ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52229

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.004 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C1' A 0, -0.001, 0.011, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N1 A 0, -0.003, 0.016, 0.035, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.016 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.020 std_dev=0.021
C4 A 0, -0.004, 0.022, 0.049, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.022 std_dev=0.027
N9 A 0, 0.004, 0.032, 0.060, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.032 std_dev=0.028
N6 A 0, 0.008, 0.043, 0.079, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.043 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.016, 0.056, 0.096, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.056 std_dev=0.040
N7 A 0, -0.007, 0.038, 0.083, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.038 std_dev=0.045
C8 A 0, -0.001, 0.051, 0.104, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.051 std_dev=0.053
C2' A 0, 0.023, 0.092, 0.161, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.092 std_dev=0.069
C4' A 0, 0.033, 0.114, 0.195, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.114 std_dev=0.081
C3' A 0, 0.033, 0.129, 0.225, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.129 std_dev=0.096
O2' A 0, 0.032, 0.160, 0.288, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.160 std_dev=0.128
C5' A 0, 0.054, 0.188, 0.322, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.188 std_dev=0.134
O3' A 0, 0.049, 0.203, 0.356, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.203 std_dev=0.154
O5' A 0, 0.071, 0.248, 0.425, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.248 std_dev=0.177
OP2 A 0, 0.093, 0.324, 0.555, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.324 std_dev=0.231
P A 0, 0.051, 0.309, 0.568, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.309 std_dev=0.258
C2 B 0, 0.109, 0.373, 0.637, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.373 std_dev=0.264
P B 0, 0.079, 0.352, 0.626, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.352 std_dev=0.273
C1' B 0, 0.091, 0.395, 0.698, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.395 std_dev=0.303
C3' B 0, 0.063, 0.369, 0.676, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.369 std_dev=0.306
N3 B 0, 0.130, 0.448, 0.766, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.448 std_dev=0.318
N1 B 0, -0.029, 0.297, 0.623, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.297 std_dev=0.326
C4' B 0, 0.146, 0.500, 0.855, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.500 std_dev=0.355
OP1 A 0, 0.094, 0.451, 0.808, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.451 std_dev=0.357
O4' B 0, 0.145, 0.503, 0.861, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.503 std_dev=0.358
O3' B 0, 0.117, 0.504, 0.891, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.504 std_dev=0.387
C2' B 0, 0.021, 0.416, 0.811, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.416 std_dev=0.395
O2 B 0, 0.158, 0.571, 0.984, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.571 std_dev=0.413
C4 B 0, 0.103, 0.538, 0.973, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.538 std_dev=0.435
O5' B 0, 0.140, 0.590, 1.041, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.590 std_dev=0.450
OP1 B 0, 0.135, 0.592, 1.049, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.592 std_dev=0.457
OP2 B 0, 0.142, 0.609, 1.077, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.609 std_dev=0.468
