ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52225

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.023 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.005, 0.024, 0.044, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.024 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.005, 0.030, 0.055, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.030 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.015, 0.042, 0.070, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.042 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.012, 0.048, 0.083, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.048 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.006, 0.043, 0.080, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.043 std_dev=0.037
C2' A 0, 0.010, 0.177, 0.344, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.177 std_dev=0.167
O4' A 0, -0.020, 0.205, 0.431, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.205 std_dev=0.226
C2' B 0, -0.001, 0.306, 0.614, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.306 std_dev=0.308
O2' B 0, 0.127, 0.456, 0.785, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.456 std_dev=0.329
C4' A 0, 0.054, 0.413, 0.771, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.413 std_dev=0.358
C3' B 0, 0.132, 0.790, 1.447, 1.546 max_d=1.546 avg_d=0.790 std_dev=0.658
C3' A 0, 0.092, 0.819, 1.545, 1.643 max_d=1.643 avg_d=0.819 std_dev=0.727
C5' A 0, 0.062, 0.830, 1.598, 1.994 max_d=1.994 avg_d=0.830 std_dev=0.768
O2' A 0, 0.070, 0.855, 1.640, 1.695 max_d=1.695 avg_d=0.855 std_dev=0.785
O5' A 0, 0.117, 0.934, 1.750, 1.983 max_d=1.983 avg_d=0.934 std_dev=0.816
O3' B 0, 0.130, 1.006, 1.882, 2.128 max_d=2.128 avg_d=1.006 std_dev=0.876
C1' B 0, 0.036, 1.046, 2.056, 2.553 max_d=2.553 avg_d=1.046 std_dev=1.010
P A 0, -0.063, 0.965, 1.994, 2.649 max_d=2.649 avg_d=0.965 std_dev=1.029
OP1 A 0, 0.011, 1.354, 2.698, 3.498 max_d=3.498 avg_d=1.354 std_dev=1.344
C4' B 0, 0.063, 1.477, 2.890, 3.439 max_d=3.439 avg_d=1.477 std_dev=1.414
OP2 A 0, -0.069, 1.346, 2.760, 3.598 max_d=3.598 avg_d=1.346 std_dev=1.415
O3' A 0, 0.098, 1.566, 3.034, 3.162 max_d=3.162 avg_d=1.566 std_dev=1.468
O2 B 0, 0.084, 1.555, 3.025, 3.647 max_d=3.647 avg_d=1.555 std_dev=1.470
O4' B 0, 0.009, 1.540, 3.071, 3.775 max_d=3.775 avg_d=1.540 std_dev=1.531
N1 B 0, -0.137, 1.522, 3.182, 4.189 max_d=4.189 avg_d=1.522 std_dev=1.659
C2 B 0, -0.081, 1.735, 3.552, 4.558 max_d=4.558 avg_d=1.735 std_dev=1.817
C5' B 0, 0.099, 2.208, 4.318, 5.047 max_d=5.047 avg_d=2.208 std_dev=2.109
O5' B 0, -0.013, 2.148, 4.310, 5.297 max_d=5.297 avg_d=2.148 std_dev=2.162
C6 B 0, -0.365, 1.953, 4.271, 5.792 max_d=5.792 avg_d=1.953 std_dev=2.318
OP1 B 0, 0.320, 2.783, 5.246, 5.489 max_d=5.489 avg_d=2.783 std_dev=2.463
N3 B 0, -0.268, 2.316, 4.899, 6.444 max_d=6.444 avg_d=2.316 std_dev=2.584
P B 0, 0.045, 2.861, 5.677, 6.884 max_d=6.884 avg_d=2.861 std_dev=2.816
C5 B 0, -0.559, 2.456, 5.472, 7.483 max_d=7.483 avg_d=2.456 std_dev=3.015
C4 B 0, -0.520, 2.650, 5.820, 7.866 max_d=7.866 avg_d=2.650 std_dev=3.170
OP2 B 0, -0.562, 3.189, 6.939, 9.434 max_d=9.434 avg_d=3.189 std_dev=3.751
O4 B 0, -0.663, 3.165, 6.994, 9.470 max_d=9.470 avg_d=3.165 std_dev=3.828

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.34 0.01 0.15 0.69 0.12 0.28
C2 0.01 0.00 0.11 0.10 0.01 0.05 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.41 0.61 0.12 0.35 1.21 0.55 0.67
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.09 0.02 0.10 0.22 0.11 0.07 0.12 0.10 0.11 0.08 0.05 0.00 0.05 0.04 0.18 0.54 0.19 0.23
