Doublet Group distance statistics: 52230

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C5	A	0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C2	A	0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N3	A	0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C4	A	0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N1	A	0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N6	A	0, 0.009, 0.032, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.032 std_dev=0.023
C1'	A	0, 0.010, 0.034, 0.058, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.034 std_dev=0.024
N7	A	0, 0.006, 0.033, 0.060, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.027
N9	A	0, 0.010, 0.041, 0.072, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.041 std_dev=0.031
C8	A	0, 0.008, 0.046, 0.084, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.046 std_dev=0.038
C2'	A	0, 0.016, 0.169, 0.323, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.169 std_dev=0.154
O2'	A	0, 0.063, 0.256, 0.449, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.256 std_dev=0.193
O4'	A	0, 0.032, 0.227, 0.422, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.227 std_dev=0.195
C3'	A	0, 0.132, 0.458, 0.784, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.458 std_dev=0.326
C4'	A	0, 0.130, 0.459, 0.788, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.459 std_dev=0.329
P	A	0, 0.124, 0.476, 0.828, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.476 std_dev=0.352
OP1	A	0, 0.158, 0.554, 0.950, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.554 std_dev=0.396
O2'	B	0, 0.103, 0.506, 0.909, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.506 std_dev=0.403
C2'	B	0, 0.158, 0.561, 0.965, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.561 std_dev=0.403
OP2	A	0, 0.190, 0.648, 1.106, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.648 std_dev=0.458
C5'	A	0, 0.167, 0.630, 1.092, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.630 std_dev=0.462
C3'	B	0, 0.145, 0.609, 1.073, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.609 std_dev=0.464
O3'	B	0, 0.134, 0.654, 1.174, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.654 std_dev=0.520
O3'	A	0, 0.227, 0.775, 1.323, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.775 std_dev=0.548
O5'	A	0, -0.110, 0.497, 1.103, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.497 std_dev=0.607
C1'	B	0, 0.115, 1.039, 1.964, 2.246 max_d=2.246 avg_d=1.039 std_dev=0.924
C4'	B	0, 0.069, 1.098, 2.128, 2.475 max_d=2.475 avg_d=1.098 std_dev=1.029
O4'	B	0, 0.047, 1.240, 2.432, 2.850 max_d=2.850 avg_d=1.240 std_dev=1.193
O2	B	0, 0.215, 1.577, 2.940, 3.325 max_d=3.325 avg_d=1.577 std_dev=1.363
N1	B	0, -0.063, 1.405, 2.872, 3.431 max_d=3.431 avg_d=1.405 std_dev=1.468
