ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52224

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.013, 0.031, 0.049, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.031 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.013, 0.033, 0.053, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.033 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.013, 0.038, 0.063, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.038 std_dev=0.025
C2 A 0, 0.018, 0.044, 0.069, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.044 std_dev=0.026
N6 A 0, 0.018, 0.045, 0.071, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.045 std_dev=0.027
N3 A 0, 0.016, 0.043, 0.071, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.043 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.022, 0.052, 0.081, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.052 std_dev=0.030
N9 A 0, 0.017, 0.052, 0.087, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.052 std_dev=0.035
N7 A 0, 0.027, 0.066, 0.104, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.066 std_dev=0.039
C8 A 0, 0.024, 0.065, 0.106, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.065 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.054, 0.156, 0.258, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.156 std_dev=0.102
C2' A 0, 0.105, 0.269, 0.433, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.269 std_dev=0.164
OP2 A 0, 0.043, 0.234, 0.425, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.234 std_dev=0.191
C4' A 0, 0.098, 0.296, 0.494, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.296 std_dev=0.198
P A 0, 0.079, 0.290, 0.501, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.290 std_dev=0.211
O5' A 0, 0.091, 0.317, 0.543, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.317 std_dev=0.226
OP1 A 0, 0.111, 0.370, 0.628, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.370 std_dev=0.259
C1' B 0, 0.123, 0.394, 0.666, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.394 std_dev=0.271
C2 B 0, 0.159, 0.445, 0.732, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.445 std_dev=0.287
O2' A 0, 0.166, 0.456, 0.745, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.456 std_dev=0.289
O3' B 0, 0.069, 0.359, 0.650, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.359 std_dev=0.291
O2 B 0, 0.178, 0.470, 0.762, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.470 std_dev=0.292
O4' B 0, 0.117, 0.413, 0.708, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.413 std_dev=0.295
N1 B 0, 0.141, 0.436, 0.732, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.436 std_dev=0.295
N3 B 0, 0.157, 0.453, 0.749, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.453 std_dev=0.296
O4 B 0, 0.141, 0.443, 0.744, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.443 std_dev=0.302
C4' B 0, 0.108, 0.413, 0.719, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.413 std_dev=0.306
C2' B 0, 0.125, 0.433, 0.740, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.433 std_dev=0.308
C4 B 0, 0.134, 0.444, 0.753, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.444 std_dev=0.309
C3' B 0, 0.112, 0.422, 0.733, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.422 std_dev=0.310
O2' B 0, 0.108, 0.425, 0.742, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.425 std_dev=0.317
C5' B 0, 0.109, 0.437, 0.764, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.437 std_dev=0.327
C3' A 0, 0.135, 0.464, 0.793, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.464 std_dev=0.329
C6 B 0, 0.112, 0.444, 0.776, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.444 std_dev=0.332
C5 B 0, 0.108, 0.450, 0.791, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.450 std_dev=0.341
