ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52227

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.004, 0.019, 0.034, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.008, 0.024, 0.040, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.024 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.025 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.012, 0.032, 0.052, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.032 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.010, 0.038, 0.065, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.027
N6 A 0, -0.001, 0.035, 0.070, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.035 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.036, 0.156, 0.275, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.156 std_dev=0.120
C2' A 0, 0.065, 0.200, 0.336, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.200 std_dev=0.136
C4' A 0, 0.138, 0.496, 0.854, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.496 std_dev=0.358
C2' B 0, 0.165, 0.607, 1.048, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.607 std_dev=0.442
C1' B 0, 0.237, 0.684, 1.130, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.684 std_dev=0.447
C5' A 0, 0.237, 0.691, 1.145, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.691 std_dev=0.454
O2' B 0, 0.239, 0.702, 1.166, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.702 std_dev=0.463
O3' B 0, 0.133, 0.601, 1.069, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.601 std_dev=0.468
O4' B 0, 0.246, 0.718, 1.190, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.718 std_dev=0.472
C3' B 0, 0.117, 0.605, 1.093, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.605 std_dev=0.488
C4' B 0, 0.179, 0.680, 1.180, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.680 std_dev=0.501
C2 B 0, 0.349, 0.863, 1.377, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.863 std_dev=0.514
N1 B 0, 0.273, 0.791, 1.309, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.791 std_dev=0.518
O2 B 0, 0.361, 0.888, 1.415, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.888 std_dev=0.527
P A 0, 0.192, 0.774, 1.355, 1.629 max_d=1.629 avg_d=0.774 std_dev=0.581
C3' A 0, 0.172, 0.757, 1.343, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.757 std_dev=0.585
N3 B 0, 0.417, 1.023, 1.629, 1.494 max_d=1.494 avg_d=1.023 std_dev=0.606
O2' A 0, 0.225, 0.846, 1.468, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.846 std_dev=0.621
C6 B 0, 0.302, 0.953, 1.605, 1.822 max_d=1.822 avg_d=0.953 std_dev=0.652
C5' B 0, 0.276, 0.934, 1.592, 1.823 max_d=1.823 avg_d=0.934 std_dev=0.658
C4 B 0, 0.426, 1.100, 1.774, 1.799 max_d=1.799 avg_d=1.100 std_dev=0.674
C5 B 0, 0.370, 1.081, 1.793, 1.977 max_d=1.977 avg_d=1.081 std_dev=0.711
O4 B 0, 0.501, 1.244, 1.987, 1.928 max_d=1.928 avg_d=1.244 std_dev=0.743
O5' A 0, 0.229, 0.978, 1.727, 1.741 max_d=1.741 avg_d=0.978 std_dev=0.749
O5' B 0, 0.325, 1.111, 1.896, 2.221 max_d=2.221 avg_d=1.111 std_dev=0.786
OP1 B 0, 0.537, 1.407, 2.277, 2.283 max_d=2.283 avg_d=1.407 std_dev=0.870
P B 0, 0.469, 1.417, 2.365, 2.651 max_d=2.651 avg_d=1.417 std_dev=0.948
OP1 A 0, 0.357, 1.332, 2.308, 2.419 max_d=2.419 avg_d=1.332 std_dev=0.976
O3' A 0, 0.129, 1.407, 2.684, 2.769 max_d=2.769 avg_d=1.407 std_dev=1.278
OP2 A 0, -0.009, 1.380, 2.769, 3.697 max_d=3.697 avg_d=1.380 std_dev=1.389
OP2 B 0, 0.294, 2.056, 3.817, 4.860 max_d=4.860 avg_d=2.056 std_dev=1.761

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.32 0.00 0.05 0.43 0.10 0.15
