ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52222

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.008, 0.017, 0.027, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.006, 0.022, 0.039, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.022 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.014, 0.039, 0.064, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.039 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.011, 0.040, 0.070, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.040 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.011, 0.044, 0.077, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.044 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.010, 0.053, 0.096, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.053 std_dev=0.043
C2' A 0, 0.017, 0.066, 0.115, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.066 std_dev=0.049
C3' A 0, 0.003, 0.078, 0.153, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.078 std_dev=0.075
O2' A 0, 0.019, 0.095, 0.171, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.095 std_dev=0.076
C4' A 0, -0.006, 0.071, 0.148, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.071 std_dev=0.077
O3' B 0, 0.054, 0.139, 0.223, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.139 std_dev=0.085
O3' A 0, 0.004, 0.104, 0.205, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.104 std_dev=0.100
O5' A 0, -0.005, 0.099, 0.203, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.099 std_dev=0.104
C5' A 0, -0.003, 0.109, 0.220, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.109 std_dev=0.111
O2 B 0, 0.103, 0.216, 0.330, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.216 std_dev=0.113
C3' B 0, 0.074, 0.199, 0.325, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.199 std_dev=0.125
P A 0, 0.019, 0.153, 0.286, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.153 std_dev=0.134
C4' B 0, 0.088, 0.224, 0.360, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.224 std_dev=0.136
C5' B 0, 0.106, 0.242, 0.379, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.242 std_dev=0.137
OP1 A 0, 0.066, 0.224, 0.382, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.224 std_dev=0.158
O5' B 0, 0.125, 0.291, 0.456, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.291 std_dev=0.166
C2 B 0, 0.164, 0.334, 0.504, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.334 std_dev=0.170
C2' B 0, 0.161, 0.339, 0.516, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.339 std_dev=0.177
N3 B 0, 0.173, 0.352, 0.531, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.352 std_dev=0.179
O4' B 0, 0.161, 0.344, 0.527, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.344 std_dev=0.183
OP2 A 0, 0.047, 0.231, 0.415, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.231 std_dev=0.184
C1' B 0, 0.188, 0.390, 0.591, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.390 std_dev=0.201
O2' B 0, 0.199, 0.400, 0.601, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.400 std_dev=0.201
P B 0, 0.174, 0.376, 0.579, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.376 std_dev=0.202
O4 B 0, 0.204, 0.413, 0.621, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.413 std_dev=0.209
OP1 B 0, 0.161, 0.379, 0.597, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.379 std_dev=0.218
OP2 B 0, 0.203, 0.426, 0.649, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.426 std_dev=0.223
N1 B 0, 0.240, 0.488, 0.735, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.488 std_dev=0.248
C4 B 0, 0.261, 0.527, 0.792, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.527 std_dev=0.265
C6 B 0, 0.348, 0.707, 1.066, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.707 std_dev=0.359
C5 B 0, 0.363, 0.735, 1.108, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.735 std_dev=0.372

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.02 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04 0.08 0.04 0.03
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.08 0.03 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.08 0.03 0.03
C5' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.08 0.04 0.03
C8 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.08 0.03 0.03
N1 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04 0.08 0.04 0.03
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.04 0.08 0.03 0.03
N6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.07 0.04 0.04
N7 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.08 0.03 0.03
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.02 0.03
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01
O3' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.07 0.03 0.03
O5' 0.03 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.08 0.04 0.01 0.08 0.02 0.08 0.02 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.02 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05
C2 0.06 0.05 0.05 0.03 0.06 0.04 0.08 0.03 0.08 0.07 0.05 0.04 0.08 0.02 0.05 0.06 0.04 0.03 0.06 0.04
C2' 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04
C3' 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04
C4 0.05 0.05 0.05 0.03 0.05 0.04 0.06 0.04 0.07 0.06 0.04 0.04 0.07 0.02 0.05 0.06 0.04 0.04 0.06 0.04
C4' 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05
C5 0.06 0.05 0.05 0.03 0.05 0.04 0.06 0.04 0.07 0.06 0.04 0.04 0.08 0.02 0.05 0.06 0.04 0.03 0.06 0.05
C5' 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.06 0.06 0.05
C6 0.06 0.06 0.06 0.03 0.06 0.03 0.07 0.03 0.08 0.07 0.05 0.05 0.08 0.02 0.05 0.05 0.04 0.03 0.07 0.05
C8 0.05 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.04 0.04 0.04 0.07 0.02 0.04 0.06 0.05 0.04 0.05 0.05
N1 0.06 0.06 0.05 0.03 0.07 0.03 0.08 0.03 0.08 0.07 0.06 0.05 0.08 0.02 0.06 0.06 0.05 0.03 0.07 0.05
N3 0.06 0.05 0.05 0.03 0.05 0.04 0.07 0.04 0.07 0.06 0.05 0.04 0.07 0.02 0.05 0.06 0.04 0.04 0.06 0.04
N6 0.06 0.06 0.06 0.03 0.07 0.03 0.08 0.04 0.08 0.07 0.06 0.05 0.09 0.03 0.06 0.05 0.05 0.04 0.08 0.05
N7 0.05 0.04 0.05 0.03 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.08 0.02 0.04 0.06 0.04 0.04 0.06 0.05
N9 0.05 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.04 0.04 0.06 0.02 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.05
O2' 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.05 0.04 0.06 0.04 0.04
O3' 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.05 0.06 0.06 0.05
O4' 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06
O5' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.05 0.03
OP1 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.07 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03 0.06 0.05 0.05 0.04 0.04
OP2 0.05 0.07 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.08 0.09 0.01 0.06 0.01 0.06 0.11 0.08 0.07
P 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.05 0.00 0.02 0.02 0.04 0.07 0.05 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.00 0.03 0.04 0.05 0.08 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.08 0.08 0.06
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.06 0.05 0.04
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.10 0.07
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.05 0.08 0.10 0.07
C5' 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.05 0.07 0.09 0.07
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.08 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.00 0.02 0.04 0.06 0.10 0.06
O2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04 0.08 0.04
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.06 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.10 0.10 0.08
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.05 0.04
O4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 0.04 0.07 0.10 0.06
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02
O5' 0.03 0.04 0.05 0.04 0.05 0.01 0.05 0.00 0.05 0.04 0.04 0.04 0.06 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.05 0.08 0.06 0.07 0.02 0.08 0.03 0.07 0.05 0.06 0.04 0.10 0.06 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.08 0.08 0.05 0.10 0.01 0.10 0.01 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.05 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.03 0.05 0.06 0.04 0.07 0.01 0.07 0.01 0.07 0.05 0.06 0.04 0.08 0.04 0.06 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00