ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52219

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.008, 0.023, 0.037, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.002, 0.018, 0.033, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.018 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.008, 0.028, 0.048, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.028 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.022, 0.065, 0.109, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.065 std_dev=0.044
C2' A 0, 0.002, 0.072, 0.142, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.072 std_dev=0.070
C4' A 0, 0.045, 0.145, 0.245, 0.265 max_d=0.265 avg_d=0.145 std_dev=0.100
C3' A 0, 0.033, 0.136, 0.238, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.136 std_dev=0.103
O2' A 0, 0.038, 0.155, 0.271, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.155 std_dev=0.117
O3' A 0, 0.049, 0.196, 0.342, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.196 std_dev=0.147
C5' A 0, 0.085, 0.264, 0.444, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.264 std_dev=0.180
C2' B 0, 0.148, 0.477, 0.806, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.477 std_dev=0.329
O2' B 0, 0.040, 0.496, 0.952, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.496 std_dev=0.456
O5' A 0, 0.027, 0.549, 1.070, 1.668 max_d=1.668 avg_d=0.549 std_dev=0.522
C1' B 0, 0.094, 0.747, 1.400, 2.131 max_d=2.131 avg_d=0.747 std_dev=0.653
C3' B 0, -0.005, 0.729, 1.462, 2.301 max_d=2.301 avg_d=0.729 std_dev=0.734
N1 B 0, 0.079, 0.958, 1.836, 2.870 max_d=2.870 avg_d=0.958 std_dev=0.879
C4' B 0, -0.033, 0.896, 1.824, 2.933 max_d=2.933 avg_d=0.896 std_dev=0.929
O4' B 0, 0.009, 0.945, 1.880, 3.027 max_d=3.027 avg_d=0.945 std_dev=0.936
O3' B 0, -0.196, 0.786, 1.768, 3.040 max_d=3.040 avg_d=0.786 std_dev=0.982
C6 B 0, 0.026, 1.030, 2.034, 3.213 max_d=3.213 avg_d=1.030 std_dev=1.004
C2 B 0, 0.222, 1.242, 2.261, 3.282 max_d=3.282 avg_d=1.242 std_dev=1.020
O2 B 0, 0.354, 1.381, 2.407, 3.177 max_d=3.177 avg_d=1.381 std_dev=1.027
P A 0, -0.199, 0.838, 1.875, 3.276 max_d=3.276 avg_d=0.838 std_dev=1.037
O5' B 0, 0.087, 1.265, 2.442, 3.731 max_d=3.731 avg_d=1.265 std_dev=1.177
C5' B 0, -0.020, 1.166, 2.353, 3.730 max_d=3.730 avg_d=1.166 std_dev=1.187
C5 B 0, 0.061, 1.267, 2.472, 3.847 max_d=3.847 avg_d=1.267 std_dev=1.206
N3 B 0, 0.254, 1.468, 2.681, 3.915 max_d=3.915 avg_d=1.468 std_dev=1.214
OP2 A 0, -0.278, 0.991, 2.261, 4.011 max_d=4.011 avg_d=0.991 std_dev=1.269
C4 B 0, 0.187, 1.482, 2.776, 4.210 max_d=4.210 avg_d=1.482 std_dev=1.294
OP2 B 0, 0.319, 1.677, 3.034, 4.195 max_d=4.195 avg_d=1.677 std_dev=1.357
P B 0, 0.153, 1.533, 2.913, 4.296 max_d=4.296 avg_d=1.533 std_dev=1.380
OP1 A 0, -0.389, 1.080, 2.549, 4.593 max_d=4.593 avg_d=1.080 std_dev=1.469
O4 B 0, 0.270, 1.753, 3.236, 4.801 max_d=4.801 avg_d=1.753 std_dev=1.483
OP1 B 0, 0.035, 1.550, 3.065, 4.535 max_d=4.535 avg_d=1.550 std_dev=1.515

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.22 0.20 0.07
C2 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.03 0.04 0.28 0.18 0.69 0.30
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.18 0.08 0.32 0.13
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.09 0.06 0.02 0.09 0.09 0.04 0.02 0.01 0.02 0.25 0.23 0.35 0.25
C4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.27 0.18 0.62 0.28
