ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52226

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.001, 0.006, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.001, 0.009, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.001, 0.010, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N6 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.002, 0.014, 0.027, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.004, 0.018, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.015
O4' A 0, 0.009, 0.073, 0.138, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.073 std_dev=0.065
C2' A 0, 0.023, 0.113, 0.204, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.113 std_dev=0.091
C4' A 0, 0.018, 0.114, 0.210, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.114 std_dev=0.096
C3' A 0, 0.029, 0.156, 0.282, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.156 std_dev=0.126
O2' A 0, 0.047, 0.178, 0.308, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.178 std_dev=0.130
C5' A 0, 0.018, 0.195, 0.372, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.195 std_dev=0.177
O3' A 0, 0.051, 0.239, 0.427, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.239 std_dev=0.188
O5' A 0, 0.064, 0.257, 0.450, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.257 std_dev=0.193
OP1 A 0, 0.132, 0.375, 0.618, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.375 std_dev=0.243
O3' B 0, 0.093, 0.344, 0.594, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.344 std_dev=0.250
O2' B 0, 0.065, 0.319, 0.574, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.319 std_dev=0.254
P A 0, 0.070, 0.332, 0.594, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.332 std_dev=0.262
OP2 A 0, 0.130, 0.440, 0.750, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.440 std_dev=0.310
C3' B 0, 0.101, 0.416, 0.731, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.416 std_dev=0.315
C2' B 0, 0.078, 0.396, 0.713, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.396 std_dev=0.317
C4' B 0, 0.130, 0.467, 0.804, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.467 std_dev=0.337
C1' B 0, 0.114, 0.515, 0.916, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.515 std_dev=0.401
O4' B 0, 0.136, 0.542, 0.948, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.542 std_dev=0.406
C5' B 0, 0.154, 0.561, 0.969, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.561 std_dev=0.408
O2 B 0, 0.150, 0.619, 1.087, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.619 std_dev=0.468
N1 B 0, 0.141, 0.616, 1.091, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.616 std_dev=0.475
C2 B 0, 0.164, 0.657, 1.149, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.657 std_dev=0.492
O5' B 0, 0.176, 0.687, 1.198, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.687 std_dev=0.511
C6 B 0, 0.156, 0.686, 1.217, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.686 std_dev=0.531
P B 0, 0.208, 0.761, 1.314, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.761 std_dev=0.553
OP1 B 0, 0.192, 0.746, 1.300, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.746 std_dev=0.554
N3 B 0, 0.208, 0.763, 1.318, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.763 std_dev=0.555
OP2 B 0, 0.227, 0.814, 1.402, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.814 std_dev=0.587
C5 B 0, 0.189, 0.787, 1.385, 1.503 max_d=1.503 avg_d=0.787 std_dev=0.598
C4 B 0, 0.221, 0.830, 1.438, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.830 std_dev=0.609
O4 B 0, 0.264, 0.929, 1.595, 1.762 max_d=1.762 avg_d=0.929 std_dev=0.666

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.12 0.01 0.05
C2 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.02 0.02 0.20 0.08 0.11
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.03 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.05 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.17 0.06 0.09
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.16 0.09 0.10
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.17 0.11 0.12
C8 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.02 0.11 0.06 0.07
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.03 0.19 0.10 0.12
N3 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.02 0.02 0.18 0.06 0.09