C2	B	0, 0.014, 1.624, 3.233, 3.817 max_d=3.817 avg_d=1.624 std_dev=1.609
C5'	B	0, -0.107, 1.509, 3.125, 3.749 max_d=3.749 avg_d=1.509 std_dev=1.616
C6	B	0, -0.184, 1.702, 3.587, 4.331 max_d=4.331 avg_d=1.702 std_dev=1.886
N3	B	0, -0.094, 2.042, 4.178, 4.991 max_d=4.991 avg_d=2.042 std_dev=2.136
C5	B	0, -0.154, 2.172, 4.498, 5.398 max_d=5.398 avg_d=2.172 std_dev=2.326
O5'	B	0, -0.250, 2.190, 4.629, 5.593 max_d=5.593 avg_d=2.190 std_dev=2.440
C4	B	0, -0.130, 2.345, 4.820, 5.768 max_d=5.768 avg_d=2.345 std_dev=2.475
O4	B	0, -0.009, 2.825, 5.659, 6.700 max_d=6.700 avg_d=2.825 std_dev=2.834
P	B	0, -0.165, 3.005, 6.174, 7.388 max_d=7.388 avg_d=3.005 std_dev=3.170
OP2	B	0, 0.472, 3.701, 6.929, 7.867 max_d=7.867 avg_d=3.701 std_dev=3.229
OP1	B	0, -0.556, 3.186, 6.927, 8.437 max_d=8.437 avg_d=3.186 std_dev=3.741

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.02	0.02	0.00	0.01	0.03	0.02	0.00	0.04	0.03	0.09	0.13
C2	0.02	0.00	0.07	0.13	0.00	0.05	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.10	0.16	0.02	0.04	0.04	0.14	0.11
C2'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.03	0.00	0.03	0.01	0.03	0.06	0.05	0.07	0.02	0.05	0.02	0.00	0.03	0.01	0.11	0.22	0.09	0.10
C3'	0.00	0.13	0.00	0.00	0.09	0.00	0.11	0.02	0.11	0.13	0.12	0.11	0.12	0.13	0.07	0.01	0.01	0.01	0.18	0.29	0.15	0.14
C4	0.01	0.00	0.03	0.09	0.00	0.04	0.00	0.07	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.05	0.10	0.02	0.10	0.03	0.14	0.11
C4'	0.01	0.05	0.00	0.00	0.04	0.00	0.07	0.01	0.06	0.11	0.05	0.04	0.08	0.11	0.05	0.04	0.03	0.01	0.01	0.13	0.07	0.03
C5	0.01	0.00	0.03	0.11	0.00	0.07	0.00	0.12	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.04	0.13	0.02	0.19	0.08	0.18	0.10
C5'	0.01	0.06	0.01	0.02	0.07	0.01	0.12	0.00	0.11	0.16	0.08	0.04	0.14	0.17	0.07	0.04	0.04	0.01	0.00	0.08	0.09	0.00
C6	0.02	0.00	0.03	0.11	0.01	0.06	0.01	0.11	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.06	0.15	0.01	0.17	0.09	0.19	0.11
C8	0.00	0.00	0.06	0.13	0.00	0.11	0.00	0.16	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.13	0.02	0.28	0.05	0.17	0.10
N1	0.02	0.00	0.05	0.12	0.01	0.05	0.01	0.08	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.09	0.16	0.02	0.09	0.07	0.17	0.10
N3	0.02	0.00	0.07	0.11	0.00	0.04	0.00	0.04	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.10	0.13	0.02	0.03	0.02	0.12	0.12
N6	0.02	0.00	0.02	0.12	0.01	0.08	0.01	0.14	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.02	0.05	0.17	0.01	0.21	0.13	0.22	0.12
N7	0.00	0.01	0.05	0.13	0.00	0.11	0.00	0.17	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.15	0.02	0.30	0.09	0.21	0.11
N9	0.01	0.01	0.02	0.07	0.00	0.05	0.00	0.07	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.02	0.07	0.02	0.13	0.01	0.13	0.11