C3' 0.03 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.15 0.01 0.11 0.30 0.05 0.11 0.16 0.28 0.13 0.02 0.01 0.02 0.40 0.60 0.15 0.33
C4 0.00 0.01 0.09 0.05 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.37 0.36 0.07 0.37 1.12 0.48 0.62
C4' 0.00 0.05 0.02 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.10 0.11 0.08 0.04 0.12 0.12 0.06 0.25 0.03 0.00 0.01 0.36 0.09 0.06
C5 0.01 0.01 0.10 0.15 0.00 0.10 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.44 0.19 0.06 0.48 1.23 0.64 0.75
C5' 0.06 0.16 0.22 0.01 0.14 0.00 0.19 0.00 0.21 0.14 0.19 0.12 0.24 0.19 0.11 0.07 0.20 0.01 0.01 0.29 0.14 0.02
C6 0.01 0.01 0.11 0.11 0.00 0.10 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.50 0.28 0.08 0.49 1.30 0.73 0.81
C8 0.02 0.01 0.07 0.30 0.00 0.11 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.30 0.11 0.04 0.50 1.00 0.48 0.63
N1 0.01 0.00 0.12 0.05 0.01 0.08 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.48 0.47 0.11 0.43 1.29 0.67 0.76
N3 0.01 0.00 0.10 0.11 0.00 0.04 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.34 0.61 0.11 0.29 1.10 0.43 0.58
N6 0.01 0.01 0.11 0.16 0.00 0.12 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.53 0.19 0.07 0.55 1.33 0.83 0.87
N7 0.02 0.01 0.08 0.28 0.00 0.12 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.40 0.07 0.01 0.55 1.16 0.66 0.77
N9 0.01 0.01 0.05 0.13 0.00 0.06 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.25 0.19 0.02 0.35 0.96 0.35 0.51
O2' 0.02 0.41 0.00 0.02 0.37 0.25 0.44 0.07 0.50 0.30 0.48 0.34 0.53 0.40 0.25 0.00 0.07 0.16 0.27 0.59 0.09 0.18
O3' 0.34 0.61 0.05 0.01 0.36 0.03 0.19 0.20 0.28 0.11 0.47 0.61 0.19 0.07 0.19 0.07 0.00 0.23 0.43 0.51 0.41 0.40
O4' 0.01 0.12 0.04 0.02 0.07 0.00 0.06 0.01 0.08 0.04 0.11 0.11 0.07 0.01 0.02 0.16 0.23 0.00 0.06 0.51 0.03 0.12
O5' 0.15 0.35 0.18 0.40 0.37 0.01 0.48 0.01 0.49 0.50 0.43 0.29 0.55 0.55 0.35 0.27 0.43 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.69 1.21 0.54 0.60 1.12 0.36 1.23 0.29 1.30 1.00 1.29 1.10 1.33 1.16 0.96 0.59 0.51 0.51 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.12 0.55 0.19 0.15 0.48 0.09 0.64 0.14 0.73 0.48 0.67 0.43 0.83 0.66 0.35 0.09 0.41 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.28 0.67 0.23 0.33 0.62 0.06 0.75 0.02 0.81 0.63 0.76 0.58 0.87 0.77 0.51 0.18 0.40 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.62 0.13 0.25 0.96 0.67 0.83 0.82 0.60 0.46 0.86 0.53 0.25 0.53 1.10 0.40 0.57 0.67 0.48 0.60
C2 0.19 0.49 0.05 0.50 0.63 1.03 0.37 1.39 0.18 0.19 0.68 0.56 0.07 0.71 0.78 0.78 1.13 1.70 1.37 1.37
C2' 0.22 0.83 0.17 0.17 1.28 0.51 1.14 0.57 0.85 0.66 1.14 0.69 0.42 0.53 1.44 0.22 0.29 0.42 0.20 0.26
C3' 0.88 1.38 0.79 0.46 1.80 0.27 1.72 0.16 1.48 1.28 1.63 1.21 0.71 0.21 1.92 0.53 0.35 0.44 0.67 0.38
C4 0.16 0.44 0.06 0.46 0.59 0.96 0.38 1.24 0.20 0.19 0.62 0.48 0.08 0.68 0.72 0.71 1.00 1.42 1.14 1.17
C4' 0.34 0.76 0.31 0.10 1.21 0.27 1.20 0.37 0.98 0.72 1.01 0.58 0.32 0.35 1.33 0.08 0.31 0.08 0.33 0.25
C5 0.31 0.29 0.06 0.58 0.32 1.08 0.14 1.43 0.17 0.14 0.40 0.39 0.07 0.77 0.40 0.87 1.23 1.76 1.48 1.46
C5' 0.17 0.37 0.10 0.17 0.86 0.27 0.98 0.32 0.82 0.47 0.59 0.16 0.27 0.37 0.94 0.16 0.33 0.13 0.42 0.26
C6 0.37 0.29 0.07 0.63 0.27 1.15 0.19 1.58 0.29 0.20 0.38 0.43 0.11 0.81 0.35 0.96 1.39 2.06 1.74 1.69
C8 0.20 0.27 0.05 0.47 0.37 0.92 0.22 1.13 0.10 0.10 0.39 0.30 0.05 0.67 0.44 0.70 0.93 1.23 1.03 1.05
N1 0.31 0.37 0.05 0.59 0.41 1.12 0.19 1.54 0.19 0.15 0.51 0.50 0.07 0.77 0.53 0.91 1.33 1.99 1.66 1.62