C2 0.01 0.00 0.08 0.03 0.01 0.09 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.54 0.11 0.27 0.65 0.64 0.13
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.19 0.05 0.05 0.07 0.08 0.05 0.03 0.01 0.00 0.06 0.03 0.39 0.40 0.31 0.34
C3' 0.02 0.03 0.00 0.00 0.10 0.00 0.21 0.01 0.18 0.34 0.08 0.04 0.25 0.33 0.16 0.02 0.02 0.01 0.09 0.18 0.40 0.22
C4 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.30 0.05 0.26 0.56 0.55 0.12
C4' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.05 0.20 0.04 0.10 0.10 0.18 0.07 0.22 0.05 0.00 0.02 0.30 0.28 0.07
C5 0.02 0.01 0.03 0.21 0.00 0.09 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.24 0.13 0.02 0.39 0.54 0.78 0.20
C5' 0.04 0.06 0.19 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.13 0.21 0.07 0.06 0.19 0.23 0.08 0.06 0.20 0.01 0.02 0.38 0.30 0.03
C6 0.02 0.01 0.05 0.18 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.22 0.22 0.03 0.42 0.59 0.88 0.22
C8 0.02 0.01 0.05 0.34 0.01 0.20 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.31 0.14 0.07 0.35 0.36 0.56 0.17
N1 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.40 0.07 0.36 0.64 0.80 0.17
N3 0.01 0.00 0.08 0.04 0.00 0.10 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.53 0.11 0.20 0.63 0.49 0.12
N6 0.03 0.01 0.05 0.25 0.01 0.10 0.01 0.19 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.26 0.12 0.02 0.49 0.58 1.03 0.29
N7 0.02 0.01 0.03 0.33 0.01 0.18 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.33 0.11 0.05 0.44 0.45 0.81 0.26
N9 0.01 0.01 0.01 0.16 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.18 0.15 0.01 0.21 0.45 0.39 0.10
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.14 0.22 0.24 0.06 0.22 0.31 0.14 0.08 0.26 0.33 0.18 0.00 0.11 0.16 0.35 0.37 0.38 0.36
O3' 0.32 0.54 0.06 0.02 0.30 0.05 0.13 0.20 0.22 0.14 0.40 0.53 0.12 0.11 0.15 0.11 0.00 0.21 0.10 0.47 0.72 0.43
O4' 0.00 0.11 0.03 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.07 0.11 0.02 0.05 0.01 0.16 0.21 0.00 0.13 0.48 0.13 0.11
O5' 0.05 0.27 0.39 0.09 0.26 0.02 0.39 0.02 0.42 0.35 0.36 0.20 0.49 0.44 0.21 0.35 0.10 0.13 0.00 0.02 0.00 0.01
OP1 0.43 0.65 0.40 0.18 0.56 0.30 0.54 0.38 0.59 0.36 0.64 0.63 0.58 0.45 0.45 0.37 0.47 0.48 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.64 0.31 0.40 0.55 0.28 0.78 0.30 0.88 0.56 0.80 0.49 1.03 0.81 0.39 0.38 0.72 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.13 0.34 0.22 0.12 0.07 0.20 0.03 0.22 0.17 0.17 0.12 0.29 0.26 0.10 0.36 0.43 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.34 0.28 0.21 0.32 0.23 0.29 0.19 0.28 0.29 0.34 0.37 0.30 0.15 0.32 0.27 0.33 0.60 0.28 0.26
C2 0.23 0.24 0.23 0.27 0.30 0.30 0.32 0.37 0.31 0.25 0.26 0.25 0.24 0.23 0.30 0.28 0.48 0.64 1.01 0.47
C2' 0.40 0.45 0.40 0.35 0.44 0.33 0.41 0.31 0.41 0.42 0.45 0.48 0.39 0.30 0.43 0.38 0.44 0.65 0.17 0.40
C3' 0.29 0.09 0.31 0.45 0.14 0.44 0.28 0.49 0.33 0.24 0.07 0.08 0.32 0.55 0.12 0.36 0.41 0.72 0.47 0.49
C4 0.25 0.27 0.25 0.26 0.31 0.28 0.32 0.31 0.31 0.27 0.28 0.28 0.26 0.21 0.31 0.28 0.43 0.60 0.82 0.39
C4' 0.10 0.15 0.09 0.20 0.11 0.23 0.10 0.31 0.13 0.07 0.18 0.23 0.16 0.27 0.13 0.15 0.26 0.67 0.27 0.36
C5 0.22 0.22 0.23 0.31 0.31 0.32 0.35 0.41 0.33 0.25 0.25 0.22 0.21 0.29 0.32 0.28 0.51 0.58 1.08 0.52
C5' 0.14 0.37 0.17 0.11 0.34 0.20 0.19 0.34 0.15 0.20 0.42 0.45 0.22 0.17 0.37 0.11 0.25 0.69 0.25 0.38
C6 0.20 0.19 0.21 0.33 0.30 0.35 0.37 0.48 0.35 0.24 0.22 0.19 0.19 0.32 0.31 0.28 0.58 0.62 1.29 0.63
C8 0.25 0.27 0.24 0.27 0.33 0.28 0.33 0.28 0.31 0.27 0.29 0.27 0.25 0.22 0.33 0.28 0.40 0.51 0.71 0.35