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.10 0.05 0.02 0.08 0.10 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.19 0.02 0.06
C5 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.34 0.33 0.80 0.43
C5' 0.04 0.10 0.02 0.01 0.12 0.01 0.16 0.00 0.17 0.19 0.13 0.08 0.19 0.20 0.12 0.03 0.04 0.03 0.01 0.08 0.10 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.07 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.03 0.36 0.38 0.88 0.47
C8 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.10 0.01 0.19 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.02 0.32 0.30 0.64 0.37
N1 0.03 0.00 0.03 0.06 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.05 0.03 0.32 0.29 0.82 0.40
N3 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.03 0.04 0.23 0.13 0.56 0.22
N6 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.08 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.10 0.03 0.39 0.49 1.00 0.56
N7 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.10 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.02 0.37 0.42 0.84 0.50
N9 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.23 0.14 0.48 0.21
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.06 0.07 0.04 0.03 0.01 0.00 0.04 0.03 0.09 0.21 0.15 0.05
O3' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.07 0.04 0.07 0.09 0.05 0.03 0.10 0.10 0.04 0.04 0.00 0.02 0.26 0.35 0.34 0.31
O4' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.11 0.37 0.06 0.21
O5' 0.08 0.28 0.18 0.25 0.27 0.02 0.34 0.01 0.36 0.32 0.32 0.23 0.39 0.37 0.23 0.09 0.26 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.22 0.18 0.08 0.23 0.18 0.19 0.33 0.08 0.38 0.30 0.29 0.13 0.49 0.42 0.14 0.21 0.35 0.37 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.69 0.32 0.35 0.62 0.02 0.80 0.10 0.88 0.64 0.82 0.56 1.00 0.84 0.48 0.15 0.34 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.30 0.13 0.25 0.28 0.06 0.43 0.02 0.47 0.37 0.40 0.22 0.56 0.50 0.21 0.05 0.31 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.54 0.71 0.16 0.18 0.77 0.25 0.72 0.23 0.66 0.65 0.76 0.71 0.22 0.25 0.81 0.50 0.36 0.30 0.53 0.39
C2 0.59 0.93 0.22 0.24 1.25 0.34 1.14 0.41 0.96 0.84 1.16 0.79 0.29 0.19 1.40 0.62 0.59 0.55 0.84 0.67
C2' 0.45 0.66 0.12 0.06 0.74 0.11 0.65 0.05 0.57 0.56 0.73 0.68 0.23 0.07 0.81 0.37 0.19 0.13 0.41 0.23
C3' 0.28 0.46 0.14 0.13 0.53 0.14 0.46 0.19 0.37 0.36 0.53 0.51 0.23 0.14 0.62 0.17 0.12 0.15 0.30 0.14
C4 0.56 0.84 0.20 0.22 1.04 0.28 0.98 0.34 0.86 0.77 0.99 0.73 0.32 0.17 1.12 0.54 0.51 0.47 0.74 0.58
C4' 0.28 0.37 0.16 0.08 0.41 0.14 0.36 0.15 0.32 0.31 0.40 0.40 0.18 0.08 0.46 0.21 0.07 0.09 0.25 0.09
C5 0.50 0.75 0.21 0.27 1.05 0.29 1.01 0.39 0.88 0.73 0.94 0.59 0.38 0.20 1.14 0.49 0.56 0.56 0.82 0.66
C5' 0.11 0.16 0.29 0.23 0.26 0.34 0.25 0.38 0.20 0.13 0.22 0.20 0.22 0.24 0.33 0.20 0.23 0.23 0.16 0.19
C6 0.51 0.77 0.23 0.31 1.20 0.34 1.13 0.45 0.94 0.75 1.03 0.58 0.38 0.23 1.34 0.54 0.64 0.64 0.92 0.75
C8 0.43 0.55 0.16 0.22 0.70 0.19 0.72 0.25 0.66 0.57 0.62 0.50 0.40 0.17 0.73 0.36 0.42 0.41 0.64 0.49
N1 0.56 0.86 0.23 0.28 1.28 0.36 1.18 0.46 0.98 0.81 1.13 0.68 0.34 0.20 1.45 0.59 0.64 0.63 0.92 0.75
N3 0.60 0.92 0.20 0.21 1.15 0.32 1.05 0.36 0.91 0.82 1.10 0.83 0.27 0.20 1.26 0.60 0.53 0.47 0.75 0.59
N6 0.47 0.67 0.22 0.36 1.18 0.37 1.14 0.51 0.93 0.69 0.93 0.49 0.40 0.28 1.35 0.51 0.69 0.73 1.00 0.83