N6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.16 0.13 0.12
N7 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.03 0.12 0.09 0.09
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.14 0.04 0.07
O2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.10 0.04 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.03 0.05 0.05 0.06 0.02 0.02 0.00 0.00 0.05 0.06 0.06 0.02
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.11 0.02 0.04
O5' 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.12 0.20 0.10 0.08 0.17 0.08 0.16 0.04 0.17 0.11 0.19 0.18 0.16 0.12 0.14 0.10 0.06 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.08 0.03 0.05 0.06 0.03 0.09 0.03 0.11 0.06 0.10 0.06 0.13 0.09 0.04 0.04 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.11 0.03 0.02 0.09 0.02 0.10 0.00 0.12 0.07 0.12 0.09 0.12 0.09 0.07 0.03 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.06 0.02 0.04 0.04 0.05 0.02 0.07 0.03 0.03 0.06 0.09 0.05 0.06 0.05 0.04 0.07 0.09 0.05 0.07
C2 0.04 0.05 0.04 0.10 0.03 0.12 0.05 0.16 0.06 0.04 0.05 0.09 0.04 0.13 0.03 0.07 0.16 0.19 0.15 0.18
C2' 0.06 0.07 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05 0.07 0.09 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.09 0.05 0.08
C3' 0.05 0.07 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.08 0.10 0.08 0.05 0.06 0.05 0.06 0.08 0.04 0.06
C4 0.04 0.04 0.04 0.09 0.02 0.10 0.04 0.13 0.05 0.03 0.04 0.08 0.03 0.12 0.02 0.06 0.13 0.14 0.11 0.14
C4' 0.04 0.07 0.04 0.02 0.05 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.08 0.10 0.07 0.03 0.07 0.03 0.05 0.08 0.03 0.06
C5 0.07 0.07 0.07 0.11 0.06 0.12 0.08 0.15 0.08 0.07 0.06 0.09 0.06 0.13 0.06 0.09 0.16 0.16 0.14 0.16
C5' 0.04 0.07 0.04 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.08 0.10 0.08 0.01 0.07 0.03 0.05 0.07 0.02 0.05
C6 0.09 0.08 0.09 0.13 0.08 0.14 0.10 0.18 0.10 0.08 0.08 0.10 0.08 0.14 0.08 0.11 0.18 0.19 0.17 0.19
C8 0.06 0.05 0.06 0.09 0.05 0.08 0.06 0.09 0.07 0.05 0.05 0.07 0.04 0.10 0.04 0.06 0.11 0.10 0.08 0.10
N1 0.06 0.06 0.07 0.12 0.06 0.14 0.08 0.18 0.08 0.06 0.06 0.09 0.06 0.14 0.05 0.10 0.18 0.20 0.18 0.20
N3 0.03 0.06 0.03 0.08 0.03 0.09 0.03 0.13 0.04 0.03 0.06 0.10 0.03 0.12 0.03 0.06 0.14 0.16 0.12 0.15
N6 0.12 0.12 0.12 0.15 0.13 0.17 0.13 0.20 0.13 0.12 0.12 0.13 0.11 0.15 0.12 0.14 0.20 0.20 0.20 0.22
N7 0.09 0.09 0.10 0.12 0.09 0.12 0.10 0.13 0.10 0.09 0.09 0.11 0.09 0.13 0.08 0.10 0.14 0.13 0.12 0.14
N9 0.03 0.04 0.03 0.07 0.01 0.07 0.03 0.09 0.04 0.02 0.04 0.07 0.02 0.09 0.02 0.05 0.10 0.11 0.08 0.10
O2' 0.06 0.07 0.04 0.04 0.06 0.06 0.04 0.06 0.05 0.05 0.08 0.10 0.08 0.05 0.07 0.07 0.07 0.09 0.05 0.07
O3' 0.05 0.07 0.04 0.03 0.05 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.07 0.09 0.08 0.05 0.06 0.05 0.06 0.08 0.03 0.06
O4' 0.03 0.07 0.03 0.03 0.05 0.03 0.02 0.05 0.02 0.03 0.07 0.10 0.05 0.05 0.06 0.03 0.06 0.07 0.02 0.06
O5' 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.07 0.06 0.00 0.02 0.02 0.05 0.07 0.03 0.05
OP1 0.02 0.07 0.02 0.01 0.09 0.01 0.07 0.02 0.05 0.04 0.09 0.08 0.02 0.00 0.11 0.01 0.05 0.09 0.09 0.08
OP2 0.04 0.11 0.06 0.01 0.10 0.02 0.06 0.07 0.05 0.06 0.12 0.13 0.07 0.01 0.11 0.00 0.08 0.11 0.04 0.07
P 0.02 0.07 0.03 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.04 0.08 0.09 0.04 0.00 0.08 0.01 0.05 0.07 0.03 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.05 0.02 0.04
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.03 0.04 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02
C5 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.04 0.05 0.03
C5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.04 0.06 0.03
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03
N3 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02
O2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.07 0.01 0.00 0.06 0.01 0.05 0.08 0.05 0.06
O4 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.07 0.05
O5' 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01
OP1 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.03 0.08 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.05 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.06 0.05 0.04 0.05 0.02 0.05 0.03 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.06 0.03 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00