ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52221

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, -0.001, 0.007, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.007 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, -0.002, 0.009, 0.019, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.009 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N6 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C5 A 0, -0.001, 0.010, 0.022, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.010 std_dev=0.012
C8 A 0, -0.001, 0.010, 0.022, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.010 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C1' A 0, -0.002, 0.011, 0.023, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.011 std_dev=0.012
N7 A 0, -0.005, 0.012, 0.029, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.012 std_dev=0.017
N3 A 0, -0.006, 0.014, 0.034, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.014 std_dev=0.020
O2' B 0, 0.072, 0.376, 0.679, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.376 std_dev=0.303
O4' A 0, -0.092, 0.216, 0.523, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.216 std_dev=0.307
C2' A 0, -0.105, 0.253, 0.611, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.253 std_dev=0.358
C3' B 0, -0.081, 0.285, 0.652, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.285 std_dev=0.367
C2' B 0, -0.067, 0.425, 0.917, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.425 std_dev=0.492
C4' A 0, -0.126, 0.370, 0.866, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.370 std_dev=0.496
O2' A 0, -0.147, 0.479, 1.105, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.479 std_dev=0.626
C3' A 0, -0.157, 0.505, 1.167, 1.457 max_d=1.457 avg_d=0.505 std_dev=0.662
O3' B 0, -0.220, 0.551, 1.322, 1.994 max_d=1.994 avg_d=0.551 std_dev=0.771
C5' A 0, -0.289, 0.496, 1.280, 2.196 max_d=2.196 avg_d=0.496 std_dev=0.784
O5' A 0, -0.283, 0.731, 1.745, 2.748 max_d=2.748 avg_d=0.731 std_dev=1.014
C4' B 0, -0.334, 0.707, 1.749, 2.779 max_d=2.779 avg_d=0.707 std_dev=1.042
O3' A 0, -0.296, 0.873, 2.041, 2.857 max_d=2.857 avg_d=0.873 std_dev=1.169
C1' B 0, -0.313, 0.938, 2.188, 3.115 max_d=3.115 avg_d=0.938 std_dev=1.251
P A 0, -0.370, 0.949, 2.268, 3.532 max_d=3.532 avg_d=0.949 std_dev=1.319
O5' B 0, -0.514, 0.866, 2.246, 3.903 max_d=3.903 avg_d=0.866 std_dev=1.380
C5' B 0, -0.467, 0.920, 2.306, 3.863 max_d=3.863 avg_d=0.920 std_dev=1.387
O4' B 0, -0.417, 1.032, 2.481, 3.670 max_d=3.670 avg_d=1.032 std_dev=1.449
OP2 A 0, -0.461, 1.290, 3.041, 4.599 max_d=4.599 avg_d=1.290 std_dev=1.751
N1 B 0, -0.443, 1.384, 3.211, 4.386 max_d=4.386 avg_d=1.384 std_dev=1.827
OP1 A 0, -0.523, 1.401, 3.326, 5.075 max_d=5.075 avg_d=1.401 std_dev=1.925