C6 B 0, 0.051, 0.560, 1.069, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.560 std_dev=0.509
O4 B 0, 0.178, 0.716, 1.254, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.716 std_dev=0.538
O2' B 0, 0.136, 0.689, 1.241, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.689 std_dev=0.553
C5' B 0, 0.172, 0.727, 1.282, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.727 std_dev=0.555
C5 B 0, 0.054, 0.643, 1.232, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.643 std_dev=0.589

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.08 0.08 0.04 0.07
C2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.17 0.18 0.21 0.18
C2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.05 0.02 0.04 0.02 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.04
C3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.04 0.04 0.00 0.08 0.06 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.17 0.17 0.17 0.17
C4' 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.02 0.01 0.06 0.05 0.01 0.08 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04
C5 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.22 0.21 0.24 0.22
C5' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.12 0.12 0.10 0.05 0.15 0.14 0.07 0.08 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02
C6 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.23 0.23 0.27 0.24
C8 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.21 0.18 0.16 0.19
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.21 0.21 0.25 0.22
N3 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.15 0.15 0.16 0.15
N6 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.10 0.01 0.26 0.26 0.32 0.27
N7 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.24 0.23 0.25 0.24
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.15 0.14 0.12 0.13
O2' 0.02 0.05 0.00 0.03 0.03 0.08 0.04 0.08 0.06 0.01 0.06 0.03 0.07 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.06
O3' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.06 0.07 0.04 0.05 0.01 0.10 0.06 0.01 0.03 0.00 0.02 0.08 0.09 0.06 0.09
O4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.05 0.08 0.02 0.05
O5' 0.08 0.17 0.04 0.02 0.17 0.00 0.22 0.01 0.23 0.21 0.21 0.15 0.26 0.24 0.15 0.03 0.08 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.08 0.18 0.03 0.02 0.17 0.03 0.21 0.02 0.23 0.18 0.21 0.15 0.26 0.23 0.14 0.05 0.09 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.21 0.03 0.02 0.17 0.02 0.24 0.01 0.27 0.16 0.25 0.16 0.32 0.25 0.12 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.18 0.04 0.03 0.17 0.04 0.22 0.02 0.24 0.19 0.22 0.15 0.27 0.24 0.13 0.06 0.09 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.42 0.10 0.13 0.48 0.06 0.35 0.12 0.25 0.24 0.52 0.47 0.29 0.14 0.57 0.04 0.25 0.40 0.32 0.15
C2 0.21 0.26 0.20 0.11 0.53 0.19 0.37 0.12 0.19 0.10 0.49 0.22 0.65 0.21 0.71 0.20 0.43 0.34 0.33 0.18
C2' 0.09 0.38 0.09 0.13 0.46 0.04 0.34 0.17 0.26 0.23 0.49 0.43 0.29 0.12 0.56 0.02 0.23 0.38 0.30 0.14
C3' 0.14 0.36 0.14 0.15 0.41 0.09 0.33 0.22 0.28 0.24 0.43 0.41 0.23 0.12 0.48 0.09 0.18 0.37 0.25 0.12
C4 0.14 0.33 0.15 0.09 0.52 0.15 0.37 0.12 0.23 0.16 0.52 0.33 0.61 0.20 0.66 0.13 0.39 0.35 0.33 0.17
C4' 0.16 0.38 0.20 0.16 0.37 0.07 0.28 0.14 0.24 0.25 0.43 0.46 0.17 0.13 0.43 0.09 0.16 0.45 0.23 0.16
C5 0.17 0.29 0.24 0.11 0.54 0.14 0.40 0.13 0.24 0.14 0.51 0.26 0.69 0.23 0.68 0.12 0.43 0.30 0.34 0.16
C5' 0.15 0.27 0.18 0.12 0.22 0.09 0.21 0.15 0.21 0.18 0.28 0.35 0.19 0.10 0.25 0.10 0.16 0.49 0.16 0.20
C6 0.21 0.22 0.29 0.13 0.56 0.16 0.41 0.12 0.22 0.10 0.49 0.16 0.72 0.24 0.74 0.15 0.47 0.28 0.33 0.16