N3 0.12 0.54 0.08 0.43 0.75 0.94 0.52 1.23 0.29 0.27 0.76 0.57 0.11 0.65 0.91 0.68 0.96 1.40 1.10 1.14
N6 0.48 0.29 0.12 0.70 0.27 1.22 0.41 1.72 0.51 0.35 0.32 0.42 0.18 0.85 0.28 1.07 1.59 2.37 2.05 1.96
N7 0.35 0.20 0.08 0.61 0.18 1.09 0.15 1.40 0.25 0.18 0.26 0.29 0.10 0.79 0.23 0.90 1.22 1.68 1.45 1.42
N9 0.09 0.46 0.08 0.38 0.66 0.85 0.50 1.05 0.31 0.26 0.64 0.45 0.14 0.61 0.78 0.59 0.81 1.09 0.86 0.91
O2' 0.13 0.85 0.08 0.16 1.46 0.55 1.31 0.57 0.95 0.68 1.25 0.65 0.50 0.48 1.69 0.29 0.28 0.26 0.37 0.21
O3' 1.37 2.09 1.18 0.76 2.62 0.52 2.46 0.41 2.11 1.89 2.44 1.93 1.04 0.24 2.80 0.94 0.75 0.75 1.19 0.81
O4' 0.16 0.47 0.14 0.31 0.83 0.68 0.79 0.82 0.60 0.42 0.69 0.33 0.15 0.53 0.94 0.45 0.65 0.49 0.49 0.63
O5' 0.57 0.63 0.61 0.30 0.80 0.13 0.87 0.09 0.83 0.68 0.69 0.56 0.63 0.02 0.81 0.33 0.14 0.08 0.23 0.11
OP1 0.24 0.47 0.06 0.28 0.60 0.36 0.58 0.59 0.49 0.42 0.55 0.41 0.27 0.01 0.65 0.36 0.93 0.82 0.79 1.01
OP2 0.23 0.53 0.31 0.07 0.17 0.05 0.16 0.27 0.16 0.22 0.45 0.77 0.33 0.02 0.17 0.07 0.17 0.22 0.70 0.25
P 0.03 0.17 0.08 0.03 0.13 0.07 0.23 0.12 0.22 0.06 0.15 0.29 0.18 0.01 0.13 0.05 0.27 0.23 0.18 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.11 0.50 0.22 0.19
C2 0.02 0.00 0.09 0.13 0.00 0.04 0.01 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.14 0.01 0.07 0.27 1.04 0.46 0.45
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.16 0.03 0.05 0.19 0.00 0.02 0.05 0.02 0.05 0.32 0.05 0.09
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.11 0.00 0.17 0.02 0.18 0.07 0.11 0.19 0.01 0.01 0.11 0.01 0.07 0.17 0.08 0.10
C4 0.02 0.00 0.05 0.11 0.00 0.09 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.11 0.01 0.04 0.37 1.45 0.67 0.62
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.09 0.00 0.11 0.00 0.10 0.05 0.06 0.02 0.05 0.02 0.10 0.01 0.03 0.08 0.24 0.02
C5 0.03 0.01 0.14 0.17 0.01 0.11 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.19 0.01 0.01 0.36 1.41 0.62 0.60
C5' 0.04 0.13 0.01 0.02 0.22 0.00 0.23 0.00 0.19 0.13 0.18 0.08 0.04 0.02 0.24 0.02 0.02 0.30 0.38 0.01
C6 0.03 0.01 0.16 0.18 0.01 0.10 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.19 0.01 0.02 0.30 1.12 0.44 0.48
N1 0.02 0.00 0.03 0.07 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.03 0.24 0.91 0.37 0.38
N3 0.02 0.00 0.05 0.11 0.00 0.06 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.13 0.01 0.07 0.33 1.29 0.59 0.56
O2 0.03 0.00 0.19 0.19 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.23 0.01 0.10 0.23 0.91 0.42 0.39
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.10 0.05 0.12 0.04 0.12 0.06 0.11 0.19 0.00 0.02 0.10 0.09 0.07 0.18 0.12 0.08
O3' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.11 0.02 0.19 0.02 0.19 0.07 0.13 0.23 0.02 0.00 0.11 0.03 0.14 0.29 0.20 0.18
O4 0.02 0.01 0.05 0.11 0.01 0.10 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.11 0.00 0.05 0.39 1.56 0.76 0.68
O4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.07 0.10 0.09 0.03 0.05 0.00 0.09 0.25 0.28 0.13
O5' 0.11 0.27 0.05 0.07 0.37 0.03 0.36 0.02 0.30 0.24 0.33 0.23 0.07 0.14 0.39 0.09 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.50 1.04 0.32 0.17 1.45 0.08 1.41 0.30 1.12 0.91 1.29 0.91 0.18 0.29 1.56 0.25 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 0.46 0.05 0.08 0.67 0.24 0.62 0.38 0.44 0.37 0.59 0.42 0.12 0.20 0.76 0.28 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.45 0.09 0.10 0.62 0.02 0.60 0.01 0.48 0.38 0.56 0.39 0.08 0.18 0.68 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00