ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52231

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N9 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N7 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N6 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C8 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
O2' A 0, 0.007, 0.084, 0.161, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.084 std_dev=0.077
O4' A 0, 0.033, 0.113, 0.194, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.113 std_dev=0.080
C2' A 0, 0.033, 0.113, 0.194, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.113 std_dev=0.080
C3' A 0, 0.062, 0.223, 0.384, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.223 std_dev=0.161
C4' A 0, 0.061, 0.230, 0.400, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.230 std_dev=0.170
O3' A 0, 0.082, 0.300, 0.519, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.300 std_dev=0.219
C5' A 0, 0.106, 0.392, 0.678, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.392 std_dev=0.286
O5' A 0, 0.119, 0.432, 0.744, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.432 std_dev=0.312
P A 0, 0.157, 0.569, 0.982, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.569 std_dev=0.413
OP2 A 0, 0.167, 0.593, 1.018, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.593 std_dev=0.425
O2' B 0, 0.140, 0.576, 1.012, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.576 std_dev=0.436
O3' B 0, 0.172, 0.628, 1.083, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.628 std_dev=0.456
OP1 A 0, 0.166, 0.630, 1.094, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.630 std_dev=0.464
C2' B 0, 0.166, 0.631, 1.096, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.631 std_dev=0.465
C3' B 0, 0.187, 0.664, 1.141, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.664 std_dev=0.477
C1' B 0, 0.204, 0.716, 1.228, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.716 std_dev=0.512
C4' B 0, 0.213, 0.728, 1.243, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.728 std_dev=0.515
O4' B 0, 0.222, 0.760, 1.298, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.760 std_dev=0.538
N1 B 0, 0.228, 0.802, 1.376, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.802 std_dev=0.574
C5' B 0, 0.237, 0.814, 1.391, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.814 std_dev=0.577
O2 B 0, 0.242, 0.844, 1.445, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.844 std_dev=0.601
C2 B 0, 0.242, 0.850, 1.457, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.850 std_dev=0.607
O5' B 0, 0.256, 0.877, 1.497, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.877 std_dev=0.620
C6 B 0, 0.250, 0.877, 1.504, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.877 std_dev=0.627
N3 B 0, 0.268, 0.943, 1.618, 1.541 max_d=1.541 avg_d=0.943 std_dev=0.675
C5 B 0, 0.272, 0.957, 1.641, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.957 std_dev=0.684
C4 B 0, 0.279, 0.985, 1.691, 1.618 max_d=1.618 avg_d=0.985 std_dev=0.706
O4 B 0, 0.303, 1.073, 1.842, 1.767 max_d=1.767 avg_d=1.073 std_dev=0.769
P B 0, 0.326, 1.114, 1.902, 1.673 max_d=1.673 avg_d=1.114 std_dev=0.788
OP1 B 0, 0.333, 1.139, 1.944, 1.746 max_d=1.746 avg_d=1.139 std_dev=0.806
OP2 B 0, 0.354, 1.219, 2.085, 1.925 max_d=1.925 avg_d=1.219 std_dev=0.866

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.07 0.16 0.09 0.11
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.05 0.07 0.04 0.02 0.06 0.07 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01
C4 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.16 0.09 0.11
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.02 0.02 0.04 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.11 0.21 0.13 0.15
C5' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.06 0.09 0.05 0.03 0.08 0.10 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.11 0.22 0.14 0.16
C8 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.12 0.20 0.12 0.15
N1 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.09 0.20 0.11 0.14
N3 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.14 0.07 0.09
N6 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.13 0.25 0.16 0.18
N7 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.14 0.24 0.15 0.18