O2'	0.03	0.10	0.00	0.01	0.05	0.04	0.04	0.04	0.06	0.01	0.09	0.10	0.05	0.01	0.02	0.00	0.07	0.05	0.05	0.25	0.11	0.05
O3'	0.02	0.16	0.03	0.01	0.10	0.03	0.13	0.04	0.15	0.13	0.16	0.13	0.17	0.15	0.07	0.07	0.00	0.03	0.23	0.42	0.24	0.20
O4'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.02	0.02	0.05	0.03	0.00	0.10	0.07	0.17	0.19
O5'	0.04	0.04	0.11	0.18	0.10	0.01	0.19	0.00	0.17	0.28	0.09	0.03	0.21	0.30	0.13	0.05	0.23	0.10	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.03	0.04	0.22	0.29	0.03	0.13	0.08	0.08	0.09	0.05	0.07	0.02	0.13	0.09	0.01	0.25	0.42	0.07	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.09	0.14	0.09	0.15	0.14	0.07	0.18	0.09	0.19	0.17	0.17	0.12	0.22	0.21	0.13	0.11	0.24	0.17	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.13	0.11	0.10	0.14	0.11	0.03	0.10	0.00	0.11	0.10	0.10	0.12	0.12	0.11	0.11	0.05	0.20	0.19	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.43	1.06	0.29	0.08	1.22	0.25	1.05	0.33	0.85	0.82	1.24	1.07	0.05	0.58	1.27	0.11	0.24	0.17	0.50	0.26
C2	0.63	1.32	0.25	0.09	1.92	0.13	1.74	0.21	1.40	1.15	1.73	1.07	0.25	0.49	2.08	0.48	1.06	0.84	1.51	1.26
C2'	0.48	1.06	0.39	0.09	1.25	0.20	1.09	0.32	0.90	0.85	1.24	1.05	0.17	0.44	1.29	0.17	0.36	0.18	0.66	0.37
C3'	0.50	0.96	0.50	0.17	1.07	0.23	0.94	0.38	0.80	0.78	1.08	0.99	0.38	0.33	1.07	0.20	0.30	0.32	0.54	0.27
C4	0.58	1.24	0.27	0.07	1.64	0.06	1.50	0.09	1.24	1.06	1.54	1.06	0.21	0.51	1.71	0.39	0.85	0.58	1.18	0.98
C4'	0.43	0.89	0.47	0.09	0.88	0.34	0.73	0.54	0.61	0.66	0.96	0.99	0.42	0.38	0.89	0.15	0.15	0.63	0.21	0.23
C5	0.63	1.24	0.24	0.13	1.75	0.21	1.65	0.31	1.37	1.13	1.58	0.94	0.28	0.44	1.79	0.53	1.13	0.95	1.44	1.30
C5'	0.48	0.78	0.58	0.16	0.67	0.35	0.54	0.60	0.48	0.59	0.77	0.92	0.68	0.24	0.64	0.24	0.25	0.76	0.28	0.38
C6	0.65	1.26	0.21	0.16	1.97	0.30	1.85	0.46	1.51	1.18	1.70	0.88	0.33	0.40	2.09	0.62	1.35	1.25	1.75	1.59
C8	0.53	1.05	0.27	0.05	1.25	0.04	1.18	0.05	1.03	0.93	1.20	0.92	0.19	0.51	1.22	0.34	0.71	0.44	0.87	0.77
N1	0.65	1.30	0.22	0.14	2.02	0.24	1.87	0.39	1.50	1.18	1.75	0.96	0.30	0.44	2.19	0.58	1.28	1.16	1.75	1.54
N3	0.59	1.29	0.27	0.05	1.75	0.04	1.57	0.05	1.27	1.08	1.63	1.12	0.19	0.52	1.87	0.38	0.84	0.54	1.23	0.98
N6	0.65	1.16	0.17	0.21	2.07	0.42	1.98	0.65	1.59	1.17	1.66	0.68	0.37	0.34	2.23	0.71	1.57	1.59	2.00	1.89
N7	0.62	1.14	0.23	0.14	1.50	0.23	1.47	0.33	1.29	1.08	1.37	0.83	0.29	0.41	1.46	0.52	1.09	0.90	1.28	1.21
N9	0.52	1.13	0.28	0.03	1.37	0.08	1.24	0.09	1.03	0.94	1.34	1.05	0.14	0.55	1.40	0.27	0.58	0.26	0.83	0.65
O2'	0.42	1.04	0.35	0.04	1.24	0.26	1.05	0.40	0.84	0.79	1.24	1.05	0.11	0.43	1.30	0.08	0.20	0.36	0.54	0.22
O3'	0.49	0.93	0.53	0.21	1.02	0.27	0.89	0.45	0.74	0.73	1.04	0.98	0.47	0.26	1.04	0.20	0.24	0.50	0.50	0.23
O4'	0.37	0.93	0.31	0.15	0.96	0.37	0.78	0.51	0.64	0.67	1.03	1.03	0.14	0.61	0.98	0.06	0.08	0.49	0.13	0.11