N1 0.21 0.20 0.22 0.31 0.29 0.33 0.34 0.45 0.33 0.23 0.22 0.21 0.20 0.28 0.30 0.28 0.55 0.64 1.23 0.59
N3 0.25 0.28 0.25 0.25 0.31 0.27 0.31 0.30 0.30 0.27 0.29 0.29 0.26 0.19 0.30 0.28 0.42 0.64 0.79 0.38
N6 0.17 0.13 0.20 0.38 0.30 0.38 0.40 0.58 0.37 0.22 0.18 0.14 0.13 0.38 0.32 0.28 0.67 0.63 1.54 0.78
N7 0.22 0.22 0.23 0.33 0.33 0.33 0.37 0.41 0.35 0.26 0.25 0.21 0.20 0.33 0.34 0.28 0.51 0.53 1.04 0.52
N9 0.27 0.30 0.26 0.23 0.32 0.25 0.31 0.24 0.30 0.28 0.31 0.32 0.28 0.17 0.32 0.28 0.37 0.57 0.58 0.30
O2' 0.73 0.71 0.66 0.56 0.64 0.63 0.63 0.56 0.65 0.69 0.67 0.76 0.72 0.42 0.61 0.73 0.63 0.76 0.32 0.58
O3' 0.72 0.71 0.74 0.80 0.80 0.71 0.88 0.75 0.86 0.78 0.73 0.62 0.64 0.78 0.81 0.70 0.74 0.94 0.92 0.83
O4' 0.18 0.27 0.18 0.13 0.27 0.17 0.21 0.18 0.20 0.21 0.30 0.31 0.22 0.12 0.28 0.17 0.28 0.65 0.18 0.25
O5' 0.37 0.72 0.45 0.17 0.68 0.14 0.49 0.27 0.41 0.51 0.78 0.80 0.41 0.02 0.72 0.18 0.20 0.66 0.14 0.26
OP1 0.49 0.76 0.53 0.31 0.87 0.56 0.73 0.80 0.62 0.64 0.89 0.73 0.34 0.02 0.95 0.50 0.37 0.80 0.26 0.51
OP2 0.44 0.87 0.45 0.25 0.90 0.15 0.71 0.26 0.59 0.65 0.96 0.90 0.32 0.01 0.95 0.25 0.23 0.60 0.16 0.26
P 0.08 0.39 0.17 0.02 0.42 0.25 0.28 0.38 0.19 0.22 0.46 0.43 0.13 0.01 0.46 0.14 0.20 0.61 0.14 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.05 0.01 0.07 0.19 0.24 0.04
C2 0.02 0.00 0.09 0.14 0.02 0.07 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.13 0.03 0.02 0.07 0.39 0.64 0.14
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.08 0.14 0.00 0.04 0.06 0.01 0.04 0.11 0.14 0.06
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.15 0.00 0.11 0.02 0.09 0.08 0.15 0.17 0.02 0.01 0.15 0.00 0.09 0.15 0.03 0.07
C4 0.04 0.02 0.06 0.15 0.00 0.13 0.00 0.18 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.17 0.00 0.06 0.11 0.66 0.97 0.22
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.13 0.00 0.12 0.01 0.10 0.06 0.09 0.07 0.04 0.03 0.13 0.01 0.01 0.21 0.15 0.02
C5 0.03 0.00 0.04 0.11 0.00 0.12 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.14 0.01 0.07 0.08 0.67 0.93 0.19
C5' 0.02 0.10 0.01 0.02 0.18 0.01 0.18 0.00 0.14 0.09 0.14 0.10 0.04 0.03 0.20 0.02 0.01 0.34 0.32 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.09 0.01 0.10 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.07 0.06 0.51 0.68 0.12
N1 0.01 0.01 0.02 0.08 0.03 0.06 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.04 0.02 0.05 0.36 0.53 0.09
N3 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.16 0.02 0.03 0.09 0.54 0.83 0.19
O2 0.04 0.01 0.14 0.17 0.02 0.07 0.00 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.09 0.17 0.03 0.03 0.09 0.29 0.56 0.15
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.09 0.00 0.10 0.02 0.05 0.06 0.14 0.03 0.07
O3' 0.04 0.13 0.04 0.01 0.17 0.03 0.14 0.03 0.10 0.06 0.16 0.17 0.10 0.00 0.18 0.04 0.19 0.32 0.22 0.14
O4 0.05 0.03 0.06 0.15 0.00 0.13 0.01 0.20 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.18 0.00 0.07 0.13 0.73 1.09 0.26
O4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.07 0.00 0.13 0.15 0.08 0.05
O5' 0.07 0.07 0.04 0.09 0.11 0.01 0.08 0.01 0.06 0.05 0.09 0.09 0.06 0.19 0.13 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.19 0.39 0.11 0.15 0.66 0.21 0.67 0.34 0.51 0.36 0.54 0.29 0.14 0.32 0.73 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.64 0.14 0.03 0.97 0.15 0.93 0.32 0.68 0.53 0.83 0.56 0.03 0.22 1.09 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.14 0.06 0.07 0.22 0.02 0.19 0.02 0.12 0.09 0.19 0.15 0.07 0.14 0.26 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00