P B 0, -0.772, 1.174, 3.120, 5.495 max_d=5.495 avg_d=1.174 std_dev=1.946
C6 B 0, -0.468, 1.511, 3.489, 5.147 max_d=5.147 avg_d=1.511 std_dev=1.979
OP2 B 0, -0.568, 1.418, 3.405, 5.661 max_d=5.661 avg_d=1.418 std_dev=1.986
OP1 B 0, -0.660, 1.392, 3.444, 5.851 max_d=5.851 avg_d=1.392 std_dev=2.052
C2 B 0, -0.545, 1.894, 4.333, 5.373 max_d=5.373 avg_d=1.894 std_dev=2.439
C5 B 0, -0.517, 1.988, 4.493, 6.281 max_d=6.281 avg_d=1.988 std_dev=2.505
O2 B 0, -0.512, 1.996, 4.503, 5.655 max_d=5.655 avg_d=1.996 std_dev=2.507
N3 B 0, -0.684, 2.413, 5.510, 6.805 max_d=6.805 avg_d=2.413 std_dev=3.097
C4 B 0, -0.653, 2.469, 5.591, 7.111 max_d=7.111 avg_d=2.469 std_dev=3.122
O4 B 0, -0.760, 2.986, 6.731, 8.361 max_d=8.361 avg_d=2.986 std_dev=3.746

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.28 0.00 0.11 0.19 0.22 0.13
C2 0.02 0.00 0.28 0.26 0.01 0.07 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.37 0.07 0.10 0.57 0.35 0.06
C2' 0.00 0.28 0.00 0.01 0.14 0.02 0.05 0.21 0.11 0.14 0.20 0.29 0.07 0.09 0.01 0.01 0.04 0.01 0.41 0.34 0.59 0.47
C3' 0.00 0.26 0.01 0.00 0.19 0.00 0.24 0.01 0.25 0.31 0.25 0.24 0.29 0.30 0.17 0.01 0.00 0.01 0.09 0.14 0.08 0.09
C4 0.01 0.01 0.14 0.19 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.22 0.17 0.04 0.14 0.52 0.26 0.09
C4' 0.00 0.07 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.06 0.16 0.05 0.08 0.10 0.14 0.06 0.22 0.01 0.00 0.01 0.07 0.17 0.01
C5 0.01 0.01 0.05 0.24 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.02 0.03 0.25 0.68 0.23 0.19
C5' 0.08 0.03 0.21 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.11 0.21 0.06 0.05 0.14 0.21 0.10 0.02 0.18 0.01 0.01 0.20 0.33 0.01
C6 0.02 0.00 0.11 0.25 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.30 0.08 0.05 0.24 0.74 0.27 0.20
C8 0.01 0.01 0.14 0.31 0.00 0.16 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.25 0.23 0.04 0.35 0.57 0.15 0.23
N1 0.02 0.01 0.20 0.25 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.31 0.25 0.07 0.17 0.68 0.34 0.13
N3 0.02 0.01 0.29 0.24 0.00 0.08 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.27 0.38 0.07 0.05 0.47 0.32 0.03
N6 0.01 0.01 0.07 0.29 0.01 0.10 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.31 0.05 0.03 0.32 0.84 0.24 0.28
N7 0.02 0.01 0.09 0.30 0.02 0.14 0.00 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.29 0.20 0.01 0.37 0.72 0.13 0.29
N9 0.01 0.01 0.01 0.17 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.10 0.01 0.16 0.42 0.20 0.10
O2' 0.01 0.30 0.01 0.01 0.22 0.22 0.27 0.02 0.30 0.25 0.31 0.27 0.31 0.29 0.16 0.00 0.04 0.17 0.36 0.25 0.63 0.45
O3' 0.28 0.37 0.04 0.00 0.17 0.01 0.02 0.18 0.08 0.23 0.25 0.38 0.05 0.20 0.10 0.04 0.00 0.21 0.14 0.22 0.26 0.16