O5' B 0, 0.067, 0.414, 0.762, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.414 std_dev=0.348
C5' A 0, 0.156, 0.539, 0.923, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.539 std_dev=0.383
OP1 B 0, 0.125, 0.514, 0.903, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.514 std_dev=0.389
P B 0, 0.073, 0.469, 0.865, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.469 std_dev=0.396
OP2 B 0, 0.085, 0.526, 0.967, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.526 std_dev=0.441
O3' A 0, 0.033, 0.588, 1.143, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.588 std_dev=0.555

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.25 0.00 0.03 0.07 0.10 0.08
C2 0.03 0.00 0.06 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.33 0.03 0.05 0.05 0.05 0.04
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.05 0.06 0.02 0.04 0.01 0.00 0.09 0.02 0.05 0.04 0.06 0.05
C3' 0.03 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.02 0.12 0.05 0.08 0.03 0.11 0.04 0.03 0.02 0.01 0.10 0.15 0.13 0.12
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.09 0.25 0.02 0.05 0.05 0.06 0.04
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.09 0.02 0.03 0.04 0.08 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.08 0.20 0.02 0.08 0.04 0.04 0.04
C5' 0.01 0.05 0.05 0.02 0.08 0.00 0.12 0.00 0.10 0.16 0.07 0.04 0.12 0.16 0.08 0.04 0.10 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.10 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.11 0.22 0.02 0.06 0.03 0.03 0.03
C8 0.02 0.01 0.05 0.12 0.00 0.09 0.01 0.16 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.12 0.01 0.11 0.05 0.06 0.04
N1 0.03 0.01 0.05 0.05 0.02 0.02 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.14 0.29 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03
N3 0.03 0.01 0.06 0.08 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.13 0.34 0.03 0.05 0.05 0.07 0.05
N6 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.12 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.12 0.19 0.04 0.07 0.02 0.02 0.02
N7 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.08 0.00 0.16 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.12 0.02 0.12 0.06 0.04 0.05
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.20 0.01 0.04 0.06 0.09 0.06
O2' 0.02 0.15 0.00 0.03 0.09 0.01 0.08 0.04 0.11 0.04 0.14 0.13 0.12 0.05 0.05 0.00 0.17 0.01 0.06 0.06 0.07 0.07
O3' 0.25 0.33 0.09 0.02 0.25 0.07 0.20 0.10 0.22 0.12 0.29 0.34 0.19 0.12 0.20 0.17 0.00 0.19 0.17 0.30 0.25 0.21
O4' 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.19 0.00 0.07 0.12 0.16 0.14
O5' 0.03 0.05 0.05 0.10 0.05 0.00 0.08 0.00 0.06 0.11 0.04 0.05 0.07 0.12 0.04 0.06 0.17 0.07 0.00 0.03 0.03 0.00
OP1 0.07 0.05 0.04 0.15 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.05 0.02 0.06 0.06 0.06 0.30 0.12 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.05 0.06 0.13 0.06 0.03 0.04 0.02 0.03 0.06 0.04 0.07 0.02 0.04 0.09 0.07 0.25 0.16 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.04 0.05 0.12 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.05 0.06 0.07 0.21 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.17 0.16 0.14 0.16 0.12 0.16 0.08 0.16 0.17 0.17 0.18 0.18 0.15 0.17 0.18 0.09 0.22 0.18 0.13
C2 0.11 0.10 0.08 0.08 0.09 0.10 0.09 0.08 0.10 0.10 0.10 0.12 0.12 0.07 0.10 0.16 0.11 0.22 0.19 0.13
C2' 0.13 0.13 0.11 0.08 0.13 0.07 0.13 0.05 0.14 0.13 0.13 0.14 0.13 0.10 0.13 0.13 0.05 0.18 0.15 0.09
C3' 0.04 0.02 0.05 0.06 0.03 0.09 0.05 0.16 0.05 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.03 0.06 0.16 0.07 0.06 0.09
C4 0.14 0.14 0.10 0.09 0.13 0.10 0.12 0.07 0.12 0.13 0.13 0.15 0.14 0.08 0.13 0.17 0.10 0.22 0.20 0.13
