.06
C6 0.58 1.39 0.39 0.79 1.88 0.38 1.49 0.37 1.13 1.04 1.86 1.26 0.10 0.97 2.17 0.51 0.27 0.33 0.54 0.35
C8 0.44 1.18 0.37 0.81 1.33 0.56 1.03 0.56 0.80 0.83 1.41 1.18 0.22 1.11 1.44 0.22 0.15 0.26 0.28 0.10
N1 0.62 1.46 0.36 0.71 1.95 0.30 1.54 0.31 1.17 1.09 1.93 1.38 0.08 0.89 2.26 0.54 0.24 0.29 0.53 0.33
N3 0.63 1.51 0.31 0.59 1.77 0.27 1.37 0.32 1.05 1.07 1.86 1.55 0.11 0.80 2.01 0.43 0.06 0.21 0.36 0.11
N6 0.55 1.24 0.40 0.84 1.89 0.43 1.53 0.43 1.15 0.98 1.75 1.03 0.10 1.00 2.23 0.56 0.38 0.43 0.65 0.48
N7 0.48 1.22 0.42 0.90 1.51 0.55 1.20 0.52 0.92 0.89 1.55 1.12 0.17 1.13 1.64 0.36 0.20 0.29 0.38 0.22
N9 0.52 1.32 0.31 0.65 1.44 0.43 1.10 0.49 0.85 0.91 1.56 1.39 0.19 0.92 1.59 0.22 0.11 0.25 0.27 0.06
O2' 0.53 1.32 0.19 0.41 1.37 0.45 0.97 0.65 0.73 0.86 1.54 1.51 0.19 0.64 1.55 0.20 0.33 0.55 0.14 0.32
O3' 0.04 0.88 0.44 1.02 0.97 1.21 0.50 1.51 0.22 0.36 1.14 1.06 0.05 1.37 1.19 0.57 1.01 1.34 0.57 1.01
O4' 0.22 0.89 0.25 0.58 0.96 0.69 0.68 0.78 0.47 0.54 1.06 0.99 0.12 0.86 1.08 0.19 0.38 0.42 0.23 0.30
O5' 0.72 0.51 0.87 1.34 0.41 1.59 0.52 1.81 0.65 0.60 0.47 0.57 0.55 1.70 0.37 1.15 1.32 1.31 0.84 1.19
OP1 1.61 1.10 1.43 2.12 1.25 2.74 1.59 3.20 1.74 1.50 1.03 0.82 0.79 2.28 1.14 2.32 2.69 2.66 2.11 2.57
OP2 1.13 1.14 1.02 1.46 1.29 1.66 1.39 1.91 1.39 1.23 1.18 1.02 0.74 1.60 1.28 1.47 1.68 1.42 1.30 1.50
P 1.26 0.93 1.22 1.83 1.06 2.15 1.30 2.42 1.39 1.21 0.90 0.73 0.58 2.10 0.99 1.78 2.01 1.81 1.50 1.82

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.09 0.02 0.02 0.04 0.07 0.03 0.30 0.03 0.00 0.17 0.23 0.21 0.18
C2 0.04 0.00 0.14 0.18 0.02 0.05 0.02 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.19 0.03 0.11 0.23 0.23 0.28 0.27
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.04 0.01 0.13 0.20 0.16 0.02 0.10 0.24 0.00 0.02 0.05 0.01 0.49 0.66 0.67 0.60
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.30 0.01 0.29 0.01 0.24 0.18 0.25 0.09 0.03 0.01 0.32 0.02 0.15 0.34 0.14 0.21
C4 0.03 0.02 0.04 0.30 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.03 0.36 0.11 0.01 0.03 0.26 0.32 0.41 0.35
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.11 0.06 0.06 0.08 0.30 0.02 0.10 0.00 0.02 0.10 0.03 0.04
C5 0.03 0.02 0.13 0.29 0.01 0.12 0.00 0.17 0.01 0.02 0.01 0.03 0.41 0.16 0.01 0.05 0.26 0.33 0.41 0.36
C5' 0.09 0.14 0.20 0.01 0.17 0.01 0.17 0.00 0.16 0.14 0.15 0.16 0.09 0.20 0.17 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01
C6 0.02 0.01 0.16 0.24 0.01 0.11 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.03 0.35 0.12 0.01 0.07 0.25 0.27 0.31 0.31
N1 0.02 0.01 0.02 0.18 0.02 0.06 0.02 0.14 0.01 0.00 0.01 0.03 0.20 0.13 0.02 0.03 0.22 0.23 0.26 0.26
N3 0.04 0.01 0.10 0.25 0.01 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.02 0.25 0.10 0.03 0.09 0.25 0.26 0.34 0.31
O2 0.07 0.01 0.24 0.09 0.03 0.08 0.03 0.16 0.03 0.03 0.02 0.00 0.06 0.34 0.04 0.18 0.23 0.25 0.27 0.26
O2' 0.03 0.15 0.00 0.03 0.36 0.30 0.41 0.09 0.35 0.20 0.25 0.06 0.00 0.01 0.38 0.20 0.36 0.58 0.78 0.54
O3' 0.30 0.19 0.02 0.01 0.11 0.02 0.16 0.20 0.12 0.13 0.10 0.34 0.01 0.00 0.14 0.21 0.15 0.10 0.12 0.10
O4 0.03 0.03 0.05 0.32 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.02 0.03 0.04 0.38 0.14 0.00 0.03 0.26 0.35 0.45 0.37
O4' 0.00 0.11 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.02 0.07 0.03 0.09 0.18 0.20 0.21 0.03 0.00 0.09 0.05 0.11 0.12
O5' 0.17 0.23 0.49 0.15 0.26 0.02 0.26 0.01 0.25 0.22 0.25 0.23 0.36 0.15 0.26 0.09 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.23 0.23 0.66 0.34 0.32 0.10 0.33 0.05 0.27 0.23 0.26 0.25 0.58 0.10 0.35 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.28 0.67 0.14 0.41 0.03 0.41 0.05 0.31 0.26 0.34 0.27 0.78 0.12 0.45 0.11 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.27 0.60 0.21 0.35 0.04 0.36 0.01 0.31 0.26 0.31 0.26 0.54 0.10 0.37 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00