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.07 0.07 0.03 0.01 0.01 0.17 0.21 0.00 0.08 0.22 0.09 0.07
O5' 0.11 0.10 0.41 0.09 0.14 0.01 0.25 0.01 0.24 0.35 0.17 0.05 0.32 0.37 0.16 0.36 0.14 0.08 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.19 0.57 0.34 0.14 0.52 0.07 0.68 0.20 0.74 0.57 0.68 0.47 0.84 0.72 0.42 0.25 0.22 0.22 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 0.35 0.59 0.08 0.26 0.17 0.23 0.33 0.27 0.15 0.34 0.32 0.24 0.13 0.20 0.63 0.26 0.09 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.06 0.47 0.09 0.09 0.01 0.19 0.01 0.20 0.23 0.13 0.03 0.28 0.29 0.10 0.45 0.16 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 1.13 0.26 0.08 0.98 0.47 0.50 0.63 0.27 0.54 1.29 1.48 0.30 0.37 1.15 0.21 0.31 0.84 0.26 0.47
C2 0.24 0.78 0.24 0.06 0.69 0.40 0.40 0.55 0.28 0.41 0.90 1.02 0.23 0.17 0.80 0.27 0.32 0.76 0.23 0.45
C2' 0.49 1.56 0.42 0.29 1.46 0.38 0.93 0.55 0.65 0.91 1.77 1.91 0.15 0.52 1.66 0.24 0.44 0.75 0.49 0.49
C3' 0.96 2.01 0.88 0.48 1.84 0.22 1.30 0.22 1.05 1.36 2.18 2.34 0.62 0.05 2.00 0.60 0.50 0.40 0.61 0.40
C4 0.21 0.77 0.21 0.08 0.62 0.44 0.31 0.59 0.20 0.36 0.87 1.06 0.26 0.21 0.73 0.29 0.33 0.76 0.25 0.46
C4' 0.48 1.46 0.52 0.17 1.29 0.21 0.76 0.43 0.52 0.84 1.62 1.79 0.38 0.23 1.46 0.11 0.27 0.73 0.34 0.37
C5 0.25 0.53 0.18 0.08 0.40 0.41 0.25 0.53 0.25 0.29 0.58 0.74 0.22 0.15 0.45 0.35 0.33 0.67 0.27 0.43
C5' 0.33 1.15 0.38 0.14 0.94 0.24 0.49 0.45 0.29 0.62 1.25 1.45 0.25 0.22 1.06 0.11 0.34 0.71 0.35 0.42
C6 0.29 0.52 0.19 0.07 0.45 0.37 0.34 0.49 0.32 0.34 0.57 0.67 0.18 0.14 0.49 0.35 0.33 0.63 0.28 0.42
C8 0.18 0.61 0.17 0.10 0.41 0.47 0.15 0.57 0.14 0.23 0.65 0.90 0.30 0.21 0.49 0.35 0.33 0.69 0.26 0.44
N1 0.26 0.62 0.20 0.07 0.54 0.38 0.36 0.52 0.30 0.36 0.70 0.79 0.19 0.13 0.62 0.31 0.33 0.69 0.26 0.43
N3 0.23 0.89 0.24 0.08 0.78 0.43 0.41 0.60 0.26 0.44 1.02 1.18 0.26 0.23 0.91 0.26 0.33 0.80 0.23 0.47
N6 0.36 0.58 0.20 0.05 0.56 0.31 0.48 0.41 0.43 0.45 0.63 0.67 0.13 0.19 0.59 0.38 0.31 0.53 0.31 0.37
N7 0.28 0.40 0.15 0.10 0.26 0.42 0.23 0.51 0.27 0.24 0.42 0.60 0.24 0.17 0.29 0.40 0.33 0.61 0.28 0.42
N9 0.19 0.87 0.23 0.09 0.70 0.46 0.32 0.60 0.17 0.39 0.97 1.19 0.30 0.27 0.81 0.28 0.32 0.78 0.25 0.46
O2' 0.46 1.60 0.40 0.34 1.63 0.42 1.06 0.53 0.73 0.94 1.90 1.88 0.22 0.56 1.89 0.27 0.43 0.62 0.54 0.44
O3' 1.36 2.61 1.18 0.78 2.61 0.53 2.00 0.44 1.65 1.91 2.92 2.87 0.77 0.15 2.85 1.00 0.90 0.29 1.12 0.77
O4' 0.26 1.01 0.33 0.17 0.83 0.57 0.36 0.72 0.20 0.45 1.15 1.36 0.43 0.38 0.98 0.35 0.36 0.96 0.29 0.56
O5' 0.41 0.93 0.44 0.27 0.61 0.10 0.29 0.17 0.21 0.53 0.91 1.23 0.36 0.01 0.66 0.24 0.25 0.35 0.17 0.18
OP1 0.26 0.29 0.10 0.25 0.73 0.31 0.98 0.50 0.90 0.45 0.42 0.42 0.16 0.01 0.78 0.35 0.66 0.98 1.02 0.89