C4' 0.07 0.07 0.07 0.05 0.07 0.07 0.08 0.12 0.08 0.07 0.07 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.11 0.13 0.08 0.07
C5 0.12 0.12 0.07 0.06 0.11 0.09 0.10 0.08 0.11 0.11 0.12 0.13 0.12 0.04 0.12 0.16 0.12 0.23 0.21 0.14
C5' 0.07 0.04 0.02 0.06 0.05 0.16 0.06 0.22 0.06 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04 0.13 0.19 0.08 0.04 0.09
C6 0.10 0.09 0.06 0.05 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.11 0.12 0.03 0.09 0.15 0.12 0.22 0.21 0.14
C8 0.15 0.17 0.11 0.08 0.15 0.09 0.14 0.06 0.14 0.15 0.16 0.18 0.14 0.06 0.16 0.17 0.10 0.23 0.20 0.14
N1 0.11 0.10 0.07 0.07 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.10 0.09 0.11 0.12 0.04 0.09 0.16 0.12 0.23 0.21 0.14
N3 0.14 0.13 0.11 0.10 0.12 0.11 0.11 0.08 0.12 0.13 0.13 0.15 0.14 0.09 0.13 0.17 0.10 0.22 0.19 0.13
N6 0.08 0.08 0.05 0.04 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.14 0.03 0.07 0.13 0.13 0.22 0.22 0.14
N7 0.12 0.13 0.07 0.06 0.12 0.09 0.11 0.07 0.11 0.12 0.13 0.15 0.11 0.05 0.13 0.16 0.12 0.23 0.22 0.15
N9 0.16 0.16 0.13 0.11 0.15 0.11 0.14 0.07 0.15 0.15 0.16 0.18 0.16 0.11 0.16 0.18 0.09 0.22 0.19 0.13
O2' 0.16 0.18 0.13 0.09 0.17 0.08 0.16 0.05 0.16 0.17 0.18 0.19 0.14 0.11 0.18 0.16 0.05 0.16 0.15 0.08
O3' 0.07 0.06 0.11 0.11 0.06 0.09 0.08 0.16 0.09 0.07 0.06 0.07 0.14 0.08 0.06 0.10 0.21 0.17 0.17 0.19
O4' 0.20 0.20 0.20 0.19 0.19 0.15 0.19 0.11 0.19 0.20 0.20 0.21 0.23 0.21 0.20 0.20 0.12 0.23 0.19 0.15
O5' 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.09 0.04 0.13 0.04 0.03 0.05 0.07 0.07 0.02 0.05 0.03 0.10 0.14 0.10 0.03
OP1 0.07 0.11 0.08 0.01 0.13 0.05 0.13 0.09 0.13 0.10 0.12 0.12 0.14 0.01 0.13 0.02 0.09 0.19 0.15 0.08
OP2 0.17 0.20 0.10 0.03 0.20 0.05 0.20 0.03 0.19 0.19 0.21 0.21 0.12 0.01 0.21 0.13 0.06 0.27 0.26 0.17
P 0.08 0.10 0.06 0.01 0.11 0.02 0.11 0.05 0.11 0.09 0.10 0.11 0.09 0.00 0.11 0.04 0.04 0.21 0.17 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.23 0.19 0.13
C2 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.17 0.27 0.27 0.20
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.05 0.06 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.10 0.31 0.25 0.20
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.25 0.13 0.11
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.21 0.28 0.31 0.23
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.15 0.05 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.22 0.28 0.30 0.24
C5' 0.03 0.08 0.05 0.02 0.11 0.01 0.12 0.00 0.10 0.08 0.10 0.08 0.05 0.02 0.12 0.01 0.00 0.07 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.05 0.01 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.03 0.01 0.04 0.20 0.27 0.27 0.22
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.26 0.25 0.19
N3 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.19 0.28 0.30 0.22
O2 0.04 0.00 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.07 0.15 0.27 0.26 0.18
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02 0.06 0.05 0.06 0.01 0.04 0.06 0.00 0.06 0.05 0.01 0.11 0.35 0.32 0.24
O3' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.06 0.06 0.00 0.01 0.02 0.02 0.23 0.13 0.09
O4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.22 0.28 0.31 0.24
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.07 0.01 0.02 0.02 0.00 0.06 0.13 0.08 0.05
O5' 0.10 0.17 0.10 0.02 0.21 0.00 0.22 0.00 0.20 0.16 0.19 0.15 0.11 0.02 0.22 0.06 0.00 0.04 0.01 0.01
OP1 0.23 0.27 0.31 0.25 0.28 0.15 0.28 0.07 0.27 0.26 0.28 0.27 0.35 0.23 0.28 0.13 0.04 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.27 0.25 0.13 0.31 0.05 0.30 0.01 0.27 0.25 0.30 0.26 0.32 0.13 0.31 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.20 0.20 0.11 0.23 0.04 0.24 0.01 0.22 0.19 0.22 0.18 0.24 0.09 0.24 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00