C8 0.07 0.36 0.12 0.10 0.47 0.09 0.37 0.17 0.26 0.21 0.48 0.37 0.52 0.20 0.57 0.02 0.35 0.33 0.34 0.15
N1 0.23 0.22 0.26 0.13 0.55 0.19 0.39 0.12 0.20 0.08 0.48 0.16 0.70 0.23 0.74 0.19 0.46 0.30 0.33 0.17
N3 0.17 0.31 0.14 0.09 0.52 0.18 0.36 0.12 0.20 0.13 0.51 0.30 0.60 0.19 0.67 0.18 0.39 0.37 0.33 0.18
N6 0.22 0.15 0.33 0.14 0.57 0.14 0.43 0.12 0.23 0.08 0.45 0.11 0.71 0.25 0.77 0.12 0.49 0.22 0.32 0.14
N7 0.12 0.31 0.25 0.11 0.51 0.11 0.40 0.17 0.26 0.17 0.49 0.28 0.64 0.24 0.62 0.05 0.42 0.29 0.34 0.15
N9 0.09 0.37 0.08 0.09 0.49 0.10 0.36 0.13 0.24 0.20 0.51 0.40 0.49 0.18 0.60 0.07 0.33 0.36 0.33 0.16
O2' 0.11 0.42 0.14 0.17 0.48 0.05 0.35 0.16 0.27 0.26 0.52 0.48 0.19 0.15 0.58 0.04 0.16 0.37 0.31 0.10
O3' 0.16 0.36 0.17 0.18 0.40 0.14 0.35 0.27 0.30 0.26 0.42 0.41 0.19 0.14 0.47 0.14 0.13 0.36 0.22 0.10
O4' 0.15 0.44 0.20 0.16 0.44 0.03 0.32 0.10 0.25 0.28 0.50 0.52 0.17 0.14 0.51 0.05 0.19 0.42 0.30 0.14
O5' 0.11 0.13 0.16 0.07 0.16 0.10 0.21 0.25 0.22 0.13 0.15 0.19 0.23 0.02 0.19 0.08 0.21 0.38 0.18 0.17
OP1 0.08 0.11 0.02 0.04 0.10 0.23 0.18 0.32 0.15 0.03 0.07 0.22 0.09 0.00 0.10 0.19 0.17 0.47 0.18 0.24
OP2 0.09 0.01 0.21 0.06 0.12 0.25 0.23 0.50 0.24 0.11 0.03 0.07 0.24 0.01 0.13 0.19 0.21 0.14 0.23 0.04
P 0.03 0.08 0.11 0.02 0.06 0.16 0.17 0.31 0.17 0.05 0.05 0.17 0.11 0.01 0.07 0.11 0.21 0.36 0.17 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.08 0.45 0.09
C2 0.02 0.00 0.13 0.14 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.16 0.01 0.03 0.40 0.17 0.26 0.12
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.10 0.03 0.10 0.22 0.01 0.01 0.04 0.01 0.29 0.28 0.29 0.11
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.02 0.01 0.09 0.01 0.12 0.02 0.11 0.22 0.01 0.01 0.04 0.01 0.38 0.39 0.21 0.20
C4 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.00 0.00 0.59 0.23 0.12 0.28
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.02 0.06 0.07 0.02 0.01 0.01 0.02 0.14 0.44 0.07
C5 0.01 0.00 0.08 0.09 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.10 0.00 0.03 0.62 0.23 0.14 0.28
C5' 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.09 0.03 0.02 0.05 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.18 0.40 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.12 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.13 0.00 0.04 0.53 0.18 0.26 0.18
N1 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.39 0.15 0.33 0.09
N3 0.02 0.00 0.10 0.11 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.14 0.01 0.03 0.51 0.20 0.16 0.21
O2 0.03 0.00 0.22 0.22 0.01 0.06 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.27 0.01 0.06 0.31 0.14 0.30 0.07
O2' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.04 0.10 0.18 0.00 0.04 0.06 0.04 0.04 0.14 0.39 0.08
O3' 0.01 0.16 0.01 0.01 0.05 0.02 0.10 0.05 0.13 0.03 0.14 0.27 0.04 0.00 0.07 0.01 0.30 0.46 0.16 0.21
O4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.00 0.00 0.63 0.25 0.15 0.33
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.60 0.22
O5' 0.17 0.40 0.29 0.38 0.59 0.02 0.62 0.00 0.53 0.39 0.51 0.31 0.04 0.30 0.63 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.17 0.28 0.39 0.23 0.14 0.23 0.18 0.18 0.15 0.20 0.14 0.14 0.46 0.25 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.45 0.26 0.29 0.21 0.12 0.44 0.14 0.40 0.26 0.33 0.16 0.30 0.39 0.16 0.15 0.60 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.12 0.11 0.20 0.28 0.07 0.28 0.01 0.18 0.09 0.21 0.07 0.08 0.21 0.33 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00