N9 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.07 0.14 0.07 0.10
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.04 0.02 0.07 0.08 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
O5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.11 0.12 0.09 0.06 0.13 0.14 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.07 0.16 0.04 0.02 0.16 0.00 0.21 0.02 0.22 0.20 0.20 0.14 0.25 0.24 0.14 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.09 0.02 0.04 0.09 0.00 0.13 0.02 0.14 0.12 0.11 0.07 0.16 0.15 0.07 0.02 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.11 0.01 0.01 0.11 0.00 0.15 0.00 0.16 0.15 0.14 0.09 0.18 0.18 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.04 0.05 0.02 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.05 0.07 0.17 0.02 0.08 0.06 0.08 0.08 0.13 0.09
C2 0.04 0.11 0.06 0.08 0.13 0.02 0.10 0.04 0.07 0.07 0.14 0.13 0.04 0.10 0.15 0.02 0.10 0.07 0.13 0.09
C2' 0.08 0.04 0.06 0.02 0.07 0.03 0.05 0.02 0.02 0.02 0.05 0.07 0.17 0.02 0.09 0.06 0.09 0.10 0.15 0.11
C3' 0.06 0.04 0.06 0.02 0.06 0.01 0.05 0.05 0.02 0.02 0.05 0.06 0.17 0.01 0.08 0.04 0.11 0.12 0.16 0.13
C4 0.03 0.09 0.05 0.08 0.12 0.02 0.09 0.04 0.07 0.06 0.12 0.10 0.06 0.09 0.14 0.03 0.10 0.06 0.13 0.09
C4' 0.06 0.04 0.06 0.02 0.05 0.00 0.05 0.07 0.02 0.02 0.05 0.06 0.17 0.00 0.07 0.02 0.13 0.14 0.16 0.14
C5 0.06 0.12 0.10 0.12 0.14 0.05 0.12 0.06 0.10 0.10 0.15 0.13 0.04 0.14 0.16 0.04 0.11 0.05 0.14 0.10
C5' 0.03 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03 0.10 0.02 0.02 0.04 0.05 0.13 0.01 0.05 0.01 0.15 0.15 0.15 0.15
C6 0.08 0.15 0.12 0.13 0.16 0.06 0.13 0.06 0.11 0.11 0.17 0.16 0.07 0.15 0.18 0.05 0.11 0.05 0.14 0.10
C8 0.03 0.09 0.07 0.11 0.12 0.04 0.11 0.06 0.08 0.07 0.11 0.08 0.06 0.13 0.14 0.03 0.11 0.07 0.15 0.11
N1 0.06 0.14 0.10 0.11 0.15 0.04 0.12 0.05 0.10 0.10 0.16 0.15 0.04 0.13 0.17 0.04 0.10 0.05 0.13 0.09
N3 0.03 0.09 0.03 0.07 0.11 0.01 0.08 0.03 0.05 0.05 0.11 0.11 0.07 0.08 0.13 0.03 0.09 0.07 0.13 0.09
N6 0.11 0.17 0.16 0.16 0.18 0.08 0.16 0.08 0.14 0.14 0.19 0.18 0.12 0.18 0.20 0.07 0.12 0.04 0.15 0.10
N7 0.07 0.13 0.12 0.14 0.15 0.06 0.13 0.07 0.11 0.11 0.15 0.12 0.06 0.16 0.16 0.05 0.12 0.06 0.15 0.11
N9 0.03 0.07 0.03 0.07 0.10 0.02 0.08 0.04 0.05 0.04 0.09 0.07 0.10 0.08 0.12 0.04 0.10 0.07 0.13 0.10
O2' 0.07 0.04 0.06 0.02 0.08 0.02 0.07 0.05 0.03 0.01 0.06 0.07 0.17 0.02 0.11 0.04 0.12 0.14 0.19 0.15
O3' 0.04 0.05 0.04 0.04 0.08 0.02 0.08 0.09 0.05 0.02 0.06 0.06 0.14 0.02 0.10 0.01 0.15 0.17 0.21 0.17
O4' 0.09 0.04 0.09 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.07 0.20 0.02 0.06 0.07 0.08 0.08 0.11 0.08
O5' 0.04 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.12 0.00 0.02 0.01 0.09 0.07 0.08 0.08
OP1 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02 0.08 0.03 0.07 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.06 0.01 0.02 0.10 0.10 0.06
OP2 0.07 0.10 0.09 0.02 0.14 0.05 0.14 0.12 0.12 0.10 0.12 0.08 0.08 0.00 0.14 0.01 0.10 0.13 0.05 0.09
P 0.03 0.03 0.04 0.00 0.06 0.02 0.07 0.06 0.07 0.04 0.04 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.05 0.04 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.03
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.08 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.07 0.11 0.07
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.04 0.07 0.11 0.08
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.05 0.10 0.07
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.08 0.05
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.10 0.06
O2 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.07 0.03
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.08 0.05 0.04
O4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.08 0.11 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.04
O5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.00 0.03 0.03 0.05 0.07 0.03 0.07 0.03 0.05 0.03 0.05 0.02 0.04 0.08 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.08 0.02 0.02 0.11 0.01 0.11 0.00 0.10 0.08 0.10 0.07 0.02 0.05 0.11 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.01 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.07 0.05 0.06 0.03 0.01 0.04 0.07 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00