OP2 0.15 0.10 0.28 0.06 0.31 0.24 0.45 0.51 0.44 0.20 0.17 0.19 0.33 0.02 0.33 0.13 0.58 0.56 0.45 0.55
P 0.03 0.25 0.06 0.00 0.25 0.03 0.43 0.09 0.42 0.09 0.22 0.51 0.12 0.00 0.28 0.02 0.10 0.25 0.20 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.07 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.08 0.00 0.07 0.08 0.08 0.05
C2 0.02 0.00 0.18 0.16 0.03 0.03 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.13 0.20 0.06 0.07 0.08 0.08 0.15 0.11
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.18 0.02 0.12 0.33 0.00 0.02 0.11 0.01 0.05 0.14 0.10 0.05
C3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.16 0.01 0.28 0.01 0.30 0.07 0.12 0.32 0.01 0.00 0.17 0.01 0.02 0.18 0.11 0.07
C4 0.07 0.03 0.09 0.16 0.00 0.10 0.00 0.13 0.02 0.05 0.01 0.02 0.06 0.18 0.02 0.07 0.19 0.17 0.17 0.14
C4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.10 0.00 0.15 0.01 0.15 0.03 0.02 0.10 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.09 0.01 0.01
C5 0.04 0.00 0.16 0.28 0.00 0.15 0.00 0.20 0.01 0.03 0.01 0.01 0.11 0.32 0.02 0.06 0.31 0.27 0.26 0.22
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.13 0.01 0.20 0.00 0.20 0.07 0.05 0.09 0.06 0.03 0.14 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01
C6 0.03 0.02 0.18 0.30 0.02 0.15 0.01 0.20 0.00 0.00 0.02 0.02 0.12 0.32 0.04 0.07 0.30 0.25 0.21 0.19
N1 0.01 0.00 0.02 0.07 0.05 0.03 0.03 0.07 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.07 0.07 0.01 0.12 0.12 0.12 0.09
N3 0.03 0.01 0.12 0.12 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.09 0.16 0.05 0.06 0.09 0.10 0.15 0.11
O2 0.03 0.01 0.33 0.32 0.02 0.10 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.25 0.40 0.05 0.11 0.11 0.11 0.19 0.15
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.06 0.06 0.11 0.06 0.12 0.02 0.09 0.25 0.00 0.05 0.08 0.05 0.04 0.14 0.07 0.04
O3' 0.01 0.20 0.02 0.00 0.18 0.01 0.32 0.03 0.32 0.07 0.16 0.40 0.05 0.00 0.21 0.01 0.02 0.23 0.14 0.10
O4 0.08 0.06 0.11 0.17 0.02 0.12 0.02 0.14 0.04 0.07 0.05 0.05 0.08 0.21 0.00 0.08 0.20 0.18 0.18 0.16
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.07 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.06 0.11 0.05 0.01 0.08 0.00 0.04 0.03 0.07 0.07
O5' 0.07 0.08 0.05 0.02 0.19 0.01 0.31 0.01 0.30 0.12 0.09 0.11 0.04 0.02 0.20 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.08 0.14 0.18 0.17 0.09 0.27 0.07 0.25 0.12 0.10 0.11 0.14 0.23 0.18 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.15 0.10 0.11 0.17 0.01 0.26 0.01 0.21 0.12 0.15 0.19 0.07 0.14 0.18 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.11 0.05 0.07 0.14 0.01 0.22 0.01 0.19 0.09 0.11 0.15 0.04 0.10 0.16 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00