N7 0.42 0.58 0.19 0.30 0.83 0.26 0.86 0.36 0.76 0.60 0.71 0.52 0.43 0.25 0.87 0.39 0.53 0.54 0.77 0.62
N9 0.53 0.73 0.17 0.18 0.84 0.23 0.81 0.26 0.73 0.68 0.81 0.67 0.30 0.16 0.89 0.48 0.42 0.38 0.63 0.48
O2' 0.49 0.72 0.13 0.11 0.78 0.19 0.68 0.13 0.59 0.60 0.80 0.76 0.16 0.18 0.86 0.45 0.21 0.12 0.39 0.22
O3' 0.22 0.42 0.17 0.20 0.49 0.24 0.40 0.33 0.30 0.30 0.50 0.49 0.20 0.25 0.60 0.11 0.21 0.30 0.26 0.21
O4' 0.45 0.50 0.14 0.19 0.53 0.22 0.51 0.20 0.49 0.49 0.52 0.50 0.17 0.30 0.55 0.41 0.30 0.27 0.45 0.32
O5' 0.21 0.20 0.08 0.04 0.35 0.05 0.33 0.07 0.26 0.17 0.29 0.23 0.29 0.02 0.43 0.13 0.10 0.10 0.26 0.13
OP1 0.23 0.19 0.06 0.02 0.42 0.05 0.45 0.26 0.32 0.14 0.28 0.32 0.13 0.01 0.52 0.16 0.36 0.48 0.51 0.44
OP2 0.15 0.64 0.16 0.05 0.95 0.04 0.86 0.09 0.64 0.50 0.84 0.57 0.26 0.02 1.08 0.09 0.28 0.20 0.44 0.29
P 0.14 0.25 0.08 0.02 0.50 0.02 0.49 0.14 0.36 0.20 0.39 0.24 0.18 0.01 0.60 0.08 0.24 0.21 0.33 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.21 0.03 0.00 0.11 0.11 0.16 0.10
C2 0.02 0.00 0.18 0.24 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.12 0.01 0.07 0.10 0.11 0.10 0.10
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.08 0.01 0.12 0.15 0.15 0.04 0.14 0.31 0.00 0.02 0.10 0.01 0.32 0.38 0.47 0.37
C3' 0.02 0.24 0.00 0.00 0.35 0.00 0.34 0.02 0.29 0.20 0.30 0.21 0.02 0.01 0.38 0.02 0.05 0.10 0.09 0.05
C4 0.03 0.01 0.08 0.35 0.00 0.16 0.00 0.19 0.01 0.02 0.00 0.01 0.26 0.25 0.00 0.05 0.25 0.27 0.28 0.26
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.16 0.00 0.20 0.01 0.19 0.09 0.10 0.03 0.23 0.03 0.17 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03
C5 0.02 0.01 0.12 0.34 0.00 0.20 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.33 0.29 0.01 0.09 0.27 0.28 0.26 0.27
C5' 0.04 0.08 0.15 0.02 0.19 0.01 0.23 0.00 0.19 0.09 0.13 0.05 0.07 0.17 0.21 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.29 0.01 0.19 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.02 0.30 0.22 0.01 0.12 0.20 0.18 0.13 0.16
N1 0.02 0.00 0.04 0.20 0.02 0.09 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.10 0.02 0.03 0.09 0.08 0.05 0.07
N3 0.03 0.00 0.14 0.30 0.00 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.16 0.00 0.05 0.18 0.19 0.20 0.18
O2 0.03 0.01 0.31 0.21 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.19 0.22 0.02 0.12 0.08 0.09 0.10 0.07
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.26 0.23 0.33 0.07 0.30 0.15 0.16 0.19 0.00 0.05 0.28 0.16 0.24 0.31 0.55 0.32
O3' 0.21 0.12 0.02 0.01 0.25 0.03 0.29 0.17 0.22 0.10 0.16 0.22 0.05 0.00 0.31 0.14 0.19 0.22 0.20 0.20
O4 0.03 0.01 0.10 0.38 0.00 0.17 0.01 0.21 0.01 0.02 0.00 0.02 0.28 0.31 0.00 0.05 0.29 0.34 0.37 0.31
O4' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.05 0.01 0.09 0.02 0.12 0.03 0.05 0.12 0.16 0.14 0.05 0.00 0.08 0.07 0.16 0.12
O5' 0.11 0.10 0.32 0.05 0.25 0.02 0.27 0.01 0.20 0.09 0.18 0.08 0.24 0.19 0.29 0.08 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.11 0.11 0.38 0.10 0.27 0.03 0.28 0.03 0.18 0.08 0.19 0.09 0.31 0.22 0.34 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.10 0.47 0.09 0.28 0.05 0.26 0.03 0.13 0.05 0.20 0.10 0.55 0.20 0.37 0.16 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.10 0.37 0.05 0.26 0.03 0.27 0.02 0.16 0.07 0.18 0.07 0.32 0.20 0.31 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00