O5'	0.66	0.87	0.76	0.32	0.79	0.08	0.73	0.25	0.71	0.78	0.86	0.94	0.76	0.01	0.71	0.33	0.31	0.30	0.34	0.19
OP1	0.22	0.15	0.08	0.26	0.32	0.62	0.40	1.03	0.37	0.23	0.19	0.18	0.33	0.01	0.41	0.53	0.62	1.12	0.78	0.84
OP2	0.16	0.17	0.17	0.07	0.31	0.03	0.41	0.13	0.39	0.25	0.21	0.08	0.16	0.00	0.33	0.07	0.66	0.26	0.62	0.54
P	0.12	0.17	0.25	0.01	0.17	0.20	0.23	0.41	0.22	0.17	0.14	0.23	0.33	0.00	0.16	0.09	0.16	0.28	0.23	0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.03	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.03	0.03	0.01	0.02	0.03	0.00	0.10	0.17	0.35	0.16
C2	0.02	0.00	0.10	0.06	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.00	0.12	0.08	0.01	0.01	0.35	0.43	0.48	0.43
C2'	0.00	0.10	0.00	0.00	0.04	0.00	0.03	0.01	0.07	0.00	0.09	0.16	0.01	0.02	0.09	0.01	0.29	0.22	0.13	0.25
C3'	0.01	0.06	0.00	0.00	0.04	0.00	0.11	0.01	0.14	0.04	0.05	0.13	0.02	0.01	0.08	0.01	0.41	0.25	0.13	0.31
C4	0.03	0.01	0.04	0.04	0.00	0.04	0.01	0.09	0.01	0.02	0.01	0.01	0.07	0.06	0.00	0.04	0.56	0.71	0.62	0.66
C4'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.04	0.00	0.09	0.01	0.10	0.03	0.02	0.06	0.03	0.02	0.02	0.00	0.01	0.11	0.25	0.03
C5	0.02	0.01	0.03	0.11	0.01	0.09	0.00	0.14	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.14	0.01	0.05	0.59	0.73	0.59	0.66
C5'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.09	0.01	0.14	0.00	0.14	0.06	0.05	0.02	0.03	0.01	0.08	0.02	0.00	0.16	0.32	0.01
C6	0.02	0.01	0.07	0.14	0.01	0.10	0.01	0.14	0.00	0.01	0.01	0.02	0.04	0.16	0.01	0.05	0.49	0.56	0.48	0.51
N1	0.01	0.01	0.00	0.04	0.02	0.03	0.01	0.06	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.03	0.02	0.02	0.33	0.39	0.43	0.37
N3	0.03	0.00	0.09	0.05	0.01	0.02	0.01	0.05	0.01	0.01	0.00	0.01	0.12	0.08	0.01	0.03	0.47	0.57	0.56	0.56
O2	0.03	0.00	0.16	0.13	0.01	0.06	0.02	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.20	0.17	0.02	0.01	0.26	0.32	0.44	0.35
O2'	0.01	0.12	0.01	0.02	0.07	0.03	0.01	0.03	0.04	0.02	0.12	0.20	0.00	0.05	0.10	0.05	0.12	0.11	0.10	0.12
O3'	0.02	0.08	0.02	0.01	0.06	0.02	0.14	0.01	0.16	0.03	0.08	0.17	0.05	0.00	0.11	0.03	0.37	0.19	0.25	0.29
O4	0.03	0.01	0.09	0.08	0.00	0.02	0.01	0.08	0.01	0.02	0.01	0.02	0.10	0.11	0.00	0.05	0.58	0.77	0.65	0.71
O4'	0.00	0.01	0.01	0.01	0.04	0.00	0.05	0.02	0.05	0.02	0.03	0.01	0.05	0.03	0.05	0.00	0.17	0.06	0.51	0.17
O5'	0.10	0.35	0.29	0.41	0.56	0.01	0.59	0.00	0.49	0.33	0.47	0.26	0.12	0.37	0.58	0.17	0.00	0.02	0.01	0.00
OP1	0.17	0.43	0.22	0.25	0.71	0.11	0.73	0.16	0.56	0.39	0.57	0.32	0.11	0.19	0.77	0.06	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.35	0.48	0.13	0.13	0.62	0.25	0.59	0.32	0.48	0.43	0.56	0.44	0.10	0.25	0.65	0.51	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.16	0.43	0.25	0.31	0.66	0.03	0.66	0.01	0.51	0.37	0.56	0.35	0.12	0.29	0.71	0.17	0.00	0.01	0.01	0.00